一、绵羊MOET育种计划生物技术匹配的模拟计算（论文文献综述）
王凤红[1]（2021）在《山羊SNP芯片设计与内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析及基因组选择研究》文中研究指明绒山羊是我国特色优势品种,所产山羊绒是我国唯一具有出口定价权的畜产品。内蒙古绒山羊因产绒量高、绒毛品质优良和遗传性能稳定而享誉世界。本研究基于课题组前期完成的不同山羊品种基因组、转录组数据筛选功能位点,研发出首张适用于国内地方山羊品种芯片,结合系谱和生产性能测定记录,构建了高质量参考群体,基于该芯片在内蒙古绒山羊群体内开展了全基因组关联分析及大数据基因组选择研究,对绒毛品质性状的遗传机理进行初步解析,确定了内蒙古绒山羊基因组选择最佳方法。本研究充分利用我国绒山羊种质资源优势,从基因组角度研究和挖掘一批与羊绒生产性状相关的分子标记和基因资源,为今后绒山羊遗传资源保护和利用提供科学依据,为内蒙古绒山羊优质高产新品系培育提供新的基因资源和理论指导。论文主要结果如下:1.基于课题组近30年测定积累的616 113条内蒙古绒山羊系谱和生产性能记录数据,通过ASREML软件,对内蒙古绒山羊重要经济性状进行遗传参数估计。结果表明:群、测定年份和个体年龄对各性状均有显着影响,可作为固定效应纳入模型。产绒量、绒细、毛长的遗传力分别是0.24、0.27、0.32,均属于中等遗传力（0.20-0.40）,体重和绒长属于低遗传力（0.12和0.14）。产绒量、体重、绒长、绒细、毛长之间的遗传相关在-0.32～0.40之间,表型相关在-0.02～0.20之间;发现各性状加性方差较前人研究减小,说明选育后的性状遗传变异减小,有利于选育目标性状的基因型得到有效选择和纯合性状表型更加整齐。2.利用36个典型的中国地方品种（372个个体）和49个国外品种（226个个体）的山羊基因组、转录组数据,同时最大化兼容Illumina山羊52K SNP芯片位点,添加课题组多年来积累的重要功能位点数据,累计约4 500万个MAF大于0.2的SNPs,采用条件性的多目标局域性优化算法,通过对SNPs严格筛选,最终保留67 088 SNPs位点,集成一款全新的山羊70K SNP芯片（GGP＿Goat＿70K）;基于山羊70K SNP芯片,在内蒙古绒山羊群体中进行基因分型测试,所有个体均成功分型,平均call rate98.8%。说明利用该芯片可以实现山羊的基因分型,同时获得了1 920个个体的基因型数据,可用于后续的GWAS和基因组选择研究。3.基于获得的1 920个个体的基因型数据,对内蒙古绒山羊的绒长、绒细和产绒量三个性状进行全基因组关联分析。首先对绒长、绒细和产绒量进行数据整理,检测表型数据是否符合正态分布;同时对内蒙古绒山羊群体进行主成分分析,判断是否存在群体分层现象;然后使用混合线性模型进行GWAS分析,通过分位数-分位数（Quantile-Quantile,Q-Q）图判断期望值和观测值的拟合程度。结果表明在基因组水平获得了4个显着SNPs,扩大100 kb后经注释发现GALNTL5、CCDC171、STUM、CMAS、FGF12、POLN、TACC3、PRLR、EVPL、COL3A1和SOX5为内蒙古绒山羊绒毛性状的重要候选基因,可以用于后续深入研究。4.基于70K SNP芯片在国内开展了绒山羊基因组选择研究,使用GBLUP和SSGBLUP方法估计了内蒙古绒山羊绒长、绒细、产绒量、体重和毛长5个性状的遗传力和基因组育种值,同时与研究一使用的ABLUP法获得的数据进行比较,并用5次重复的5倍交叉验证来评价育种值预测的准确性。结果表明（1）GBLUP和SSGBLUP法估计产绒量的遗传力为0.26和0.28;体重的遗传力为0.17和0.14;绒长的遗传力均为0.09;绒细的遗传力均为0.30;毛长的遗传力为0.31和0.32。（2）SSGBLUP对5个性状评估准确性在45%-82%之间,与ABLUP相比提高19%-25%;（3）SSGBLUP相比于GBLUP和ABLUP有更高的预测准确性和无偏性,SSGBLUP是内蒙古绒山羊基因组选择的最佳方法;（4）通过实施基因组选择可以使内蒙古绒山羊育种世代间隔从4.5年缩短至2年。
