一、揭示核糖体结构的秘密（论文文献综述）
张永康[1]（2021）在《水体污染物磷酸三（1，3-二氯-2-丙基）酯对鱼类生长发育的影响及作用机制研究》文中指出磷酸三（1,3-二氯-2-丙基）酯（TDCIPP）作为溴代阻燃剂的主要代替品之一,通常被添加到各种产品中。作为一种添加型阻燃剂,TDCIPP在其制造、使用、处置和回收过程中容易释放到周围环境中,并最终通过各种途径进入到自然水域,造成水体污染。目前在世界范围内的各种水生介质中频繁检测到TDCIPP的存在。因此,水体污染物TDCIPP对水生生物（如鱼类）的潜在危害值得关注。本研究在实验室先前研究的基础上以斑马鱼为实验模型,开展二代暴露实验,探究了环境相关浓度TDCIPP对F1代斑马鱼的生长、性腺发育、生殖细胞损伤及子代发育的影响及可能的作用机制。在此基础上,以自然水域中的常见鱼类鲫为实验模型,研究了TDCIPP对鲫生长的影响,并揭示了TDCIPP抑制鱼类生长潜在的分子机制。（1）完成了环境相关浓度（0、50、500和5000 ng/L）TDCIPP两代暴露对F1代斑马鱼幼鱼生长影响的研究。相比于F0代,TDCIPP对F1代斑马鱼的生长抑制更加强烈;生长激素/胰岛素样生长因子（GH/IGF）轴上相关基因（gh、igf1、igf2b）表达显着下调,并且相比于第一代,F1代斑马鱼鱼体内TDCIPP的含量显着升高。这表明随着暴露时间及暴露代数的增加,TDCIPP在斑马鱼体内蓄积量升高,并导致了更强烈的生长抑制效应。（2）完成了TDCIPP对F1代斑马鱼性腺发育及子代生长影响的研究。F1代持续暴露至受精后150天（dpf）,雌性斑马鱼的累计产卵量和性腺体质常数（GSI）显着降低,与性腺发育相关的基因（igf3）显着下调,但对雄鱼性腺发育无显着影响。虽然观察到下丘脑-垂体-性腺（HPG）轴上少数基因表达发生改变,但卵巢组织切片及血浆性激素水平未发生显着变化,表明TDCIPP可能主要通过抑制igf3的表达从而抑制雌性斑马鱼的性腺发育。TDCIPP暴露引起了斑马鱼精子活力下降,卵细胞表面受精孔异常,这导致了子代胚胎受精率下降。并且母代（F1代）暴露于TDCIPP可导致子代（F2代）斑马鱼的生长抑制。（3）探究了TDCIPP通过母体传递对子代存活及生长的影响及其可能的作用机制。结果表明,母体暴露于TDCIPP诱发了子代斑马鱼幼鱼的生长抑制,且在子代的卵细胞中检测到了一定浓度的TDCIPP（约1 ng/个胚胎）,然而正常的胚胎中注射等量的TDCIPP后斑马鱼幼鱼的存活和生长无显着变化。而母体暴露于TDCIPP后子代卵细胞中部分m RNA及蛋白质的浓度发生显着变化,并且这些变化与斑马鱼早期胚胎发育有关。这表明生物物质的改变可能在TDCIPP母体传递毒性效应中发挥重要作用。（4）研究了TDCIPP对自然水域中常见鱼类鲫生长的影响并探讨了潜在的分子机制。结果表明TDCIPP可通过抑制垂体ghs基因的表达及生长激素（GH）的分泌从而抑制鲫的生长。离体暴露、分子对接及双荧光素酶报告基因实验证实TDCIPP可直接作用于垂体细胞并通过结合生长激素释放激素受体（GHRHR）激活环磷酸腺苷（c AMP）信号通路促进ghs基因的表达。但在生理条件下（内源性激素水平正常）,TDCIPP会干扰生长激素释放激素（GHRH）与GHRHR的结合,进而抑制ghs基因的表达,导致鲫生长抑制。
王宏泽[2]（2021）在《玉米多重病害抗性位点qLMchr7的图位克隆及功能解析》文中进行了进一步梳理玉米是世界三大粮食作物之一,同时也是我国第一大作物,保障玉米的产量和品质对于我国粮食安全和国民经济发展至关重要。然而,我国主要玉米产区常年受到玉米大斑病（东北产区）,玉米南方锈病（黄淮海产区）以及玉米灰斑病（西南山地产区）的危害,严重影响了我国玉米行业的发展。目前,防治玉米病害最经济有效的方法,是利用抗病基因去培育并推广抗病品种。因此,鉴定并克隆抗病基因,尤其是能够同时提升玉米对多种病害产生抗性的基因,对于培育抗病品种、防治玉米病害、增加玉米产量和品质有十分重要的意义。为了在玉米中克隆具有同时对抗多种病害的基因,我们对一个具有多病害抗病相关表型（类病斑表型）的大刍草导入系材料C117展开了研究。通过遗传学和分子生物学分析的方法,我们对多病害抗病基因进行了图位克隆,并对其功能进行了解析,得到的结果如下:1.利用C117和其背景材料Mo17配合的F2群体,我们在C117中寻找到了 3个控制类病斑表型的QTL位点。其中效应值最大的qLMchr7位于玉米第7号染色体bin 7.00上,正向控制类型斑表型。2.通过精细定位的工作,我们将qLMchr7定位在了ZmMM1基因3’UTR中的1 kb区间内。利用在B73背景下的突变体材料zmmm1-1和C117亲本配合的F2:3群体,我们证明了qLMchr7通过调控ZmMM1基因形成类病斑表型,并结合烟草瞬时表达实验证明了ZmMM1基因能够正向贡献植物细胞坏死。3.利用两种不同的NIL材料,我们通过qPCR,WB以及Ribosome profiling的实验方法,证明了调控序列qLMchr7能够在转录后对ZmMM1mRNA的翻译效率进行调控,qLMchr7C117单倍型能够提升ZmMM1的翻译效率,提高ZmMM1的蛋白水平,最终产生类病斑表型。4.通过多重序列比对分析,我们得到了qLMchr7中的功能位点SR,该位点由2个SNP和1个InDel组成。我们在烟草中证明了qLMchr7元件在玉米中和烟草中所表现的功能相似,且利用烟草系统我们证明了来源于C117的SR能有效提高ZmMM1蛋白含量。5.利用KASP的检测方法,我们在玉米品种、地方种品种以及大刍草品种群体中检测了qLMchr7C117单倍型存在的比率。我们发现在地方种以及大刍草品种中,qLMchr7C117是一种非常稀有的单倍型,同时这种单倍型在玉米品种中并不存在。6.利用存在表型差异的NIL材料以及ZmMM1的野生型及突变体材料,我们在自然发病的条件下,多年多点的观测了材料的抗性差异。我们发现ZmMM1能够同时正向贡献玉米对玉米大斑病、玉米南方锈病以及玉米灰斑病的抗性;同时,qLMchr7C117单倍型能够增强玉米对这三种病害的抗性。7.通过检测不同材料在PAMPs刺激后ROS产生的含量,我们证明了ZmMM1能够正向贡献ROS的产生,而qLMchr7C117调控元件能够进一步增强这个过程。在病原菌入侵的情况下,ZmMM1蛋白能够缓慢积累从而提高ROS的水平来对抗病原菌,qLMchr7C117调控元件能够进一步提升ZmMM1蛋白的含量,从而加快并加强ROS的产生,介导更强的抗性。8.利用分子生物学的实验,我们证明了ZmMM1编码一个含有MYB DNA结合域的转录抑制子,在抗病过程中主要影响植物的ncRNA的调控通路,进而影响抗病能力。ZmMM1的下游一共检测到4个靶标基因,其中功能最强的靶标基因我们命名为ZmMT3,其被注释为LncRNA。通过ZmMT3的转基因材料,我们证明了 ZmMT3可以抑制ROS产生,负向调控植物抗病能力的。9.通过对玉米关联群体的表型以及ZmMM1的单倍型进行考察,我们解析了在玉米品种中ZmMM1的变异所带来的影响。ZmMM1的编码区段在群体中非常保守,且不同单倍型之间功能不存在差异,主要变异存在于ZmMM1的调控序列上。这些调控序列的变异并不会导致类病斑类型的产生,但是仍然对抗病有着不同的贡献能力,这意味着ZmMM1在玉米材料抗病的过程中被新的调控元件精确调控。10.通过对两种NIL材料产量的考察,我们揭示了qLMchr7的应用价值。具有qLMchr7C117单倍型的材料,正常生长过程中产生的类病斑表型,并不会导致产量的降低;但是在发病条件下,具有qLMchr7C117单倍型的材料是否能在产量上有所提高,还有待进一步的考察。
於江坤[3]（2021）在《宏基因组学解析瘤胃微生物组成和功能特性及外源添加剂调控瘤胃微生物发酵的研究》文中认为反刍动物生产在食品安全防御中起着重要作用,其瘤胃微生物发酵能将人类不可食用的低品质植物木质纤维成分转化为高品质蛋白质食品肉和奶。反刍动物瘤胃微生物主要包括细菌、古菌、真菌和原虫等,是反刍动物瘤胃发酵的基础,因此,调控瘤胃微生物组成,进而改善瘤胃功能是提高反刍动物生产的有效途径。解析复杂瘤胃微生物组成与其功能之间的联系,可为调控瘤胃功能提供更科学合理的方向和目标。本研究利用宏基因组学技术比较不同类型日粮和北美野牛和安格斯肉牛瘤胃微生物组成和功能之间的差异,并鉴定出与改善瘤胃发酵的差异微生物功能高度相关的主要微生物物种。通过百里香酚调节瘤胃微生物组成的体外发酵试验,进一步验证瘤胃微生物组成变化与瘤胃发酵功能之间的联系。主要试验内容和结果如下:第一部分Kraken2方法的建立及在瘤胃微生物物种分析中的应用验证宏基因组学瘤胃微生物物种分析缺乏专用的数据库及方法,因此,本试验首先以NCBI（RefSeq）中细菌和古菌全基因组序列,以及最新的宏基因组组装基因组序列为基础,建立了专用于瘤胃细菌和古菌物种分析的Kraken2数据库。利用新建立的Kraken2数据库及方法对已发表的宏转录组学数据进行了微生物物种分析,所选宏转录组学数据组中,试验动物为低饲料利用率（low feed efficiency,LFE）和高饲料利用率（high feed efficiency,HFE）的安格斯肉牛各6头。比较分析了新建立的Kraken2方法与原Kraken方法在物种分析上的差异。其主要结果如下:（1）Kraken2方法能注释出序列的比例为72.79%±11.01%,远高于Kraken中31.50%±6.74%。表明新建立的Kraken2方法相比原有的Kraken方法能解析更多的序列信息。（2）Kraken2与Kraken细菌组成差异较小,细菌门水平和属水平上优势菌种较为相似。瘤胃梭菌属（Ruminiclostridium）和嗜线虫致病杆菌属（Xenorhabdus）只在Kraken方法中鉴定到,并且嗜线虫致病杆菌属相对丰度在HFE组中显着低于LFE组（FDR<0.15）。细菌Christensenella属（1.08%）和粪杆菌属（Faecalibacterium）（0.27%）只在Kraken2中鉴定到,并且HFE组中粪杆菌属相对丰度显着高于LFE组（FDR<0.15）。（3）在古菌物种组成上,Kraken2与Kraken在各物种水平优势微生物均差异较大。Candidatus Methanomethylophilus（16.02%）只在Kraken方法中鉴定出,而Kraken2则比Kraken多鉴定出多个古菌属,包括热球菌属（Thermococcus）、甲烷球形菌属（Me thanosphaera）等。（4）Kraken或Kraken2方法中,β多样性显示,不同饲料利用率的动物瘤胃细菌或古菌群落结构均差异不显着（P>0.05）。Kraken2方法中不同饲料利用率组古菌群落结构有一定差异趋势（P=0.092）。小结:本试验中新建立的Kraken2数据库及方法,较之前的Kraken方法在古菌物种分析上具有更高的准确度,因此,Kraken2方法更适用于后续宏基因组学物种分析。第二部分宏基因组学反刍动物瘤胃微生物物种和功能解析本试验采用北美野牛与安格斯肉牛各16头,各随机分为两组,每组8头动物,分别饲喂背景日粮和高谷物日粮,采用宏基因组学技术解析不同动物种类和日粮类型对瘤胃微生物组成和功能分类（SEED subsystems）及碳水化合物活性酶（CAZymes）组成的影响。通过不同数据库中相同的序列ID将差异功能（包括差异CAZymes）与瘤胃细菌和古菌进行对应,采用Spearman相关性分析获得与差异微生物功能高度相关的细菌和古菌种类。其主要结果如下:（1）除14个共有的的细菌门,细菌软壁菌门（Tenericutes,0.58%）仅在安格斯肉牛中出现。除纤维菌门（Fibrobacteres）在安格斯肉牛HG组相对丰度差异显着低于BCK组（FDR<0.05）外,其他细菌门相对丰度均无显着差异（FDR>0.05）。在两种动物中,月形单胞菌属（Selenomonas）和八叠球菌属（Sarcina）均分别在HG日粮组和BCK日粮组中相对丰度更高。此外,日粮类型还显着影响安格斯肉牛中包括纤维杆菌属（Fibrobacter）、另枝菌属（Alistipes）等细菌属相对丰度（FDR<0.05）。同饲喂BCK日粮,两种动物瘤胃细菌差异较小,而同饲喂HG日粮,安格斯肉牛奥尔森菌属、脱硫弧菌属、巨型球菌属等细菌属相对丰度显着高于北美野牛（FDR<0.05）。（2）古菌属水平上,除Candidatus Methanomethylophilus（0.17%）仅在北美野牛瘤胃中鉴定到,其他主要古菌属（相对丰度≥0.5%）在不同类型日粮或动物中差异均不显着。种水平上,日粮类型仅影响安格斯肉牛瘤胃methanogenic archaeon ISO4-H5 和 uncultured euryarchaeote 的相对丰度（FDR<0.05）。同饲喂BCK日粮,北美野牛瘤胃米氏甲烷短杆菌（Methanobrevibacter millerae）、Methanomassiliicoccaceae archaeon DOK和Candidatus Methanomethylophilus alvus相对丰度均显着高于安格斯肉牛（FDR<0.05）,而安格斯肉牛瘤胃中uncultured euryarchaeote相对丰度在BCK或HG日粮条件下均显着高于北美野牛（FDR<0.05）。（3）日粮类型对北美野牛瘤胃微生物SEED subsystems功能影响远小于安格斯肉牛。在北美野牛中,属于level1碳水化合物,辅因子、维生素、辅基和色素和蛋白质代谢中少数level3功能分类等BCK日粮组丰度更高,而属于蛋白质代谢,碳水化合物,和氨基酸及其衍生物等少数level3级别功能在HG日粮组丰度更高。不同于北美野牛,安格斯肉牛主要在HG日粮组有大量level3功能分类丰度显着高于BCK日粮组,这些功能分类主要属于氨基酸及其衍生物,碳水化合物,蛋白质代谢,辅因子、维生素、辅基和色素等level1功能。同饲喂BCK或HG日粮,北美野牛均有更多的level3功能分类丰度显着高于安格斯肉牛。同饲喂BCK日粮,北美野牛瘤胃微生物功能中丰度显着高于安格斯肉牛的level3功能分类主要是属于碳水化合物,氨基酸及其衍生物,以及辅因子、维生素、辅基和色素等,而安格斯肉牛主要是脂肪酸生物合成等功能丰度高于北美野牛。同饲喂HG日粮,在北美野牛中丰度更高的level3功能分类主要属于level1碳水化合物,脂肪酸,脂质和甾体,以及辅因子、维生素、辅基和色素等相关功能,而安格斯肉牛中更丰富的功能主要是蛋白质代谢等功能。（4）日粮类型对北美野牛瘤胃微生物碳水化合物活性酶（CAZymes）和碳水化合物结合模块基因组成影响小于安格斯肉牛,主要体现在安格斯肉牛不同日粮组差异CAZymes和碳水化合物结合模块数目大于北美野牛。两种动物中参与纤维素和半纤维素降解的的糖苷水解酶（GHs）和碳水化合物结合模块（CBMs）均在BCK日粮组更丰富,而参与寡糖降解的CBMs和糖苷水解酶及碳水化合物生成的糖基转移酶（GTs）等均在HG日粮组更丰富。同饲喂BCK日粮,参与半纤维素降解的GH113、CBM61等在北美野牛瘤胃中更丰富,而在安格斯肉牛中更丰富的主要是参与寡糖降解的CBM26、GH24、GH73等。同饲喂HG日粮,北美野牛瘤胃中仍有少数如GH8、GH9等纤维素酶或半纤维素酶,以及少数如CBM6、CBM9等碳水化合物结合模块丰度高于安格斯肉牛,而参与寡糖降解的GH65、GH68和CBM34等在安格斯肉牛丰度更高。（5）本试验对部分微生物进行了一定的功能划分。