一、Whole Cag A Gene Amplification of Helicobacter pylori and Its Fingerprinting by Restriction Fragment Length Polymorphism（论文文献综述）
丁辛[1]（2021）在《连朴饮加减方治疗克拉霉素耐药幽门螺杆菌相关性胃炎的研究》文中认为目的1研究幽门螺杆菌病原微生物学特征、致病机制及相关学说,分析幽门螺杆菌感染与中医脾胃湿热证之间的关系,诠释王氏连朴饮治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制。2研究连朴饮加减方对克拉霉素耐药性幽门螺杆菌的体外抑制效应,与六种常用抗生素进行比较。3研究连朴饮加减方对克拉霉素耐药性幽门螺杆菌幽门螺杆菌相关性胃炎小鼠在体重、小肠长度、血清TNF-α、IL-6浓度、胃粘膜Warthin-Starry银染色上的影响,与抗生素四联疗法进行对比,探讨连朴饮加减方在上述指标上的改善机制。4研究连朴饮加减方对克拉霉素耐药性幽门螺杆菌相关性胃炎小鼠在胆囊胆汁酸代谢上的影响,与抗生素四联疗法进行对比,探讨连朴饮加减方在胆汁酸代谢上的改善机制。5研究连朴饮加减方对克拉霉素耐药性幽门螺杆菌相关性胃炎小鼠在盲肠内容物肠道菌群上的影响,与抗生素四联疗法进行对比,探讨连朴饮加减方在肠道菌群上的改善机制。方法1幽门螺杆菌与王氏连朴饮的相关研究分析汇总幽门螺杆菌的中西医研究成果,研究幽门螺杆菌在流行病学、形态学、菌体动力、生物化学、体内分布、致病机制、致病机理学说上的特征,从病原微生物自身特征及宿主免疫反应两方面阐发幽门螺杆菌感染与中医脾胃湿热证的密切关系,诠释王氏连朴饮治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的合理性。2实验研究采集2019年11月至2020年9月在湖北省中医院光谷院区消化内镜中心就诊的患者4名,入选者须经13C-尿素呼气试验或14C-尿素呼气试验检查阳性;胃镜检查符合慢性胃炎表现;符合中医脾胃湿热证诊断标准。对采集的胃粘膜进行幽门螺杆菌的鉴定及培养。培养至对数期后,调整为浓度0.5*109的菌液,制备血平板。以纸片扩散法对六种抗生素和连朴饮加减方进行药敏实验,重复3次,记录平均直径。SPF级6周龄Balb/c小鼠90只,均为雄性,随机分为5组:生理盐水组（SL组）、病理模型组（BL组）、连朴饮加减方组（ZY组）、抗生素四联治疗组（XY组）、联合治疗组（ZX组）。适应性饲养6天后,除生理盐水组（SL组）外,每组小鼠以5×109CFU/ml克拉霉素耐药菌液0.2ml隔日灌胃2次,共19天。每间隔2天记录一次体重。最后一次灌胃结束后,常规饲养3天,每组随机选取两只小鼠检测,以胃组织尿素酶实验阳性和胃粘膜Warthin-Starry银染色幽门螺杆菌定植为造模成功的标志。造模成功后,各组干预14天,生理盐水组（SL组）和病理模型组（BL组）以生理盐水0.3ml/天灌胃;连朴饮加减方组（ZY组）以0.5g/ml连朴饮加减方0.3ml/天灌胃;抗生素四联治疗组（XY组）以四联药物（阿莫西林、左氧氟沙星、埃索美拉唑、枸橼酸铋钾）的生理盐水溶液0.3ml/天灌胃;联合治疗组（ZX组）以含抗生素四联药物的连朴饮加减方溶液0.3ml/天灌胃。给药干预结束后3天,处死各组小鼠,测量小肠段长度;固定胃组织行Warthin-Starry银染色;眶窦取血分离血清以Elisa法检测IL-6、TNF-α浓度。取下完整胆囊,以液氮速冻后-80℃冻存,以液相色谱质谱联用技术对胆囊胆汁酸进行定量。取盲肠内容物,以16S r RNA测序技术检测肠道菌群。结果1幽门螺杆菌与王氏连朴饮的相关研究幽门螺杆菌菌体为螺旋形、单极鞭毛结构,具有高效的尿素分解能力,这些特性使其可以在胃粘膜上皮增殖。幽门螺杆菌对定植环境要求苛刻,其主要致病机理是免疫损伤,致癌效应与多次组织修复中出现基因复制错误有关。在胃粘膜微观辩证和患者整体症状上,幽门螺杆菌感染与中医脾胃湿热证本质研究具有高度的一致性,中医药在改善微环境,免疫调节上具有显着的优势,以王氏连朴饮治疗幽门螺杆菌相关性胃炎效果显着。在原方基础上,连朴饮加减方增加了抑菌和改善胃粘膜的药物,可以从病原微生物自身特征和宿主免疫反应两方面治疗幽门螺杆菌相关性胃炎。课题组前期研究表明连朴饮加减方在网络药理学上符合减轻炎症的潜在通路,能促进胃肠动力、提升胃泌素水平,具有治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制。2实验研究2.1基因检测显示本实验选取的幽门螺杆菌临床株对克拉霉素、呋喃唑酮耐药基因发生了突变。在纸片扩散法的药敏试验中,克拉霉素、四环素、甲硝唑、阿莫西林、呋喃唑酮、左氧氟沙星的抑菌圈直径分别为9mm、12mm、4mm、18mm、20mm、23mm,本实验选取的幽门螺杆菌临床株对克拉霉素、四环素、甲硝唑耐药。浓度为0.5g/ml的连朴饮加减方抑菌圈直径为17.78±1.64mm。2.2抗生素四联组（XY组）在胃小凹结构中可见圆球状幽门螺杆菌聚集;连朴饮加减方组（ZY组）黏液中散在少量杆状幽门螺杆菌。与生理盐水组（SL组）比较,病理模型组（BL组）小鼠血清IL-6、TNF-α浓度显着升高（P<0.05）。与病理模型组（BL组）比较,连朴饮加减方组（ZY组）小鼠血清TNF-α浓度显着降低（P<0.05）,抗生素四联治疗组（XY组）小鼠血清IL-6、TNF-α浓度显着降低（P<0.05）,连朴饮加减方联合四联治疗组（ZX组）小鼠血清IL-6、TNF-α浓度无统计学差异。结果提示,以克拉霉素耐药幽门螺杆菌灌胃造模导致小鼠血清IL-6、TNF-α浓度显着升高,连朴饮加减方干预14天可降低小鼠血清TNF-α浓度,减轻炎症。2.3在43种胆汁酸中,存在组间差异的13种胆汁酸为CUCA、αMCA、βMCA、λMCA、ωMCA、CA、ACA、7-keto DCA、TCDCA、TDCA、THDCA、TLCA、GUDCA。与生理盐水组（SL组）相比,抗生素四联治疗组（XY组）有TCDCA、TDCA、THDCA、TLCA、GUDCA共五种胆汁酸存在显着统计学差异,连朴饮加减方组（ZY组）仅THDCA一种胆汁酸存在显着统计学差异。2.4感染了克拉霉素耐药性幽门螺杆菌后,小鼠肠道菌群丰度显着下降（P<0.05）,连朴饮加减方组（ZY组）在菌种和含量上生理盐水组（SL组）相似度最高;抗生素四联治疗组（XY组）菌群丰度明显下降,且样本离散性最大;联合治疗组（ZX组）居于两者之间。结论1王氏连朴饮具有治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制。2在体外实验中,连朴饮加减方对克拉霉素耐药幽门螺杆菌有抑杀效应,与阿莫西林的抗菌效应接近。3在小鼠体内,连朴饮加减方对克拉霉素耐药幽门螺杆菌有较好的抑杀效果;与抗生素四联疗法相比,不出现球形变耐药现象。4与抗生素四联疗法相比,连朴饮加减方在维持胆汁酸生理稳态上具有优势。5与抗生素四联疗法相比,连朴饮加减方在维持肠道物种多样性多样性上具有优势。6连朴饮加减方对克拉霉素耐药幽门螺杆菌相关性胃炎疗效显着,与抗生素四联疗法相比,不出现球形变耐药现象;并在维持胆汁酸代谢稳态和维持肠道物种多样性上有显着优势。
刘晓莹[2]（2020）在《基于AFLP及UHPLC-MS/MS技术的广藿香优良种质筛选与评价》文中指出广藿香Pogostemon cablin（Blanco）Benth.为唇形科多年生草本植物,其干燥地上部分入药,具有芳香化湿,和中止呕,发表解暑之功效,是广东道地药材之一。广藿香已被广泛应用于医药、香料及化妆品等领域,它是藿香正气口服液、藿香正气滴丸、霍胆丸等多种中成药的原材料,其挥发油还可作为化妆品、定香剂和杀虫剂等生活用品的生产配料。然而,由于城市化及经济效益低等原因,作为道地药材的“酮型”广藿香（“牌香”与传统“肇香”）已经鲜有种植,而如今广泛种植的“肇香”及其他品种的广藿香均为“醇型”广藿香,且不同产地之间存在相互引种的情况,可能会导致种质混乱的情况出现,难以从源头上保证广藿香的质量与产量。因此,对广藿香种质资源进行重新整理及评价具有重要意义,可为广藿香种质的有效保护及充分开发提供参考依据。（1）广藿香AFLP反应体系的优化及引物筛选本实验首先建立并优化广藿香扩增长度多态性（AFLP）反应体系,对酶切连接体系、连接产物稀释倍数、预扩增产物稀释倍数等关键因素进行考察,然后对AFLP引物组合（E/M组合）进行筛选,从225对引物组合中筛选出条带清晰,多态性丰富的引物组合。结果表明,最优体系如下:酶切体系为20μL,含300 ng模板DNA,在37℃下反应3 h;连接反应在16℃下反应12 h;连接产物的最适稀释倍数为3倍;预扩增产物的最适稀释倍数为20倍。采用优化好的反应体系筛选出了12对条带清晰、多态性丰富的引物组合。优化好的反应体系适用于广藿香AFLP分子标记研究,筛选出的引物也具有较好的多态性,可为后续的广藿香优良种质筛选提供技术支持。（2）基于AFLP分子标记的广藿香遗传多样性分析采用AFLP分子标记方法研究广藿香的种质遗传多样性及遗传结构。首先使用已筛选出来的12对引物对13个品种共203个样本进行AFLP分析;然后利用POPGENE32、Arlequin-ver3.5、MEGA7、NTSYSpc2.10e等生物学分析软件进行多态性参数计算、主坐标分析以及聚类分析。结果如下:12对引物共扩增出2238个位点,其中多态性位点有2226个,多态位点百分率为98.93%;在种群间,有效等位基因数（Ne）为1.3550±0.0624,Nei’s基因多样性指数（H）为0.2160±0.0349,Shannon多态性信息指数（I）为0.3375±0.0487;在种群内,有效等位基因数（Ne）为1.1147±0.0374,Nei’s基因多样性指数（H）为0.0692±0.0224,Shannon多态性信息指数（I）为0.1065±0.0345;分子方差学分析（AMOVA）表明广藿香的总变异有71.64%来源于种群间,28.36%来源于种群内;聚类分析可将13个种群分为4大类,其中芒头地、靖西、莲塘、龙洞聚为第Ⅰ类;印尼、四会、白沙聚为第Ⅱ类;法国单独聚为第Ⅲ类;其余的德庆、雷州、高州、禄步、广宁五个居群聚为第Ⅳ类。AFLP分子标记结果显示,广藿香种间具有比较丰富的遗传多样性,种内遗传多样性相对较小,种间遗传分化显着,可为广藿香后续的优良种质筛选等研究提供参考依据。（3）基于UHPLC-MS/MS的广藿香非靶标代谢组学研究采用UHPLC-MS/MS技术结合多元统计分析方法研究四个代表性广藿香品种（“南香”、“湛香”、“牌香”、非传统“肇香”）代谢产物的差异性,筛选出不同品种间的差异成分,为阐明不同品种间出现性状差异及化学成分差异的机制提供依据。结果显示,四个品种之间均存在显着性差异,其中德庆和石牌两个产地的广藿香相对比较接近,雷州和石牌、德庆两个产地的广藿香均有一定差异,海南与石牌、雷州、德庆三个产地的广藿香均相差比较远;每个比较组的差异代谢物大部分都分布在脂质及类脂质分子、有机杂环化合物、苯环型化合物、苯丙烷和聚酮类化合物、有机酸及其衍生物、有机氧化合物这六类,而每组分布在各类别的比例有所不同,还有少数差异代谢物分布在其他类别。对二级鉴定到的各比较组的差异代谢物进行Pathway分析,发现每个比较组的差异代谢物都是参与代谢途径的占最多。这些差异代谢物所参与的通路可能与不同品种广藿香之间存在性状差异甚至功效差异有所关联,其中的作用机制复杂,有待进一步研究。