葛菲[2]（2021）在《阿什旦牦牛早期生长性状的全基因组选择与关联分析》文中指出阿什旦牦牛是利用我国遗传资源培育成功的具有自主知识产权的国家级牦牛新品种,以无角、易饲养管理、生长发育快为主要特征。基因组选择及全基因组关联分析是利用全基因组范围内的遗传标记对目标性状进行精准的育种值估计及有效位点筛选的分子遗传育种技术。本研究以354头阿什旦牦牛作为试验群体,使用Illumina Bovine HD Genotyping Bead Chip芯片对该群体进行基因分型,并追踪该群体6月龄（断奶）、12月龄（周岁）的生长性状（体重、体长、体高、胸围）,然后分别采用不同模型对该群体的早期生长性状进行基因组选择和全基因组关联分析。本研究旨在探索基因组选择在阿什旦牦牛育种中应用的可行性,同时通过对阿什旦牦牛的早期生长性状的全基因组关联分析,为后期牦牛选育提供可靠的显着关联位点,并为全面解析其生产性能形成的遗传机理提供借鉴。研究内容和主要结果如下:（1）利用AIREML算法对阿什旦牦牛早期生长性状进行遗传力估计。结果表明,所有生长性状的遗传力估计值在0.07-0.57之间。其中大部分生长发育性状属于中高遗传力。（2）利用GBLUP、Bayes A、Bayes B、Bayes Lasso四种统计模型对早期（6月龄及12月龄）生长性状进行育种值估计,并采用5×交叉验证方法对不同模型的准确性进行评估,随后用30月龄的表型值来判断早期基因组估计育种值的准确性,从而判断基因组选择在阿什旦牦牛群体应用的可行性。结果显示基因组预测的准确性在0.155-0.391之间,不同方法对6月龄体重的基因组预测的平均准确性为0.292,6月龄体高平均准确性为0.366,6月龄体长的平均准确性为0.287,6月龄胸围的平均准确性为0.293,12月龄体重的平均准确性为0.233,12月龄体高的平均准确性为0.216,12月龄体长的平均准确性为0.163,12月龄胸围的平均准确性为0.247。各模型预测准确性与性状的遗传力均呈正相关。阿什旦牦牛30月龄表型值与各模型对其早期生长性状的基因组估计育种值之间的相关系数为0.401（GBLUP）、0.422（Bayes A）、0.403（Bayes B）、0.374（Bayes Lasso）。（3）使用GLM、MLM、Farm CPU三种全基因组关联分析线性模型,筛选与阿什旦牦牛早期增重、体长增长、体高增长、胸围增长性状的显着关联位点。本研究在基因组上共检测出67个显着SNP位点,并注释到58个候选基因。筛选到的候选基因中,部分基因与人类和其他畜禽生长性状的研究结果较一致,如INTS1基因、CA5A基因、TRIM32基因等。此外,本研究还关联到影响畜禽生产、肉质等性状的重要基因PRKAG3。据相关研究报道,PRKAG3基因在大通牦牛和甘南牦牛的生长发育过程发挥重要作用。
李洋[3]（2021）在《GWAS鉴定杜洛克猪生长发育及乳头数相关性状的候选基因》文中进行了进一步梳理杜洛克猪作为三元杂交的终端父本,其育种目标强调的是生长发育性状。而仔猪的生长性能和健康状态直接影响其后期的生长发育速度,仔猪生长健康状态与其初乳摄入量和母猪泌乳能力直接相关。猪乳头数则通过影响泌乳进而影响仔猪的生长发育。故本文对杜洛克群体的体重、采食和乳头数相关性状进行了全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）,鉴定候选基因。主要研究如下:1.杜洛克猪不同时期体重及采食行为相关性状的GWAS分析本研究基于Illumina 60K芯片对652头杜洛克猪不同生长阶段的体重及采食行为相关性状进行遗传参数估计和GWAS分析。结果表明平均日增重性状与平均日采食量有较强的正相关（rg=0.88）,与采食次数（rg=-0.56）和采食时间（rg=-0.29）呈负相关。此外,本研究利用单性状模型、一因多效模型和纵向性状分析模型三种GWAS的分析策略总共鉴定到SNP位点21个,注释到基因30个,其中BTG1基因被三种方法同时鉴定到,与猪整个生长发育期相关。