一、20个STR基因座的种属特异性研究（论文文献综述）
李锦涛[1]（2021）在《运用DNA甲基化和SNP复合标记进行体液来源鉴定和个人识别探究》文中研究指明目的:利用精液特异性甲基化位点确证混合斑中精液的存在,同时利用精液特异性甲基化位点联合的SNP位点确证人群的多态性,并可利用这种多态性进行混合斑中精液供者的个体识别。方法:本课题先利用甲基化敏感型限制性内切酶法（MSRE）对基因组进行酶切,然后利用复合扩增技术（multiplex PCR）和单碱基延伸技术（SBE）对精液、唾液、血液、阴道分泌物特异性的甲基化位点和精液甲基化位点联合的SNP进行检测。构建了针对精液特异性的12个甲基化-SNP联合标记的复合扩增体系,其中甲基化位点12个,SNP位点16个,另外还有唾液、血液、阴道分泌物甲基化位点各一个,方法如下:（1）组织特异性甲基化位点选自文献,同时利用UCSC数据库的common SNP 151数据集在甲基化位点上下游400bp内寻找SNP位点。（2）对筛选出的甲基化-SNP联合标记利用Primer 3软件设计引物,设计时要求在扩增子序列中只有HhaⅠ、HpaⅡ、HpyCH4Ⅳ、BstUⅠ这四种甲基化敏感型限制性内切酶中的一种酶切位点。（3）对设计好的引物进行引物特异性验证,同时对甲基化位点进行组织特异性验证。（4）将所有引物进行复合扩增,并调整复合扩增体系。（5）利用SNaPshot技术检测组织特异性甲基化位点,并同时检测与精液特异性甲基化位点相邻的16个SNP位点,并得出分型结果。（6）对构建好的体系计算法医学参数。结果:1.成功构建了基于毛细管电泳平台（CE）利用SNaPshot技术检测12个精液特异性甲基化-SNP联合标记的体系,其中包括12个甲基化和16个SNP位点,另外还有检测了唾液、血液、阴道分泌物组织特异性甲基化位点各一个。2.对52个中国北方男性的精液进行了多态性统计,体系的个人识别能力达到0.9998。3.成功检测10 ng以上的精液DNA样本。4.可以成功检测精液与其余体液两两构成的混合斑中含量占50%以上的混合斑,并得到其中精液供者的SNP分型。5.可以成功区分由精液、血液、唾液、阴道分泌物四种体液构成的混合斑中组织的来源并得到精液供者的SNP分型。结论:我们建立了一种检测方法可以检测混合斑中精液、唾液、血液、阴道分泌物的组织来源,并可以同时得到精液供者的SNP分型。
刘艳芳[2]（2021）在《基于MPS研发multi-allelic SNP体系、CE构建diallelic DIP和mini STR的六色荧光分型体系及DIP解晰藏族的群体遗传结构》文中研究指明背景与目的:在法医学实践中,主要基于PCR产物大小或序列进行DNA分析,各类陈旧、降解等疑难生物检材的分析检测难度大,使用短串联重复序列（Short Tandem Repeat,STR）进行的常规法医分析通常会导致DNA分型失败,为案件侦破带来困难和挑战。Mini STR是降解检材检测的常用补充遗传标记,但同一反应体系中所能容纳mini STR基因座数量是有限的,导致体系所有基因座累积鉴别效能较低。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）和缺失或者插入多态性（DeletionorInsertion Polymorphism,DIP）突变率低、扩增片段短,是降解检材分型的理想补充分子遗传标记。多等位基因SNP（Multiple allelic SNP,multi-allelic SNP）具有三个或者三个以上的等位基因,纳入更少的multi-allelic SNP位点便可以获得比二等位基因SNP（diallelic SNP）更高效的鉴别效能;还可以通过检测第三或第四个等位基因的存在给出更清晰的信号来指示是否存在混合物。DIP和mini STR基因座属于长度多态性,可采用法医实验室常用的毛细管电泳平台进行分型,操作方法简单且分型成本低。为提高法医降解检材的分型检测成功率,增加其法医身份鉴识的累积鉴别效能,本研究旨在基于两个不同的平台构建两组复合扩增同步分型检测体系,为法医降解检材的分型检测提供有效的新工具。研究各民族的遗传结构有助于解析民族遗传背景,追溯民族起源。藏族人们世代生活在平均海拔4500米以上的青藏高原,对高原环境有很好的适应能力。由于相对封闭的地理环境,藏族人保存了具有代表性的生理特征和遗传信息,成为人类遗传学的重要研究群体。本研究旨在应用91个diallelic DIP位点解晰我国藏族的群体遗传背景和遗传结构,为法医人类学和群体遗传学研究提供有价值的见解。方法与内容:（1）基于公共SNP数据库和特定的甄选标准,选择了 27个multi-allelic SNP 位点,在大规模平行测序（Massively parallel sequencing,MPS）平台上进行测序分型,在中国的两个少数民族中:蒙古族（CMX:Chinese Mongolian in Xinjiang,China）和哈萨克族（CKX:Chinese Kazak in Xinjiang,China）中评估了该multi-allelic SNP检测体系的测序性能,同时调查这些multi-allelic SNP位点的遗传多态性和法医应用效能。（2）基于毛细管电泳平台,开发了一组包括常染色体上59个DIP位点、2个mini STR基因座,Y染色体上2个DIP位点,及1个性别鉴别基因（Amelogenin）的六色荧光标记复合扩增同步分型检测体系,随后,根据DNA分析方法科学工作小组制定的验证指南进行新体系的验证评估,并在中国湖南汉族（CHH:Han Chinese in Hunan,China）、青海藏族（CTQ:Tibetan in Qinghai,China）及西藏藏族（CTT:Tibetan in Tibet,China）中进行遗传多态性及法医学应用效能调查。（3）基于91个diallelic DIP位点数据,应用STRAF v1.0.5、Arlequin v3.5、DISPAN 程序、Genepop v4.7、TBtools、Phylip v3.695、MEGA v7.0、Origin 2021、STRUCTURE v 2.3.4、Rv3.5.3、CLUMPP v1.1.2、Distruct v1.1、Infocalc v1.1、Snipper v2.5等生物信息学分析软件研究了我国两个藏族的群体遗传结构并分析了其与另外26个参考群体的遗传关系。结果与结论:（1）基于MPS平台构建的multi-allelic SNP检测体系测序性能好,所包含位点在CMX和CKX民族中均表现为三个或者四个等位基因变异,遗传多态性高,个体识别力强,可以很好地应用于法医学个人识别和亲缘关系鉴定。（2）基于毛细管电泳平台构建的包含61个DIP位点、2个mini STR基因座及1个性别鉴定基因的六色荧光分型体系,体系稳定性好、灵敏度高、特异强,能对法医降解等疑难检材进行高效的复合扩增分析;体系中纳入mini STR基因座,能更容易提示混合样本的存在;体系中纳入Y-DIP位点,能够对性别进行更准确的鉴定;体系中包括的59个常染色体DIP位点在CHH、CTQ及CTT群体中遗传多态性高、个体识别力强;该体系将是东亚人群法医学个人识别和亲缘关系鉴定应用中的有效新工具,且容易在基层法医DNA实验室推广应用。（3）基于91个DIP位点进行的群体遗传学研究表明,CTQ和CTT群体与东亚地区群体之间的遗传结构最相似,在STRUCTURE结构分析的最佳K值等于3时,CTQ和CTT群体中的东亚祖先信息成分比例分别是0.8932和0.9107。（4）法医祖先信息含量评估表明,本研究中涉及的一些种群特异性强的multi-allelic SNP和DIP位点,可考虑作为推测个体生物地理起源的祖先信息标记,用于之后的法医人类学特征和法医族源推断体系研究。