细菌氨基酸球菌属（Acdaminococcus）、小类杆菌属（Dialister）与甲烷产生相关功能成显着正相关（ρ>0.7,且校正后P<0.001）,而细菌短螺旋体属（Brachyspira）、奥尔森菌属（Olsenella）和巨球型菌属（Megasphaera）与甲烷产生相关功能成显着负相关（p<-0.7,且校正后P<0.001）。细菌另枝菌属（Alistipes）与B族维生素生物合成相对丰度成正相关,细菌Lachnoclostridium属、布劳特氏菌属（Blautia）与氨基酸生物合成相对丰度成正相关。此外,普雷沃氏菌与蛋白质降解相对丰度成正相关。（6）氨基酸球菌属、布劳特氏菌属、Lachnoclostridium属、Roseburia属与参与纤维素或半纤维素降解的碳水化合物结合模块（如CBM1、CBM6、CBM10等）成显着负相关。细菌布劳特氏菌属、Aminipila属与GH45、GH5等纤维素或半纤维素酶成显着负相关。此外,细菌布劳特氏菌属、Anaerostipes属、Lachnoclostridium属、Roseburia属与GH1、GH4等寡糖降解糖苷水解酶成正相关。细菌另枝菌属、布劳特氏菌属、Lachnoclostridium属、Anaerostipes属、Roseburia属与碳水化合物酯酶成正相关。小结:日粮类型对北美野牛瘤胃微生物物种组成和功能特性影响较小,而对安格斯肉牛影响较大。同种日粮北美野牛与安格斯肉牛中瘤胃微生物物种组成和功能特性也有一定差异。结合不同日粮中北美野牛与安格斯肉牛瘤胃微生物在组成和功能特性的差异,北美野牛对粗料日粮的利用中较安格斯肉牛更高效,而北美野牛与安格斯肉牛在高精料日粮中利用模式不同。部分瘤胃微生物物种与影响瘤胃发酵的微生物功能高度相关,调控瘤胃内这些微生物的相对丰度,可有助于改善瘤胃发酵功能。第三部分体外发酵添加百里香酚影响瘤胃发酵功能的研究在第二部分中我们发现细菌布劳特氏菌属、Lachnoclostridium属、Anaerostipes属等细菌与改善瘤胃发酵的微生物功能高度相关。百里香酚是具有抗微生物特性的植物精油的生物活性成分,其可能影响瘤胃微生物组成,并改善瘤胃发酵功能,因此,本试验体外模拟瘤胃发酵,通过外源添加不同浓度（0、100 mg/L、200 mg/L、400 mg/L）百里香酚添加,探究百里香酚添加对瘤胃细菌、古菌和原虫组成,以及胃发酵功能的影响,通过建立瘤胃内各微生物组分变化与发酵产物产量之间的联系,获得与瘤胃发酵功能高度相关的微生物种类。其主要结果如下:（1）中浓度（200 mg/L）或高浓度（400 mg/L）百里香酚添加能显着降低瘤胃甲烷产量（P<0.05）。高浓度百里香酚添加会抑制瘤胃发酵,显着降低（P<0.05）瘤胃发酵总产气量（Total gas production,TGP）和 IVDMD、IVOMD,以及显着提高乙酸/丙酸比值（P<0.05）。中浓度或高浓度百里香酚添加显着降低瘤胃异丁酸和戊酸产量（P<0.05）。（2）百里香酚添加显着影响瘤胃细菌组成,门水平上,中浓度或高浓度百里香酚添加显着降低拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度（P<0.05）,而同时显着升高厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度（P<0.05）。属水平上,中浓度或高浓度百里香酚添加均显着降低普雷沃氏菌属（Prevotella）和Veillonellaceae UCG-001属相对丰度（P<0.05）相对丰度,而显着提高链球菌属（Streptococcus）、假丁酸弧菌属（Pseudobutyrivibrio）等细菌属的相对丰度。（3）百里香酚对瘤胃古菌的影响远小于细菌。种水平上,与对照组相比,中浓度或高浓度百里香酚添加显着降低了 unclassifiedfMethanomassiliicoccaceae的相对丰度（P<0.05）,高浓度百里香酚添加显着提高了unclassified cMethanomicrobia 相对丰度（P<0.05）。（4）百里香酚的瘤胃原虫组分的影响较瘤胃古菌更小。与对照组相比,不同浓度百里香酚添加对瘤胃原虫科水平上或属水平均无显着影响。（5）瘤胃细菌、古菌和原虫微生物相对丰度与瘤胃发酵产物参数之间的Spearman相关性分析显示,细菌乳杆菌属、假丁酸弧菌属、链球菌属、Ruminococcaceae V9D2013 group 属、Ruminococcaceae UCG-002 属、琥珀酸弧菌属、unclassifiedfPrevotellaceae属和脱硫弧菌属,以及瘤胃原虫等毛虫属与甲烷产生和VFA产量等功能具有显着相关性（p>0.70或<-0.70,且FDR<0.005）。小结:200 mg/L百里香酚添加对瘤胃微生物仅影响少数瘤胃微生物组成,可一定程度促进瘤胃发酵,400 mg/L百里香酚添加可影响多数瘤胃微生物的丰度组成,并抑制瘤胃发酵。本试验主要发现部分微生物类型可通过降低瘤胃甲烷产量和提高瘤胃VFA产量,进而改善瘤胃发酵功能。综上所述,本研究主要得出以下结论:1.新建立的瘤胃微生物物种分析数据库及Kraken2方法,不仅从算法优化上大大提高了物种分析效率,同时从数据库改进上提高了物种分析准确度,是更为可靠和高效的宏基因组学物种分析方法。2.日粮类型对北美野牛瘤胃微生物组成和功能特性的影响较小,而对安格斯肉牛影响较大。同种日粮北美野牛和安格斯肉牛瘤胃微生物组成和功能特性也存在一定差异。结合瘤胃微生物物种和功能特性在不同日粮和动物种类中的差异,相较安格斯肉牛,北美野牛对粗料日粮有更高利用率,且两种动物对高精料日粮有不同利用模式。3.外源添加200 mg/L百里香酚能显着降低瘤胃甲烷产量,对瘤胃细菌、古菌和原虫无明显不利影响,且能维持瘤胃正常发酵功能,而高浓度如400 mg/L百里香酚添加则对多数瘤胃微生物及瘤胃发酵有明显抑制作用。4.瘤胃部分微生物物种对瘤胃发酵功能影响较大,适当调控这些瘤胃微生物的丰度,可有助于改善瘤胃发酵功能。
何应对[4]（2021）在《香蕉幼苗根系对缺钾胁迫的响应及分子机制研究》文中进行了进一步梳理香蕉属于典型的“嗜钾”作物,生育期需要大量的钾肥。然而,我国华南香蕉产区部分蕉园土壤有效钾含量偏低以及不合理追施钾肥等问题现状的存在,加剧香蕉缺钾胁迫的危害程度。为阐明香蕉应答缺钾胁迫的生理和分子机制,本研究以香蕉主栽品种“巴西蕉”（Musa acuminate L.AAA ground,cv.Brazilian）为实验材料,采用幼苗盆栽试验,设置3个钾浓度水平:K0（0.00mmol/L）、K1（0.03 mmol/L）、K2（3.00 mmol/L）对香蕉幼苗进行钾胁迫处理,在香蕉幼苗0 d-35d生长期间,研究其生长形态、生理养分变化对缺钾胁迫的响应;在此基础上,联合转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白组学技术深入挖掘缺钾胁迫下根系响应的关键基因及代谢途径,并通过K+缺陷型酵母互补实验对获得的关键基因进行功能验证,主要结果如下:1.随着香蕉幼苗的生长,K0、K1缺钾胁迫处理对幼苗根系生长、发育和根系活力产生了抑制的影响,35 d较30 d时,香蕉幼苗的地上生物量下降了2.9%-3.2%;当生长至35 d时,K0、K1较K2处理根系活力分别降低了51.6%和33.9%;同时,K0处理明显引起香蕉幼苗叶片黄化、枯萎。进一步从根系组织结构上观察到K0处理已致使根系细胞膜不清晰,细胞壁之间产生一定的空隙,并形成较大的胞间隙,不利于养分离子的迁移。由此可见,缺钾处理影响了香蕉幼苗的形态和根系生长,钾浓度越低,缺钾危害症状越明显。2.缺钾胁迫（K0、K1）时,香蕉幼苗叶片及根系电导率和MDA含量呈增加趋势,当生长至35 d时,K0较K2处理的叶片及根系电导率分别高0.7%和3.5%,叶片和根系中的MDA含量分别高6.5%和18.0%,可以推断缺钾胁迫已导致香蕉幼苗细胞膜脂质过氧化,细胞膜受到了一定程度的损伤,而且根系较叶片受到的伤害快且严重;缺钾胁迫后,叶片与根系抗氧化酶（SOD、POD、CAT）酶活性变化趋势一致。前期香蕉幼苗抗氧化酶（SOD、POD、CAT）活性变化幅度不明显,但到后期时,POD、CAT酶活性显着降低,说明香蕉在开始遭受缺钾胁迫时,体内启动了适应性机制消除ROS,但是随着缺钾胁迫加剧以及植株抵御逆境能力的减弱,后期香蕉幼苗生理机能趋于紊乱。此外,缺钾胁迫促进NK素积累,但抑制P素积累,造成香蕉幼苗植株体N、P、K养分比例失衡。3.对K0、K1、K2处理30 d时香蕉幼苗根系进行转录组测序分析,结果获得3350个DEGs,主要富集于类黄酮生物合成、亚麻酸代谢、不饱和脂肪酸生物合成、半乳糖代谢、甘油酯代谢和鞘脂类代谢等14条途径;获得了在缺钾胁迫响应起关键作用的多个基因,如NRT1.1、HKT2、IAA16、A-2b、78A4、pectinesterase2等,其中NO3-转运基因NRT1.1表达量显着下调,推测香蕉根系处于缺钾胁迫时,通过影响NO3-的吸收转运调节细胞质NPK平衡。对离子转运、转录因子、细胞壁等相关关键DEGs分析发现K0和K1较K2处理差异显着而K0与K1间差异不显着,所以后续缺钾胁迫蛋白质组、磷酸化蛋白组分析只选择K0处理。4.通过对K0和K2处理30 d的香蕉幼苗根系进行蛋白组学分析鉴定到缺钾胁迫香蕉根系差异表达蛋白457个,其中上调表达蛋白240个,下调表达蛋白217个;而谷胱甘肽代谢途径相关的蛋白显着富集,说明缺钾可能刺激香蕉根系产生了ROS信号,并激活了抗氧化防御系统,从而清除过多的ROS,暂时减缓了缺钾胁迫对香蕉根系的危害,也抑制了细胞生长相关蛋白的表达。5.通过磷酸化蛋白学鉴定到缺钾胁迫香蕉根系263个差异磷酸化修饰位点,分别位于215个抗逆蛋白上,包括PP2C、谷胱甘肽转移酶、丙酮酸脱氢酶、丙酮酸激酶、乙酰辅酶A合成酶等差异磷酸化蛋白。其中4个含有谷胱甘肽转移酶保守结构域的蛋白发生了丝氨酸位点的磷酸化修饰,而且磷酸化水平均显着上调表达,说明谷胱甘肽转移酶的磷酸化修饰在香蕉对缺钾胁迫防御中的重要性。6.利用多组学关联分析,发现了缺钾胁迫响应的2个关键基因（MaQORH和MazntA）。克隆获得了这两个基因的cDNA全长序列,序列分析显示这两个基因长度分别为1002 bp和2295 bp,分别编码333个和764个氨基酸。K+缺陷型酵母互补实验,结果显示,MaQORH和MazntA基因均能够恢复K+缺陷型酵母在低钾培养基上生长。综上所述,缺钾胁迫不仅会影响香蕉幼苗的地上形态和根系生长,而且会造成香蕉幼苗植株体N、P、K养分比例失衡。同时,多组学分析发现有多个基因和蛋白的差异表达及蛋白的磷酸化修饰参与了香蕉根系缺钾胁迫的响应,其中2个钾胁迫响应关键基因的转运钾离子功能得到验证,本研究为耐低钾型香蕉新品种培育提供了基因资源和科学依据。
靳丁沙[5]（2021）在《噻苯隆调控棉花叶片脱落的机制研究》文中认为棉花是世界上重要的经济作物,我国是棉花生产与消费大国,随着农业集约化生产发展,机采棉已成为我国棉花生产发展的趋势。采前化学脱叶对于实现棉花全程机械化起着重要作用。在棉花化学脱叶生产中存在许多问题:如叶片枯而不落和低温脱叶效果差等,然而其形成的生理及分子应答尚不清楚。明确化学脱叶剂促进棉花叶片脱落作用机制的研究对于完善化学脱叶剂的应用技术以及提升脱叶效果具有重要意义。因此,本研究结合表型、生理、转录组、miRNA、降解组和代谢组及生物信息学分析,剖析了脱叶剂（有效成分为噻苯隆）诱导棉花叶片脱落的生理和分子应答。在室内盆栽试验条件下,选择中棉所49（化学脱叶弱敏感品种）和中棉所12（化学脱叶敏感品种）,在八叶期进行噻苯隆脱叶剂（0和100 mg/L）处理,研究脱叶剂施用后棉花叶片光合作用、碳代谢和抗氧化代谢以及叶片和离层结构的变化,以揭示脱叶剂对棉花叶片影响的生理机制;同时,选择脱叶敏感品种中棉所12进行转录组和代谢组测序,通过大数据阐明棉花叶片基因转录和代谢水平的变化;另外,在大田种植（2019-2020）条件下,比较了中棉所49和中棉所12两个品种,脱叶、吐絮、产量和品质以及生理指标的影响。主要结果如下:（1）对中棉所49和中棉所12噻苯隆脱叶处理后,叶片失水、出现紫色斑点、快速形成离层并脱落;扫描电镜观察到叶片上表皮结构遭到破坏;丙二醛和活性氧含量增加;抗氧化酶活性失衡;在处理后48 h,色素含量增加,而叶绿素a/b比值降低;叶片净光合速率和光合产物降低;相关性分析发现叶片脱落与丙二醛、活性氧以及色素含量呈正相关,而与叶片光合指标呈负相关。噻苯隆脱叶处理后活性氧升高,叶片结构遭到破坏,光合作用受到抑制,碳代谢失衡。（2）对中棉所12噻苯隆脱叶处理,并在处理后6、12、24和48 h进行转录组测序（mRNA）,共获得27534个差异表达基因;差异基因涉及色素、光合作用、碳水化合物结合、系统获得耐药性、氧化还原过程和激素响应（乙烯、细胞分裂素、水杨酸、茉莉酸、赤霉酸和脱落酸等）;对差异基因进行加权基因共表达网络分析,筛选出15个与叶片脱落相关模块,其中5个模块（MEpink、MEgreen、MEturquoise、MEblue和MEbrown模块）与光合特性高度相关,可能在叶片脱落中起重要作用。（3）结合生理以及转录水平数据,处理后24 h是对噻苯隆诱导棉花叶片脱落响应重要的时间节点。因此,在噻苯隆处理后24 h进行miRNA测序分析,有59个差异表达miRNA,其中34个上调,25个下调（p<0.05）;结合转录组、miRNA和降解组测序分析发现有36个差异表达的miRNA和339个靶基因（mRNA）存在负调控关系;miRNA的靶基因GO富集主要涉及甘氨酸切割复合体、对水杨酸、冷、茉莉酸的响应、叶绿体和光合作用相关的途径等;miRNA和加权基因共表达网络模块联合分析揭示MEgreen(p=1.45×10-5)和MEturquoise(p=9.15×10-5)模块受到miRNA的显着调控。miRNA通过调控光合作用、光合产物和运输、WRKY转录因子、钙离子和乙烯相关靶基因参与棉花叶片脱落。（4）对噻苯隆处理后24 h进行代谢组分析,有48个MS2差异代谢物,其中32个上调积累,16个下调;噻苯隆、乙烯前体、苯丙氨酸和水杨酸积累增加,而细胞分裂素和赤霉素显着降低;转录组与代谢组联合分析发现乙烯、细胞分裂素和水杨酸相关的基因确实参与叶片脱落。首次证实水杨酸参与噻苯隆诱导的棉花叶片脱落。但对乙烯、细胞分裂素、水杨酸等植物激素在棉叶脱落中的相互作用机制仍需进一步研究。（5）大田棉花生产中,脱叶剂适期使用提高了棉花脱叶率和吐絮率,对产量和纤维品质无影响;结合生理和分子机制研究,复配出一款噻苯隆复配剂（噻苯隆和过氧化氢复配）,虽然复配剂脱叶效果略低于成熟脱叶剂,但为生产出高效的脱叶剂（理论转化为实践）提供了一种新思路。综上,脱叶剂主要通过打破叶片激素平衡,造成活性氧过量积累,破坏叶片结构,降低叶片的光合作用和碳水化合物积累,最终叶片离层感知叶片的变化,造成叶片脱落。