刘睿[3]（2019）在《渭河陕西段水沙变化对河流水质及细菌群落结构多样性的影响》文中研究指明中国河流普遍多沙。泥沙颗粒作为化学物质与微生物的载体,是陆地、地表水与沉积物物质能量信息流通的重要媒介,也是流域内部地球生物化学过程的重要参与者。由于河流泥沙来源复杂多样,且其迁移变化往往伴随着不同生境间的物理化学性质改变,加上传统微生物研究手段的局限性,颗粒物所带来的微生物生态影响往往难以被清晰的认识。本研究围绕“河流泥沙-水质-细菌群落生态效应”这一核心问题,选取渭河（陕西段）作为季节性多泥沙河流的代表,首先通过采样分析考察了悬浮物与沉积物的颗粒理化特征和溶解态与颗粒态有机物、氮、磷的时空变化规律,探明了渭河（陕西段）的水沙环境变化模式。在此基础上,采用末端限制性长度多态性（T-RFLP）和Illumina Miseq高通量测序技术解析了浮游细菌群落与沉积物细菌群落组成与多样性在不同水文时期的空间分布模式,通过CCA、RDA等方法识别了细菌群落变化的关键环境驱动因子,并辨析了泥沙浓度、氮磷含量、粒度特征等对水和沉积物细菌群落变化的贡献程度。最后,进一步探析了由颗粒迁移联通的流域不同生境之间的细菌群落组成与多样性差异,及颗粒特征变化在其中的贡献程度。从而系统阐明了泥沙变化对河流水质与细菌群落结构和多样性变化的影响。相关结果可以为渭河及同类季节性多泥沙河流水生态环境保护与管理提供新的依据和视角。本研究取得以下主要成果:（1）研究期渭河（陕西段）流域悬浮颗粒物浓度介于0.003g/L16.332g/L之间,丰水期干流TSS浓度均值是平水期的23倍、枯水期的58倍,悬浮颗粒物以粘粒和细粉砂为主（d（0.5）=7.34μm）。上游及北岸支流雨洪、关中流域农业非点源、城市市政排污和雨水径流是渭河（陕西段）TSS的主要来源,它们在不同水文季节的相对贡献差异,决定了TSS不同的空间变化规律。渭河干流2014年丰水期泥沙表现出在宝鸡段发生沉积,咸阳-西安段冲淤交杂,接受北岸支流来沙后最终在渭南段再次沉积的过程。不同河段的泥沙冲淤变化造成了沉积物粒度特征的空间差异。（2）丰水期渭河干流上游来沙TN与TP含量分别为11.28g/kg和5.31g/kg,泾河携沙TN与TP含量为8.21g/kg和4.65g/kg,氮磷含量丰富。这些外源颗粒使咸阳周至-渭南潼关段渭河干流颗粒态CODCr、TN和TP的占比达到49.3%、40.8%和98.8%,分别是其它时期CODCr、TN和TP颗粒态浓度的9、59和15倍,同时溶解态复杂有机物和溶解态有机氮的比例增加。RDA分析表明,TSS是不同时期水质变化的关键解释因子,对平、枯、丰三个水文季节综合水质变化的单独解释度为28.1%、2.0%和7.3%。相对于粒度特性,丰水期悬浮颗粒物浓度及颗粒TN、氨氮含量对河流水质空间变化的影响更为显着。河道水沙变化过程与流域土地利用方式共同塑造了不同水文时期渭河（陕西段）的水质空间格局。（3）浮游细菌群落Shannon多样性在1.422.91之间,整体呈现丰水期>平水期>枯水期的关系。细菌群落结构的季节变化大于空间变化,且在变化中维持着稳定的“核心”优势菌群,其中包含很多降解污染物的功能性物种,表明了渭河水体潜在的自净能力。TSS、溶解态TP和C/N比是不同季节渭河浮游细菌群落变化的关键驱动因子,其中TSS在平、枯、丰三季可以单独解释12.5%、23.5%和9.4%的细菌群落变化。丰水期高悬沙水体中变形菌门（Proteobacteria,46.7%56.4%）和拟杆菌门（Bacteroidetes,27.2%33.4%）为绝对优势门类,变形菌门中又以β-变形菌纲相对丰度最高,且干流δ-变形菌纲（4.99%6.29%）和?-变形菌纲（0.98%7.72%）的相对丰度高于其它大多数地表水。丰水期浮游细菌群落对32-63μm颗粒体积占比变化最敏感,不同菌群对不同粒度区间有特殊偏好。TSS浓度在丰、平、枯三个水文季节中,与同汛期雨洪、农业非点源和城市污染源相关的污染物降解菌群或指示菌群相对丰度存在显着相关关系。颗粒物的存在对增加平水期功能菌群占比具有积极意义,并在丰水期巩固“核心”浮游菌群的同时增加致病菌带来的河流健康风险。（4）沉积物细菌群落Shannon多样性指数介于1.053.18之间,在除丰水期外的大部分时期高于浮游细菌群落。颗粒为沉积物细菌群落提供了更复杂多样的生存空间。非度量多维尺度分析（NMDS）分析表明,不同水文季节里细菌群落在表层水和沉积物两类生境中存在明显分型,两类细菌群落具有不同的空间与季节演替方向。丰水期流域沉积物细菌群落优势T-RF从21/26条增加到31条,优势菌群种类更加丰富,且复杂的冲淤过程增加了沉积物细菌群落组成与多样性的空间差异。较粗的粒径与较高的重金属污染压力,使平水期西安段沉积物细菌群落多样性（2.37）低于干流其它点位,并出现代表金属耐受性菌群的优势T-RF片段。枯水期西安段沉积物颗粒是致病菌的“收纳所”,并为下游水体造成长期健康风险。多元直接梯度分析结果表明,在多类环境因子中,沉积物氮磷含量及粒度特征对细菌群落变化的影响程度在平水期和枯水期最为突出。（5）丰水期滨岸土壤细菌群落Shannon多样性高于浮游细菌群落与沉积物细菌群落。三类生境中细菌群落在门水平上的组成十分相近,但不同菌群的相对丰度有异,且此差异在精细的分类水平上表现更为充分。浮游细菌群落与土壤细菌群落在不同分类水平上均表现出更高的Bray-Curtis相似度。三元图分析表明ε-Proteiobacteria和Sphingobacteria在表层水中的丰度明显高于其它两类生境;Bacilli、Bacteriodia、Clostridia、Synergistia和Themoleophilia在沉积物样本中的丰度更高,而Nostocophycideae、Synechococcophycideae、Spartobacteria、Chloracidobacteria和Solibacteres在河滨土壤样本中的丰度更高。三种生境里都存在具有生境独特性的高丰度物种,且沉积物与土壤中数量比表层水更加丰富。汛期陆源物质输入与沉积物再悬浮对维持渭河浮游细菌群落中的低丰度物种具有重要意义,而流域土壤对稳定浮游细菌群落结构的贡献比沉积物更大。颗粒物硝氮含量与粒度特征指标可以解释研究区域三类生境间65.5%的细菌群落变化。粒度多样性和中值粒径是所选颗粒物理化性质指标中,影响丰水期渭河浮游细菌群落、沉积物细菌群落、土壤细菌群落结构差异最关键的因子。
董凯艳[4]（2018）在《基于定量系统评估的中国汉族人群胃癌个体化风险预测模型构建》文中进行了进一步梳理胃癌是全球常见的恶性肿瘤,其发病率和死亡率分别位于世界恶性肿瘤的第五位和第三位。中国是世界上胃癌的高发区,其发病率和病死率都处于非常高的水平,对个人健康、社会医疗乃至国家发展造成严重负担,因此阻止胃癌的发生发展对于中国的长足发展来说至关重要。由于早期胃癌发现和诊断的困难性,预防和治疗是缓解甚至解决胃癌负担的首要方针,这就需要了解个体在遗传基础、生产环境、生活方式和医疗卫生服务中存在的各种危险因素对胃癌的发生和发展的影响。胃癌的发生由多种因素经过多个阶段发展而成,幽门螺旋杆菌感染、吸烟、饮酒、高盐饮食等是目前已确认的胃癌危险因子,另外其他疾病、遗传等都会对个体胃癌的发生起到促进作用,其中,国内外的学者将多种通路的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）作为重点的遗传性因素来研究。因此,以中国汉族人群为基础,全面汇总分析胃癌危险因素来构建胃癌个体风险预测模型,预测个体胃癌的发病风险,继而为实施个体化干预奠定基础,最终达到减少胃癌发生、提高早期诊断、阻止胃癌发展、减轻疾病负担的目的。目的通过系统评价和meta分析汇总量化中国汉族人群胃癌的生物、环境和遗传易感危险因素的综合危险分数及胃癌发病概率,构建适用于中国汉族人群的胃癌发病风险个体化预测模型。方法（1）应用NoteExpress软件收集在2006-2017年,发表在相关数据库的以中国汉族人群为研究对象的胃癌生物、环境、遗传因素的研究资料,应用Review Manager 5.3软件进行meta分析,获得比值比（Odds ratio,OR）和95%置信区间（95%Confidence Interval,95%CI）,应用Stata 14.0软件评价发表偏倚。（2）参考Demchuk构建的多基因联合风险模型,评价多个基因对疾病风险的组合贡献;将汇总分析中得到的胃癌各危险因素的合并OR值作为危险度,确定基准发病比例和危险分数,最后再合并为组合危险分数。应用PowerBuilder 9.0软件的DataWindow功能实现胃癌发病风险的个体预测的简单操作。（3）以405例经医院确诊的胃癌病人为病例组,405例经性别年龄匹配的正常人为对照组作病例对照研究,运用聚合酶链式反应-限制性片段长度分析法（PCR-RFLP）对ERCC5 rs751402和ERCC5 rs17655位点进行基因分型。采用拟合优度检验对对照人群的基因型分布进行哈温平衡检验,使用非条件Logistic回归完成两个SNP与胃癌发生风险的关联性分析,以上分析均在SPSS 21.0软件上进行操作。结果（1）胃癌生物危险因素为幽门螺旋杆菌感染;环境危险因素包括吸烟、饮酒、胃癌家族史、食用腌制食品、不规律饮食、食用烫食、高盐饮食、食用烟熏煎炸食品、胃部疾病史、精神压抑;而遗传易感因素包括PSCA（rs2294008）CT、PSCA（rs2976392）AG、PRKAA1（rs13361707）CT+CC、PLCE1（rs2274223）GG+AG、GSTT1缺失型、GSTM1缺失型、NAT2M1 CT、MTHFR 677 CT、TNF-β-252 AG、ERCC2-312（rs1799793）AA、IL-1β-511 TT、IL10-1082 AG、XRCC1-194（rs1799782）CT+TT、COX-2 765（rs20417）CG、COX-2 1195 AA、mir-146a（rs2910164）GG、CDH1 160 CA、ADPRT 762 CC、IL17（rs2275913）AA+AG等19个基因型。（2）多基因联合风险模型显示,多种易感基因组合后,在人群中的分布频率和危险度与各单个基因在人群中的频率和危险度密切相关。基因组合数目越多,组合危险度越高,而发生的频率越低。根据meta分析得到的各危险因素的汇总OR值以及在人群中的频率,计算出各危险因素的危险分数以及组合危险分数,利用PowerBuilder软件结合组合危险分数的计算方法,构建并生成操作简单的适用于中国汉族人群的胃癌个体风险预测模型。（3）SNPs基因分型结果显示ERCC5 rs17655位点与胃癌密切相关,与野生纯合基因型CC相比,突变基因型GG能显着增加胃癌发病风险(OR调整:1.80,95%CI:1.20-2.71)。分层分析结果显示,ERCC5 rs751402的杂合基因型在年龄不超过50岁(OR调整:1.95,95%CI:1.09-3.49)的人群中能够增加患胃癌的风险。rs17655的野生基因型在年龄超过50岁的人群(OR调整:2.21,95%CI:1.35-3.61),男性(OR调整:1.78,95%CI:1.10-2.87),吸烟者(OR调整:2.13,95%CI:1.19-3.84),饮酒者(OR调整:2.78,95%CI:1.37-5.65)以及无肿瘤家族史(OR调整:1.81,95%CI:1.15-2.86)的人群中患胃癌的风险都会增加。结论（1）幽门螺旋杆菌感染、吸烟、饮酒、胃癌家族史、食用腌制食品、不规律饮食、食用烫食、高盐饮食、食用烟熏煎炸食品、胃部疾病史、精神压抑;PSCA（rs2294008）CT、PSCA（rs2976392）AG,PRKAA1（rs13361707）CT+CC、PLCE1（rs2274223）GG+AG、GSTT1缺失型、GSTM1缺失型、NAT2M1 CT、MTHFR 677 CT、TNF-β-252 AG、ERCC2-312（rs1799793）AA、IL-1β-511 TT、IL10-1082 AG、XRCC1-194（rs1799782）CT+TT、COX-2 765（rs20417）CG、COX-2 1195 AA、mir-146a（rs2910164）GG、CDH1 160 CA、ADPRT 762 CC、IL17（rs2275913）AA+AG等是中国汉族人群胃癌的危险因素。（2）本研究纳入共30个胃癌的生物、环境、遗传各通路的危险因素,并构建适合中国人使用的胃癌个体风险评估模型,预测具有不同危险因素的人群发病的风险,有利于进行胃癌高危人群的筛选和胃癌的早期诊断。（3）通过病例对照研究,发现rs751402和rs17655两个位点与胃癌发病风险的关系,为进一步完善以上风险预测模型提供基础。