曾滢[3]（2021）在《六色荧光标记45个Y-STR基因座复合扩增体系的法医学应用研究》文中进行了进一步梳理研究背景与目的意义:近年来,Y-STR数据库的建设越来越受重视;截至2018年,我国Y库已有800万条数据,且还在以每年100万的速度增加。随着Y-STR数据库容量增大,Y-STR单倍型数量也随之增加,出现Y-STR单倍型入库比对后比中信息过多,难以辨别真伪,从而增加了家系查找的难度。而且Y-STR分型在法医学应用中,只能排除同一父系的个体,不能认定个体间亲缘关系。若存在共祖现象,更增加了鉴定的困难。当出现1至2个、甚至更多Y-STR基因座分型不一致时,特别是多个基因座均为一步突变时,也不能轻易排除父系家族,给家系排查带来了困难。目前常用的商品化试剂盒多为AmpFLSTRTM Yfiler PlusTM、PowerPlex?Y23和DNATyper Y26等,上述试剂盒所包含的基因座数量少,且部分基因座在中国汉族群体的多态性低,导致检测系统构成的单倍型多样性低。同时,这些试剂盒均引入了部分快速突变Y-STR基因座,虽然在一定程度上提高了系统的多态性效能,但也容易错误排除同一父系男性个体。因此,我们需要选择一个适用于建库和家系搜查的Y-STR检测系统,以满足Y-STR数据库建设和父系家系筛查的需求。本研究对AGCU Y LM荧光检测体系进行方法有效性验证,检测广东汉族人群获得基因座的突变率和多态性参数,并评估其法医学应用效能。方法:依据 SWGDAM（The Scientific Working Group on DNA Analysis Methods）的验证指南,在PCR反应条件、灵敏度、抗干扰能力、混合样本、种属特异性、可重复性、精确性、stutter分析、案件样本、分型一致性等方面对AGCU Y LM荧光检测体系进行法医学验证。采用AGCU Y LM荧光检测体系检测345个确认父子关系的广东汉族人群父子对,统计分析获得45个Y-STR基因座的突变信息和多态性参数。结果:AGCUYLM荧光检测体系的PCR反应中最佳循环数为30,最适宜退火温度为60℃,推荐终延伸时间为20分钟;可检出完整分型的最低DNA模板量为62.5pg;对法医检验常见抑制剂（30mmol/L靛蓝、20ng/μL腐殖酸、0.2 mmol/LEDTA、200μmol/L血红素）具有抗干扰能力;在男女混合样本比例为1:1-1:100时均可得到完整男性样本分型;除黑猩猩外,在非人源DNA样本中无特异性扩增;对日常案件检材样本扩增电泳均可获得可靠结果。同一样本在不同实验室不同仪器上可得到一致分型结果。所有等位基因的平均片段迁移率偏差均小于0.1bp,在遗传分析仪0.5bp的分辨范围内,分型准确。除DYS481、DYS456和DYS389Ⅱ外,各基因座stutter峰高比例均不高于15%,不影响正常分型。在100份人群样本中,该体系与AmpFLSTRTM Yfiler PlusTM重合的19个基因座分型结果一致,兼容性好。45个Y-STR在广东汉族群体的平均突变率为2.38× 10-3（95%CI,1.7× 10-3-3.3×10-3）,41 个位点的 GD 值大于 0.5,多态性良好,HD值为 0.999861,DC 值为 0.973529。结论:AGCUYLM荧光检测体系灵敏度高、特异性好、分型准确、抗干扰能力强、可重复性好,且能与其他Y-STR试剂盒兼容。该检测系统在广东汉族群体中突变率较低且具有良好的多态性,可满足Y-STR数据库建设和法医日常DNA检验的需求。
杜馨雨,牛青山,刘锋,牛勇,沈红缨,贾菲,宋丹璐,余丁[4]（2020）在《21+39Y八色荧光标记复合扩增体系的建立》文中研究指明目的建立20个STR、36个Y-STR、3个Y-indel及Amelogenin基因座的复合扩增体系,并对其性能指标进行验证。方法采用八色荧光标记技术,选择涵盖常染体和Y染色体的60个基因座,合成引物,进行复合扩增以及毛细血管电泳检测;并对其准确性、灵敏度、种属特异性、混合样本、稳定性及检材适应性等系统性能指标进行验证。结果采用本文体系分型结果准确稳定,检测灵敏度达0.125ng/μL,能够满足对混合检材以及建库过程中批量检测的要求,具备良好的稳定性和种属特异性。结论本文建立的60个基因座的八色荧光染料标记的STR及Y-STR复合扩增体系分型准确稳定,在今后法庭科学以及数据库建设等方面具有广阔的应用前景。
李雁达[5]（2020）在《延边地区朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传多态性研究》文中提出目的:通过对延边地区朝鲜族群体常染色体20个STR基因座的遗传多态性调查及统计学分析,调查其等位基因和基因型分布频率以及相关群体遗传学参数,观察20个STR基因座在朝鲜族群体中法医学鉴定适用性。并且通过与国内外其他群体的比对,确定朝鲜族群体的民族遗传特性,为中国朝鲜族群体遗传数据库的建立提供基础数据。方法:收集200名延边地区朝鲜族无关个体的口腔拭子,采用Chelex-100法提取样本DNA。按照PowerPlex21 System试剂盒的使用说明,对获取的DNA样本进行复合扩增,扩增产物用ABI PRISM 3100自动遗传分析仪进行毛细管电泳检测,用GeneMapper ID 3.2基因分析软件和WEN ILS 500 内标进行数据处理和分型。用Modified-Powerstates标准版对20个STR基因座的分型结果进行等位基因和基因型频率、杂合度、个人识别力、基因多样性及非父排除率等法医遗传学参数的统计和Hardy-Weinberg平衡检验。同时,选用POPTREE2软件对朝鲜族与韩国人、日本人及国内汉族、苗族（2个地区）、土家族、哈萨克族、回族、蒙古族、仡佬族、哈尼族、傣族、壮族等13个群体进行遗传多态性对比分析,计算群体之间的遗传距离,并按照Neighbour-Joining（N-J）法设计的研究模式绘制系统进化树和UPGMA法聚类分析。结果:200名延边地区朝鲜族群体的遗传多态性调查结果,20个常染色体STR基因座中共检出220个等位基因,等位基因频率分布于0.003-0.515之间;共检出675种基因型,基因型的频率分布于0.005-0.320之间;多态信息总量（PIC）分布于0.600-0.910之间,杂合度（H）分布于0.640-0.950之间（平均杂合度为0.691）,个人识别力（DP）分布于0.809-0.984之间,累计个人识别力（TDP）大于0.999999999,非父排除率（PE）分布于0.342-0.898之间,累计非父排除率（CPE）大于 0.999999999。延边地区朝鲜族与其他13个民族群体遗传多态性对比结果,同民族韩国人群之间的遗传距离最近（0.006）,壮族之间的遗传距离最远（0.119）。系统发生树显示结果,延边朝鲜族、韩国人群及日本人归为一类,贵州和云南苗族归为一类,云南壮族、云南哈尼族及云南傣族归为一类,贵州仡佬族、湖南土家族及河南汉族归为一类,宁夏回族、内蒙古蒙古族及新疆哈萨克族归为一类,符合不同民族之间及不同地区之间群体分化规律。结论:PowerPlex21 System系统20个常染色体STR基因座等位基因及基因型频率分布较均匀,具有较高个人识别力和非父排除率,适合中国朝鲜族群体法医学的鉴定和遗传学研究。延边朝鲜族与其他群体之间均存在不同程度的差异性,本次研究结果,不仅为朝鲜族遗传数据库的建立提供基础数据,而且再次阐明了建立群体数据库的必要性。