叶楠[6]（2021）在《中药有效成分茜草素抑制大肠杆菌耐药性突变机制研究》文中进行了进一步梳理抗生素的选择压力是导致细菌产生耐药性突变的主要原因,抗生素类药物的过度使用已经导致全球范围内抗生素耐药性的严重污染,对公共卫生安全及人类健康构成了巨大威胁。中药及其有效成分作为在我国被广泛使用的抗生素替代物,不可避免与西药同时被人类服用,并且残留在环境中,然而,目前仍未有关于中药有效成分对细菌耐药性的影响及机制的报道。本研究选取无抗性大肠杆菌E.coli K12（MG1655）作为受试菌株,探究中药有效成分茜草素对不同抗生素诱导其耐药性突变的影响,考察突变株对不同种抗生素的多重耐药性,最后以四环素为代表诱导剂,通过高通量测序技术解析突变位点,分析相关功能基因的表达,揭示茜草素抑制细菌耐药性的机制。结果表明:四环素的选择压力能够在10天内诱导100%E.coli K12产生四环素耐药性,茜草素在不影响四环素杀菌性能的同时,使得第7-30天内的细菌突变频率显着降低,且自身诱导突变频率极低,该抑制作用无剂量依赖效应;同时,茜草素对红霉素等其他抗生素诱导的细菌耐药性突变同样具有抑制作用。经过暴露于不同处理组30天诱导得到的突变株均表现出多重耐药性,其中对喹诺酮类抗生素环丙沙星的耐药性增强幅度最大。突变株在信息存储与加工、细胞代谢、可移动遗传元件（如转座酶和前噬菌体）及推定的蛋白质相关功能基因发生了序列缺失、插入和取代等多种突变,参与细胞膜转运的mgt A基因突变对耐药性产生起到促进作用。此外,与四环素单独处理相比,茜草素与四环素的复合处理组显着降低了四环素诱导E.coli K12的活性氧（ROS）产量和细胞膜通透性,这能够减少细菌基因突变的几率。同时,茜草素显着下调了由四环素胁迫E.coli K12导致的氧化应激与SOS响应、细胞膜与外排泵系统、DNA修复等重要生物学过程相关基因的过表达,从而抑制细菌表现出耐药性。
高知枭[7]（2020）在《SsNSRV-1基因功能及其与核盘菌互作机制研究》文中研究说明核盘菌是一种典型的死体营养型植物病原真菌,在世界范围都有广泛分布,可侵染包括油菜、大豆、向日葵等重要经济作物在内的729种植物,造成严重的经济损失。真菌病毒是感染真菌的病毒,在核盘菌中广泛存在,其中一些真菌病毒会导致核盘菌致病力衰退,甚至丧失致病力,具有控制作物菌核病的潜力。实验室前期从弱毒菌株AH98中分离鉴定出与核盘菌致病力衰退相关的单股负链RNA病毒Sclerotinia sclerotiorum negative-stranded RNA virus 1（Ss NSRV-1）,研究表明该病毒基因组上线性分布有6个非重叠的ORF（ORF I-VI）,分别编码P1、P2（N蛋白）、P3、P4、P5（L蛋白）和P6蛋白,这些ORF的具体功能及其对核盘菌的影响并不清楚;同时,发现菌株AH98可能被多种病毒复合侵染,但并不明确这些病毒的分子特性。本研究以菌株AH98及前期获得的Ss NSRV-1基因ORF I、ORF II、ORF III、ORF IV和ORF VI的核盘菌1980菌株超表达转化子为研究材料,通过高通量测序明确了菌株AH98携带的病毒种类及分子特性;基于生物信息学分析预测了Ss NSRV-1各个ORF的结构和功能;结合转录组和代谢组分析,揭示了Ss NSRV-1各个ORF对核盘菌的影响,初步探究了Ss NSRV-1导致核盘菌出现弱毒特性的分子机理,揭示了Ss NSRV-1与核盘菌互作的分子网络。取得的具体研究结果如下:通过高通量测序明确了菌株AH98中携带6种真菌病毒,包括2种-ss RNA病毒,即Ss NSRV-1与Ss NSRV-5X;4种+ss RNA病毒,分别命名为Bc HV1/AH98、Ss MV30/AH98、Ss MV7-A/AH98和Ss DFV2/AH98。Ss NSRV-5X全长为9993 nt,5’端没有帽子结构,3’端也没有poly A序列,5’-UTR为420 nt,3’-UTR为168 nt。预测编码4个不重叠的ORF（ORF I-ORF VI）,在基因组上线性排列。其中,ORF III最大（nt 2672-8553）,编码的L蛋白含有1952个氨基酸（AA）,含有Mononegaviruses中非常保守的Mononeg＿m RNA＿pol及Mononeg＿m RNAcap结构域。序列分析和系统发育分析表明Ss NSRV-5X属于Mymonaviridae科病毒,但序列特征又与该科现有的病毒有所差异,其L蛋白与Ss NSRV-1的相比,一致性只有17.96%,属于真菌单股负义链RNA病毒科中的一个新的成员,它与另外一种还未报道的病毒（Bc NSRV-7）可能代表一个新的属。Bc HV1/AH98长度为10223 bp,编码的Rd Rp与Bc HV1（Nc＿037659.1）的Rd Rp序列（QBA69887.1）Query Cover达到100%,一致性高达98.82%。系统发育分析表明Bc HV1/AH98应当归类为Hypoviridae科Betahypovirus属,与已报道的Bc HV1（NC＿037659.1）属于同一种病毒的不同株系。实验室前期研究中,发现ORF I、ORF II和ORF III超表达转化子转录的m RNA均发生了不同程度的剪切;而超表达ORF IV和ORF VI的转化子中,病毒基因正常表达,不被剪切。本研究采用宏转录组测序分析进一步确认了这种现象,并发现剪切的起始位点富含GT（GC）,终止位点富含AG,属于真核生物内含子剪切位点的特征序列。而且发现ORF III在禾谷镰孢菌和稻瘟菌中超表达,其转录产物也可以被被剪切;表明真菌可以特异性识别病毒的某些基因,而且这种识别和剪切在真菌中可能普遍存在,可能是一种抗病毒机制。另外,ORF II在AH98和超表达转化子中均具有两个符合正态分布的转录峰,但是与前期检测到N蛋白的两种形式（P41和P43）并不对应,表明ORF II可能还编码其他蛋白。利用生物信息学软件分析了Ss NSRV-1中5个ORF所编码蛋白的保守结构域、亚细胞定位、结构特征及其可能的互作位点;并利用转录组测序技术对病毒5个ORF超表达转化子的总RNA分别进行了宏转录组测序,初步分析了病毒各ORF对核盘菌的影响,并根据这些结果推测病毒基因在Ss NSRV-1与核盘菌互作过程中的功能,推定出Ss NSRV-1导致核盘菌出现弱毒特性的分子机理。发现病毒ORF I编码的蛋白P1具有负链病毒N蛋白的结构特征,与核蛋白同源的可能性高达82.52%,参与Ss NSRV-1病毒粒子的形成,起转录调控的作用。ORF I的超量表达影响了寄主部分与致病、转录、跨膜运输、蛋白质生物合成及修饰、代谢过程等相关基因的表达,导致转化子的生长速度和致病力降低。病毒ORF II编码Ss NSRV-1的N蛋白,主要影响了核糖体和细胞核相关基因的表达,调控了寄主与致病、转录、跨膜运输、代谢过程等相关基因的表达,可能使转化子的生长速度和致病力降低。病毒ORF III编码的P3蛋白在结构上与负链病毒糖蛋白具有一定的同源性,可能具有肽链内切酶的活性,主要影响了核盘菌核糖体、蛋白酶体及DNA复制和修复相关基因的表达,并调控了蛋白质的翻译和代谢过程。病毒ORF IV编码的P4蛋白在寄主体内起转录调控的作用,主要影响了核盘菌与转录调控、氧化还原、跨膜运输、代谢过程等相关基因的表达,通过调控线粒体、r RNA及核糖体相关基因严重影响了能量和代谢过程,可能通过这些方式使得ORF IV超表达转化子表现衰退特性。ORF VI编码的P6蛋白可能是核孔蛋白复合物,参与核质转运过程,同时还可能作为转录调控因子发挥重要的作用。ORF VI的超量表达主要影响了核盘菌与转录调控、跨膜运输、代谢过程等相关的基因的表达,可以部分调控核盘菌与r RNA相关及核糖体相关的基因,严重影响了碳水化合物和核苷酸代谢过程。本研究通过代谢组分析了Ss NSRV-1的ORF I、ORF II、ORF III、ORF IV和ORF VI在核盘菌1980中超表达后核盘菌产生的差异代谢物,并初步鉴定了病毒各ORF导致核盘菌变化最显着的物质,分析了这些物质可能参与的途径。结果表明ORF I、ORF II和ORF III的表达（在核盘菌中超表达后被剪切）对核盘菌代谢影响较大,产生的差异代谢物有较大的相似性,超表达后核盘菌的标志代谢物为酮类物质（显着下调）和酰胺类物质（显着上调）;ORF IV和ORF VI对核盘菌代谢影响影响相对较少,ORF IV超表达后核盘菌的标志代谢物为酰胺类和磷脂类物质（显着下调）,ORF VI超表达后核盘菌的标志代谢物为磷脂类物质（显着上调）。病毒的ORF I、ORF II和ORF III超表达后核盘菌中共有差异代谢物有253个,主要参与苯丙氨酸代谢、不饱和脂肪酸的生物合成、核黄素代谢、磷酸戊糖途径、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成、类固醇生物合成和色氨酸代谢等途径。病毒的ORF IV超表达后有76个差异代谢物,参与甾醇类物质生物合成,半胱氨酸生物合成/同型半胱氨酸降解（反式硫化）等途径。病毒ORF VI超表达后核盘菌有50个差异代谢物,参与多巴胺降解、生物素羧基载体蛋白组装、脂肪酸生物合成起始、尿嘧啶降解和棕榈酸生物合成等通路。本研究发现菌株AH98中除感染Ss NSRV-1之外,还感染了5种病毒,其中Ss NSRV-5X可能代表真菌单股负链RNA病毒科一个新的属;发现在转病毒基因转化子中核盘菌利用内含子剪切机制对病毒基因的m RNA进行剪切,预示真菌中存在一种未知的抗病毒机制。同时,利用生物信息学分析预测了Ss NSRV-1各个ORF的结构和功能,并结合转录组和代谢组分析从整体水平解析了Ss NSRV-1导致核盘菌弱毒的机制。上述结果为研究负链RNA病毒多样性,单股负义链RNA病毒与寄主互作及菌核病控制提供了新的思路和材料。
黄维峰[8]（2020）在《OsPPR16在水稻早期叶绿体发育过程中的功能鉴定及机制解析》文中研究指明叶绿体基因由核编码的RNA聚合酶和质体编码的RNA聚合酶（PEP）协同转录,由此产生的初级转录本通常在特定的位点发生C转换到U的RNA编辑。但是,许多RNA编辑事件的生物学功能及其调控机制仍然未知。核基因编码的DYW亚组PPR蛋白是主要的RNA编辑因子。在本研究中,利用CRISPR/Cas9基因组编辑技术分别对水稻中30个定位于叶绿体的DYW亚组的PPR蛋白进行了敲除,统计并系统分析了其中28个敲除成功的转基因材料的基因型和表型。在此基础上,对osppr16突变体进行更深入的研究,分析其对叶绿体RNA编辑的影响。最后利用分子生物学和遗传学等试验方法,剖析Os PPR16在叶绿体发育过程中的作用。本研究的主要研究结果如下:1.利用CRISPR/Cas9基因编辑系统,分别对28个PPR基因实现了有效敲除,其中Os PPR16和Os PPR67被敲除的T0代纯合和双等位突变体植株在分蘖期时,分蘖的前2片新生叶片出现黄化后转绿的表型。2.Os PPR16的敲除导致早期叶片黄化。在光照培养室中,T1代osppr16突变体幼苗的前4片叶片出现黄化后转绿的表型。到5叶期时,黄化的4片叶子全部恢复成绿色。被移栽到实验田后,它的表型与T0代突变体植株的表型一致,其分蘖的前2片新生叶片出现黄化后转绿的表型。在分蘖期以后,osppr16突变体叶片颜色与野生型相比没有明显的差异。此外,osppr16突变体叶片中叶绿素含量的变化与叶色的变化状态相吻合。3.对osppr16突变体和野生型植株的主要农艺性状进行分析,发现Os PPR16的突变会显着降低水稻的生物量和产量。4.Os PPR16在早期叶片发育过程中对叶绿体发育具有重要作用。透射电镜结果显示osppr16突变体早期黄化叶片中的叶绿体缺乏类囊体结构,而转绿叶片中的叶绿体具有正常结构的类囊体膜和基粒。表明Os PPR16基因的产物对水稻早期叶片的叶绿体的生长发育具有重要作用。5.Os PPR16的亚细胞定位结果显示Os PPR16定位于叶绿体拟核。6.Os PPR16负责叶绿体RNA编辑位点rpo B-545的编辑。对水稻叶绿体中24个RNA编辑位点进行检测,发现osppr16突变体中rpo B-545的编辑受阻,而剩余23个位点可以正常编辑。此外,利用RNAi降低Os PPR16的表达量后,转基因植株中rpo B-545的编辑效率也会降低。回补实验显示Os PPR16能够恢复突变体中rpo B-545的编辑和突变体早期叶片黄化的表型,说明Os PPR16的突变是osppr16突变体中rpo B-545的编辑受阻和早期叶片黄化的直接原因。7.Os PPR16的突变影响早期叶片发育过程中Rpo B蛋白的积累。在3叶期,osppr16突变体黄化叶片中Rpo B蛋白的含量显着低于野生型。到5叶期,osppr16突变体转绿叶片中Rpo B蛋白的含量仅略低于同一时期野生型中的含量。这些结果说明osppr16突变体中Rpo B的积累在叶片早期发育阶段受到了严重的影响。此外,野生型植株中Rpo B的积累在3叶期明显高于5叶期,这一结果暗示叶绿体早期发育比后期发育阶段需要更多的Rpo B蛋白。8.叶绿体RNA编辑位点rpo B-545的编辑不能进行时,会导致质体编码的RNA聚合酶（RNA polymerase,RNAP）β亚基（Rpo B）上第182位的亲水的丝氨酸不能转变为疏水的亮氨酸。水生嗜热秆菌的RNAP和启动子的开放性复合体的晶体结构表明,rpo B-545编辑的受阻后,182位的亲水的丝氨酸可能会降低Rpo B蛋白的稳定性。9.Os PPR16通过PEP影响trn E的转录,进而影响早期叶片发育过程中叶绿素的合成。在3叶期,osppr16突变体黄化叶片中PEP依赖型基因的表达量显着低于野生型,而到5叶期叶片转绿以后,几乎完全恢复到野生型一致的水平。表明osppr16突变体中PEP的转录能力在早期叶片发育过程中极低,但在后期发育阶段恢复到野生型一致的水平。在3叶期,osppr16突变体黄化叶片中参与叶绿素合成的PEP依赖型基因trn E的积累显着低于野生型,而到5叶期叶片转绿以后,几乎恢复到野生型的水平,表明trn E表达量的变化是osppr16突变体早期叶片黄化后转绿的原因。以上结果说明Os PPR16的突变会导致rpo B-545的编辑受阻,进而导致突变体早期叶片中Rpo B积累受损、PEP依赖型基因的表达下降,进而引起突变体植株出现黄化的表型。所以Os PPR16对rpo B-545的编辑作用是质体基因转录所必需的,而质体基因转录又是叶片早期发育过程中叶绿素合成和叶绿体发育所必需的。此研究不仅揭示了rpo B-545编辑位点的生理作用,同时也为叶绿体基因的转录和转录后调控机制在叶片早期发育过程中的相互作用提供了新的见解。