通过基因功能查询,我们将BTG1、ATP2A1、SH2B1、RAD9A和IL1RAP这5个基因作为生长性状的候选基因。将HTR1B和LEF1作为采食相关性状的候选基因。2.杜洛克猪乳头数及相关性状的GWAS分析在本研究中,对978头杜洛克猪的7个乳头数相关性状（右侧乳头数、左侧乳头数、总乳头数、单侧最大乳头数、左侧与右侧乳头数的差值、左侧与右侧乳头数的差值的绝对值和左右乳头数的对称性）分为两大类:连续性性状和分类性状,并利用相应的分析模型进行GWAS分析。连续性性状鉴定到位点主要集中在7号染色体的96.09-98.10Mb之间,分类性状鉴定到位点主要在10号染色体。两类性状共注释到基因18个,其中有9个基因与乳头数相关性状有关,分别是VRTN、SYNDIG1L、YLMP1、PROX2、NUMB、AREL1、FCF1、DPF3和NRP1。7号染色体上的DPF3基因和10号染色体上的NRP1基因是本研究确定的新候选基因。研究结果揭示了乳头数相关性状的遗传机制,为进一步提高猪的繁殖性能提供了参考。综上所述,本研究鉴定到了一些体重、采食行为和乳头数相关性状的候选基因。目前的研究结果,还需要得到进一步的分子验证,为研究猪生长、采食和乳头数相关性状潜在调控机制提供依据。
乔贤[4]（2020）在《绒山羊SNP芯片设计及重要经济性状全基因组关联分析研究》文中认为随着高通量测序技术的发展,大规模基因分型技术的成本大幅降低,使得高通量SNP芯片在动物育种中的应用成为可能。基因芯片技术的日益更新为全基因组关联分析在育种中的应用提供了有效的工具。依托基因芯片和全基因组关联分析发掘的高通量分子遗传标记,建立参考群,可进行准确的基因组育种值估计,为将来精准的基因组选择的应用推广奠定了坚实的基础。内蒙古绒山羊是经过长期自然选择和人工选择培育出的绒肉兼用型优良地方畜种,因其高产绒量、优质的绒毛品质、稳定的遗传性能而闻名。绒毛品质性状是微效多基因控制的数量性状,遗传力较低,测量繁琐,很难通过传统的育种值估计选育的方法进行快速的选育提高。通过全基因组关联分析,将利用SNP芯片基因分型测序所得SNP与细度性状记录相结合,旨在探索山羊绒细度变异的遗传机理,开发与超细绒性状密切相关的SNP和基因,充分发掘绒山羊种质资源优势,从全基因组水平研究和发掘一批与绒毛性状相关的具有自主知识产权的基因组遗传资源信息,为我国绒山羊的保护和利用提供有力参考依据,为超细绒山羊的改良和培育提供新的理论依据和基因组遗传资源。本研究基于第二代高通量测序技术,对我国着名的地方品种（内蒙古绒山羊与辽宁绒山羊）进行了全基因组重测序,并结合国内、外其他山羊品种的38个个体的基因组数据,首次使用目标富集策略设计动物SNP芯片,成功获得了山羊66K捕获芯片。为检验芯片对绒山羊重要经济性状研究上的效力,对内蒙古绒山羊（二狼山型）进行了重要经济性状相关的全基因组关联分析,对获得的候选SNP位点进行了基因功能注释和生物学功能挖掘等分析。主要研究结果如下:1.基于第二代高通量测序技术对我国着名绒山羊品种73只个体进行全基因组重测序,所有样品共检测到5.52 M单核苷酸变异（SNPs）和710,600个插入缺失（Indels）,其中约有87.25%SNP为新发现的遗传变异。通过对这些高质量SNP遗传标记进行分析筛选,可用于后续绒山羊SNP芯片的遗传标记的开发。2.利用绒山羊的重测序数据及国、内外其他山羊品种的38个个体的基因组数据,基于全基因组捕获测序策略,进行绒山羊66K SNP芯片设计,并建立起一套基于液相杂交技术的芯片设计的思路技术流程,可供其它物种SNP芯片设计借鉴。3.建立了 SNP捕获型芯片通用分析流程,成功利用绒山羊66K SNP芯片实现了低成本全基因组捕获测序,并获得来自423个体的161,125高质量SNP数据集,可用于后续的GWAS研究。4.针对内蒙古绒山羊（二狼山型）羊绒细度性状进行全基因组关联分析研究,对筛选得到的排名前26位SNP位点进行KEGG分析,筛选出4个SNP位点所在基因AKT1、ALX4、HK1、NT-3可作为绒毛细度性状的候选基因进行进一步的研究。MALDI-TOF-MS检测GWAS结果中随机筛选48个SNP位点,结果显示,其中1个SNP位点与细度性状显着相关,可以佐证说明GWAS结果较为可靠,该芯片可以应用于绒山羊重要经济性状的相关研究。