高红艳[6]（2020）在《贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析》文中进行了进一步梳理目的:（1）调查贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体19个X-STR基因座的遗传多态性,为相应群体法医学和群体遗传学的研究和应用提供基础数据。（2）评估19个X-STR组成的复合检测体系在贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体中的法医学应用价值。（3）从19个X-STR遗传标记的角度,探索贵州北部四个民族群体与中国不同地区、民族、语系群体间的遗传关系,为中国人群起源、迁徙过程中基因交流、融合等研究提供参考依据。方法:（1）采集贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体健康无关个体血液样本,共计1494份。（2）采用盐析法提取基因组DNA;使用AGCU X19复合扩增试剂盒扩增19个X-STR基因座（DXS8378,DXS7423,DXS10148,DXS10159,DXS10134,DXS7424,DXS10164,DXS10162,DXS7132,DXS10079,DXS6789,DXS101,DXS10103,DXS10101,HPRTB,DXS6809,DXS10075,DXS10074,DXS10135）;采用自动化遗传分析仪对扩增产物进行分型。（3）计算各基因座等位基因频率、Hardy-Weinberg平衡、连锁不平衡、杂合度、多态性信息含量、个人识别率和平均父权排除概率等法医学参数;将19个X-STR基因座按照7个连锁群计算单倍型频率、单倍型法医学参数,以及累计的个人识别率和累计的平均父权排除概率。（4）基于19个X-STR等位基因频率,采用综合的群体遗传分析方法,对贵州北部仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族及25个其他地区民族群体进行遗传关系分析;结合历史学、民族学、语言学等特征,探讨群体起源、迁徙、融合的演化历史。结果:（1）贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个群体19个X-STR基因座均符合Hardy-Weinberg平衡;男性个人识别率分布在0.54340.9166、0.52060.9183、0.48320.9171、0.52130.9206之间;女性个人识别率分布在0.70300.9871、0.68970.9875、0.65720.9872、0.67780.9882之间。二联体平均父权排除概率分别为0.86750.9860、0.87830.9863、0.82900.9756、0.85950.9810;三联体平均父权排除概率（Desmarais版）分别为0.92640.9964、0.93270.9931、0.90200.9876、0.92150.9904。（2）19个X-STR基因座作为7个连锁群进行计算,四个民族群体的单倍型频率分布在0.00400.1331、0.00400.1338、0.00400.1765、0.00400.1391之间;单倍型多样性在0.92640.9929、0.93270.9931、0.90200.9876、0.92150.9904之间;男性个人识别率分布在0.93060.9930、0.93620.9931、0.90870.9877、0.92620.9904之间;女性个人识别率分布在0.99100.9999、0.99250.9999、0.98500.9997、0.98990.9998。7个连锁群联合应用时,四个民族群体男性累计的个人识别率分别为1-2.9051×10-12、1-3.2856×10-12、1-1.8676×10-11、1-6.8879×10-12,女性累计的个人识别率分别为1-8.2079×10-22、1-9.8315×10-22、1-3.2112×10-20、1-4.6216×10-21;累计的二联体平均父权排除概率分别为1-3.1736×10-10、1-3.5442×10-10、1-2.3368×10-9、1-7.4986×10-10;累计三联体平均父权排除概率均大于1-2.5766×10-9。（3）群体分析综合结果显示,本研究的四个民族群体紧密聚集在一起,群体遗传距离最近,与汉语族以及壮-侗语族的不同聚类群体重叠分布,与藏族群体显着分离,遗传距离最远。结论:（1）19个X-STR基因座在贵州北部仡佬族、土家族、汉族和苗族四个群体中多数为高度多态性遗传标记,获得的群体遗传学数据在法医学及人类群体遗传学的研究和应用中具有较高应用价值。（2）19个X-STR基因座所在的7个连锁群均为高度多态性的遗传标记,联合应用时具有高度的多态性和法医学系统效能,可满足X染色体遗传标记相关的一些特殊案件和复杂亲缘关系鉴定的需求。（3）29个中国群体遗传关系分析显示出较为明显的民族-语系以及地理聚类的特征。本研究四个民族群体均表现为典型的地理聚集特征,可能与其历史上长时期混居所致的基因融合有关。除藏族外,其他不同群体聚类关系既具有在语系-民族起源上内在联系的独特性,又呈现出随地域分布和人口迁移产生的多群体间相互影响广泛关联的特征。
范庆炜[7]（2020）在《基于大规模平行测序构建连锁常染色体STR分型体系及同级亲缘关系鉴定的初探》文中认为目的:目前,短串联重复序列（Short tandem repeat,STR）由于具有高多态性的特点,是法医DNA检测领域中个人识别和亲子鉴定主流的遗传标记。使用的大多数STR商业试剂盒中所包含独立STR基因座在鉴定爷孙、叔侄和半同胞这三种同属二级的亲缘关系时,计算得到的似然率是相同的,因此不能使用亲子鉴定的常用独立STR基因座鉴定此类同级亲缘关系的复杂亲缘关系鉴定。近年来,在同级亲缘关系的研究中,使用连锁常染色体STR基因座无论是在理论计算上还是通过构建基于毛细管电泳STR分型技术都有相关研究,但是仍然不能满足实际需求。大规模平行测序技术（Massively parallel sequencing,MPS）技术既可检测大量STR基因座,又可分析多个DNA样本。本研究基于MPS构建了一个常染色体连锁STR基因座的分型体系,并建立一套MPS测序数据的分析流程及方法,通过对体系的法医学评估和群体遗传学及相关法医学参数的分析,并通过Merlin软件模拟生成爷孙、叔侄、半同胞和全同胞各10000对亲缘关系对得到他们的分类分数,为复杂亲缘关系鉴定领域中同级亲缘关系鉴定研究提供新的检测方法与初步研究的数据。方法:（1）MPS体系的构建:按照一定的标准从Rutgers Map v3遗传图谱中筛选出66组173个常染色体连锁STR基因座,接下来在AIdesign探针/引物设计平台上对STR目的片段进行引物设计且STR基因座的片段长度范围在150bp270bp并开发多重PCR靶向捕获扩增的分型体系。（2）MPS文库构建及测序:使用QIAamp?DNA Investigator试剂盒提取110个北方汉族无关个体血卡样本DNA,QIAGEN DNeasy Blood&Tissue试剂盒提取家系样本血液DNA,将DNA样本使用MultipSeq?Custom Panel试剂盒进行MPS文库构建,使用Qubit4.0与QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪对文库进行定量,并使用Qsep100全自动核酸蛋白分析系统进行文库的质量控制,最后将合格的文库在Illumina MiSeq FGx测序平台上进行测序。（3）MPS数据分析:使用FASTQC软件对样本fastq文件进行测序质量的评估,然后使用STRaitRazor 3.0软件对样本进行STR基因座分型,然后使用本实验室建立的MPS数据分析流程对相关数据提取,最后对数据进行可视化处理。（4）体系的法医学评估:随机选择2个样本进行同一批次3次文库构建及3次不同批次的文库构建的重复性研究和随机选择体系中的20个STR基因座进行单基因座扩增并进行Sanger测序的准确性实验;使用9948标准品DNA准备DNA投入量为10ng,5ng,2.5ng,1ng,0.5ng,0.25ng,0.125ng的文库进行灵敏性研究;将9947A与9948标准品DNA以1:1,1:2,1:4,1:9,2:1,4:1和9:1混合后进行不同比例混合样本研究;使用猪,狗,牛,羊,鸡,兔,鼠7种动物样本DNA进行种属特异性研究实验;对110个北方汉族无关个体的DNA进行STR基因座的法医学参数学分析。（5）家系样本分析:使用4组包含爷爷,奶奶,父亲,母亲和孩子五个人的家系样本进行各紧密连锁的STR组合的分析;使用Merlin软件模拟生成爷孙,叔侄,半同胞和全同胞四种亲缘关系对各10000对,接下来使用Merlin软件分别计算各亲缘关系对及假设亲缘关系对的似然率值,最终使用分类分数评估该体系对爷孙、叔侄、半同胞和全同胞亲缘关系对之间的区分能力。