官泽源[9]（2020）在《人源线粒体转运酶TOM复合物结构功能研究》文中进行了进一步梳理线粒体内约有1000-1500种蛋白质,这些蛋白质在细胞的能量转化、代谢、脂质生物发生、信号传导和程序性死亡等过程中起到了重要作用。99%的线粒体蛋白由核基因组编码并在细胞质中翻译,随后被正确转运到线粒体四个不同亚区室中。线粒体中有七个主要的蛋白转位酶复合物负责蛋白前体的运输和装配。TOM复合物是将蛋白前体从细胞质中转移到其他线粒体转位酶复合物的主要入口。TOM复合物由形成通道的β-桶蛋白Tom40和六个其他亚基组成,其中包括受体蛋白Tom20、Tom22、Tom70和三个调节性的小Tom蛋白（Tom5、Tom6、Tom7）,这六个亚基均为单个α跨膜螺旋蛋白。除去两个受体蛋白Tom20、Tom70,剩下的五个亚基构成了稳定的TOM核心复合物。TOM核心复合物是由α跨膜螺旋蛋白和β-桶膜蛋白组装成一个功能正确的复合物,其组装的机理仍然有待进一步研究。在酵母中,通过电子显微镜观察和交联实验分析发现TOM复合物可以形成两个或三个孔,分别对应于二聚体TOM复合物和三聚体TOM复合物。研究表明,二聚体和三聚体之间存在动态转换,这说明TOM复合物在蛋白前体跨外膜转运的各个阶段可能经历结构的重排。每个孔可以相互调节以独立或协同完成蛋白前体的转运,从而适应共翻译导入和高效的导入。在人类中,TOM复合物与某些线粒体疾病相关,例如帕金森综合征。在受损的线粒体中,PINK1会在TOM复合物上积累,然后招募并激活Parkin蛋白激活线粒体自噬。如若未能及时清除异常的线粒体可能会导致早发性帕金森病。研究人员推测PINK1是被TOM复合物横向释放进入外膜。因此,揭示人源二聚体和三聚体TOM复合物的装配机理不仅可以揭示TOM复合物转运蛋白机理,而且还可以为人类线粒体疾病的治疗奠定基础。我们利用冷冻电镜的方法解析了 3.0 A人源二聚体TOM核心复合物的结构,获得了 4.3 A三聚体TOM复合物的构象。人源二聚体TOM核心复合物整体结构形成两个对称的孔,包含两份的Tom40、Tom22和小Tom蛋白。因为Tom70、Tom20与TOM核心复合物亲和力较低,我们未能得到包含两个受体蛋白的TOM全复合物结构。结构显示Tom40的β1和β19被埋藏于二聚体界面,并被Tom22稳定,使得Tom40很难侧向打开。在结构中观察到11个脂质样密度,我们推测这些磷脂参与了 TOM复合物中α螺旋和β折叠的组装。基于结构,我们可以更好地理解人源TOM复合物的结构基础和转运分子机理。同时,我们分析了低分辨率的三聚体TOM复合物结构,提出了一种可能的二聚体-三聚体的转换模型,该模型与原子力显微镜和光交联质谱研究一致,表明TOM复合物能够以不同的聚合形式存在于细胞中,这将有助于不同类型蛋白前体的运输。为了验证三聚体TOM复合物存在于人线粒体上,我们利用交联实验进行验证,结果证实我们所观测的三聚体TCM复合物是正确的。相对于二聚体TOM核心复合物,在三聚体TOM复合物中发生了 Tom40的结构重排,从而使得其中一个Tom40的β链的打开成为可能。我们推测三聚体TOM复合物可能适用于Tom40的横向释放。总的来说,我们的数据揭示了人源二聚体TOM核心复合物的高分辨率结构和人源三聚体TOM复合物近原子分辨率结构。通过结构分析和生化验证,为理解人TOM复合物的分子转运机理提供了结构基础。我们阐明了脂质是如何连接α螺旋和β折叠。此外,我们在线粒体水平上进行交联实验,提供了人线粒体中存在三聚体TOM复合物的生化证据,这表明人TOM复合物以不同的低聚物状态存在于细胞中,以促进底物转运。例如在去极化的线粒体中,三聚体TOM可能将类似于PINK1的底物横向释放到线粒体外膜并聚集在外膜。然而,获得更高分辨率的人源三聚体TOM复合物从而解释其他TOM组分在三聚体组装中的作用仍然是前所未有的挑战。另外,获得结合有蛋白前体的TOM复合物的精细结构对于充分理解线粒体外膜蛋白易位机理非常有帮助。
高清霞[10]（2020）在《真核生物翻译延长因子1 δ（eEF1D）抑制A型流感病毒复制的分子机制研究》文中研究表明A型流感病毒（Influenza A virus,IAV）的病毒核糖核蛋白（Viral ribonucleoprotein,vRNP）负责病毒基因组在细胞核中的转录和复制。vRNP从细胞质进入细胞核的过程是IAV生命周期中十分重要的步骤,vRNP的入核过程需要借助许多宿主蛋白,而关于此方面报道的宿主蛋白并不多。研究参与vRNP入核相关的宿主蛋白,不仅可以揭示IAV vRNP核输入的分子机制,而且还能为抗病毒药物的研发提供潜在靶标。先前研究表明,真核生物翻译延长因子1δ（Eukaryotic translation elongation factor 1 delta,eEF1D）与RNP亚基相关,但是其在IAV复制过程中的作用尚不清楚。本研究表明eEF1D可以负调控IAV生命周期,敲除细胞中的eEF1D会导致病毒的产量显着升高。eEF1D与所有RNP亚基发生相互作用,阻碍了IAV的NP蛋白和PA-PB1异源二聚体的入核,从而抑制了vRNP的组装、聚合酶活性和病毒RNA的合成。主要内容如下:1.eEF1D抑制IAV的复制本研究通过过表达eEF1D检测了其对IAV复制的影响。实验结果显示eEF1D能抑制IAV的复制。我们进一步利用si RNA和CRISPR/Cas9分别敲低和敲除了A549细胞中内源性的eEF1D,分别研究其对人流感PR8/H1N1、禽流感HM/H5N1、猪流感HB/H1N1病毒复制的影响。实验结果表明敲低或者敲除eEF1D后,均能显着提高PR8/H1N1、HM/H5N1、HB/H1N1病毒的复制滴度,且在蛋白水平促进NP蛋白的合成,说明eEF1D是IAV的负调控因子。2.eEF1D与vRNP存在相互作用免疫共沉淀（Co-immunoprecipitation,Co-IP）的实验结果显示eEF1D能与RNP所有亚基（PA、PB1、PB2、NP）在转染条件下发生互作,且与NP蛋白以RNA依赖的方式结合。进一步在细胞感染IAV条件下证实eEF1D与病毒PA、PB1、PB2、NP的相互作用真实存在,且与NP的互作是RNA介导。此外,在共转染的条件下,eEF1D与PA、PB1、NP于细胞质共定位,且NP蛋白出现胞质滞留的情况;病毒感染情况下,eEF1D与PA、PB1、NP在细胞质共定位,和PB2在细胞质也存在少量的共定位。研究结果表明eEF1D改变了NP蛋白定位的情况,提示eEF1D可能在调控vRNP亚基的入核方面发挥重要作用。3.eEF1D抑制NP蛋白和PA-PB1二聚体的核输入检测eEF1D对IAV的NP蛋白入核的影响。间接免疫荧光实验和核质分离实验结果共同表明eEF1D能抑制IAV NP蛋白的核输入。而eEF1D的抑制作用是通过破坏NP蛋白与importinα5的相互结合来实现的。因为RNP各亚基的入核方式差异很大,我们还研究了eEF1D对PA-PB1异源二聚体、PB2蛋白入核的影响。结果显示eEF1D通过干扰PB1与Ran BP5的相互作用抑制了IAV的PA-PB1异源二聚体的核输入,而对于PB2的入核没有明显影响。以上结果提示,eEF1D可能抑制IAV新产生的vRNP的入核。4.eEF1D抑制vRNP的核输入过程检测eEF1D对IAV的vRNP入核的影响。通过si RNA和CRISPR/Cas9技术对内源的eEF1D进行特异性的敲低和敲除,在放线菌酮（Cycloheximide,CHX）处理和不处理的条件下,感染PR8/H1N1病毒2 h后观察NP的定位变化。激光共聚焦显微镜观察和统计分析的结果显示,无论CHX对细胞处理或者不处理,敲低和敲除eEF1D后均能显着促进IAV的vRNP的入核过程。对敲除eEF1D后的细胞进行蛋白水平的检测也得到相同结果,说明eEF1D可以抑制IAV的vRNP的入核过程。5.eEF1D抑制vRNP的组装和RNAs的合成进一步研究发现eEF1D可以抑制IAV的NP蛋白寡聚化,且抑制了聚合酶PA、PB1和PB2三元复合物的形成,最终导致vRNP的组装过程受到影响。vRNP是IAV转录复制进行的最小功能单位,接下来,我们研究了eEF1D过表达及其敲除对病毒v RNA、c RNA、m RNA的影响。荧光定量PCR检测结果表明过表达eEF1D显着抑制IAV的v RNA、c RNA、m RNA合成,而eEF1D敲除后能显着促进IAV的三种RNAs的合成,说明IAV的转录复制受到影响。6.eEF1D的N端和C端均能调控IAV的复制eEF1D作为翻译延长因子有两个重要的功能域:位于N端的亮氨酸拉链区,主要在蛋白质结合方面发挥作用;位于C端的鸟嘌呤核苷酸交换因子区域,主要是催化GDP和GTP的交换。为确定eEF1D上调控IAV复制的关键区域,将eEF1D分成eEF1D-1（N端）和eEF1D-2（C端）,间接免疫荧光实验结果显示,eEF1D的N端和C端在细胞中的定位同全长一样,没有发生改变,均在细胞质中定位;双荧光素酶的实验结果显示eEF1D-1和eEF1D-2均能抑制IAV的聚合酶活性。进一步的荧光定量PCR检测结果也表明,eEF1D-1和eEF1D-2均能显着抑制IAV NP的m RNA水平。上述结果说明eEF1D的N端和C端在调控IAV的复制过程中均发挥调节作用。总之,本研究表明eEF1D可以与流感病毒的vRNP发生相互作用,且通过抑制RNP亚基的核输入来负调控IAV复制,这不仅揭示了eEF1D在IAV复制中的新作用,而且还为vRNP蛋白的核输入机制提供了新见解。
二、揭示核糖体结构的秘密（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、揭示核糖体结构的秘密（论文提纲范文）
（1）水体污染物磷酸三（1，3-二氯-2-丙基）酯对鱼类生长发育的影响及作用机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 有机磷酸酯简介 |
| 1.2.1 有机磷酸酯的理化性质及用途 |
| 1.2.2 有机磷酸酯的使用现状 |
| 1.2.3 环境中常见有机磷酸酯的来源及分布 |
| 1.3 典型有机磷酸酯类化合物TDCIPP的用途及使用现状 |
| 1.4 TDCIPP在水生环境中的分布 |
| 1.4.1 自然水体 |
| 1.4.2 水体沉积物 |
| 1.4.3 水生生物 |
| 1.5 TDCIPP对水生生物的毒理学研究进展 |
| 1.5.1 内分泌干扰效应 |
| 1.5.2 神经毒性和肝毒性 |
| 1.5.3 发育毒性 |
| 1.5.4 母体传递毒性 |
| 1.6 GH/IGF轴对鱼类的生长调控 |
| 1.7 本论文研究内容及创新之处 |
| 1.7.1 研究目的及意义 |
| 1.7.2 主要研究内容 |
| 1.7.3 创新之处 |
| 1.8 本论文技术路线图 |
| 第二章 环境相关浓度TDCIPP两代暴露对F1 代斑马鱼生长的影响 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 主要试剂及仪器 |
| 2.2.2 TDCIPP暴露液的配制 |
| 2.2.3 斑马鱼饲养及暴露实验 |
| 2.2.4 指标统计和样品收集 |
| 2.2.5 鱼体TDCIPP含量测定 |
| 2.2.6 甲状腺激素含量测定 |
| 2.2.7 基因表达分析 |
| 2.2.8 数据统计 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 96 hpf斑马鱼幼鱼的存活率和体长 |
| 2.3.2 96 hpf斑马鱼幼鱼GH/IGF轴上相关基因的表达 |
| 2.3.3 96 hpf斑马鱼幼鱼体内甲状腺激素的含量 |
| 2.3.4 30 dpf斑马鱼的存活率、体长和体重 |
| 2.3.5 F0 代和F1代30 dpf斑马鱼体内TDCIPP的含量 |
| 2.3.6 30 dpf斑马鱼GH/IGF轴上相关基因的表达 |
| 2.3.7 30 dpf斑马鱼体内甲状腺激素的含量 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 环境相关浓度TDCIPP两代暴露对F1 代斑马鱼性腺发育及子代生长的影响 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 主要试剂及仪器 |
| 3.2.2 TDCIPP暴露液的配制 |
| 3.2.3 斑马鱼的饲养及暴露实验 |
| 3.2.4 指标统计和样本收集 |
| 3.2.5 鱼体内TDCIPP含量测定 |
| 3.2.6 卵细胞表面扫描电镜分析 |
| 3.2.7 精子活力和密度分析 |
| 3.2.8 卵巢组织切片观察 |
| 3.2.9 血浆中睾酮(T)和17β-雌二醇(E2)含量测定 |
| 3.2.10 基因表达分析 |
| 3.2.11 数据统计 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 斑马鱼体内TDCIPP的含量 |
| 3.3.2 雌性斑马鱼21 天累积产卵量和卵黄直径 |
| 3.3.3 雌性斑马鱼卵细胞表面受精孔的形态 |
| 3.3.4 雄性斑马鱼的精子密度和总运动能力 |
| 3.3.5 雌雄斑马鱼子代胚胎的孵化率 |
| 3.3.6 雌雄斑马鱼血浆中睾酮和17β雌二醇的含量 |
| 3.3.7 雌雄斑马鱼HPG轴上相关基因的表达 |
| 3.3.8 雌雄斑马鱼的性腺体质常数(GSI) |
| 3.3.9 雌性斑马鱼卵巢组织切片观察 |
| 3.3.10 雌雄斑马鱼性腺发育相关基因的表达 |
| 3.3.11 雌雄斑马鱼生殖细胞成熟相关基因的表达 |
| 3.3.12 性腺发育及生殖细胞成熟相关基因表达与生殖参数的相关性分析 |
| 3.3.13 F1 代暴露至150 dpf对F2 代斑马鱼幼鱼生长的影响 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 母体环境相关浓度TDCIPP暴露对子代斑马鱼幼鱼生长的影响及作用机制研究 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料与方法 |
| 4.2.1 主要试剂及仪器 |
| 4.2.2 TDCIPP暴露液的配制 |
| 4.2.3 斑马鱼的养殖及暴露实验 |
| 4.2.4 卵细胞中TDCIPP含量的测定 |
| 4.2.5 正常斑马鱼胚胎的显微注射 |
| 4.2.6 转录组测序 |
| 4.2.7 蛋白组测序 |
| 4.2.8 基因表达分析 |
| 4.2.9 免疫印迹实验 |
| 4.2.10 数据统计与分析 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 母体暴露于TDCIPP对子代存活率及体长的影响 |
| 4.3.2 由母体传递到子代卵细胞及96 hpf幼鱼中TDCIPP的含量 |
| 4.3.3 显微注射后斑马鱼胚胎及发育至96hpf幼鱼中TDCIPP的含量 |
| 4.3.4 显微注射TDCIPP后正常斑马鱼胚胎96 hpf的存活率和体长 |
| 4.3.5 母体暴露于TDCIPP后子代卵细胞中m RNA浓度的变化及生物功能分析 |
| 4.3.6 母体暴露于TDCIPP后子代卵细胞中蛋白浓度的变化及生物功能分析 |
| 4.3.7 RT-qPCR和 Western blot对转录组和蛋白组的验证 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 TDCIPP对鲫生长的影响及作用机制研究 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料方法 |
| 5.2.1 主要试剂及仪器 |
| 5.2.2 TDCIPP暴露液的配制 |
| 5.2.3 鲫的饲养及暴露试验 |
| 5.2.4 鲫垂体原代细胞的分离培养 |
| 5.2.5 鲫垂体原代细胞的暴露及细胞活力检测 |
| 5.2.6 暴露液、鱼体组织及细胞培养基中TDCIPP含量的测定 |
| 5.2.7 计算机分子对接模拟计算 |
| 5.2.8 双荧光素酶报告基因实验 |
| 5.2.9 GHRH(1-29)NH2和TDCIPP处理及样本收集 |
| 5.2.10 血浆和细胞培养基生长激素(GH)含量的测定 |
| 5.2.11 细胞内腺苷酸环化酶(AC)的测定 |
| 5.2.12 细胞内环磷酸腺苷(c AMP)的测定 |
| 5.2.13 基因表达的测定 |
| 5.2.14 数据统计与分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 暴露水体中TDCIPP的实际含量 |
| 5.3.2 TDCIPP暴露对鲫生长的影响 |
| 5.3.3 暴露90 天后鲫肝脏和脑中TDCIPP的含量 |
| 5.3.4 TDCIPP暴露对鲫下丘脑、垂体和肝脏中GH/IGF轴相关基因的表达的影响 |
| 5.3.5 TDCIPP暴露对鲫血浆生长激素(GH)含量的影响 |
| 5.3.6 TDCIPP暴露后垂体细胞活力、基因表达及培养基中GH和 TDCIPP的含量 |