王婷[5]（2017）在《胃溃疡患者胃部菌群结构分析及幽门螺杆菌分子进化研究》文中研究指明研究背景:胃溃疡（Gastric Ulcer,GU）是消化性溃疡的一种,全世界约5%-10%的人都患有过胃溃疡。胃作为消化系统中的重要组成部分,存在许多特殊的微生物群落组成的菌群结构。胃部微生物群落结构及其所执行的功能,尤其是与人类胃部疾病关系尚不明确。已有的少量研究多集中在胃部菌群结构与恶性胃部疾病（胃癌等）关系上,对胃溃疡患者胃部菌群结构的解读少之又少。胃溃疡患者胃部菌群结构特点及其与健康人群之间的差异亟待阐明。故本研究从消化道微生态角度出发,利用16S r DNA高通量测序技术和生物信息学方法,分析胃溃疡患者与健康人群胃窦组织菌群结构特点及差异,构建胃溃疡显着特异性菌群构成图谱,并筛选疾病显着相关的关键菌群或菌种,进一步对从患者胃窦组织分离的幽门螺杆菌（Helicobacter pylori,H.pylori）,进行分子进化研究,并结合患者胃部菌群结构进行关联分析。本研究将为胃部菌群结构与胃溃疡发生发展关系及内在机制的阐明打下基础,同时为胃溃疡的临床治疗提供新的思路。方法:收集胃溃疡患者和健康查体人员胃窦组织样本,提取样品的总DNA,PCR扩增16S r DNA基因V3-V4可变区,产物使用Illumina Mi Seq高通量测序仪测序。下机数据经预处理获得每个样本的高质量序列。进一步进行OTU划分、共有OTU分析及分类地位鉴定考查样本在各分类水平的OTU分布情况。通过绘制稀疏曲线、物种累积曲线、丰富等级曲线等评价菌群α多样性。根据样本在各分类学水平的组成和序列分布,比较每个分类单元在两组之间的丰度差异,并以热图展示。通过主成分分析与非度量多维尺度分析,评价菌群结构的β多样性。根据优势属在不同样本中的丰度分布,建胃部优势微生物类群的关联网络。从胃溃疡患者胃窦组织中分离培养H.pylori,PCR扩增cag A基因的3’端可变区序列,产物测序后用于绘制系统发育树。分析Cag A蛋白羧基端EPIYA位点特征并结合患者胃部菌群结构进行关联分析。结果:本研究采集健康人胃窦组织样本10例,胃溃疡患者胃窦组织样本9例。细菌16S r DNA的v3-v4区扩增结果显示,所有样本在500bp左右有明显条带,所获目的片段纯度较高,满足测序要求。对下机数据预处理后,OTU分析发现,健康组在各分类水平上的OTU数均显着高于胃溃疡组,两组之间共有OTU1172个,健康组独有OTU 413个,胃溃疡组92个。样本间α多样性评估证实测序量与测序深度足以覆盖胃内细菌种属,两组样本含有的物种丰富程度和均匀程度良好。对比健康人和胃溃疡患者胃部菌群α多样性发现,在抽取相同数目序列情况下,健康组观察到的物种数、chao1指数和Shannon多样性指数均高于疾病组。将OTU注释到各分类水平,来自30个菌门的250多个菌属被鉴定出来。所有胃窦粘膜样本中优势菌门均依次为:变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门。胃溃疡组和健康组相比丰度有显着差异的细菌门类依次为:拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、酸杆菌门、梭杆菌门、放线菌门、软壁菌门、绿弯菌门、互养菌门。在属水平上,胃溃疡组螺杆菌属的丰度明显高于健康组,而在乳球菌属、拟杆菌属、放线菌属等19个属上,丰度显着低于健康组。菌群结构的Beta多样性分析发现,健康组和胃溃疡组的组间微生物群落结构差异明显,相似度较低。网络分析显示,胃内优势菌属主要分为两个典型集团,两集团间枢纽为螺杆菌属。从胃溃疡患者胃窦组织中分离鉴定得到9株H.pylori,分离率100%。cag A基因扩增结果显示,9株菌在500-800bp左右均有明显条带。分子进化分析发现,9株菌均为东亚型。Cag A蛋白羧基端多态性位点分析显示,JLU-1和JLU-9为EPIYA-ABDD型,JLU-4为EPIYA-AB型,其余均为EPIYA-ABD型。结合患者胃部菌群结构进行关联分析,结果显示EPIYA-D位点的数目与患者胃部H.pylori的相对丰度呈正相关。结论:1.本研究应用细菌16S r DNA高通量测序技术,对9例胃溃疡患者和10例健康人进行胃部菌群分布分析发现:胃溃疡患者和健康人胃部均存在大量变形菌门、拟杆菌门、放线菌门和厚壁菌门细菌;胃溃疡患者的胃部菌群,在门水平上以变形菌门为主（占80%）,属水平上以螺杆菌属为主（占50%）;与健康人相比,胃溃疡患者胃部菌群分布均匀度差、多样性明显降低,在变形菌门、拟杆菌门、放线菌门等9个门及螺杆菌属、乳球菌属、放线菌属等20个属的丰度上具有显着差异。2.本研究从9例长春地区胃溃疡患者胃窦组织中均分离得到H.pylori,基于cag A基因绘制系统进化树,发现分离的H.pylori的cag A均为东亚型。3.首先发现长春地区胃溃疡患者H.pylori临床分离株Cag A蛋白羧基端EPIYA-D位点的重复性可能与H.pylori在患者胃部的定植有关。
张旻[6]（2017）在《基于菌株水平研究宿主与环境对双歧杆菌肠道定植的影响》文中认为影响肠道细菌定植的因素是多种多样的,总体来说可分为环境相关因素和宿主相关因素。环境因素包括饮食、地理位置和出生时的分娩方式等,宿主相关因素包括疾病、性别、年龄及宿主自身基因型等。菌株间差异,特别是在肠道微生物中数量最多与最重要的一些种,其种内不同菌株间的差异,吸引了越来越多的研究关注。双歧杆菌作为人类肠道有益菌的代表,数量可达到10100亿个/克,对宿主的代谢与健康起关键作用。但由于双歧杆菌菌株水平的鉴定或分型比较困难,其同一种内的菌株的16S rDNA同源性几乎达到100%,所以到目前为止,对人体肠道中双歧杆菌具体到菌株水平的研究非常缺乏,不同宿主体内定植的菌株之间到底存在多大差异,什么原因导致了这种差异,体内定植菌株的差异与宿主和环境之间有什么样的关系,尚知之甚少。本课题建立了基于管家基因扩增与测序的双歧杆菌多位点序列分型方案,评估了其用于菌株水平分型的可行性;采用该分型方法,以儿童和成年双胞胎、同卵和异卵双胞胎为模型,在菌株水平分析了环境和宿主因素对人体肠道定植的长双歧杆菌长亚种（BL）的影响;进一步从自双胞胎肠道分离的35株不同序列型（STs）的BL代表菌株中筛选具有生物标记序列、可特异性检测的菌株,建立了3株BL菌株在复杂样本中的特异性定量检测技术;运用该检测方法,采用C57和Balb/c两个品系无特定病原（specific pathogen free,SPF）小鼠,经3株菌于不同品系幼鼠肠道的植入结果比较及停止植入后成年小鼠在高脂和正常饮食下菌株长期存续性的比较,进一步证实了菌株定植受宿主基因型和饮食的影响,揭示了双歧杆菌肠道定植过程是受菌株、宿主及环境综合影响与选择的结果,对于了解肠道双歧杆菌与宿主代谢的相互作用具有重要意义,同时也为开发和筛选更具宿主或特定环境适应性的个性化益生菌菌株提供了理论依据。本研究中,以实验室现存57株双歧杆菌为模板,经评估从12个管家基因位点中选择了7个合适的管家基因位点dnaJ、purF、rpoB、clpC、fusA、gyrB和ileS及相应引物用于双歧杆菌MLST分型,得到的等位基因部分序列长度从387bp（dnaJ）到1015bp（rpoC）不等,将57株双歧杆菌归入了28个STs,其中28株长双歧杆菌长亚种菌株归入了12个STs,表明该MLST方案具有较好的分辨力,适用于肠道双歧杆菌菌株水平分型。选取儿童组双胞胎和成年组双胞胎,作为生活在相同环境和不同环境的模型组,童年组和成年组分别包括两对同卵双胞胎和一对异卵双胞胎,代表相同宿主基因型和不同宿主基因型。持续8个月采集粪便样本,检测其中总双歧杆菌含量发现:成年组粪便中双歧杆菌含量从8.40-9.21 lg cfu/g不等,儿童组含量从9.57-10.40 lg cfu/g不等,且同对双胞胎之间总双歧杆菌含量更为相似。从上述双胞胎志愿者粪便中分离获得了577个双歧杆菌分离株（isolates）,经16S rRNA基因序列鉴定,其中345株为长双歧杆菌长亚种,采用上述MLST菌株分型方案将345株BL分离株归入了35个STs、82个独立菌株（individual strains）。经e-Burst和START2.0软件分析发现:从同一个体分离到的菌株被归入2至7个STs不等,而不相关个体间（非双胞胎间）未发现相同ST的菌株,表明个体肠道的BL分离株具有高度的多样性和特异性;同时发现,有8个STs在同对双胞胎内单系存在,比较各组双胞胎对内部相同STs分离株的重合比例发现,儿童组（相同环境）与成年组（不同环境）分离株STs重合比例差异显着,儿童同卵组（相同环境,相同宿主基因型）分离株STs重合比例与儿童异卵组（相同环境,不同宿主基因型）无显着性差异,而成年同卵组分离株STs重合比例显着高于成年异卵组。这表明,在稳定的肠道菌群形成之前,环境因素是影响儿童时期肠道双歧杆菌菌株型的主要因素,而此后在成年期,有哪些特定菌株可以长期稳定定植可能不仅受环境因素影响,宿主基因型也起一定的作用。进一步地,选取上述来自双胞胎肠道的35株不同序列型长双歧杆菌长亚种代表菌株,经20条随机引物RAPD分析,结合克隆测序技术,筛选具有特征标记序列的菌株,并以特征序列为靶点设计菌株特异性引物,最终获得3株BL菌株（N58、L2和A45）及相应的特异性扩增引物N58-152、L2-182和A45-184。采用qRT-PCR技术,建立了3株菌的选择性定量检测方法,结果表明,对以小鼠新鲜粪便悬液为基础制备的不同含量的N58、A45和L2标准曲线样品,分别采用相应菌株引物进行定量检测,其标准曲线线性相关性和扩增效率均较好,可用于粪便中目标菌株的定量检测,检测限值为目标菌株含量1.0×105 cfu/g至2.0×109 cfu/g之间。为证实在双胞胎肠道菌株型分析中初步发现的,宿主基因型可能对肠道定植菌株型产生的影响,引入动物实验模型,采用上述3株可定量检测的长双歧杆菌长亚种菌株,进一步验证宿主基因型与饮食结构对菌株定植的影响。将N58、A45和L2菌株经培养后以每日各2.0×109 cfu同时植入C57和Balb/c两个品系3周龄的幼鼠肠道,并持续至8周龄末,检测粪便、结肠和盲肠内容物中各菌株含量的变化,结果发现:各菌株于小鼠肠道含量逐渐增加,至6周龄末（灌胃28天）之后保持稳定;虽每日以相同数量同时植入小鼠,但达到稳定时各菌株含量不仅表现出显着的菌株间差异,且在不同基因型小鼠中表现有所不同,灌胃42天后,BL-C57组小鼠各菌株含量为A45（8.67 lg cfu/g）>N58（8.22 lg cfu/g）>L2（7.53 lg cfu/g）,BL-Balb/c组各菌株含量为N58（9.01 lg cfu/g）>A45（8.51 lg cfu/g）>L2（7.88 lg cfu/g）,表明各菌株于幼鼠肠道植入量受到菌株自身特性和宿主基因型的双重影响。随后,为观察经幼年期持续植入而到达肠道的菌株于成年小鼠体内的长期存续性（persistence）,以及成年期不同饮食习惯对此产生的影响,于各组小鼠9周龄始停止菌株植入,分别以高脂与正常饮食饲喂,检测不同位点菌株含量变化。结果发现:1.与正常饮食组相比,几乎所有高脂饮食组小鼠粪便和结肠中菌株存续天数均明显缩短,表明高脂饮食显着影响了BL菌株在小鼠肠道内的定植,导致其含量迅速降低,其中A45菌株受高脂饮食影响最大,在两组高脂饮食小鼠的粪便和结肠中存续天数仅分别为11天和14天;2.正常饮食下,两种基因型小鼠中A45菌株的存续天数无差异（粪便中均为18天,结肠中均为21天）,L2和N58菌株则表现出较明显的宿主差异（C57小鼠粪便中存续天数分别为21天和28天,Balb/c小鼠中粪便中两株菌存续天数均为18天）,表明L2和N58菌株对C57小鼠肠道更好的适应性;3.高脂饮食下,除L2菌株在C57小鼠结肠中存续天数高于Balb/c组（分别为21天和14天）,其余菌株在两种基因型小鼠粪便和肠内容物中存续天数一致,未表现出宿主差异,表明在高脂饮食下由宿主基因型引起的对菌株存续性的影响较弱;4.第一阶段菌株植入期结束时,三株菌于C57小鼠肠道的含量依次为:N58>A45>L2,在Balb/c小鼠中依次为:A45>N58>L2,然而,第二阶段菌株存续性比较结果却发现,起始植入含量最低的L2却在成年小鼠中具有较强的存续性,相反,起始植入含量较高的A45在各实验组中都表现为存续时间最短,这一结果表明,小鼠幼年期经植入获得最多数量的菌株,停止植入后,却不一定在与宿主、饮食结构的相互适应与选择中占优势,其体内长期存续性和定植能力与该菌株对特定宿主基因型和饮食结构的适应能力有关。综上,本研究基于菌株水平对双歧杆菌定植能力受宿主、饮食及菌株自身等因素差异化影响的探讨,提示我们未来在益生菌菌株筛选及定植能力评估时,需综合考虑如人群特点、年龄与饮食习惯等多种影响因素。