结果:（1）文库质量控制:文库片段长度在310400bp范围,既无小片段的引物二聚体也没有大片段的尾峰;随DNA投入量增加相对荧光单位值（Relative fluorescence unit,RFU）和文库浓度随之提高;样本测序数据fastq文件质控在Q30以上的碱基可达到98%以上。（2）MPS数据分析:样本总覆盖深度平均为302393×,主峰占比平均为0.8255;173个STR基因座覆盖深度平均为2617×;110个无关个体173个基因座中共检测到14759个杂合子,其等位基因杂合均衡比平均为0.881;110个无关个体173个STR基因座序列组成比中Allele%,Stutter%和Noise%平均值分别为83.0%,4.4%,12.6%。（3）法医学评估:同一批次与不同批次测序参数结果相近且STR基因座的分型一致,随机选取的20个STR基因座进行单基因座扩增后进行MPS测序分型结果和Sanger测序验证的结果与多重PCR靶向捕获测序体系的分型结果是一致;当DNA投入量小于2.5ng时,Allele%逐渐减少,且在小于0.25ng时出现STR基因座的丢失;当9947A与9948混合比例在1:4,1:9,或4:1,9:1时,混合样本中次要占比的样本的STR分型将很难区分是Stutter和其他杂峰,还是其真正的分型;Hardy-Weinberg平衡检验所得到的p值Boniferroni校正后有8个STR基因座的等位基因频率不符合Hardy-Weinberg平衡,分别是D1S1660,D5S1473,D5S1459,D6S1284,D15S644,D11S1983,D13S1492和D20S1146;各STR基因座的遗传多态性,多态性信息含量,个人识别能力及杂合度观察值均表现较好。（4）家系样本分析:4组包含爷爷,奶奶,父亲,母亲,孩子的家系样本的分型结果和遗传关系表明,66组STR连锁群分别均呈紧密连锁;使用分类分数评估173个STR基因座对爷孙、叔侄、半同胞以及全同胞亲缘关系对之间的区分能力,结果表明,爷孙、叔侄、半同胞和全同胞亲缘关系对的分类分数分别为0.7247,0.5276,0.2154,0.9954,换句话说正确率爷孙为72.47%,叔侄为52.76%,半同胞为21.54%,全同胞为99.54%。结论:本研究基于MPS技术建立了一个包含173个常染色体连锁STR的复合PCR靶向捕获扩增分型体系和分析方法;该体系具有种属特异性好、灵敏度1ng、准确性与重复性较好、混合物检出能力较好的法医学性能指标验证结果;具有较好区分爷孙、叔侄、半同胞以及全同胞亲缘关系对的能力,可初步为复杂亲缘关系鉴定中的同级亲缘关系的鉴定提供新的检测方法与分析思路。但是由于本体系遗传标记数量的不足和计算方法上仍有不完善,而不能使分类的准确率达到一个较为理想的值,仍需进一步改进优化。
周咏松[8]（2020）在《基于香农熵原理为目标人群筛选合适的法医学Y-STR基因座组合的初步研究》文中研究说明研究背景及目的Y染色体短串联重复（short tandem repeat,STR）标记作为法医DNA检验中广泛使用的常染色体STR的有效补充方法之一,经过近三十年的发展,Y-STR检验已经发展成为一种非常成熟的,刑事案件侦查中不可或缺的辅助技术手段。近年来,联合应用Y-STR标记和毛细管电泳检测平台,在一系列恶性案件和陈年积案的侦破中取得了十分显着的成效。因此,Y-STR标记越来越受到法医科研人员和一线办案民警的关注和重视。2017年,Y-STR单倍型数据库（Y库）建设在全国各地纷纷启动。目前,我国已拥有全世界规模最大的Y库。我国的Y库建设和应用工作可谓如火如荼,Y-STR在辅助刑事案件侦查等方面也有着极为广泛的应用和独特的应用价值。然而,我们对Y-STR标记进行基础研究的速度和深度却远不及我国Y库建设的速度和应用的广度。因此,无论是在Y库建设还是在实际应用过程中一系列问题也接踵而至。一方面,在决定选择用什么样的Y-STR基因座和多少个基因座进行案件检验和Y库建设时,可能存在一定的依袭性和盲目性。几乎从来没有以科学的基础研究数据为依据,也没有考虑基因座间等位基因的关联关系以及不同群体间遗传背景的差异等问题。通常只是以Y-STR基因座的遗传差异度（genetic diversity,GD）、等位基因的数量或突变率等单个因素为依据,对基因座进行筛选和组合。即便如此,或许我们对这些因素的认知也存在一些误区。第一,我们在挑选基因座时普遍认为GD值越大的基因座越好,通常会把GD值大的基因座优先纳入Y-STR检测系统。第二,认为基因座越多越好,在检测系统能够容纳的前提下,我们总是希望尽可能地把更多的基因座塞进一个Y-STR检测系统。然而,是不是GD值越大的基因座越好,基因座越多越好,随意将GD值大的基因座组合在一起,所得系统的整体识别能力（discrimination capacity,DC）就一定最大等一系列问题尚缺乏系统性的研究。另一方面,虽然我们已经增加了单个个体样本的基因座检测数量,但是随着Y库中Y-STR单倍型的数量越来越多,将现场生物样本的Y-STR单倍型输入Y库进行搜索时,与人员样本单倍型匹配的概率也越来越大。其中,很多人员样本的单倍型可能还分散在全国各地、不同公安部门的Y库中。这不仅加大了案件排查的工作量,同时也增加了案件侦查的工作难度和复杂程度。面对这种窘境,最常用的方法就是通过追加更多的Y-STR检验,进一步排除已经“比中”的人员样本,尽可能地缩小排查范围。然而,由于我们没有对这些基因座间的关联关系进行过充分的研究,通常追加的Y-STR基因座,并没有达到高效排除已经“比中”的人员样本、缩小排查范围的目的;或者说追加的Y-STR基因座与Y库中已检测的Y-STR基因座联合后,其单倍型的个体DC并没有明显增加。影响Y-STR检测系统DC的除了基因座的数量以外,还有基因座的遗传多态性特征、被检人群的遗传背景以及基因座间的关联关系等诸多因素。我们急需引入一种新的Y-STR基因座组合筛选方法。这种方法必须要考虑到基因座间的关联关系,要尽可能地减少组合中基因座间的冗余信息。信息论中的香农熵原理似乎具备这种潜能,可以尝试用于Y-STR基因座组合的筛选。香农熵是指信息中去除了冗余后的平均信息量,它是信息论中用来评估随机变量的平均不可预测性的方法。如果把一个基因座或基因组中的某一段特定区域当作随机变量,把基因座中的不同等位基因或该区域中的不同单倍型看作变量对应的状态,那么我们就可以用香农熵来描述基因座或特定基因组区域中的信息量。因此,在本研究中,我们决定从Y-STR基因座的多态性、基因座间等位基因的关联关系、不同人群的遗传背景差异对Y-STR基因座的影响等方面进行初步探索性研究,并尝试利用信息论中的香农熵原理为不同的目标人群筛选合适的Y-STR基因座组合,以期为Y-STR检验在法医学中的应用和遇到的一些现实问题提供可信的科学依据和有效的解决办法。方法1.从已发表的文献中选择Y-STR基因座,以GenBank（?）数据库中的参考序列为模板设计PCR扩增引物,基于六色荧光标记和毛细管电泳平台构建多重PCR复合扩增系统Y-STR 34plex。2.对Y-STR 34plex的种属特异性、精确性、抑制剂耐受性、灵敏度及组分变化的容忍性等性能进行系统评估和验证。3.同时用Y-STR 34plex和AGCU Y SUPP两个Y-STR复合扩增系统（共46个Y-STR基因座）,分别对玉林汉族（n=229）、湖南汉族（n=400）、湖南苗族（n=666）、湖南瑶族（n=611）、湖南侗族（n=643）和湖南土家族（n=633）等六个人群,共计3182份健康男性无关个体血液样本进行分型检测。4.计算46个Y-STR基因座的GD值、单体熵（single-locus entropy,Hsingle）等法医学评估参数,分析基因座两两间的关联程度并计算归一化熵差（normalized entropy difference,NED）。5.同时用基于香农熵原理筛选基因座组合法、依据基因座GD值和Hsingle值大小顺序依次组合法三种方法,分别在六个群体中筛选基因座组合。