| 5.3.7 TDCIPP与鲫Ghrhr蛋白间相互作用计算 |
| 5.3.8 转染后GHRHR的检测及药物处理后荧光素酶活性 |
| 5.3.9 C-FBS培养的垂体细胞TDCIPP暴露后ghs的表达 |
| 5.3.10 C-FBS培养的垂体细胞药物处理后细胞内的AC水平 |
| 5.3.11 C-FBS培养的垂体细胞药物处理后细胞内的c AMP水平 |
| 5.3.12 C-FBS培养的垂体细胞药物处理后细胞ghs的表达 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 本章小结 |
| 第六章 全文总结及展望 |
| 6.1 研究结论 |
| 6.2 研究展望 |
| 参考文献 |
| 在校期间发表论文 |
| 致谢 |
（2）玉米多重病害抗性位点qLMchr7的图位克隆及功能解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 1. 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 文献综述 |
| 1.2.1 自然界中植物病原微生物的多样性及其危害 |
| 1.2.2 植物对抗病原菌的免疫系统 |
| 1.2.3 植物产生的抗病反应与抗病性的联系 |
| 1.2.4 ROS与植物抗病性的联系 |
| 1.2.5 玉米中与LM表型有关的抗病研究 |
| 1.2.6 植物基因克隆的一般方法 |
| 1.3 研究的目的和意义 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 实验中所用的植物材料及其来源 |
| 2.1.1 图位克隆材料的来源及其衍生后代 |
| 2.1.2 玉米抗病表型验证材料的来源 |
| 2.1.3 瞬时表达实验所用材料 |
| 2.1.4 重测序所用材料 |
| 2.2 实验中所用菌株 |
| 2.3 实验中所用载体 |
| 2.4 表型调查的方法 |
| 2.5 分子标记开发的方法 |
| 2.6 分子标记的检测、分析、统计以及筛选的方法 |
| 2.7 控制LM表型QTLs图位克隆的方法 |
| 2.7.1 控制LM表型QTLs初定位的方法 |
| 2.7.2 qLMchr7精细定位的方法 |
| 2.7.3 ZmMM1为qLMchr7调控的功能基因验证的方法 |
| 2.8 ZmMM1编码区和qLMchr7重测序以及分析方法 |
| 2.9 ROS积累检测的方法 |
| 2.9.1 DAB染色定性检测ROS积累的方法 |
| 2.9.2 鲁米诺反应(Luciferase assay)定量检测ROS积累的方法 |
| 2.10 克隆构建的一般方法 |
| 2.10.1 扩增候选基因的方法 |
| 2.10.2 DNA纯化方法 |
| 2.10.3 胶回收DNA方法 |
| 2.10.4 克隆载体连接的方法 |
| 2.10.5 表达载体连接的方法 |
| 2.10.6 大肠杆菌转化的方法 |
| 2.10.7 阳性克隆的筛选的方法 |
| 2.10.8 质粒提取的方法 |
| 2.10.9 测序比对并整理的方法 |
| 2.11 烟草瞬时表达的方法 |
| 2.12 玉米原生质体瞬时转化及蛋白提取方法 |
| 2.13 ZmMM1基因功能验证方法 |
| 2.14 qLMchr7调控模式检测的方法 |
| 2.14.1 对ZmMM1编码区段甲基化水平检测的方法 |
| 2.14.2 对ZmMM1转录水平检测的方法 |
| 2.14.3 对ZmMM1蛋白水平检测的方法 |
| 2.14.4 对ZmMM1蛋白是否受到26S蛋白酶体降解检测的方法 |
| 2.14.5 对ZmMM1翻译水平检测的方法 |
| 2.15 qLMchr7元件调控功能的验证方法 |
| 2.16 ZmMM1蛋白进化树构建的方法 |
| 2.17 ZmMM1亚细胞定位方法 |
| 2.18 ZmMM1转录激活能力检测方法 |
| 2.18.1 酵母中证明ZmMM1转录激活能力 |
| 2.18.2 玉米原生质体中证明ZmMM1转录激活能力 |
| 2.19 ZmMM1下游基因筛选方法 |
| 2.19.1 利用DAP-seq筛选下游基因 |
| 2.19.2 利用ChIP-qPCR验证下游候选基因 |
| 2.20 下游候选基因ZmMT3功能验证的方法 |
| 2.20.1 ZmMT3与ZmMM1功能拮抗的验证方法 |
| 2.20.2 ZmMT3在玉米中影响抗性以及PTI过程ROS产生的验证方法 |
| 2.21 RNA-seq数据分析的方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 qLMchr7图位克隆结果 |
| 3.1.1 控制LM表型的QTL初定位结果 |
| 3.1.2 qLMchr7精细定位的结果 |
| 3.1.3 qLMchr7调控ZmMM1的验证 |
| 3.2 qLMchr7调控ZmMM1方式的检测结果 |
| 3.2.1 qLMchr7调控ZmMM1区段的甲基化修饰结果 |
| 3.2.2 qLMchr7调控ZmMM1转录水平的结果 |
| 3.2.3 qLMchr7调控ZmMM1蛋白水平的结果 |
| 3.2.4 qLMchr7调控ZmMM1蛋白降解的结果 |
| 3.2.5 qLMchr7调控ZmMM1的翻译效率的结果 |
| 3.3 qLMchr7功能验证的结果 |
| 3.4 qLMchr7功能位点筛选及验证的结果 |
| 3.5 ZmMM1以及qLMchr7对玉米抗病能力影响的结果 |
| 3.6 qLMchr7~(C117)产生抗病反应的结果 |
| 3.7 ZmMM1蛋白进化树构建的结果 |
| 3.8 ZmMM1蛋白的亚细胞定位结果 |
| 3.9 ZmMM1转录激活能力检测的结果 |
| 3.9.1 ZmMM1在酵母中转录激活能力检测的结果 |
| 3.9.2 ZmMM1在玉米原生质体中转录激活能力检测的结果 |
| 3.10 ZmMM1下游基因筛选以及检测的结果 |
| 3.10.1 ZmMM1下游基因的筛选结果 |
| 3.10.2 ZmMM1下游基因验证的结果 |
| 3.11 ZmMM1在抗病过程中对植物转录组影响的检测结果 |
| 3.12 ZmMM1编码区和qLMchr7重测序分析及检测结果 |
| 3.13 玉米群体中ZmMM1调控元件分析的结果 |
| 3.14 玉米群体中qLMchr7~(C117)对产量影响的结果 |
| 4. 讨论 |
| 4.1 关于qLMchr7调控方式的讨论 |
| 4.2 关于ZmMM1基因功能的讨论 |
| 4.3 关于ZmMT3功能的讨论 |
| 4.4 关于qLMchr7应用的讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录A 使用试剂配方 |
| 附录B 常见实验操作方法 |
| 附录C 数据分析使用代码以及NCBI文件路径 |
| 附录D 实验所用引物序列 |
| 附录E 作者信息 |
| 致谢 |
（3）宏基因组学解析瘤胃微生物组成和功能特性及外源添加剂调控瘤胃微生物发酵的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 前言 |
| 2 反刍动物瘤胃微生物组成与功能 |
| 2.1 瘤胃细菌 |
| 2.2 瘤胃古菌 |
| 2.3 瘤胃原虫 |
| 2.4 瘤胃真菌 |
| 2.5 动物类型及日粮对瘤胃微生物组成的影响 |
| 2.5.1 动物类型对瘤胃细菌组成的影响 |
| 2.5.2 日粮对瘤胃细菌组成的影响 |
| 2.5.3 动物类型对瘤胃古菌组成的影响 |
| 2.5.4 日粮对瘤胃古菌的影响 |
| 2.6 瘤胃微生物对反刍动物生产的重要性 |
| 2.6.1 瘤胃微生物影响饲料利用率 |
| 2.6.2 瘤胃微生物与CAZymes |
| 2.6.2.1 纤维素酶 |
| 2.6.2.2 半纤维素酶 |
| 2.6.2.3 果胶酶 |
| 2.6.3 瘤胃微生物与甲烷排放 |
| 3 研究瘤胃微生物的分子生物学方法 |
| 3.1 宏分类组学 |
| 3.2 宏基因组学 |
| 3.3 宏转录组学 |
| 3.4 代谢组学 |
| 3.5 组学技术在瘤胃微生物研究中的展望 |
| 4 植物提取物调控瘤胃微生物的研究进展 |
| 4.1 皂甙在瘤胃微生物调控中的应用 |
| 4.2 单宁在瘤胃微生物调控中的应用 |
| 4.3 植物精油在瘤胃微生物调控中的应用 |
| 4.4 植物提取物调控瘤胃微生物的研究展望 |
| 5 研究的目的及意义 |
| 6 研究内容 |
| 7 技术路线 |
| 第二章 Kraken2方法的建立及其应用验证 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 动物试验及样品采集 |
| 2.2 RNA提取与测序 |
| 2.3 数据分析流程设置 |
| 2.4 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 Kraken2与Kraken方法宏转录组学物种注释结果比较 |
| 3.2 微生物α及β多样性在Kraken和Kraken2方法中的差异 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第三章 宏基因组学反刍动物瘤胃微生物物种和功能解析 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 动物试验及样品采集 |
| 2.2 DNA提取及宏基因组测序 |
| 2.3 宏基因组数据分析 |
| 2.3.1 宏基因组物种组成分析 |
| 2.3.2 北美野牛和安格斯肉牛宏基因组学功能分析 |
| 2.4 瘤胃微生物物种组成与差异功能关联分析 |
| 2.5 统计学分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 北美野牛和安格斯肉牛宏基因组学数据总体统计 |
| 3.2 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃细菌和古菌生物多样性分析 |
| 3.2.1 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃细菌和古菌α多样性分析 |
| 3.2.2 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃细菌和古菌β多样性分析 |
| 3.3 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃微生物组成分析 |
| 3.3.1 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃微生物域水平组成 |
| 3.3.2 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃细菌组成 |
| 3.3.2.1 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃细菌门水平组成 |
| 3.3.2.2 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃细菌属水平组成 |
| 3.3.3 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃古菌组成分析 |
| 3.3.3.1 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃古菌门水平和科水平组成 |
| 3.3.3.2 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃古菌属水平和种水平组成 |
| 3.4 北美野牛和安格斯肉牛瘤胃微生物功能分析 |
| 3.4.1 瘤胃微生物SEED subsystems功能分析 |
| 3.4.2 瘤胃微生物功能基因中CAZymes组成分析 |
| 3.4.2.1 瘤胃微生物GHs功能基因组成 |
| 3.4.2.2 瘤胃微生物CBMs功能基因组成 |
| 3.4.2.3 瘤胃微生物AAs、CEs和PLs功能基因组成 |
| 3.4.2.4 瘤胃微生物GTs功能基因组成 |
| 3.5 瘤胃微生物物种组成与差异功能之间的相关性分析 |
| 3.5.1 瘤胃微生物组成与SEED subsystems差异功能相关性分析 |
| 3.5.2 瘤胃微生物丰度组成与差异CAZymes之间的相关性分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 日粮及动物类型对瘤胃细菌和古菌生物多样性的影响 |
| 4.2 日粮类型及动物类型对瘤胃细菌和古菌组成的影响 |
| 4.2.1 日粮类型对瘤胃微生物细菌和古菌组成结构的影响 |
| 4.2.2 动物类型对瘤胃微生物细菌和古菌组成结构的影响 |
| 4.3 日粮类型及动物类型对瘤胃微生物功能结构的影响 |
| 4.3.1 日粮类型对瘤胃微生物SEED subsystems功能组成的影响 |
| 4.3.2 动物类型对瘤胃微生物SEED subsystems功能组成的影响 |
| 4.3.3 日粮类型对瘤胃微生物CAZymes组成的影响 |
| 4.3.4 不同动物类型瘤胃微生物CAZymes组成的差异 |
| 4.3.5 瘤胃微生物物种组成与功能之间的联系 |
| 5 小结 |
| 第四章 百里香酚对瘤胃发酵、甲烷排放和瘤胃微生物的影响 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验动物及瘤胃液采集 |
| 2.2 瘤胃体外发酵试验 |
| 2.3 瘤胃体外发酵后指标测定 |
| 2.4 扩增子测序分析瘤胃微生物组成 |
| 2.4.1 总DNA提取及扩增子测序 |
| 2.4.2 扩增子测序数据分析流程 |
| 2.5 瘤胃微生物组成与瘤胃发酵产物相关性分析 |
| 2.6 统计分析 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 瘤胃pH、总产气量、甲烷产量、NH3-N浓度及物质消化率 |
| 3.2 瘤胃挥发性脂肪酸含量 |
| 3.3 百里香酚添加对体外发酵瘤胃微生物的影响 |
| 3.3.1 百里香酚添加瘤胃微生物Alpha及Beta多样性的影响 |
| 3.3.1.1 百里香酚添加对瘤胃细菌、古菌和原虫Alpha多样性的影响 |
| 3.3.1.2 百里香酚添加对瘤胃细菌、古菌和原虫Beta多样性的影响 |
| 3.3.2 百里香酚添加瘤胃微生物组成的影响 |
| 3.3.2.1 百里香酚添加瘤胃细菌组成的影响 |
| 3.3.2.2 百里香酚添加瘤胃古菌组成的影响 |
| 3.3.2.3 百里香酚添加瘤胃原虫组成的影响 |
| 3.3.3 瘤胃微生物组分与瘤胃发酵产物相关性分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 外源添加剂对瘤胃发酵功能的影响 |
| 4.2 外源添加剂对瘤胃微生物的影响 |
| 4.3 瘤胃微生物组分对瘤胃发酵功能的影响 |
| 5 小结 |
| 第五章 总体讨论和结语 |