柳文进[7]（2015）在《污蝇杆菌表型和基因组分析及检测方法的研究》文中认为污蝇解壳杆菌（Wohlfahrtiimonas chitiniclastica）,简称污蝇杆菌是一种新发现的革兰氏阴性条件致病菌。至今已经在6个国家发现了感染该菌的病例,宿主包括人、鹿、海豚和鲶鱼等。这种细菌可以引起宿主的菌血症以及其他组织感染,其已经在国内被发现,但人们对它的了解还比较少。本课题主要以污蝇杆菌SH04菌株为研究对象,对该菌株的生理生化特性和全基因组测序结果进行了分析,并对两株已测序的污蝇杆菌的基因组进行比较与初步分析,最终建立了污蝇杆菌特异性的快速检测方法。培养该菌株的最佳培养基成分（g/L）:酵母浸粉35,NaCl 10;最佳培养条件:pH 6.5-7.0,温度37℃。然后对其生理生化特性进行了分析,结果表明该菌株为革兰氏阴性菌,严格好氧;在Biolog系统包含的95种碳源中,系统判定为阳性的有24种,边缘值的有6种;可以合成氧化酶、过氧化氢酶、蛋白酶和几丁质酶。在30种常用抗生素中,只对万古霉素、克林霉素和苯唑青霉素具有较强的抗性;菌株全细胞水解液中含有meso-DAP;主要的磷脂种类为PE、PS和PG。该菌株基因组中包含1971个CDS。所有CDS总长度为1.88 Mb,占基因组总长度的92.87%,这些CDS平均长度为1002 bp,平均GC含量为44.21%,在经过注释后,有1601个CDS被预测拥有生物学功能。在基因组序列中共找到1套16S/23S/5S rDNA操纵子,45个tRNA基因,50个串联重复序列,48个转座子,18个IS序列以及两处CRISPR序列。对两株已测序的污蝇杆菌的基因组进行分析后发现,它们基因组共线性良好,没有出现大片段的插入、缺失、倒位和异位等现象,两株菌的核心基因组有1786个CDS。在此基础上利用Taqman real-time PCR方法建立了污蝇杆菌的特异性快速检测方法。该方法具有良好的特异性,重复性试验的变异系数均小于2%,灵敏度为19CFU/反应（20 μL反应体系）。
谢希晖[8]（2012）在《毛细管电泳法检测基因突变及其在胃癌早期诊断中的应用研究》文中研究说明肿瘤通常是指机体在各种致癌因素作用下,由于某些特定染色体上的DNA损伤引起体细胞发生突变而导致其克隆性异常增生形成的新生物。胃癌在我国作为消化道高发的恶性肿瘤之一,其发病率和病死率居各种恶性肿瘤前列。然而传统的胃癌诊断方法无法打破早期诊断的瓶颈-预警,往往错过了最佳治疗时间,降低了术后生存率。近年来,伴随着分子遗传学和分子生物学的不断发展以及基因工程技术的不断进步,胃癌的基因研究也取得了较大的进展。本文第一章阐述了引发胃癌的各种因素,以及与胃癌发生相关的基因；另外对目前基因突变检测技术及影响毛细管电泳（CE）分离的各种因素及参数进行了总结。本研究采用CE结合单链构象多态性分析（SSCP）及限制性片段长度多态性分析（RFLP）方法首先通过检测胃癌组织样本中胃癌相关基因突变,筛选出高突变频率基因。然后选取具有易于获取且携带大量遗传信息的胃癌患者外周静脉血液作为检测对象,通过检测高突变频率基因的基因突变实现胃癌早期预测诊断,辅助胃癌临床早期诊断及指导临床分子药物治疗。第二章以传统的PCR技术扩增胃癌患者癌变及正常组织样品中原癌基因C-myc和抑癌基因APC、p16目的基因片段,扩增样品分别采用CE-SSCP、 CE-RFLP、聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）-SSCP、直接测序分析检测上述基因突变,并将检测结果进行简单比较,筛选出高突变频率基因。结合前期实验数据,统计结果显示,总突变率由高到低依次为：p53（33.3%）>APC（30.0%）>C-myc （20.0%）>k-ras （13.3%）>p16（5.0%）。CE-SSCP检测方法可作为大规模临床样品中基因突变的检测方法。P53基因与APC基因突变与胃癌的发生发展密切相关。第三章,第四章通过优化毛细管电泳参数建立血液中快速检测肿瘤基因突变的方法,以此方法为基础检测胃癌患者外周静脉血液样品中基因突变,并以健康受试者外周静脉血液作为对照。首先,以血液中提取的基因组DNA为模板,PCR扩增经胃癌组织部分实验筛选出的四种高突变频率基因。然后,扩增样品、变性样品和酶切样品分别经直接测序分析、CE-SSCP和CE-RFLP检测基因突变,统计总突变率。检测结果显示总突变率为p53（30.1%）>APC （24.6%）>C-myc（19.2%）>k-ras（11.0%）,四种基因同时检测累积检出率可达84.9%。同时联合检测这四种基因,可提高检出率。结合临床病历资料分析基因突变与病例特性之间的关系。统计结果显示,p53和APC基因突变与胃癌分化程度相关,C-myc和K-ras基因在有淋巴结转移组基因突变率高于无淋巴结转移组。四种基因参与胃癌的发生、发展全过程,可作为胃癌早期预测诊断的检测指标。CE在DNA分离分析应用方面具有高效、高灵敏度、快速、准确等优点。胃癌的发生发展与基因突变密切相关,通过毛细管电泳法检测基因突变,建立胃癌临床早期预测诊断的方法有据可依。本研究最终结果显示通过检测胃癌患者外周静脉血液样品中四种基因的基因突变可以对早期胃癌的发生进行预测。
王婷婷[9]（2012）在《肠道菌群结构变化与结直肠癌发生发展关系的研究》文中进行了进一步梳理结直肠癌是发生在人体下消化道结肠或直肠部位的恶性肿瘤。在世界范围内,其发病率和死亡率均位居各种癌症的前三位,对人类健康构成巨大的威胁。近几十年来,流行病学调查和分子、细胞生物学研究都表明,饮食是影响结直肠癌发病率的最重要因素。而饮食成分对癌症的影响,则很大程度上通过人体肠道细菌的代谢活动来达成。肠道菌群以人体内的营养成分维持生存和代谢,与人体共同对外界的环境因素做出反应,进行代谢和免疫活动,维持人体健康。人体健康受损和疾病的发生发展,与肠道菌群结构和功能的失调密切相关。因此,本论文的研究目的是通过动物模型和人群群组研究等手段,研究在结直肠癌的发生发展过程中肠道菌群的变化规律,用以更好地理解肠道菌群对于维持人体健康的重要意义。首先,我们以化学致癌剂1, 2-二甲肼诱导大鼠结肠内发生癌前病变异常隐窝病灶（ACF）,选取此过程中的两个时间点对大鼠的肠道菌群结构进行分析。我们用末端限制性片段长度多态性（T-RFLP）和本论文所建立的荧光核糖体RNA基因限制性片段分析（f-DRT）这两种DNA指纹图谱技术,以及454焦磷酸测序技术结合多变量统计学方法对细菌16S rRNA基因序列多样性进行描述,并用以代表肠道菌群的多样性。主成分分析（PCA）和UniFrac主坐标分析（PCoA）结果显示,在化学致癌剂注射的一周后,造模组大鼠的肠道菌群整体结构与未造模对照组并没有明显差异;在注射七周之后,造模组大鼠的体重、脾重等健康指标与对照组大鼠没有明显差异,而结肠内出现了明显的ACF（37.7±2.6个/全结肠）。此时该组动物的肠道菌群整体结构相对于未见明显ACF的对照组,也显示出了显着的差异。根据454测序数据建立偏最小二乘法判别模型（PLS-DA）,我们找出了13个在区分两组动物肠道菌群中起到显着作用的细菌类群。这其中,有一类细菌与卵形瘤胃球菌（Ruminococcus obeum）具有99.3%的序列相似度,另一类与Allobaculum stercoricanis具有93.7%的序列相似度,它们在发生了结肠ACF的造模组大鼠肠道菌群中的丰度显着高于对照组（p<0.05）,与本实验室用变性梯度凝胶电泳（DGGE）研究同一批样本得到的结论一致;而其他的11类细菌在造模组大鼠肠道菌群中的丰度则显着低于对照组（p<0.05）。这部分实验结果表明,当动物肠道内发生极早期的癌前病变,而尚未对其健康状态造成明显影响时,其肠道菌群就已经发生了显着的变化。因此,肠道菌群的结构变化特征可能作为一项重要的生物学指标,用于对宿主的健康状态作出预测。而同时,癌前病变过程中,肠道菌群的这一类显着变化,即一些关键细菌种类的增加或缺失,可能在结肠癌的早期发展过程中起到一定的影响作用。随后,我们通过针对上海常住居民的群组研究,对结直肠癌患者肠道菌群结构的特征进行了描述。本研究选取46例结直肠癌患者和56例健康对照志愿者的粪便样品作为研究对象,以454焦磷酸测序技术结合多变量统计学方法检测细菌16S rRNA基因V3区的多样性。我们发现,结直肠癌患者的肠道菌群整体结构与健康对照人群具有显着的差异,其中拟杆菌门（Bacteroidetes）细菌在结直肠癌患者肠道中的数量显着偏低,而变形菌门（Proteobacteria）细菌则显着偏高。利用冗余分析（RDA）,我们找出了48个在两类人群肠道菌群结构的差异中最为关键的细菌类群。这其中,有4类细菌均属于拟杆菌属,但其变化特征并不一致:一类与脆弱拟杆菌（Bacteroides fragilis）具有98.1%的序列相似度的细菌在结直肠癌患者肠道中丰度较高;而两类分别与普通拟杆菌（Bacteroides vulgatus）具有100.0%和98.7%的序列相似度的细菌、以及一类与单形拟杆菌（Bacteroides uniformis）具有97.5%的序列相似度的细菌则在健康个体肠道中丰度较高。另外,一些可能是条件致病菌的细菌在结直肠癌患者的肠道中丰度更高,它们分别属于肠球菌属（Enterococcus）、埃希氏杆菌/志贺氏杆菌属（Escherichia/Shigella）、克雷伯氏杆菌属（Klebsiella）、链球菌属（Streptococcus）和消化链球菌属（Peptostreptococcus）等。而另一方面,产丁酸盐的罗氏菌属（Roseburia）,以及毛螺菌科（Lachnospiraceae）的其他丁酸盐产生菌在健康个体肠道中丰度更高。我们还以人体内绝大部分丁酸盐产生菌的丁酸盐产生途径必需基因:丁酰-辅酶A辅酶A转移酶基因（Butyryl-coenzyme A CoA transferase gene）为分子标签,通过实时定量PCR的方法验证了结直肠癌患者肠道中丁酸盐产生菌数量的显着减少（Mann-Whitney检验,p<0.01）。这部分实验结果表明,结直肠癌患者的肠道菌群相比于健康人,出现了整体失调的现象,而这一现象的主要特征就是对肠道健康有益的丁酸盐产生菌的减少,以及对健康有害的条件致病菌的增加。综上所述,本论文通过动物模型研究发现,随着结肠内发生癌前病变ACF,大鼠的肠道菌群结构发生了显着的变化;而通过基于大规模人群的群组比较分析,也发现了结直肠癌患者中普遍存在着肠道菌群结构失调的现象。宿主肠道菌群结构的变化不但在结直肠癌发生的最早期阶段即已发生,而且可能伴随并影响结直肠癌的整个发生发展过程。本论文的研究成果提示,肠道菌群的结构变化可以作为一个灵敏的生物学指标,用于监测宿主健康状态,预测和评价宿主罹患结直肠癌的风险;而本论文所揭示的与结直肠癌相关的菌群结构变化特征也将有助于更深入地研究宿主和肠道菌群之间在代谢和免疫等方面的相互作用,并揭示菌群在结直肠癌发生发展过程中的作用。