6.比较NED和基因座组合在六个群体间的差异,比较三种不同基因座筛选方法筛选出的基因座组合的DC、单倍型多样性（haplotype diversity,HD）、匹配概率（match probability,MP）、唯一单倍型比例（fraction of unique haplotypes,FUH）等法医学应用参数。结论1.在本研究中,我们通过系统设计实验方案、反复调整引物以及不断优化多重PCR体系中的各个组分,最终构建了一个新的Y-STR PCR复合扩增系统,命名为 Y-STR 34plex。Y-STR 34plex 可一次扩增和检测包括 DYS533、DYS596、DYS518、DYS393、DYS448、YGATAH4、DYS444、DYS481、DYS439、DYS389 I、DYS438、DYS570、DYS456、DYS458、DYS392、DYS645、DYS390、DYS447、DYS460、DYS627、DYS576、DYS449、DYS593、DYS635、DYS389Ⅱ、DYS557、DYS549、DYS19、DYS643、DYS437 和 DYS391 等 31个单拷贝基因座和DYF387S1 a/b、DYS527 a/b和DYS385 a/b等3个多拷贝基因座。性能验证结果表明,Y-STR 34plex具有良好的抗抑制能力、混合DNA检验能力、男性特异性和精确性,同时具有灵敏度高、PCR反应体系组分变化容忍性较高等特点。2.46个Y-STR基因座的GD值、Hsingle等法医学评估参数以及NED在不同的人群间存在极显着的差异。3.我们引入了一种基于香农熵原理为法医学应用筛选Y-STR基因座组合的新方法。基于香农熵筛选出的基因座组合具有人群特异性,在不同的人群中,基因座组合中基因座的入选顺序和构成均具有明显的差异。4.在基因座数量相等时,基于香农熵原理筛选出的基因座组合比以往的仅依据单个基因座遗传多态性指标筛选出的组合,在组合的Hjoint和DC等法医学应用参数方面表现得更优秀。5.在法医DNA应用中,Y-STR的主要用途是缩小排查范围和提供侦查线索。如果我们一味地追求Y-STR组合的个体DC,显然不是一种十分明智的选择。仅凭单基因座遗传多态性指标或无节制地增加基因座,也不是获得经济的Y-STR组合的理想方法。6.在条件允许的情况下,应尽可能地扩大备选Y-STR基因座的选择范围,为目标人群筛选出最优的Y-STR组合。7.在选择Y-STR基因座组合时,应该全面考虑人群的遗传特征、群体大小、备选基因座在目标人群中的遗传多态性以及基因座间的关联关系等因素,才能筛选出适用于目标人群的Y-STR基因座组合。
刘晋玎[9]（2020）在《利用DIP-连锁DNA多态性分析混合斑的探索研究》文中研究表明目的:在法医物证学研究中,混合生物检材一直是检验的难点,因为其组成人数和各组成成分比例的不确定性,造成混合斑的解释困难,使得证据不能发挥原本的效力。目前常规检测的生物标记是短串联重复序列（Short tandem repeat,STR）,包括常染色体STR和Y染色体STR标记。对于混合斑STR分型结果的解析,也发展了基于峰高、峰面积等似然比法、贝叶斯理论的统计学方法等,但不同的方法解析标准不一样。而且,由于遮盖效应（Masking effect）,传统STR标记只能检测出混合比例在1:10以上的混合斑中的次要参与者,如果混合比例在1:10以下,则无法获得次要参与者的分型。近年来,法医学者发展了更多的遗传标记,例如单核苷酸多态性位点（Single nucleotide polymorphism,SNP）、插入缺失位点（insertion-Deletion polymorphism,INDEL/DIP）、微单倍型标记（Microhaplotype）,极大的提高鉴定混合斑的灵敏度,但由于SNP、DIP和微单倍型位点由于其多态性较低,目前只能作为补充检测。2013年,Hall D等学者提出了一种联合标记DIP-STR,将DIP位点的高灵敏度和STR基因座的高多态性结合,用于检测不平衡混合斑。Zhang L等学者提出利用扩增阻滞突变系统（Amplification refractory mutation system,ARMS）原理,实现SNP-STR的联合标记检测,并将其应用于不平衡混合斑。综合以上生物标记的优势,我们提出了运用DIP-SNP和DIP-Microhaplotype遗传标记检测不平衡混合斑和降解的不平衡混合斑。建立利用等位基因特异性引物复合扩增技术、SNaPshot微测序技术和毛细管电泳（Capillary electrophoresis,CE）技术的复合体系,并探索了这两类联合遗传标记在不平衡混合斑和降解不平衡混合斑的应用。方法:1、建立基于DIP-SNP遗传标记对不平衡混合斑的分析方法:（1）按照以下标准,在数据库中筛选DIP-SNP遗传标记:1)DIP位点的等位基因长度（插入或者缺失的碱基）介于2bp-10bp之间;2)DIP位点不能位于重复区;3)DIP和SNP位点的杂合度≥0.2;4)DIP和SNP位点距离≤300bp。（2）根据等位基因特异性扩增技术,利用Primer 3软件设计L型、S型上游引物和下游引物。（3）构建L型和S型复合扩增体系。（4）设计单碱基延伸引物,构建SNaPshot微测序体系和电泳检测方法。（5）利用60例山西汉族健康无关个体,调查人群数据。（6）检测复合体系的灵敏度和种属特异性。（7）检测单个基因座对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度和复合体系对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度。2、建立基于DIP-SNP遗传标记对不平衡混合斑和降解不平衡混合斑的分析方法:（1）按照以下标准,在数据库中筛选新的DIP-SNP遗传标记:1)SNP位点位于DIP位点的上下游150bp以内;2)avHET≥0.2;3)DIP-SNP遗传标记位于不同染色体。（2）根据等位基因特异性扩增技术,利用Primer 3软件设计L型、S型上游引物和下游引物。（3）构建L型和S型复合扩增体系。（4）设计单碱基延伸引物,构建SNaPshot微测序体系和电泳检测方法。（5）利用60例山西汉族健康无关个体,调查人群数据。（6）检测复合体系的灵敏度和种属特异性。（7）检测单个基因座对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度和复合体系对二参与者不平衡混合斑、二参与者降解不平衡混合斑的检测灵敏度。3、建立基于DIP-Microhaplotype遗传标记对不平衡混合斑和降解检材的分析方法:（1）按照以下标准,在数据库中筛选DIP-Microhaplotype遗传标记:1)Microhaplotype位点位于DIP位点上游或者下游150bp以内;3)DIP和SNPs的avHET≥0.2;4)DIP-Microhaplotype遗传标记位于不同染色体。（2）根据等位基因特异性扩增技术,利用Primer 3软件设计L型、S型上游引物和下游引物。（3）构建L型和S型复合扩增体系。（4）设计单碱基延伸引物,构建SNaPshot微测序体系和电泳检测方法。（5）利用60例山西汉族健康无关个体,调查人群数据。（6）检测复合体系的灵敏度和种属特异性。（7）评估单个基因座对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度和复合体系对单一降解检材、二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度。（8）对10000对二参与者模拟混合斑进行44个基因座的分析。结果:1、我们共建立了2个DIP-SNP体系,分别包含有14个和20个DIP-SNP遗传标记,其中有3个基因座在山西人群中无多态性。其余基因座多态性良好,分布符合Hardy-Weinberg平衡。两个体系的累计个人识别概率分别为0.999882971和0.998363862。