| 1 总体讨论 |
| 2 主要结论 |
| 3 创新点 |
| 4 研究不足之处及展望 |
| 参考文献 |
| 附录 在读期间论文发表情况 |
| 致谢 |
（4）香蕉幼苗根系对缺钾胁迫的响应及分子机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 香蕉氮磷营养概况 |
| 1.1.1 氮素的生理作用 |
| 1.1.2 磷素的生理作用 |
| 1.1.3 氮磷营养缺乏症状 |
| 1.2 植物响应钾胁迫的形态生理机制研究 |
| 1.2.1 钾素生理作用 |
| 1.2.2 钾胁迫对植物形态结构、生理的影响 |
| 1.2.3 钾胁迫对植物营养积累的影响以及缺钾症状 |
| 1.3 植物响应钾胁迫的分子机制研究 |
| 1.3.1 钾离子通道蛋白及转运体功能 |
| 1.3.2 钾胁迫对植物蛋白表达的影响 |
| 1.3.3 钾胁迫对植物调控机制的影响 |
| 1.4 香蕉钾素营养特征及钾胁迫影响研究 |
| 1.4.1 香蕉钾素营养特征 |
| 1.4.2 钾胁迫对香蕉形态和生理养分的影响 |
| 1.4.3 钾营养缺乏症状 |
| 1.5 组学技术在植物研究中的应用 |
| 1.5.1 转录组学在植物钾胁迫研究中的应用 |
| 1.5.2 蛋白质组学在植物钾胁迫研究中的应用 |
| 1.5.3 磷酸化蛋白质组学在植物研究中的应用 |
| 1.5.4 其它组学技术在植物研究中的应用 |
| 1.6 本研究工作立题依据及意义 |
| 1.6.1 目的与意义 |
| 1.6.2 主要研究内容 |
| 1.6.3 技术路线 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料来源 |
| 2.1.1 香蕉种苗 |
| 2.1.2 菌株及载体准备 |
| 2.2 试验设计与实施 |
| 2.2.1 试验设计以及种苗管理 |
| 2.2.2 样品前处理 |
| 2.3 测定方法 |
| 2.3.1 生物量的测定 |
| 2.3.2 根系超微结构观察 |
| 2.3.3 根系活力测定 |
| 2.3.4 相对电导率测定 |
| 2.3.5 丙二醛(MDA)测定 |
| 2.3.6 抗氧化酶(SOD、POD、CAT)测定 |
| 2.3.7 NPK养分含量的测定 |
| 2.3.8 转录组学分析 |
| 2.3.9 蛋白质组学分析 |
| 2.3.10 磷酸化蛋白质组学分析 |
| 2.3.11 关键基因克隆及功能分析 |
| 2.4 实验仪器及试剂 |
| 2.5 可靠性验证与数据分析 |
| 2.5.1 RNA-Seq文库准备、测序和数据分析 |
| 2.5.2 数据统计、GO富集、表达趋势分析、交互网络构建等 |
| 2.5.3 RNA-Seq可靠性验证 |
| 2.5.4 数据汇总、制图分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 缺钾胁迫对香蕉幼苗生长形态和根系发育的影响 |
| 3.1.1 缺钾胁迫对香蕉幼苗地上部分生长的影响 |
| 3.1.2 缺钾胁迫对香蕉幼苗根系生长的影响 |
| 3.1.3 缺钾胁迫对香蕉幼苗根系细胞超微结构的影响 |
| 3.2 缺钾胁迫对香蕉幼苗生理响应及NPK养分积累的影响 |
| 3.2.1 缺钾胁迫对香蕉根系活力的影响 |
| 3.2.2 缺钾胁迫对香蕉叶片与根系电导率的影响 |
| 3.2.3 缺钾胁迫对香蕉幼苗叶片与根系丙二醛含量的影响 |
| 3.2.4 缺钾胁迫对香蕉幼苗叶片与根系抗氧化酶活性的影响 |
| 3.2.5 钾胁迫对香蕉幼苗植株NPK含量及平衡的影响 |
| 3.3 缺钾胁迫香蕉根系转录组分析 |
| 3.3.1 转录组测序数据质量评估 |
| 3.3.2 缺钾胁迫对香蕉根系基因表达的影响 |
| 3.3.3 差异表达基因的GO功能富集分析 |
| 3.3.4 差异基因KEGG富集分析 |
| 3.3.5 香蕉根系响应缺钾胁迫的差异表达基因分析 |
| 3.3.6 RNA-Seq测序数据的qRT-PCR验证 |
| 3.4 缺钾胁迫下香蕉根系蛋白质组学分析 |
| 3.4.1 缺钾胁迫香蕉根系蛋白组学鉴定 |
| 3.4.2 差异表达蛋白分析 |
| 3.4.3 差异表达蛋白的GO和KEGG分析 |
| 3.4.4 差异表达蛋白的结构域分析 |
| 3.4.5 差异表达蛋白的亚细胞定位 |
| 3.5 缺钾胁迫下香蕉根系磷酸化蛋白质组学分析 |
| 3.5.1 定量磷酸化蛋白质组数据分析 |
| 3.5.2 磷酸化相关基序分析 |
| 3.5.3 磷酸化修饰位点差异分析 |
| 3.5.4 差异磷酸化修饰位点聚类分析 |
| 3.5.5 磷酸化修饰差异蛋白的GO分类及富集分析 |
| 3.5.6 差异表达磷酸化位点的KEGG分析 |
| 3.5.7 差异磷酸化修饰蛋白结构域富集 |
| 3.5.8 差异磷酸化蛋白的亚细胞定位分类 |
| 3.5.9 差异磷酸化修饰蛋白质互作网络 |
| 3.5.10 糖酵解/糖异生、三羧酸循环以及丙酮酸代谢途径分析 |
| 3.6 香蕉根系响应缺钾胁迫的多组学关联分析 |
| 3.6.1 缺钾香蕉根系组学数据关联分析 |
| 3.6.2 组学整合分析 |
| 3.7 香蕉缺钾胁迫响应关键基因的克隆及功能分析 |
| 3.7.1 MaQORH和MazntA基因来源 |
| 3.7.2 MaQORH和MazntA基因的克隆 |
| 3.7.3 MaQORH和MazntA基因生物信息学分析 |
| 3.7.4 MaQORH和MazntA基因酵母表达载体构建及转化 |
| 3.7.5 MaQORH和MazntA基因对钾离子缺陷型酵母的回补研究 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 缺钾胁迫对香蕉幼苗生长形态与根系的影响 |
| 4.2 缺钾胁迫对香蕉幼苗生理和养分的响应影响 |
| 4.3 缺钾胁迫下差异基因表达、离子转运体及关联基因 |
| 4.4 缺钾胁迫对香蕉根系蛋白质代谢影响 |
| 4.5 缺钾胁迫对香蕉根系蛋白质磷酸化修饰的影响 |
| 4.6 香蕉根系响应缺钾胁迫的多组学关联 |
| 4.7 MaQORH、MazntA基因与钾离子吸收转运 |
| 第五章 主要结论与展望 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 主要的创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ Motif分类分析 |
| 附录Ⅱ 显着差异磷酸化修饰蛋白的GO分类富集及聚类 |
| 攻读博士学位期间主要成果 |
| 致谢 |
（5）噻苯隆调控棉花叶片脱落的机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 植物器官脱落发生过程及脱落机制 |
| 1.1.1 离层区形成 |
| 1.1.2 脱落信号响应 |
| 1.1.3 器官脱落激活及离层区保护层形成 |
| 1.2 植物器官脱落诱因 |
| 1.2.1 衰老诱导的脱落 |
| 1.2.2 外界胁迫诱导的脱落 |
| 1.3 植物激素参与器官脱落 |
| 1.4 转录组和代谢组在器官脱落中的应用 |
| 1.5 棉花化学脱叶研究进展 |
| 1.5.1 棉花化学脱叶的研究现状 |
| 1.5.2 噻苯隆诱导棉花脱叶的研究进展 |
| 1.6 本课题研究目的与意义 |
| 2 棉花对噻苯隆响应的表型特征及生理特性 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验材料和生长条件 |
| 2.2.2 表型鉴定 |
| 2.2.3 抗氧化酶活性、可溶性蛋白、O~(2-)、H_2O_2和MDA测定 |
| 2.2.4 光合参数、碳水化合物和氨基酸含量测定 |
| 2.2.5 叶绿素、类胡萝卜素和花青素含量的测定 |
| 2.2.6 数据分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 棉花叶片表型特征和解剖学特征 |
| 2.3.2 棉花叶片ROS含量和抗氧化酶活性 |
| 2.3.3 棉花叶片光合参数和色素含量 |
| 2.3.4 棉花叶片碳水化合物含量 |
| 2.3.5 相关性分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 噻苯隆处理后表型特征 |
| 2.4.2 噻苯隆对叶片脱落ROS稳态的影响 |
| 2.4.3 噻苯隆诱导叶片光合作用及碳水化合物代谢 |
| 2.4.4 噻苯隆诱导叶片脱落表型及生理生化相关性 |
| 2.5 结论 |
| 3 棉花对噻苯隆响应的多组学分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 植物材料和生长条件 |
| 3.2.2 光合参数测定 |
| 3.2.3 转录组文库构建、测序和分析 |
| 3.2.4 代谢组测序 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 脱叶处理后四个时期叶片转录组分析 |
| 3.3.2 脱叶处理后miRNA测序数据分析 |
| 3.3.3 结合降解组的靶基因预测和注释 |
| 3.3.4 miRNA和 WGCNA模块联合分析 |
| 3.3.5 代谢组分析 |
| 3.3.6 代谢组和转录组联合分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 棉花叶片表型、生理和转录差异 |
| 3.4.2 构建叶片脱落特异性共表达网络 |
| 3.4.3 棉花叶片miRNA转录后调控网络 |
| 3.4.4 乙烯、细胞分裂素和水杨酸参与噻苯隆诱导的叶片脱落 |
| 3.5 结论 |
| 4 大田种植棉花对噻苯隆的响应特点 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验材料和地点 |
| 4.2.2 试验设计 |
| 4.2.3 脱叶率和吐絮率统计 |
| 4.2.4 抗氧化酶活性、H_2O_2和MDA含量测定 |
| 4.2.5 光合参数测定 |
| 4.2.6 棉花产量和纤维品质考查 |
| 4.2.7 数据分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 棉花脱叶和吐絮 |
| 4.3.2 棉花产量及其构成 |
| 4.3.3 棉花纤维品质 |
| 4.3.4 棉花光合性能 |
| 4.3.5 棉花生理特性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 结论 |
| 5 讨论与结论 |
| 5.1 讨论 |
| 5.1.1 棉花叶片脱落与抗氧化代谢 |
| 5.1.2 棉花叶片脱落与光合作用 |
| 5.1.3 棉花叶片脱落与激素 |
| 5.2 研究总结 |
| 5.3 本研究创新点 |
| 5.4 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（6）中药有效成分茜草素抑制大肠杆菌耐药性突变机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 抗生素与抗性基因 |
| 1.1.1 抗生素的使用及污染现状 |
| 1.1.2 抗性基因的污染现状 |
| 1.2 抗性基因的产生与传播 |
| 1.2.1 抗性基因的产生 |
| 1.2.2 抗性基因的传播 |
| 1.3 预防和阻止耐药性产生的方法策略 |
| 1.4 中药及其有效成分作为抗生素替代物的研究背景 |
| 1.4.1 中药及其有效成分的功能及应用 |
| 1.4.2 中药有效成分与抗生素耐药性的相关研究进展 |
| 1.5 研究意义和内容 |
| 1.5.1 研究意义 |
| 1.5.2 研究内容 |
| 1.5.3 技术路线 |
| 第二章 中药有效成分茜草素显着抑制大肠杆菌耐药性突变 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 菌株与试剂 |
| 2.2.2 仪器与设备 |
| 2.2.3 细菌平板计数 |
| 2.2.4 亚抑制浓度下抗生素诱导突变实验 |
| 2.2.5 突变株的筛选与保存 |
| 2.2.6 突变频率的计算 |
| 2.2.7 中药有效成分茜草素对四环素杀菌性能的影响 |
| 2.2.8 数据分析 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 茜草素对四环素诱导大肠杆菌突变的影响 |
| 2.3.2 茜草素对其他多种抗生素诱导大肠杆菌耐药性突变的影响 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 突变株的多重耐药性分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 菌株与试剂 |
| 3.2.2 仪器与设备 |
| 3.2.3 MIC测试 |
| 3.2.4 数据分析 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 突变株对四环素的耐药性分析 |
| 3.3.2 突变株对其他抗生素的多重耐药性分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 中药有效成分茜草素抑制大肠杆菌耐药性突变的机制研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 流式细胞仪测定细菌ROS产量和细胞膜通透性 |
| 4.2.2 DNA和 RNA测序样本准备 |
| 4.2.3 生物信息学分析 |
| 4.2.4 数据分析 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 突变位点分析 |
| 4.3.2 差异基因分析 |
| 4.3.3 茜草素对细菌氧化应激及SOS响应的影响 |
| 4.3.4 茜草素对细菌细胞膜及外排泵系统的影响 |
| 4.3.5 其他重要功能基因的转录组分析 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 总结与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 不足与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（7）SsNSRV-1基因功能及其与核盘菌互作机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 前言 |
| 1.核盘菌及油菜菌核病 |
| 1.1 核盘菌及其分类地位 |
| 1.2 油菜菌核病及其病害循环 |
| 1.3 核盘菌的致病机理 |
| 1.4 菌核病的防治 |
| 2.真菌病毒及其多样性 |
| 2.1 病毒与真菌病毒的发现 |
| 2.2 真菌病毒的分类 |
| 2.3 真菌病毒的广泛分布 |
| 2.4 真菌病毒的传播方式 |
| 2.5 真菌病毒的应用 |
| 3.真菌病毒与寄主互作研究 |
| 3.1 真菌病毒对寄主的影响 |
| 3.2 真菌对真菌病毒的影响 |