任莉[10]（2011）在《宿主体内幽门螺杆菌基因组多态性分析及形成机制研究》文中研究指明目的:幽门螺杆菌是一种革兰阴性的螺旋杆菌,普遍存在于人类的胃黏膜。它在人类胃部长期的定植可以导致不同的临床疾病,如:慢性胃炎、胃溃疡,甚至胃癌。其高效定植需要的先决条件在于幽门螺杆菌的高度进化与适应性。高度的遗传多态性与高效的随机重组是幽门螺杆菌两大特征,这种特征表现为每个感染患者的幽门螺杆菌几乎都有独特的基因组大小、基因顺序、遗传信息以及等位基因谱。此外,同一株菌的不同变异体可能生存于同一宿主的胃内,互相作为一个潜在的基因型储备,一旦宿主体内出现新的选择压力,最具适应性的基因型将在新平衡中成为优势菌群,保证了菌株的长期定植。研究发现,幽门螺杆菌的微进化可能导致宿主体内菌株的基因型发生变异以及胃内优势菌群发生变化,不仅可能与耐药和复发有关,还可能影响胃上皮细胞相关的信号转导和代谢通路,以此影响疾病的进程。对宿主体内感染菌株的基因多态性和变异性进行研究分析,确定其变异规律和致病机制,也能有针对性地解决幽门螺杆菌感染治疗中易出现的复发和耐药难题。目前,国外对幽门螺杆菌的基因多态性进行了较为广泛的研究,并运用多种方法检测单个宿主幽门螺杆菌的基因型多态性,但研究结果尤其是多态性百分比报道不一,由10%至67%不等。而国内针对宿主体内幽门螺杆菌基因多态性与致病性的研究还是空白。中国地区有着独特的生活习惯和饮食文化,中国地区患者体内的幽门螺杆菌基因多态性必将呈现其独有的特征。同时,本实验室前期培养过程中发现,一些临床株的原代培养单菌落在传代后不能生长,我们据此猜测传代过程中可能会存在基因型的丢失。要真实地反映宿主体内幽门螺杆菌基因组多态性,必须对过往研究方法进行改良。因此,本实验以幽门螺杆菌原代单菌落为研究对象,通过随机扩增多态性DNA（RAPD）的方法检测患者体内幽门螺杆菌的基因组多态性。并通过患者体内幽门螺杆菌原代培养和传代培养RAPD图谱的比较,验证传代过程中基因型丢失的假设,进一步证实宿主体内基因组多态性的广泛性。在明确宿主体内幽门螺杆菌基因组多态性的基础上,为了分析并初步探索这种多态性现象的形成机制,本实验还将应用多位点序列分型（MLST）的方法探寻这种宿主体内的基因多态性现象的变异来源。此外,作为一级致癌因子（grade I carcinogen）,幽门螺杆菌在致癌过程中所起的重要作用一直非常受到关注。sabA基因作为幽门螺杆菌在定植过程中重要的黏附素,在长期定植以及致癌过程中有可能发挥重要的作用。同时,中国幽门螺杆菌的高感染率和高基因多态性百分比是否与地域和文化之间的差异有关,仍有待研究。因此,本实验还将对毒力因子sabA基因进行遗传信息多态性的研究。方法:1.采用常规方法分离培养2009-2010年间中国杭州和重庆的幽门螺杆菌临床株,并从原代培养平皿上随机挑取18-24个单菌落,提取单菌落基因组DNA,使用属特异性的16S rDNA引物通过聚合酶链反应（ PCR）对菌落进行鉴别。选用三个随机引物（1254, 1281和A11）来检测原代菌落并建立原代RAPD图谱。以各菌落的所有扩增条带完全相同为一种基因型,分别比较每个患者的基因型数目以确定其多态性。国际标准株26695的传代菌落作为对照,以鉴定RAPD系统的稳定性。其中随机选取20名患者的原代分离培养物持续培养3代后,挑取18-24个单菌落以同样的方法进行RAPD的检测,并对原代和传代的RAPD图谱进行比较。同时,用Fisher精确检验法检测基因型数目与临床疾病之间的相关性。2.为探寻同一患者不同基因型的变异来源,运用多位点序列分型（MLST）的方法,分别对随机选取的30名患者不同基因型的6个管家基因（atpA, efp, ppa, trpC, ureI and yphC）进行扩增。对扩增的产物进行纯化后测序。序列比较由DNAssist 2.0软件完成。通过各位点序列差异判断其变异来源。3.采用PCR及测序和比较基因组方法分析42株国内癌症及癌前病变患者的幽门螺杆菌sabA基因CT双核苷酸重复序列调节区多态性。采用SPSS 12.0统计软件的Fisher’s精确检验方法对阳性率与疾病的关系进行统计分析,采用MEGA 5.0聚类软件的construct UPGMA tree功能聚类分析。结果:1.对116名患者体内分离幽门螺杆菌的RAPD检测结果显示宿主体内的基因多态性非常普遍。在最初用随机引物1254检测的结果中,宿主体内幽门螺杆菌存在多种基因型的比例为83.6%。在使用3种随机引物检测后,基因多态性百分比达到99.1%,仅在一名胃炎患者中发现存在单一基因型。同一宿主内有2-3种基因型在消化不良、胃炎、消化性溃疡的患者占大多数,其比例分别为100%、91.4%和77%。同一宿主内有4种基因型主要出现在消化性溃疡、萎缩性胃炎（癌前病变）和癌症患者中,且比例相当,分别为20%、20%和17%。同一宿主内有5种基因型只在消化性溃疡、萎缩性胃炎（癌前病变）和癌症患者中发现,其比例分别为3%、20%和33%,呈梯度上升。临床疾病分类与基因型数目之间有相关性（P<0.05）。对其中20名患者的幽门螺杆菌传代RAPD图谱和原代图谱的比较分析发现,经体外传代3次后90%患者（18/20）的幽门螺杆菌基因型减少到只有一种,另外2名患者的基因型减小为2种,大部分基因型由于无法适应体外培养环境而丢失。2.对30名患者不同基因型的菌落进行多位点序列分析结果表明,26名患者不同基因型菌落的6个管家基因序列是完全相同的。另外3名患者只有atpA位点DNA序列有部分无义点突变,氨基酸序列没有影响。而另1名严重复合型溃疡患者的其中一种基因型所拥有的yphC位点不仅DNA序列有13个碱基突变,也导致了氨基酸序列的4个氨基酸的改变,其中一个颠换（UAT变成UAG）导致了一个新的终止子产生,提前终止了翻译过程。由于每名患者都至少有5个管家基因序列是完全相同的,可认为宿主体内的基因多态性来自同一菌株的变异。3. sabA基因调节区的阳性检测率为85%,功能性sabA基因占所有测序菌株的55%。对随机挑选的18株检测阳性的菌株进行测序分析,结果显示在碱基水平及蛋白质水平存在显着的遗传多态性。对sabA基因调节区的氨基酸序列聚类分析中发现,本研究的中国菌株与国际已经完成测序的7株幽门螺杆菌可以明显的分为两个组,即中国组与西方组。结论:1.宿主体内幽门螺杆菌基因组多态性现象在中国地区非常普遍;临床疾病分类和患者体内幽门螺杆菌RAPD基因型数目有相关性。原代培养物在传代培养后基因型减少。2.患者体内的基因组多态性主要来源于同一菌株的变异。3. sabA基因CT双核苷酸重复序列调节区在中国菌株中普遍存在,且在翻译水平有很显着的多态性,含有功能性sabA基因的幽门螺杆菌菌株多态性存在明显的地域性分布差异。
二、Whole Cag A Gene Amplification of Helicobacter pylori and Its Fingerprinting by Restriction Fragment Length Polymorphism（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Whole Cag A Gene Amplification of Helicobacter pylori and Its Fingerprinting by Restriction Fragment Length Polymorphism（论文提纲范文）
（1）连朴饮加减方治疗克拉霉素耐药幽门螺杆菌相关性胃炎的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 第一部分 Hp与王氏连朴饮的相关研究 |
| 1 Hp的流行病学特征 |
| 2 Hp的微生物学特征 |
| 2.1 Hp的形态学特征 |
| 2.2 Hp的菌体动力特征 |
| 2.3 Hp的生化特性 |
| 2.4 Hp的分布特征 |
| 3 Hp的致病机制研究 |
| 3.1 Hp的免疫损害 |
| 3.2 Hp的毒力因子 |
| 4 Hp的致病机理学说 |
| 4.1 漏屋顶(leking roof)假说 |
| 4.2 胃泌素(gastrin-link)假说 |
| 5 Hp与脾胃湿热证关系密切 |
| 6 Hp与王氏连朴饮的相关研究 |
| 6.1 连朴饮的方证研究 |
| 6.2 连朴饮加减方药味研究 |
| 6.3 连朴饮加减方前期研究基础 |
| 第二部分 连朴饮加减方对克拉霉素耐药幽门螺杆菌的体外抑菌作用研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 连朴饮加减方的组成与制备 |
| 2.2 实验仪器和设备 |
| 2.3 实验试剂 |
| 2.4 患者筛选 |
| 2.5 微生物实验耗材制备 |
| 2.6 克拉霉素耐药Hp的制备 |
| 2.7 耐药性幽门螺杆菌的冻存与复苏 |
| 3 结果 |
| 3.1 临床幽门螺杆菌培养结果 |
| 3.2 六种抗生素药敏结果 |
| 3.3 连朴饮加减方药敏结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 胃粘膜的选择 |
| 4.2 Hp的分离 |
| 4.3 Hp的鉴定 |
| 4.4 培养基的选择 |
| 4.5 培养环境的选择 |
| 4.6 用于筛选的抗生素 |
| 4.7 菌株的冻融与复苏 |
| 4.8 菌株的筛选 |
| 第三部分 连朴饮加减方对克拉霉素耐药HAG小鼠胃炎疗效的研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验动物 |
| 2.2 实验仪器和设备 |
| 2.3 实验试剂 |
| 2.4 造模克拉霉素耐药幽门螺杆菌菌液的制备 |
| 2.5 干预药物的制备 |
| 2.6 动物模型建立 |
| 2.7 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 小鼠一般情况 |
| 3.2 小鼠小肠长度对比 |
| 3.3 胃粘膜W-S银染色对比 |
| 3.4 血清IL-6、TNF-α浓度对比 |
| 4 讨论 |
| 4.1 造模方式 |
| 4.2 药物浓度的调整 |
| 4.3 Hp球形变解读 |
| 4.4 胃粘膜Warthin-Starry银染色结果 |
| 4.5 各组血清TNF-α、IL-6 浓度的解读 |
| 4.6 中药与抗生素联合治疗的思考 |
| 第四部分 连朴饮加减方对克拉霉素耐药性HAG小鼠胆汁酸代谢的研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 药品与试剂 |
| 2.2 仪器与设备 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.4 数据分析与处理 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 总体胆汁酸差异对比 |
| 3.2 组间含量有统计学差异胆汁酸 |
| 4 讨论 |
| 4.1 胆汁酸的生理功能 |
| 4.2 胆汁酸与Hp的相关研究 |
| 4.3 Hp与“肝”的证素研究 |
| 第五部分 连朴饮加减方对克拉霉素耐药性HAG小鼠肠道菌群的研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 药品与试剂 |
| 2.2 仪器与设备 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.4 数据处理过程和参数 |
| 2.5 统计学分析 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 肠道菌群多样性分析 |
| 3.2 门水平物种组成结构分析 |
| 3.3 组间属水平差异分析 |
| 3.4 LEfSe多级物种差异判别分析 |
| 3.5 Net Work分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 Hp与肠道菌群 |
| 4.2 Hp的不同治疗方式对肠道菌群的影响 |
| 全文讨论 |
| 1 连朴饮加减方疗效的综合评判 |
| 2 问题与展望 |
| 3 创新点 |
| 3.1 沟通临床和科研的造模方式 |
| 3.2 多组学分析全面反映中药的整体调节效应 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 附录一:综述 幽门螺杆菌相关性胃炎的中西医研究进展与面临的问题 |
| 参考文献 |
| 附录二 胆汁酸质谱MRM采集参数表 |
| 附录三 攻读博士学位期间取得的成果 |
| 致谢 |
（2）基于AFLP及UHPLC-MS/MS技术的广藿香优良种质筛选与评价（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 序言 |