对混合斑检测的平均有效性标记值为0.301和0.293。两个复合体系可以检测到1ng以上DNA模板。复合体系在检测二参与者混合斑中的次要参与者时,灵敏度分别为1:50和1:100。单个基因座对二参与者混合斑中的次要参与者进行检测时,灵敏度均为1:1000。2、该10个DIP-Microhaplotype遗传标记在山西汉族人群中多态性良好,分布符合Hardy-Weinberg平衡。该系统的累计个人识别概率为0.998805889。具有种属特异性。DIP-SNP遗传标记的表型个数从2到4个。其中有1个基因座的DIP位点无多态性,其余9个基因座对混合斑检测的平均有效性标记值（Informative marker value,I value）为0.308。使用0.1ngDNA模板即可获得目标峰,但是为了得到更可信的峰,我们推荐使用1-10ngDNA模板。对二参与者混合斑中次要参与者独有的单倍型的检测灵敏度为1:100。单个基因座对二参与者混合斑中次要参与者的检测灵敏度为1:1000。通过对10000对模拟混合斑的44个基因座分析,有效性标记的个数为3-24个,平均为13.5个,有效性标记越多,检测到的次要参与者的单倍型越多,对次要参与者的个人识别力越高。结论:本实验成功构建了2个DIP-SNP复合体系和1个DIP-Microhaplotype复合体系,并验证了其在单一降解检材、不平衡混合斑、降解的不平衡混合斑的应用价值。DIP-SNP和DIP-Microhaplotype两类遗传标记可作为法医DNA混合斑检测时的一种补充工具。未来需要筛选更多这样的遗传标记。
张建中,赵祖亮,李亮亮,李学博,刘增甲[10]（2019）在《华夏TM白金PCR扩增试剂盒的法医学验证及STR遗传多态性调查》文中指出目的测试华夏TM白金PCR扩增试剂盒的技术性能和指标,并对山东地区汉族群体遗传多态性进行调查。方法从种属特异性、灵敏度、适应性、稳定性、均衡性及混合样本与抑制剂等方面对试剂盒进行验证,并对山东地区的汉族人群383名无关个体进行DNA扩增分型检验。结果华夏TM白金PCR扩增试剂盒具有种属特异性,灵敏度高,适应性、均衡性好,对混合样本及含抑制剂样品具有一定的检测分析能力。23个常染色体STR基因座基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡,杂合度（heterozygosity,H）在0.627～0.930,个体识别能力（discrimination power,DP）在0.783～0.986,非父排除率（power of exclusion,PE）在0.324～0.856,多态信息含量（polymorphism information content,PIC）在0.551～0.916,累积个体识别能力（cumulative probability of discrimination,CDP）为0.999999999999999999999999998319,累积非父排除率（cumulative probability of exclusion,CPE）为0.999999999596233。结论华夏TM白金PCR扩增试剂盒具有较高的多态信息含量,对群体遗传学研究及法医学应用具有重要价值。
二、20个STR基因座的种属特异性研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、20个STR基因座的种属特异性研究（论文提纲范文）
（1）运用DNA甲基化和SNP复合标记进行体液来源鉴定和个人识别探究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 精液特异性CpG-SNP复合检测体系构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 样本采集 |
| 1.1.2 主要试剂及耗材 |
| 1.1.3 主要实验仪器 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 不同体液DNA的提取、纯化和定量 |
| 1.2.2 CpG-SNP联合区域筛选 |
| 1.2.3 引物设计 |
| 1.2.4 酶切样本的制备 |
| 1.2.5 组织特异性验证 |
| 1.2.6 SNP多态性验证 |
| 1.2.7 MSRE-PCR复合扩增体系的建立 |
| 2 结果 |
| 2.1 CpG-SNP联合区域筛选 |
| 2.2 酶切效能的评估 |
| 2.3 组织特异性验证 |
| 2.4 SNP多态性验证 |
| 2.5 MSRE-PCR复合扩增结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 单碱基延伸反应体系构建 |
| 3.2 组织特异性评估以及位点阈值的划定 |
| 3.3 DNA纯化对酶切效率的影响 |
| 4 结论 |
| 第二部分 CpG-SNP复合检测体系法庭科学有效性的评估 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 种属特异性的验证 |
| 1.2.2 年龄相关性验证 |
| 1.2.3 灵敏度检测 |
| 1.2.4 含精液混合斑检测 |
| 1.2.5 法医学参数统计与计算 |
| 2 结果 |
| 2.1 种属特异性验证 |
| 2.2 年龄相关性验证 |
| 2.3 灵敏度检测 |
| 2.4 混合斑检测 |
| 2.4.1 两种体液构成混合斑的检测 |
| 2.4.2 等比例混合斑的检测 |
| 2.5 法医学参数统计与计算结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 从生物学标记角度分析混合斑问题的发展现状 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ 112个样本的峰高 |
| 附录Ⅱ 112个样本的CML值 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（2）基于MPS研发multi-allelic SNP体系、CE构建diallelic DIP和mini STR的六色荧光分型体系及DIP解晰藏族的群体遗传结构（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 基于MPS的multi-allelic SNPs的分型体系研发及其群体遗传学研究 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 材料与方法 |
| 1.2.1 仪器与试剂 |
| 1.2.2 位点挑选与评估 |
| 1.2.3 引物设计与评估 |
| 1.2.4 研究对象及参考群体 |
| 1.2.5 样本处理 |
| 1.2.6 文库构建 |
| 1.2.7 上机测序与数据分析 |
| 1.2.8 统计学分析 |
| 1.3 结果 |
| 1.3.1 位点的选择和初始性能评估 |
| 1.3.2 测序性能评估 |
| 1.3.3 等位基因频率及法医学参数 |
| 1.3.4 群体遗传关系分析 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 1.6 参考文献 |
| 第2章 61个DIP和2个mini STR基因座的六色荧光标记检测体系的构建与验证研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 主要仪器与试剂 |
| 2.2.2 位点筛选与评估 |
| 2.2.3 引物设计与评估 |
| 2.2.4 体系构建与优化 |
| 2.2.5 体系验证实验 |
| 2.2.6 参考群体数据及统计学分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 位点筛选结果 |