| 3.3 真菌病毒-寄主互作研究 |
| 4.转录组学与真菌病毒研究 |
| 4.1 转录组学及转录组测序(RNA-Seq)简介 |
| 4.2 转录组数据的分析流程 |
| 4.3 转录组学在真菌病毒研究中的应用 |
| 5.代谢组学及其应用 |
| 5.1 代谢组学的基本概念 |
| 5.2 代谢组的研究方法 |
| 5.3 代谢组数据分析 |
| 5.4 代谢组学在微生物研究中的应用 |
| 6.单股负义链RNA病毒与SsNSRV-1 |
| 6.1 单股负义链RNA病毒 |
| 6.2 Mymonaviridae的建立 |
| 6.3 核盘菌负链病毒SsNSRV-1 |
| 7.本研究的目的意义 |
| 第二章 利用高通量测序分析菌株AH98中的病毒 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.3.1 菌株的培养 |
| 1.3.2 RNA提取及cDNA合成 |
| 1.3.3 测序方案 |
| 1.3.4 数据分析流程 |
| 1.3.5 病毒序列的验证和分析 |
| 2.结果分析 |
| 2.1 测序数据QC质量分析 |
| 2.2 测序获得的病毒验证 |
| 2.3 病毒SsNSRV-5X |
| 2.3.1 SsNSRV-5X的基因组结构 |
| 2.3.2 SsNSRV-5X基因功能预测 |
| 2.3.3 SsNSRV-5X的系统发育分析 |
| 2.4 BcHV1/AH98 的基因组结构和进化树分析 |
| 3.小结与讨论 |
| 3.1 小结 |
| 3.2 讨论 |
| 3.2.1 AH98被6种病毒复合侵染 |
| 3.2.2 AH98的弱毒特性由多种病毒共同导致 |
| 3.2.3 病毒BcHV1存在跨属传播的现象 |
| 3.2.4 SsNSRV-5X可能代表Mymonaviridae科病毒一个新的属 |
| 第三章 SsNSRV-1 基因超表达转化子的表达特性 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 培养基 |
| 1.4 研究方法 |
| 1.4.1 菌株的培养和保存 |
| 1.4.2 真菌DNA提取 |
| 1.4.4 RNA提取及cDNA合成 |
| 1.4.5 农杆菌介导真菌的遗传转化 |
| 1.4.6 ORF超表达转化子PCR验证 |
| 2.结果分析 |
| 2.1 核盘菌超表达转化子中病毒基因的表达特性 |
| 2.2 病毒基因剪切位点的序列特征 |
| 2.3 病毒ORF Ⅲ的剪切现象在禾谷镰孢菌和稻瘟菌中存在 |
| 3.小结与讨论 |
| 3.1 小结 |
| 3.2 讨论 |
| 3.2.1 病毒SsNSRV-1 基因被真菌内含子剪接系统编辑 |
| 3.2.2 病毒SsNSRV-1 可能存在防止内含子剪接的机制 |
| 3.2.3 病毒SsNSRV-1 N基因具有两个转录峰 |
| 第四章 结合转录组技术揭示SsNSRV-1 的基因功能及其与核盘菌互作机理 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.3.1 转录组测序样品制备 |
| 1.3.2 转录组数据分析方法 |
| 1.3.3 病毒SsNSRV-1 蛋白的定位、结构和功能预测 |
| 2.结果与分析 |
| 2.1 转录组测序样品质量检测 |
| 2.2 测序数据质量评估 |
| 2.3 测序数据比对基因组 |
| 2.4 基因ORFⅠ的功能及其对核盘菌的影响 |
| 2.4.1 SsNSRV-1 P1 蛋白的结构和功能预测 |
| 2.4.2 核盘菌ORFⅠ超表达转化子与1980差异表达基因概述 |
| 2.4.3 核盘菌ORF I超表达转化子差异表达基因GO富集分析 |
| 2.4.4 核盘菌ORF I超表达转化子差异表达基因KEGG富集分析 |
| 2.4.5 核盘菌ORFⅠ超表达转化子与1980显着差异表达基因 |
| 2.4.6 核盘菌ORFⅠ超表达转化子中的分泌蛋白和致病相关蛋白 |
| 2.5 基因ORF Ⅱ的功能及其对核盘菌的影响 |
| 2.5.1 SsNSRV-1N蛋白的结构和功能分析 |
| 2.5.2 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子与1980差异表达基因概述 |
| 2.5.3 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子差异表达基因GO富集分析 |
| 2.5.4 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子差异表达基因KEGG富集分析 |
| 2.5.5 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子显着差异表达基因 |
| 2.6 基因ORF Ⅲ的功能及其对核盘菌的影响 |
| 2.6.1 SsNSRV-1 P3 的蛋白结构和功能预测 |
| 2.6.2 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子与1980 差异表达基因概述 |
| 2.6.3 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子差异表达基因GO富集分析 |
| 2.6.4 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子差异表达基因KEGG富集分析 |
| 2.6.5 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子显着差异表达基因 |
| 2.7 基因ORF Ⅳ的功能及其对核盘菌的影响 |
| 2.7.1 SsNSRV-1 P4 蛋白的结构和功能预测 |
| 2.7.2 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子与1980差异表达基因概述 |
| 2.7.3 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子差异表达基因GO富集分析 |
| 2.7.4 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子差异表达基因KEGG富集分析 |
| 2.7.5 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子显着差异表达基因 |
| 2.8 基因ORF Ⅵ的功能及其对核盘菌的影响 |
| 2.8.1 SsNSRV-1 P6 蛋白的结构和功能预测 |
| 2.8.2 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子与1980差异表达基因概述 |
| 2.8.3 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子差异表达基因GO富集分析 |
| 2.8.4 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子差异表达基因KEGG富集分析 |
| 2.8.5 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子显着差异表达基因 |
| 2.9 核盘菌病毒基因超表达转化子共有差异基因分析 |
| 3.小结与讨论 |
| 3.1 小结 |
| 3.2 讨论 |
| 3.2.1 病毒ORFⅠ可能参与病毒粒子的形成 |
| 3.2.2 病毒SsNSRV-1 导致核盘菌致病力衰退的机制 |
| 3.2.3 病毒SsNSRV-1 影响核盘菌的转录调控 |
| 3.2.4 病毒SsNSRV-1 调控核盘菌的跨膜运输 |
| 3.2.5 病毒SsNSRV-1 调控核盘菌生长发育 |
| 3.2.6 病毒SsNSRV-1 调控核盘菌的信号传导途径 |
| 3.2.7 病毒SsNSRV-1 调控核盘菌蛋白质合成和降解 |
| 3.2.8 病毒SsNSRV-1 调控核盘菌自噬 |
| 第五章 真菌病毒SsNSRV-1 基因表达对寄主代谢的影响 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.3.1 代谢组分析菌株的培养 |
| 1.3.2 代谢样品的提取 |
| 1.3.3 LC-MS分析条件 |
| 1.3.4 LC-MS数据处理 |
| 2.结果分析 |
| 2.1 代谢数据预处理 |
| 2.2 病毒核盘菌ORFⅠ对核盘菌代谢的影响 |
| 2.2.1 核盘菌ORFⅠ超表达转化子代谢差异分析 |
| 2.2.2 代谢组数据统计分析 |
| 2.2.3 核盘菌ORFⅠ超表达转化子显着差异物鉴定 |
| 2.3 病毒ORF Ⅱ对核盘菌代谢的影响 |
| 2.3.1 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子代谢差异分析 |
| 2.3.2 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子代谢组数据统计分析 |
| 2.3.3 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子显着差异物鉴定 |
| 2.4 病毒ORF Ⅲ对核盘菌代谢的影响 |
| 2.4.1 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子代谢差异分析 |
| 2.4.2 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子代谢组数据统计分析 |
| 2.4.3 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子显着差异物鉴定 |
| 2.5 病毒ORF Ⅳ对核盘菌代谢的影响 |
| 2.5.1 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子代谢差异分析 |
| 2.5.2 代谢组数据统计分析 |
| 2.5.3 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子显着差异物鉴定 |
| 2.6 病毒ORF Ⅵ对核盘菌代谢的影响 |
| 2.6.1 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子代谢差异分析 |
| 2.6.2 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子代谢组数据统计分析 |
| 2.6.3 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子显着差异物鉴定 |
| 2.7 核盘菌ORF Ⅰ、ORF Ⅱ和 ORF Ⅲ超表达转化子共有差异代谢物 |
| 3.小结与讨论 |
| 3.1 小结 |
| 3.2 讨论 |
| 全文总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1.论文中使用的引物 |
| 附录2.附图 |
| 附图1.转录组测序样品质量评估 |
| 附图2.转录组测序样品平均错误率 |
| 附图3.转录组测序样品碱基含量分布 |
| 附图4.转录组测序样品比对基因组质量分析 |
| 附录3.附表 |
| 附表1.核盘菌中已研究的部分弱毒相关病毒 |
| 附表2.核盘菌ORFⅠ超表达转化子与1980显着差异表达基因 |
| 附表3.核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子与1980显着差异表达基因 |
| 附表4.核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子与1980 显着差异表达基因 |
| 附表5.核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子与1980显着差异表达基因 |
| 附表6.核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子与1980显着差异表达基因 |
| 附表7.核盘菌ORFⅠ超表达转化子与1980显着差异代谢物 |
| 附表8.核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子与1980显着差异代谢物 |
| 附表9.核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子与1980 显着差异代谢物 |
| 附表10.核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子与1980差异代谢物 |
| 附表11.核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子与1980差异代谢物 |
| 附录4.已发表的论文及参与的会议 |
| 致谢 |
（8）OsPPR16在水稻早期叶绿体发育过程中的功能鉴定及机制解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 叶绿体基因组 |
| 1.2.1 叶绿体基因组结构 |
| 1.2.2 叶绿体编码的光合作用相关基因 |
| 1.2.3 叶绿体编码的遗传系统相关基因 |
| 1.3 叶绿体转录系统 |
| 1.3.1 细菌型RNA聚合酶PEP |
| 1.3.2 噬菌体型RNA聚合酶NEP |
| 1.3.3 PEP与 NEP的分工 |
| 1.3.4 影响NEP和 PEP活性的蛋白 |
| 1.4 叶绿体反向信号 |
| 1.5 PPR蛋白调控叶绿体基因的表达 |
| 1.5.1 PPR蛋白 |
| 1.5.2 PPR蛋白参与叶绿体蛋白翻译的调控 |
| 1.5.3 PPR蛋白影响叶绿体RNA的稳定性 |
| 1.5.4 PPR蛋白参与叶绿体RNA剪接 |
| 1.5.5 PPR蛋白参与叶绿体RNA编辑 |
| 1.6 研究目的和意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 水稻材料、生长条件和菌株 |
| 2.2 遗传转化 |
| 2.3 PPR基因的敲除 |
| 2.4 OsPPR16的干涉试验 |
| 2.5 osppr16突变体的回补试验 |
| 2.6 透射电镜观察叶绿体结构 |
| 2.7 水稻叶片叶绿素(Chlorophyll,Chl)含量测定 |
| 2.8 OsPPR16亚细胞定位 |
| 2.9 序列分析和系统学研究 |
| 2.10 叶绿体RNA编辑和剪接的检测 |
| 2.11 实时荧光定量PCR |
| 2.12 Northern blot |
| 2.13 Western blot |
| 2.14 酵母双杂交 |
| 2.15 原核表达 |
| 2.16 酵母单杂交 |
| 2.17 DNA pull-down和质谱鉴定蛋白 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 30个PPR基因突变体的基因型和表型鉴定 |