| 1.1 广藿香现代研究概况 |
| 1.1.1 广藿香化学成分研究 |
| 1.1.2 广藿香药理作用研究 |
| 1.1.3 广藿香繁殖技术研究 |
| 1.1.4 广藿香分子生药学研究 |
| 1.2 AFLP分子标记方法在药用植物中的应用概况 |
| 1.3 LC-MS在植物代谢组学中的应用概况 |
| 1.4 本课题研究的主要内容及意义 |
| 第二章 广藿香AFLP反应体系的优化及引物筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 仪器与试剂 |
| 2.1.3 反应体系优化 |
| 2.1.4 引物筛选 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 基因组DNA提取与检测 |
| 2.2.2 酶切 |
| 2.2.3 连接 |
| 2.2.4 预扩增 |
| 2.2.5 选择性扩增 |
| 2.2.6 引物筛选 |
| 2.3 讨论与小结 |
| 第三章 基于AFLP分子标记的广藿香遗传多样性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 仪器与试剂 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 广藿香基因组DNA提取 |
| 3.2.2 预扩增结果 |
| 3.2.3 选择性扩增结果 |
| 3.2.4 数据分析 |
| 3.3 讨论与小结 |
| 3.3.1 广藿香遗传多样性水平 |
| 3.3.2 广藿香种群遗传结构 |
| 3.3.3 广藿香种群间的遗传关系 |
| 第四章 基于UHPLC-MS/MS的广藿香非靶标代谢组学研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 仪器与试剂 |
| 4.1.3 实验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 代谢物检测 |
| 4.2.2 代谢物鉴定 |
| 4.2.3 代谢物定量 |
| 4.2.4 差异代谢物筛选 |
| 4.3 讨论与小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.1.1 广藿香AFLP反应体系的优化及引物筛选 |
| 5.1.2 基于AFLP分子标记的广藿香遗传多样性分析 |
| 5.1.3 基于UHPLC-MS/MS的广藿香非靶标代谢组学研究 |
| 5.1.4 广藿香优良种质评价 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 |
（3）渭河陕西段水沙变化对河流水质及细菌群落结构多样性的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 研究背景及意义 |
| 1.2 国内外研究进展 |
| 1.2.1 泥沙对地表水理化环境的影响 |
| 1.2.2 泥沙的地表水微生物生态效应 |
| 1.2.3 决定泥沙水生态环境效应的关键因素 |
| 1.2.4 地表水微生物群落特征研究中的分子生物技术 |
| 1.3 主要研究内容及技术路线 |
| 1.3.1 研究目的 |
| 1.3.2 研究内容 |
| 1.3.3 技术路线 |
| 2 渭河陕西段水沙特征及其对水质变化的影响 |
| 2.1 渭河近年水沙特性分析 |
| 2.1.1 渭河水沙量年际变化 |
| 2.1.2 年内丰平枯规律 |
| 2.1.3 南北支流含沙量差异 |
| 2.1.4 颗粒级配特征 |
| 2.2 采样及实验方法 |
| 2.2.1 研究区域及采样点设置 |
| 2.2.2 采样方法 |
| 2.2.3 分析方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 渭河陕西段泥沙理化特征 |
| 2.3.2 渭河陕西段含沙水体水质特征 |
| 2.3.3 影响渭河陕西段水化学特性的关键环境因子 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 泥沙的来源、特征与汛期冲淤行为 |
| 2.4.2 水质空间格局由水沙变化过程与流域土地利用方式共同塑造 |
| 2.4.3 总氮控制是当前渭河(陕西段)水质管理的关键 |
| 2.5 小结 |
| 3 水沙变化条件下的浮游细菌群落演替特征及驱动因子 |
| 3.1 实验方法 |
| 3.1.1 样点布设及采样方法 |
| 3.1.2 T-RFLP分析方法 |
| 3.1.3 细菌宏基因组测序 |
| 3.2 数据处理方法 |
| 3.2.1 群落多样性分析 |
| 3.2.2 群落相似性分析 |
| 3.2.3 细菌群落结构多样性与环境因子的排序分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 浮游细菌群落多样性分析 |
| 3.3.2 浮游细菌群落优势T-RF片段丰度构成 |
| 3.3.3 浮游细菌群落结构相似性聚类分析 |
| 3.3.4 不同时期浮游细菌群落结构的环境驱动因子识别 |
| 3.3.5 丰水期浮游细菌群落物种结构分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 季节性多沙条件下的浮游细菌群落结构多样性特征 |
| 3.4.2 浮游细菌对水体污染的指示作用以及渭河潜在的自净能力 |
| 3.4.3 丰水期水沙过程对浮游细菌群落的生态影响 |
| 3.4.4 不同水文季节里与颗粒物对浮游细菌群落的影响机制 |
| 3.5 小结 |
| 4 水沙变化条件下的沉积物细菌群落演替特征及驱动因子 |
| 4.1 实验及分析方法 |
| 4.1.1 样品采集与理化分析 |
| 4.1.2 T-RFLP实验与分析方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 沉积物细菌群落多样性分析 |
| 4.2.2 沉积物细菌群落优势T-RF片段构成 |
| 4.2.3 沉积物细菌群落结构相似性聚类分析 |
| 4.2.4 不同水文时期关键环境因子的识别 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 沉积物细菌群落多样性特征及其与浮游细菌群落的差异 |
| 4.3.2 丰水期水沙过程对沉积物细菌群落的影响 |
| 4.3.3 各类环境因子对沉积物细菌群落变化的贡献程度 |
| 4.4 小结 |
| 5 沉积物与滨岸土壤对丰水期浮游细菌群落的影响 |
| 5.1 研究方法 |
| 5.1.1 研究区域与样品的采集 |
| 5.1.2 理化性质的测定 |
| 5.1.3 分子微生物检测分析方法 |
| 5.1.4 数据统计分析方法 |
| 5.2 结果及分析 |
| 5.2.1 悬浮物、沉积物与河滨土壤颗粒理化性质分析 |
| 5.2.2 细菌群落多样性分析 |
| 5.2.3 基于T-RFLP的细菌群落结构差异分析 |
| 5.2.4 三类生境中细菌的物种构成 |
| 5.2.5 流域细菌群落的环境影响因子识别 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 河流表层水、沉积物及河滨土壤细菌群落的异同 |
| 5.3.2 沉积物与河滨土壤对浮游细菌群落的影响程度 |
| 5.3.3 颗粒粒度特征是流域不同生境间细菌群落差异的重要解释因子 |
| 5.4 小结 |
| 6 结论与展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 论文的创新点 |
| 6.3 本研究的局限及对下一步工作的展望 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的论文及获奖情况 |
| 致谢 |
（4）基于定量系统评估的中国汉族人群胃癌个体化风险预测模型构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词表 |
| 1 前言 |
| 2 材料方法 |
| 2.1 中国汉族人群为研究对象的胃癌危险因素筛选与定量系统评价 |
| 2.1.1 胃癌危险因素的检索与收集 |
| 2.1.2 文献资料分析 |
| 2.1.3 统计学分析 |
| 2.2 胃癌个体风险预测模型的建立 |
| 2.2.1 风险预测模型的纳入变量 |
| 2.2.2 多基因联合危险度分析模型 |
| 2.2.3 胃癌个体风险评估模型 |
| 2.3 两个易感基因SNPs的实验验证 |
| 2.3.1 实验仪器 |
| 2.3.2 实验试剂 |
| 2.3.3 溶液的配制 |
| 2.3.4 研究方法 |
| 2.3.5 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 胃癌危险因素的定量系统评价 |
| 3.1.1 定量系统评价文献筛选结果 |
| 3.1.2 meta分析结果 |
| 3.1.3 敏感性分析 |
| 3.1.4 发表偏倚 |
| 3.2 胃癌风险预测模型的构建 |
| 3.2.1 纳入风险预测模型中的因素变量 |
| 3.2.2 单个基因/位点的危险度评价 |
| 3.2.3 多基因联合危险度评价 |
| 3.2.4 胃癌风险预测模型的构建 |
| 3.3 ERCC5 rs751402和rs17655位点与胃癌发病风险关联的研究 |
| 3.3.1 研究对象的一般情况 |
| 3.3.2 基因型结果判定 |
| 3.3.3 对照组Hardy-Weinberg平衡的检验 |
| 3.3.4 两个基因多态性位点与胃癌易感性关联分析 |
| 3.3.5 两个位点与胃癌易感性关联分层分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 胃癌的危险因素 |
| 4.2 胃癌个体化风险预测模型 |
| 4.2.1 多基因联合作用模型 |
| 4.2.2 胃癌个体化风险预测模型 |
| 4.3 ERCC5两个SNPs与胃癌关系的分析 |
| 4.4 本研究的优缺点 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 |
| 1 风险预测模型的概述 |
| 2 肿瘤风险预测模型 |
| 2.1 肺癌预测模型 |
| 2.2 乳腺癌预测模型 |
| 2.3 前列腺癌预测模型 |
| 参考文献 |
| 个人简历及学术论文发表情况 |
| 致谢 |
（5）胃溃疡患者胃部菌群结构分析及幽门螺杆菌分子进化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 胃溃疡概述 |
| 1.1.1 胃溃疡的发病诱因 |
| 1.1.2 胃溃疡的治疗方法 |
| 1.2 胃部菌群和H. pylori |
| 1.3 细菌 16S rDNA高通量测序技术 |
| 第二章 胃部菌群结构研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 研究对象 |
| 2.2.2 试剂与仪器 |
| 2.2.3 标本采集及运送 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 胃粘膜相关菌群总DNA分离、提取、纯化和检测 |
| 2.3.2 16S rDNA的v3-v4区的扩增、纯化与回收 |
| 2.3.3 建库、库检和测序 |
| 2.3.4 下机数据预处理 |
| 2.3.5 OTU分析 |
| 2.3.6 菌群Alpha多样性分析 |
| 2.3.7 菌群的分类组成分析 |
| 2.3.8 菌群结构的Beta多样性分析 |
| 2.3.9 网络分析 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 胃部菌群 16s rDNA v3-v4区的电泳结果 |
| 2.4.2 OTU分析 |