| 2.3.2 位点的初始效能评估情况 |
| 2.3.3 复合扩增体系构建结果 |
| 2.3.4 体系验证结果 |
| 2.3.5 东亚群体间亲缘关系聚类分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 2.6 参考文献 |
| 第3章 基于diallelic DIP多态性数据探索我国两个藏族的群体遗传结构 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 主要仪器与试剂 |
| 3.2.2 研究群体及比对群体数据来源 |
| 3.2.3 PCR扩增和等位基因分型 |
| 3.2.4 统计分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 等位基因频率分布差异 |
| 3.3.2 群体间遗传差异分析 |
| 3.3.3 系统发育树重建 |
| 3.3.4 主成分分析 |
| 3.3.5 STRUCTURE遗传结构洞察 |
| 3.3.6 法医祖先信息评估 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 3.6 参考文献 |
| 第4章 全文总结与展望 |
| 攻读博士学位期间成果 |
| 致谢 |
（3）六色荧光标记45个Y-STR基因座复合扩增体系的法医学应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.1 DNA的多态性 |
| 1.1.1 DNA多态性概述 |
| 1.1.2 DNA序列多态性 |
| 1.1.3 DNA片段长度多态性 |
| 1.2 STR的特性及分型原理 |
| 1.2.1 STR概述 |
| 1.2.2 STR的特性 |
| 1.2.3 STR分型过程 |
| 1.3 Y-STR的特性 |
| 1.3.1 Y-STR的概述 |
| 1.3.2 Y-STR的遗传特性 |
| 1.4 Y-STR数据库的建设 |
| 1.4.1 Y-STR数据库的意义 |
| 1.4.2 Y-STR数据库的应用 |
| 1.4.3 Y-STR数据库选用的基因座 |
| 1.4.4 我国Y-STR数据库现状 |
| 第二章 45个Y-STR基因座复合扩增体系的法医学验证 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 主要实验仪器 |
| 2.1.2 主要实验试剂及耗材 |
| 2.1.3 实验样本 |
| 2.1.4 实验方法 |
| 2.2 实验程序 |
| 2.2.1 DNA提取 |
| 2.2.2 PCR扩增 |
| 2.2.3 毛细管电泳 |
| 2.2.4 STR自动分型 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 PCR扩增条件验证 |
| 2.3.2 灵敏度实验 |
| 2.3.3 抗抑制剂实验 |
| 2.3.4 混合样本实验 |
| 2.3.5 种属特异性实验 |
| 2.3.6 可重复性实验 |
| 2.3.7 片段长度精确实验 |
| 2.3.8 Stutter分析 |
| 2.3.9 案件检材样本 |
| 2.3.10 一致性实验 |
| 2.4 结论 |
| 第三章 45个Y-STR基因座在广东汉族的突变率调查及多态性分析 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 主要实验仪器 |
| 3.1.2 主要实验试剂及耗材 |
| 3.1.3 实验样本 |
| 3.2 实验程序 |
| 3.2.1 DNA提取 |
| 3.2.2 PCR扩增 |
| 3.2.3 毛细管电泳 |
| 3.2.4 STR自动分型 |
| 3.2.5 统计分析 |
| 3.3 45个Y-STR在广东汉族群体的突变率调查 |
| 3.4 45个Y-STR在广东汉族群体的多态性分析 |
| 3.5 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 在读期间发表的论文 |
| 致谢 |
（4）21+39Y八色荧光标记复合扩增体系的建立（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 样本 |
| 1.2 复合扩增体系的建立 |
| 1.2.1 基因座的选择 |
| 1.2.2 引物设计与标记 |
| 1.2.3 PCR扩增 |
| 1.2.4 电泳及分型 |
| 1.3 复合扩增体系性能指标验证 |
| 1.3.1 准确性检测 |
| 1.3.2 灵敏度检测 |
| 1.3.3 种属特异性检测 |
| 1.3.4 混合样本检测 |
| 1.3.5 稳定性检测 |
| 1.3.6 案件样本及数据库样本检测 |
| 2 结果 |
| 2.1 均衡性以及准确性检测 |
| 2.2 灵敏度检测 |
| 2.3 种属特异性检测 |
| 2.4 混合样本检测 |
| 2.5 稳定性检测 |
| 2.6 案件样本及数据库样本检测 |
| 3 讨论 |
（5）延边地区朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略词注释表 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 遗传标记在法医学中的应用及进展 |
| 1.2 常染色体STR基因座 |
| 1.3 DNA分型的研究与应用 |
| 1.4 PoWERPLEx21系统 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 延边朝鲜族人群20个常染色体STR基因座等位基因频率分布 |
| 3.2 延边朝鲜族20个常染色体STR基因座基因型分布及H-W平衡检验 |
| 3.3 延边朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传学参数 |
| 3.4 延边朝鲜族和其他民族间的遗传比较 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 延边朝鲜族20个常染色体STR基因座的遗传多态性 |
| 4.2 延边朝鲜族人群与其他人群的遗传差异 |
| 第五章 结论 |
| 附表及附图 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（6）贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析（论文提纲范文）
| 中英缩略词对照表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 附表 |
（7）基于大规模平行测序构建连锁常染色体STR分型体系及同级亲缘关系鉴定的初探（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 常用中缩写词英文对照表 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 样本收集 |
| 1.3 分型体系的构建 |
| 1.4 样本提取及定量 |
| 1.5 文库构建与优化 |
| 1.6 文库质量检测分析 |
| 1.7 文库定量检测分析 |
| 1.8 大规模平行测序操作流程 |
| 1.9 单基因座扩增 |
| 1.10 生物信息和统计学数据的分析 |
| 1.11 模拟家系分类分数计算 |
| 1.12 数据统计分析 |
| 1.13 相关概念 |
| 2 结果 |
| 2.1 STR基因座筛选结果 |
| 2.2 目的片段引物设计结果 |
| 2.3 文库质控 |
| 2.4 测序参数结果 |
| 2.5 检测体系的法医学评估 |
| 2.6 法医学参数分析 |
| 2.7 真实家系样本的连锁分析 |