| 3.2 osppr16突变体的基因型和表型鉴定 |
| 3.3 osppr16突变体的农艺性状 |
| 3.4 在早期叶片发育过程中osppr16 突变体的Chl合成变慢 |
| 3.5 OsPPR16影响叶绿体的发育 |
| 3.6 OsPPR16 编码一个PLS-DYW亚组PPR蛋白 |
| 3.7 OsPPR16在幼叶中优势表达 |
| 3.8 OsPPR16蛋白定位于叶绿体拟核 |
| 3.9 osppr16 突变体中rpoB-545 的编辑受阻 |
| 3.10 RNAi植株中rpoB-545 的编辑效率降低 |
| 3.11 OsPPR16 可以回补osppr16 突变体的表型 |
| 3.12 osppr16 突变体早期叶片中PEP的 RpoB亚基的含量减少 |
| 3.13 rpoB-545 编辑的缺失影响RpoB蛋白的结构 |
| 3.14 早期叶片发育过程中 osppr16 突变体中 PEP 转录能力降低 |
| 3.15 早期叶片发育过程中osppr16 突变体中t RNAGlu的合成受阻 |
| 3.16 osppr16 突变体中Chl合成基因的表达被上调 |
| 3.17 osppr16 突变体表现出gun突变体表型 |
| 3.18 OsPPR16与MORF互作 |
| 4 讨论 |
| 4.1 OsPPR16 是一个特异编辑rpoB-545 的编辑因子 |
| 4.2 rpoB-545的编辑在水稻早期叶片发育过程中具有重要作用 |
| 4.3 rpoB-545 的编辑影响早期叶片发育过程中 PEP 的转录能力 |
| 4.4 PEPβ亚基含量变化的原因 |
| 4.5 OsPPR16对早期叶绿体发育具有重要作用 |
| 4.6 展望 |
| 4.6.1 OsPPR16在叶绿体的发育中的调控作用 |
| 4.6.2 转录因子对OsPPR16表达的调控 |
| 4.6.3 探究OsPPR16潜在的应用价值 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 :部分实验的详细操作程序 |
| 附录2 :附表 |
| 附录3 :作者简介 |
| 个人简介 |
| 在读期间发表论文 |
| 在读期间申请发明专利 |
| 会议摘要 |
| 致谢 |
（9）人源线粒体转运酶TOM复合物结构功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 线粒体蛋白运输 |
| 1.2.1 线粒体的结构与功能 |
| 1.2.2 线粒体蛋白运输的信号和载体 |
| 1.2.2.1 线粒体蛋白中的靶向信号 |
| 1.2.2.2 线粒体蛋白运输的几种蛋白机器 |
| 1.2.3 线粒体蛋白运输的途径(与TOM复合物相关) |
| 1.2.3.1 TOM复合物识别蛋白前体靶向信号 |
| 1.2.3.2 线粒体外膜蛋白的生物发生 |
| 1.2.3.3 线粒体膜间隙蛋白的生物发生 |
| 1.2.3.4 线粒体内膜蛋白的生物发生 |
| 1.2.3.5 线粒体基质蛋白的生物发生 |
| 1.3 线粒体外膜蛋白转运酶TOM复合物 |
| 1.3.1 TOM复合物在低等真核生物中的鉴定与功能 |
| 1.3.2 TOM复合物在高等真核生物中的鉴定与功能 |
| 1.3.3 TOM复合物的组成 |
| 1.3.3.1 Tom70 |
| 1.3.3.2 Tom20 |
| 1.3.3.3 Tom40 |
| 1.3.3.4 Tom22 |
| 1.3.3.5 小Tom蛋白(Tom5,Tom6,Tom7) |
| 1.3.4 TOM复合物的生物发生 |
| 1.4 线粒体磷脂与TOM复合物 |
| 1.4.1 线粒体主要的脂质 |
| 1.4.2 心磷脂对于线粒体外膜蛋白生物发生的影响 |
| 1.4.3 磷脂酰乙醇胺对于线粒体外膜蛋白生物发生的影响 |
| 1.4.4 磷脂酰胆碱对于线粒体外膜蛋白生物发生的影响 |
| 1.5 TOM复合物的研究进展 |
| 1.5.1 TOM复合物的结构生物学研究 |
| 1.5.2 TOM复合物蛋白转运机理的研究 |
| 1.5.3 TOM复合物的横向释放 |
| 1.6 TOM复合物与疾病相关的研究 |
| 1.6.1 帕金森综合症 |
| 1.6.2 病原性效应蛋白导致的疾病 |
| 1.7 研究的目的和意义 |
| 第二章 实验材料与方法 |
| 2.1 实验仪器 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 质粒载体、菌株和细胞系 |
| 2.2.1.1 实验中使用的质粒载体 |
| 2.2.1.2 实验中使用的菌株和细胞系 |
| 2.2.2 实验常用溶液及试剂配方 |
| 2.2.2.1 分子克隆的试剂配方 |
| 2.2.2.2 线粒体纯化的试剂配方 |
| 2.2.2.3 蛋白纯化的试剂配方 |
| 2.2.2.4 蛋白质检测试剂配方 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 目的蛋白的分子克隆及pMLink的组装 |
| 2.3.1.1 目的蛋白的分子克隆 |
| 2.3.1.2 目的蛋白的pMLink组装 |
| 2.3.2 哺乳动物细胞培养及转染 |
| 2.3.3 线粒体分离提取 |
| 2.3.3.1 小量线粒体的粗提 |
| 2.3.3.2 大量线粒体的提取 |
| 2.3.4 目的蛋白的提取与纯化 |
| 2.3.4.1 膜蛋白萃取 |
| 2.3.4.2 亲和层析纯化 |
| 2.3.4.3 分子筛纯化 |
| 2.3.5 蛋白样品检测实验和相互作用验证实验 |
| 2.3.5.1 蛋白凝胶检测实验 |
| 2.3.5.2 Western blot实验 |
| 2.3.6 电镜样品制备 |
| 2.3.6.1 负染样品制样 |
| 2.3.6.2 冷冻电镜样品制样 |
| 2.3.7 冷冻电镜样品数据收集和结构解析 |
| 2.3.7.1 电镜观察和初筛 |
| 2.3.7.2 Titan电镜数据收集 |
| 2.3.7.3 冷冻电镜数据处理 |
| 2.3.8 质谱检测实验 |
| 2.3.8.1 蛋白质谱检测实验 |
| 2.3.8.2 蛋白中磷脂的鉴定 |
| 2.3.9 分子动力学模拟 |
| 2.3.10 本文的实验路线 |
| 第三章 人源TOM复合物结构和功能研究 |
| 3.1 人源TOM复合物的表达与纯化 |
| 3.1.1 人源TOM复合物表达探索 |
| 3.1.2 人源TOM复合物纯化探索 |
| 3.1.2.1 膜蛋白去垢剂筛选及蛋白质性优化 |
| 3.2 人源TOM复合物的冷冻电镜样品优化与分析 |
| 3.2.1 人源TOM复合物的冷冻电镜观察 |
| 3.2.2 人源TOM复合物冷冻电镜数据处理与结构解析 |
| 3.3 人源二聚体TOM核心复合物冷冻结构分析 |
| 3.3.1 人源二聚体TOM核心复合物中存在大量的磷脂 |
| 3.3.2 Tom40在二聚体TOM核心复合物是一个相对稳定的β桶结构 |
| 3.3.3 Tom22对稳定二聚体TOM核心复合物有决定性作用 |
| 3.3.4 Tom22的N端胞质结构具有底物结合的结构基础 |
| 3.3.5 小蛋白参与二聚体TOM核心复合物的正确组装 |
| 3.3.6 磷脂参与TOM复合物的组装 |
| 3.3.7 人源和酵母二聚体TOM核心复合物结构比较 |
| 3.3.8 具有N端前导序列的前体蛋白通过TOM复合物可能的途径 |
| 3.4 人源TOM全酶复合物表达纯化探索 |
| 3.5 人源三聚体TOM复合物低分辨率结构解析 |
| 3.6 人源三聚体TOM复合物低分辨率结构功能 |
| 3.6.1 二聚体三聚体转换模型 |
| 3.6.2 化学交联实验验证三聚体TOM复合物模型 |
| 3.6.3 Tom40横向打开 |
| 第四章 讨论与展望 |
| 4.1 本课题的创新点 |
| 4.1.1 在TOM复合物组装中,磷脂发挥桥梁作用 |
| 4.1.2 Tom40的结构重排形成三聚体TOM复合物 |
| 4.1.3 TOM复合物横向释放机理探究 |
| 4.2 未来计划 |
| 4.2.1 TOM复合物体外转运体系的建立与研究 |
| 4.2.2 解析TOM复合物全酶结构 |
| 4.2.3 解析高分辨率三聚体人源TOM复合物结构 |
| 4.2.4 解析TOM复合物与底物的结构 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 附录B 个人简历及在校期间发表的学术论文与研究成果 |
| 致谢 |
（10）真核生物翻译延长因子1 δ（eEF1D）抑制A型流感病毒复制的分子机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表(Abbreviation) |
| 1 前言 |
| 1.1 流感病毒的分类 |
| 1.2 流感病毒的结构 |
| 1.3 流感病毒编码的蛋白及其功能 |
| 1.3.1 血凝素 |
| 1.3.2 神经氨酸酶 |
| 1.3.3 核蛋白 |
| 1.3.4 聚合酶蛋白 |
| 1.3.5 基质蛋白 |
| 1.3.6 非结构蛋白 |
| 1.3.7 其他辅助蛋白 |
| 1.4 流感病毒的生命周期 |
| 1.4.1 流感病毒的吸附和入侵过程 |
| 1.4.2 流感病毒vRNP的核输入过程 |
| 1.4.3 流感病毒基因组的转录复制过程 |
| 1.4.4 流感病毒vRNP的出核过程 |
| 1.4.5 流感病毒的出芽过程 |
| 1.5 eEF1D蛋白的功能 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 细胞和病毒 |
| 2.1.2 质粒和小干扰RNA |
| 2.1.3 抗体和小分子化合物 |
| 2.1.4 PCR和质粒构建相关材料 |
| 2.1.5 基因敲除细胞系构建相关材料 |
| 2.1.6 细菌培养和转化相关材料 |
| 2.1.7 蛋白提取、定量和SDS-PAGE相关材料 |
| 2.1.8 Western blot和Co-IP相关材料 |
| 2.1.9 间接免疫荧光和激光共聚焦实验相关材料 |
| 2.1.10 FISH实验相关材料 |
| 2.1.11 细胞活力测定实验相关材料 |
| 2.1.12 RNA提取、RT-PCR和qPCR相关材料 |
| 2.1.13 细胞核质分离相关材料 |
| 2.1.14 双荧光素酶报告基因实验相关材料 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 基因扩增和质粒构建 |
| 2.2.2 细胞冻存、复苏和培养 |
| 2.2.3 转染和病毒感染 |
| 2.2.4 蛋白抽提和定量 |
| 2.2.5 KO-e EF1D细胞系的构建 |
| 2.2.6 免疫共沉淀和免疫印迹 |
| 2.2.7 GST-Pull down实验 |
| 2.2.8 间接免疫荧光和激光共聚焦 |
| 2.2.9 原位杂交 |
| 2.2.10 细胞活力测定 |
| 2.2.11 病毒滴度测定 |
| 2.2.12 RNA提取和qRT-PCR |
| 2.2.13 细胞核质分离实验 |
| 2.2.14 双荧光素酶报告基因实验 |
| 2.2.15 统计分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 eEF1D是A型流感病毒的负调节因子 |
| 3.1.1 eEF1D抑制A型流感病毒的增殖 |
| 3.1.2 eEF1D敲除细胞系的构建 |
| 3.1.3 敲除eEF1D后促进A型流感病毒的增殖 |
| 3.1.4 eEF1D在Vero细胞上仍可以抑制IAV复制 |
| 3.2 eEF1D与 RNP各个亚基互作 |
| 3.2.1 eEF1D与RNP的各个亚基在转染、感染条件下均能互作 |
| 3.2.2 eEF1D与NP以RNA依赖的方式互作 |
| 3.3 eEF1D不影响流感病毒的内化过程 |
| 3.4 eEF1D抑制vRNP的核输入过程 |
| 3.4.1 eEF1D影响NP蛋白的细胞内分布变化 |
| 3.4.2 沉默eEF1D促进vRNP的核输入过程 |
| 3.4.3 敲除eEF1D促进vRNP的核输入过程 |
| 3.5 eEF1D抑制NP、PA-PB1异源二聚体入核 |
| 3.5.1 eEF1D抑制NP的核输入过程 |
| 3.5.2 eEF1D干扰PA-PB1异源二聚体的核输入过程 |
| 3.5.3 eEF1D不影响PB2的核输入过程 |
| 3.5.4 在RNP复合物中,eEF1D抑制NP、PA-PB1异源二聚体入核 |
| 3.6 eEF1D竞争NP和 importinα5之间的相互作用 |
| 3.6.1 eEF1D干扰NP和importinα5的结合 |
| 3.6.2 eEF1D、NP和importins之间的关系 |
| 3.6.3 NP与importins之间结合的关键区域 |
| 3.7 eEF1D竞争PB1和RanBP5互作 |
| 3.8 eEF1D抑制vRNP的装配过程 |
| 3.9 eEF1D抑制流感病毒的聚合酶活性 |
| 3.10 eEF1D抑制流感病毒RNA和蛋白质的合成 |
| 3.11 eEF1D促进VSV和SEV的复制 |
| 3.12 eEF1D的N端和C端对病毒复制都至关重要 |
| 3.13 A型流感病毒感染不改变细胞内源性eEF1D蛋白的表达 |
| 4 讨论 |
| 4.1 eEF1D抑制A型流感病毒复制的分子机制 |
| 4.2 A型流感病毒与宿主蛋白的相互作用 |
| 4.3 eEF1D生物功能与vRNP的入核 |
| 4.4 eEF1D与病毒蛋白NP入核 |
| 4.5 eEF1D与聚合酶PA-PB1 二聚体、PB2入核 |
| 4.6 eEF1D与同家族其他亚基 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 致谢 |
四、揭示核糖体结构的秘密（论文参考文献）
- [1]水体污染物磷酸三（1，3-二氯-2-丙基）酯对鱼类生长发育的影响及作用机制研究[D]. 张永康. 华中农业大学, 2021(02)
- [2]玉米多重病害抗性位点qLMchr7的图位克隆及功能解析[D]. 王宏泽. 华中农业大学, 2021
- [3]宏基因组学解析瘤胃微生物组成和功能特性及外源添加剂调控瘤胃微生物发酵的研究[D]. 於江坤. 华中农业大学, 2021
- [4]香蕉幼苗根系对缺钾胁迫的响应及分子机制研究[D]. 何应对. 华中农业大学, 2021
- [5]噻苯隆调控棉花叶片脱落的机制研究[D]. 靳丁沙. 华中农业大学, 2021
- [6]中药有效成分茜草素抑制大肠杆菌耐药性突变机制研究[D]. 叶楠. 南京信息工程大学, 2021(01)
- [7]SsNSRV-1基因功能及其与核盘菌互作机制研究[D]. 高知枭. 华中农业大学, 2020
- [8]OsPPR16在水稻早期叶绿体发育过程中的功能鉴定及机制解析[D]. 黄维峰. 华中农业大学, 2020(04)
- [9]人源线粒体转运酶TOM复合物结构功能研究[D]. 官泽源. 华中农业大学, 2020(05)
- [10]真核生物翻译延长因子1 δ（eEF1D）抑制A型流感病毒复制的分子机制研究[D]. 高清霞. 华中农业大学, 2020(04)