| 2.4.3 菌群Alpha多样性分析 |
| 2.4.4 菌群的分类组成分析 |
| 2.4.5 菌群结构的Beta多样性分析 |
| 2.4.6 网络分析 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 H. pylori的分子进化研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 研究对象 |
| 3.2.2 试剂与仪器 |
| 3.2.3 培养基 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 H.pylori培养、鉴定及冻存 |
| 3.3.2 H.pylori总DNA提取、纯化和检测 |
| 3.3.3 cag A基因目的片段的扩增、回收及测序 |
| 3.3.4 CagA蛋白羧基端EPIYA位点特征分析 |
| 3.3.5 EPIYA型别与其在胃部的相对丰度关联分析 |
| 3.4 结果 |
| 3.4.1 生物学特性 |
| 3.4.2 cag A基因的基因多态性 |
| 3.4.3 系统进化树的构建 |
| 3.4.4 CagA蛋白羧基端EPIYA位点特征分析 |
| 3.4.5 EPIYA型别与其在胃部的相对丰度关联分析 |
| 3.5 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间所取得的科研成果 |
| 致谢 |
（6）基于菌株水平研究宿主与环境对双歧杆菌肠道定植的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 人体微生物组研究 |
| 1.1.1 人体微生物组概述 |
| 1.1.2 人体微生物组研究计划 |
| 1.1.3 微生物组分析技术 |
| 1.2 肠道菌群与健康 |
| 1.3 影响肠道菌群定植的因素 |
| 1.3.1 环境因素 |
| 1.3.2 年龄 |
| 1.3.3 性别 |
| 1.3.4 宿主基因型 |
| 1.3.5 其它相关因素 |
| 1.4 肠道菌群菌株水平研究 |
| 1.4.1 菌株水平研究的必要性 |
| 1.4.2 菌株水平研究进展 |
| 1.5 双歧杆菌 |
| 1.5.1 双歧杆菌概述 |
| 1.5.2 双歧杆菌肠道定植 |
| 1.5.3 双歧杆菌的生理功能及应用 |
| 1.5.4 双歧杆菌菌株-宿主相互作用研究 |
| 1.5.5 双歧杆菌鉴定技术研究进展 |
| 1.6 本研究所涉及的相关生物学技术 |
| 1.6.1 多位点序列分型(MLST) |
| 1.6.2 随机引物扩增多态性分析(RAPD) |
| 1.6.3 实时荧光定量PCR |
| 1.7 本课题的研究意义和目的 |
| 1.7.1 本课题的研究意义 |
| 1.7.2 本课题研究内容和拟达到的研究目的 |
| 参考文献 |
| 第二章 双歧杆菌多位点序列分型技术的建立 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验菌株 |
| 2.2.2 保存与培养条件 |
| 2.2.3 主要试剂 |
| 2.2.4 主要仪器 |
| 2.2.5 细菌基因组DNA提取 |
| 2.2.6 管家基因位点及引物 |
| 2.2.7 管家基因扩增反应条件优化 |
| 2.2.8 琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.2.9 扩增片段测序 |
| 2.2.10 序列型分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 双歧杆菌菌株活化与基因组DNA提取 |
| 2.3.2 基因位点选择与扩增条件优化 |
| 2.3.3 序列测定与菌株分型分析 |
| 2.4 讨论 |
| 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第三章 双胞胎肠道双歧杆菌菌株型影响因素分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 志愿者招募 |
| 3.2.2 主要试剂 |
| 3.2.3 主要仪器 |
| 3.2.4 粪便样本收集 |
| 3.2.5 双歧杆菌计数与分离 |
| 3.2.6 双歧杆菌种水平鉴定 |
| 3.2.7 管家基因扩增与测序 |
| 3.2.8 数据分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 双胞胎肠道双歧杆菌计数 |
| 3.3.2 双歧杆菌菌株分离和鉴定 |
| 3.3.3 长双歧杆菌长亚种分离株管家基因扩增与序列分析 |
| 3.3.4 分离株序列型分析与独立菌株确定 |
| 3.3.5 双胞胎肠道长双歧杆菌长亚种菌株型的相似度比较分析 |
| 3.4 讨论 |
| 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第四章 菌株特异性定量检测技术建立 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验菌株 |
| 4.2.2 菌株保存与活化方法 |
| 4.2.3 主要试剂 |
| 4.2.4 主要仪器 |
| 4.2.5 双歧杆菌基因组DNA提取 |
| 4.2.6 粪便DNA提取 |
| 4.2.7 随机引物扩增多态性分析 |
| 4.2.8 特异条带纯化与克隆测序 |
| 4.2.9 引物设计与验证 |
| 4.2.10 活菌计数方法 |
| 4.2.11 荧光定量PCR |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 RAPD图谱与特异性条带 |
| 4.3.2 菌株特征条带克隆测序与特异引物设计 |
| 4.3.3 扩增条件优化与特异性引物筛选 |
| 4.3.4 粪便DNA提取与引物验证 |
| 4.3.5 定量检测方法与标准曲线建立 |
| 4.4 讨论 |
| 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第五章 宿主基因型和饮食对双歧杆菌菌株在小鼠肠道定植的差异化影响 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 实验菌株 |
| 5.2.2 保存与培养方法 |
| 5.2.3 主要试剂 |
| 5.2.4 主要仪器 |
| 5.2.5 实验动物 |
| 5.2.6 灌胃 |
| 5.2.7 粪便收集 |
| 5.2.8 肠道内容物收集 |
| 5.2.9 菌株含量检测 |
| 5.2.10 小鼠分组与实验设计 |
| 5.2.11 动物实验技术路线 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 幼年期菌株植入 |
| 5.3.2 成年期菌株存续性(persistence)比较 |
| 5.4 讨论 |
| 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第六章 全文总结 |
| 论文的创新性 |
| 展望 |
| 附录1 缩写词列表 |
| 附表 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表论文和申请专利 |
（7）污蝇杆菌表型和基因组分析及检测方法的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 前言 |
| 1.1 污蝇杆菌概述 |
| 1.2 细菌分类与鉴定 |
| 1.3 细菌分类鉴定的具体研究方法 |
| 1.3.1 细菌的表型特征 |
| 1.3.2 基于遗传学的分类鉴定 |
| 1.4 微生物基因组学 |
| 1.4.1 微生物基因组学发展历史 |
| 1.4.2 细菌基因组学研究内容 |
| 1.4.3 微生物基因组学研究的应用 |
| 1.4.4 基因组测序技术的发展 |
| 1.5 微生物特异性快速检测方法 |
| 1.5.1 方法概述 |
| 1.5.2 Real-time PCR技术 |
| 1.6 本研究的意义及内容 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 菌株 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器与设备 |
| 2.1.4 主要培养基 |
| 2.2 污蝇杆菌SH04生理生化特性研究 |
| 2.2.1 污蝇杆菌SH04的Biolog鉴定 |
| 2.2.2 污蝇杆菌SH04酶学特性 |
| 2.2.3 污蝇杆菌SH04抗生素敏感性实验 |
| 2.3 污蝇杆菌SH04培养条件优化 |
| 2.4 污蝇杆菌SH04培养特性观察 |
| 2.5 污蝇杆菌SH04化学特性分析 |
| 2.5.1 全细朐水解液氨基酸分析 |
| 2.5.2 磷脂类脂组成分析 |
| 2.6 污蝇杆菌SH04全基因组分析 |
| 2.6.1 非编码RNA基因预测 |
| 2.6.2 噬菌体相关基因的预测 |
| 2.6.3 插入序列及重复序列的预测 |
| 2.6.4 编码序列的预测与功能基因的注释 |
| 2.6.5 毒力因子的预测 |
| 2.7 污蝇杆菌比较基因组学分析 |
| 2.7.1 共线性分析 |
| 2.7.2 蛋白质功能的比较 |
| 2.8 污蝇杆菌荧光定量PCR快速检测方法的研究 |
| 2.8.1 引物探针的设计与合成 |
| 2.8.2 污蝇杆菌荧光定量PCR扩增体系和反应条件条件 |
| 2.8.3 污蝇杆菌荧光定量PCR特异性分析 |
| 2.8.4 污蝇杆菌荧光定量PCR灵敏度分析 |
| 2.8.5 污蝇杆菌荧光定量PCR检测可重复性分析 |
| 2.8.6 污蝇杆菌荧光定量PCR对模拟样品的检测 |
| 3 结果与讨论 |
| 3.1 污蝇杆菌SH04的生理生化特性 |
| 3.1.1 污蝇杆菌SH04的Biolog鉴定结果 |
| 3.1.2 污蝇杆菌SH04酶学特性 |
| 3.1.3 污蝇杆菌SH04抗生素敏感性实验 |
| 3.2 污蝇杆菌SH04培养条件的优化 |
| 3.3 污蝇杆菌SH04形态学特征 |
| 3.4 污蝇杆菌SH04的化学特性分析 |
| 3.5 污蝇杆菌SH04的全基因组分析 |
| 3.5.1 污蝇杆菌SH04全基因组概况 |
| 3.5.2 Non-coding RNA基因注释 |
| 3.5.3 重复序列注释 |
| 3.5.4 插入序列 |
| 3.5.5 功能基因注释 |
| 3.5.6 毒力因子分析 |
| 3.6 污蝇杆菌的比较基因组学分析 |
| 3.6.1 共线性分析 |
| 3.6.2 蛋白质功能的比较 |
| 3.7 污蝇杆菌荧光定量PCR快速检测方法的研究 |
| 3.7.1 污蝇杆菌荧光定量PCR特异性检测结果 |
| 3.7.2 污蝇杆菌荧光定量PCR灵敏度测试结果 |
| 3.7.3 污蝇杆菌荧光定量PCR检测可重复性实验结果 |
| 3.7.4 污蝇杆菌荧光定量PCR模拟实验结果 |
| 4 结论 |
| 5 展望 |
| 6 参考文献 |
| 7 攻读硕士学位期间发表论文情况 |
| 8 致谢 |
（8）毛细管电泳法检测基因突变及其在胃癌早期诊断中的应用研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1 胃癌及胃癌发生相关基因突变分析方法概述 |
| 1.1 胃癌概述 |
| 1.2 胃癌发生相关突变基因介绍 |
| 1.2.1 ras基因 |
| 1.2.2 C-myc基因 |
| 1.2.3 p53基因 |
| 1.2.4 APC基因 |
| 1.2.5 p16基因 |
| 1.3 基因突变分析方法 |
| 1.4 毛细管电泳技术在基因突变检测中的应用 |
| 2 论文立题依据和技术路线 |
| 2.1 立题依据 |
| 2.2 技术路线 |
| 3 研究内容 |