| 2.8 模拟家系的分类分数结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（8）基于香农熵原理为目标人群筛选合适的法医学Y-STR基因座组合的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 Y-STR 34plex荧光标记PCR复合扩增系统的开发及性能验证 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1. 实验试剂 |
| 1.2. 仪器设备及耗材 |
| 1.3. DNA样本 |
| 1.4. 辅助软件及在线资源 |
| 1.5. 实验方法 |
| 2. 结果 |
| 2.1. Y-STR 34plex primers优化 |
| 2.2. Y-STR 34plex Allelic Ladder制备 |
| 2.3. Y-STR 34plex分型系统性能验证 |
| 3. 讨论 |
| 3.1. 引物设计和基因座排布 |
| 3.2. 反应组分变化 |
| 3.3. 灵敏度和混合样本检验能力 |
| 3.4. 抗抑制能力 |
| 4. 结论 |
| 第二部分 基于香农熵原理筛选适用于目标人群的Y-STR基因座组合 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1.实验试剂 |
| 1.2. 仪器设备及耗材 |
| 1.3. DNA样本 |
| 1.4. 实验方法 |
| 2. 结果 |
| 2.1. 基因座间的关联结构分析 |
| 2.2. 单个基因座的多样性指标及其相关性分析 |
| 2.3. 评估不同人群中的总信息熵 |
| 2.4. 基于香农熵原理筛选Y-STR基因座组合 |
| 3. 讨论 |
| 3.1. Y-STR基因座间等位基因的关联特点 |
| 3.2. 基因座组合在不同人群间的差异 |
| 3.3.基因座数量与基因座组合DC的关系 |
| 3.4. 不同基因座筛选方法的比较 |
| 3.5. 基于香农熵原理筛选基因座组合的局限性 |
| 3.6. 本研究的科学意义和应用价值 |
| 4. 结论 |
| 综述 Y-STR标记在法医学中的应用 |
| 1. Y-STR标记和复合扩增系统 |
| 2. Y-STR单倍型数据库 |
| 2.1. Y染色体遗传特性及国外Y-STR数据库简介 |
| 2.2. 我国的Y库建设及特点 |
| 3. Y-STR及Y库的实际应用 |
| 3.1. 混合样本检测 |
| 3.2. 父系血缘关系排查 |
| 3.3. 亲缘搜索 |
| 3.4. 男性个体识别 |
| 3.5. 亲权鉴定 |
| 4. 问题及展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
（9）利用DIP-连锁DNA多态性分析混合斑的探索研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 14个DIP-SNP遗传标记复合体系检测不平衡混合斑的应用 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 复合体系的毛细管电泳分型结果及人群数据 |
| 2.2 人群的多态性信息 |
| 2.3 复合体系的灵敏度 |
| 2.4 种属特异性 |
| 2.5 二参与者混合斑检测 |
| 3 讨论 |
| 3.1 DIP-SNPs在基因组中的广泛性分布 |
| 3.2 等位基因差异性扩增的原则 |
| 3.3 14个DIP-SNP遗传标记的多态性 |
| 3.4 DIP-SNP在混合斑检测上的潜力 |
| 3.5 使用DIP-SNP检测混合斑的优点和缺点 |
| 4 结论 |
| 第二部分 20个DIP-SNP遗传标记复合体系检测降解混合斑的应用研究 |
| 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 复合体系的毛细管电泳分型结果 |
| 2.2 人群的多态性信息 |
| 2.3 复合体系的灵敏度 |
| 2.4 种属特异性 |
| 2.5 复合扩增体系对降解检材的灵敏度 |
| 2.6 二参与者混合斑检测 |
| 3 讨论 |
| 3.1 20个DIP-SNP遗传标记的多态性 |
| 3.2 20个DIP-SNP遗传标记在混合斑检测上的潜力 |
| 3.3 DIP-SNPs对降解检材的检测能力 |
| 3.4 使用DIP-SNP检测降解不平衡混合斑 |
| 4 结论 |
| 第三部分 10个DIP-Microhaplotype基因座检测不平衡混合斑的探索性研究 |
| 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 复合体系的毛细管电泳分型结果 |
| 2.2 人群的多态性信息 |
| 2.3 复合体系的灵敏度 |
| 2.4 种属特异性 |
| 2.5 复合体系对降解检材的检测 |
| 2.6 二参与者混合斑检测 |
| 2.7 模拟混合斑分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 10个DIP-Microhaplotype遗传标记的多态性 |
| 3.2 10个DIP-Microhaplotype遗传标记在混合斑检测上的潜力 |
| 3.3 DIP-Microhaplotypes对降解检材的检测能力 |
| 3.4 联合 44 个 DIP-DNA 多态性遗传标记的鉴定分析 |
| 3.5 实验方法优点和缺点 |
| 4 结论 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（10）华夏TM白金PCR扩增试剂盒的法医学验证及STR遗传多态性调查（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样品 |
| 1.2 试剂 |
| 1.3 DNA定量及PCR扩增 |
| 1.4 测试指标 |
| 1.5 统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 技术指标验证 |
| 2.2 遗传多态性数据 |
| 3 讨论 |
四、20个STR基因座的种属特异性研究（论文参考文献）
- [1]运用DNA甲基化和SNP复合标记进行体液来源鉴定和个人识别探究[D]. 李锦涛. 山西医科大学, 2021
- [2]基于MPS研发multi-allelic SNP体系、CE构建diallelic DIP和mini STR的六色荧光分型体系及DIP解晰藏族的群体遗传结构[D]. 刘艳芳. 南方医科大学, 2021
- [3]六色荧光标记45个Y-STR基因座复合扩增体系的法医学应用研究[D]. 曾滢. 南方医科大学, 2021
- [4]21+39Y八色荧光标记复合扩增体系的建立[J]. 杜馨雨,牛青山,刘锋,牛勇,沈红缨,贾菲,宋丹璐,余丁. 中国法医学杂志, 2020(06)
- [5]延边地区朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传多态性研究[D]. 李雁达. 延边大学, 2020(05)
- [6]贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析[D]. 高红艳. 遵义医科大学, 2020
- [7]基于大规模平行测序构建连锁常染色体STR分型体系及同级亲缘关系鉴定的初探[D]. 范庆炜. 山西医科大学, 2020(09)
- [8]基于香农熵原理为目标人群筛选合适的法医学Y-STR基因座组合的初步研究[D]. 周咏松. 南方医科大学, 2020(01)
- [9]利用DIP-连锁DNA多态性分析混合斑的探索研究[D]. 刘晋玎. 山西医科大学, 2020
- [10]华夏TM白金PCR扩增试剂盒的法医学验证及STR遗传多态性调查[J]. 张建中,赵祖亮,李亮亮,李学博,刘增甲. 中国司法鉴定, 2019(06)