| 3.1 胃癌组织中基因突变检测及高突变频率基因筛选研究 |
| 3.2 胃癌患者外周静脉血液样品中基因突变检测方法建立及样品分析 |
| 3.3 临床胃癌早期预测诊断方法建立及应用 |
| 参考文献 |
| 第二章 胃癌组织中胃癌相关特异性基因突变检测及高突变频率基因筛选研究 |
| 第一节 胃癌组织中抑癌基因APC和p16基因突变检测 |
| 1 引言 |
| 2 实验部分 |
| 2.1 仪器与试剂 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 组织DNA提取,引物设计及PCR扩增 |
| 2.3.2 PCR产物纯化及电泳检测 |
| 2.3.3 PAGE-SSCP检测 |
| 2.3.4 CE-SSCP检测 |
| 2.3.5 CE-RFLP检测 |
| 2.3.6 DNA测序分析 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 pUC19 DNA/Msp Ⅰ(HpaⅡ)DNA Marker最佳分离条件 |
| 3.2 PCR纯化产物电泳检测结果 |
| 3.3 PAGE-SSCP检测组织样品结果 |
| 3.4 CE-SSCP检测组织样品结果 |
| 3.5 CE-RFLP检测组织样品结果 |
| 3.6 DNA序列分析结果 |
| 4 讨论 |
| 第二节 毛细管电泳检测胃癌组织中原癌基因C-myc基因突变 |
| 1 引言 |
| 2 实验部分 |
| 2.1 仪器与试剂 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 组织DNA提取,引物设计及PCR扩增 |
| 2.3.2 琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物 |
| 2.3.3 PAGE-SSCP检测 |
| 2.3.4 DNA测序分析 |
| 2.3.5 PCR产物酶切 |
| 2.3.6 CE-SSCP和CE-RFLP检测 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 琼脂糖凝胶电泳检测C-myc扩增产物 |
| 3.2 PAGE-SSCP检测C-myc基因结果 |
| 3.3 CE-SSCP检测C-myc基因结果 |
| 3.4 DNA序列分析结果 |
| 3.5 CE-RFLP检测C-myc基因结果 |
| 3.6 C-myc基因突变与临床病例特性关系 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三章 血液中肿瘤基因突变检测方法的建立及在p53和k-ras基因突变热点检测中的应用 |
| 1 引言 |
| 2 实验部分 |
| 2.1 仪器与试剂 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 血液DNA提取 |
| 2.3.2 引物设计及PCR扩增 |
| 2.3.3 毛细管电泳检测条件优化 |
| 2.3.4 琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物 |
| 2.3.5 临床样品检测前处理 |
| 2.3.6 CE-SSCP和CE-RFLP检测 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 DNA提取及含量测定结果 |
| 3.2 琼脂糖凝胶电泳结果 |
| 3.3 毛细管电泳检测条件优化结果 |
| 3.3.1 毛细管电泳参数DNA Maker考察结果 |
| 3.3.2 毛细管电泳检测临床样品参数考察结果 |
| 3.4 CE-SSCP检测临床血液样品结果 |
| 3.5 CE-RFLP检测临床血液样品结果 |
| 3.6 p53基因及k-ras基因突变与临床病例特性关系 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第四章 毛细管电泳法结合基因测序研究胃癌血液中APC和C-myc基因突变与临床病例因素之间的关系 |
| 1 引言 |
| 2 实验部分 |
| 2.1 仪器与试剂 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 血液DNA提取 |
| 2.3.2 PCR扩增APC及C-myc基因 |
| 2.3.3 临床样品检测前处理 |
| 2.3.4 CE-SSCP和CE-RFLP检测 |
| 2.3.5 APC和C-myc基因扩增样品直接测序分析 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 PCR扩增产物检测结果 |
| 3.2 APC和C-myc基因CE-SSCP检测结果 |
| 3.3 APC和C-myc基因CE-RFLP检测结果 |
| 3.4 直接测序结果 |
| 3.5 APC和C-myc基因突变与临床病例特性关系 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第五章 研究结论 |
| 1 胃癌组织中相关基因突变检测及高突变频率基因筛选 |
| 2 胃癌患者外周静脉血液样品中高突变频率基因检测及临床病例特性之间的关系 |
| 3 胃癌早期诊断方法预建立 |
| 硕士期间发表的论文及参与的科研工作 |
| 致谢 |
（9）肠道菌群结构变化与结直肠癌发生发展关系的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 引言 |
| 1.1 结直肠癌的研究现状 |
| 1.1.1 结直肠癌概述 |
| 1.1.2 结直肠癌的发生和发展 |
| 1.1.3 与结直肠癌发病相关的因素 |
| 1.2 肠道菌群与人体健康关系的研究 |
| 1.2.1 肠道菌群的组成 |
| 1.2.2 肠道菌群与宿主（人体）的相互作用 |
| 1.2.3 肠道菌群结构与功能的研究方法 |
| 1.2.4 多变量统计学在肠道菌群与健康相关研究中的应用 |
| 1.3 结直肠癌与肠道菌群关系的研究进展 |
| 1.3.1 促进结直肠癌发生的共生菌及其代谢物 |
| 1.3.2 抑制结直肠癌发生的共生菌及其代谢物 |
| 1.3.3 结直肠癌患者/高危人群的肠道菌群组成 |
| 1.3.4 益生菌/益生元对结直肠癌的预防和治疗作用 |
| 1.4 小结 |
| 参考文献 |
| 第二章 结肠癌癌前病变过程中大鼠肠道菌群结构的动态分析 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 动物和采样 |
| 2.1.2 动物解剖及异常隐窝病灶（ACF）的测定 |
| 2.1.3 粪便样本总DNA 的提取 |
| 2.1.4 16S rRNA 基因全长扩增和V3 区片段扩增 |
| 2.1.5 DNA 指纹图谱分析 |
| 2.1.6 454 测序及序列分析 |
| 2.1.7 多变量统计分析 |
| 2.1.8 重要OTU 代表序列的登录号 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 大鼠健康状况监测和结肠ACF 计数 |
| 2.2.2 大鼠肠道菌群结构的动态监测 |
| 2.2.3 与两组大鼠肠道菌群结构差异密切相关的细菌种类的鉴定 |
| 2.2.4 454 测序与DGGE 结果的比较 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 本章小结与展望 |
| 参考文献 |
| 第三章 结直肠癌患者和健康人肠道菌群结构差异的比较研究 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 志愿者招募及采样 |
| 3.1.2 DNA 提取 |
| 3.1.3 16S rRNA 基因V3 高变区片段扩增和454 测序 |
| 3.1.4 生物信息学和统计分析 |
| 3.1.5 实时定量PCR |
| 3.1.6 核酸登录号 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 序列多样性分析 |
| 3.2.2 结直肠癌患者和健康人肠道菌群在门水平上的比较 |
| 3.2.3 结直肠癌患者和健康人肠道菌群在门以下水平上的比较 |
| 3.2.4 实时定量PCR 结果 |
| 3.2.5 结直肠癌患者与健康人肠道菌群整体结构的差异 |
| 3.2.6 和两组人群肠道菌群结构差异显着相关的细菌种类鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结与展望 |
| 参考文献 |
| 本论文的创新性 |
| 附录1 一种基于荧光检测的rDNA 限制性片段分析方法的建立及其在检测微生物群落结构变化方面的应用 |
| 附录2 人粪便分离菌株Enterococcus spp.的体外培养和转录组学测序cDNA 样品制备方法的建立 |
| 附录3 缩写及全名 |
| 附录4 通用溶液及培养基配方 |
| 附录5 仪器设备 |
| 致谢 |
| 学术论文、专利和参与的科研课题 |
（10）宿主体内幽门螺杆菌基因组多态性分析及形成机制研究（论文提纲范文）
| 英文缩略表 |
| 英文摘要 |
| 中文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 随机扩增多态性 DNA(RAPD)方法对患者体内幽门螺杆菌基因组多态性的调查分析 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 多位点序列分型(MLST)方法对患者体内幽门螺杆菌基因组多态性形成机制的初步研究 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第三部分 幽门螺杆菌sabA 基因多态性的研究 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 全文总结 |
| 不足与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 文献综述 幽门螺杆菌基因组多态性和相关机制的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 |
四、Whole Cag A Gene Amplification of Helicobacter pylori and Its Fingerprinting by Restriction Fragment Length Polymorphism（论文参考文献）
- [1]连朴饮加减方治疗克拉霉素耐药幽门螺杆菌相关性胃炎的研究[D]. 丁辛. 湖北中医药大学, 2021(01)
- [2]基于AFLP及UHPLC-MS/MS技术的广藿香优良种质筛选与评价[D]. 刘晓莹. 广东药科大学, 2020(01)
- [3]渭河陕西段水沙变化对河流水质及细菌群落结构多样性的影响[D]. 刘睿. 西安理工大学, 2019(10)
- [4]基于定量系统评估的中国汉族人群胃癌个体化风险预测模型构建[D]. 董凯艳. 郑州大学, 2018(12)
- [5]胃溃疡患者胃部菌群结构分析及幽门螺杆菌分子进化研究[D]. 王婷. 吉林大学, 2017(01)
- [6]基于菌株水平研究宿主与环境对双歧杆菌肠道定植的影响[D]. 张旻. 上海交通大学, 2017(08)
- [7]污蝇杆菌表型和基因组分析及检测方法的研究[D]. 柳文进. 天津科技大学, 2015(05)
- [8]毛细管电泳法检测基因突变及其在胃癌早期诊断中的应用研究[D]. 谢希晖. 兰州大学, 2012(09)
- [9]肠道菌群结构变化与结直肠癌发生发展关系的研究[D]. 王婷婷. 上海交通大学, 2012(07)
- [10]宿主体内幽门螺杆菌基因组多态性分析及形成机制研究[D]. 任莉. 第三军医大学, 2011(12)