李宏伟[5]（2018）在《绒肉兼用山羊重要经济性状基因组选择的模拟研究》文中研究指明近年来,随着基因芯片技术的发展与育种技术的进步,动植物的基因组选择成为研究热点。在家畜育种中,基因组选择凭借其准确性高、世代间隔短和育种成本低等优势被应用于各种经济动物的种畜选择中。本研究根据前期对内蒙古阿尔巴斯绒山羊生产性能的遗传评估结果,以山羊的体重（2=0.11）和纤维直径（2=0.34）两个性状为例,参考NCBI已经公布的山羊基因组序列信息,设定合理的基因组参数和世代传递过程,模拟历史群体和基础群体的表型和基因型数据,之后,基础群体继续繁育,从基础群的后代中选择不同规模大小的参考群体和验证群体。以模拟获得的表型和基因型数据为基础,利用GBLUP、BayesA、BayesB、Bayesian Ridge Regression（BRR）、Bayesian LASSO共5种基因组育种值估计方法进行遗传评估,针对不同标记密度、不同参考群体规模和不同QTL数目等,通过交叉验证的方法确定不同水平下基因组选择的准确性,初步确定影响基因组选择准确性的关键因素的最适水平。具体结果如下:1.通过研究发现,标记密度为45K的中等密度芯片可作为日后利用真实数据进行山羊基因组选择的芯片。2.综合考虑,无论是绒纤维直径性状还是体重性状,参考群体规模达到1080即可获得较好的选择效果。3.绒纤维直径性状和体重性状在QTL数目为50时的选择效果较好。我们推测对绒肉兼用山羊体重性状和绒纤维直径性状有显着影响的位点均不超过50个。
权富生[6]（2010）在《山羊和绵羊超数排卵及规模化胚胎移植技术研究》文中进行了进一步梳理提高山、绵羊体内胚胎生产的效率及胚胎移植后母羊妊娠率和胚胎成活率,对促进优良品种扩繁及良种推广具有重要意义。本研究以国内引进的优良肉羊品种波尔山羊、无角道塞特绵羊为对象,进行了有关胚胎移植关键技术及相关配套技术的研究。通过研究得到了以下结果:1.采用宁波FSH、中科院FSH和宁波+中科院FSH进行波尔山羊超排,三种优化后的超排方案分别回收总胚胎数为17.82±8.41枚、17.33±8.84枚和17.97±9.88枚,回收可用胚胎数分别为14.97±7.56枚、13.78±6.15枚和14.31±6.63枚。表明国产FSH只要超排方案设计合理,同样可以得到好的母羊超排反应和理想的胚胎产量。2.波尔山羊重复超排4次,当连续超排间隔为2个月时,第一次、第二次、第三次和第四次的有效反应供体比例分别为93.99%、80.00%、63.64%和50.00%,回收可用胚胎数分别为14.80±6.91枚、14.00±7.01枚,9.09±7.18枚和7.83±6.09枚。当超排时间间隔为1年时,供体母羊重复超排4次,有效供体利用率分别为95.00%、85.00%、81.25%和70.83%,回收可用胚胎数各重复超排次数之间差异不显着（P>0.05）。表明连续超排时间间隔为1年比较合理。3.根据波尔山羊母羊第一次超排反应,调整第二次重复超排处理FSH给药方案,可以使第一次超排无效供体70%以上成为有效供体,并且可以获得稳定的超排反应和胚胎产量。4.通过波尔山羊青年母羊体重和回收胚胎（卵）数及可用胚胎数的相关关系研究表明,青年母羊体质量>36kg时,可以回收到较高的总胚胎（卵）数及可用胚胎数。表明,波尔山羊青年母羊体质量和超排效果之间有密切的关系,青年母羊配种前良好的饲养,有利于繁殖潜能的发挥。5.无角道塞特绵羊超排研究结果表明,用加拿大FSH（剂量160-200mg/只）超排效果比较成功,可以回收到12.91±7.80枚胚胎/卵和8.64±7.99枚可用胚胎;经产羊的超排效果优于处女羊（P<0.05）;连续超排和手术会降低总胚胎/卵回收数,但是对可用胚胎数无明显影响;用观察自然发情母羊超排,可以回收到较高的总胚胎/卵数（13.83±4.64枚）和可以胚胎数（12.00±5.76枚）,显着高于诱导发情母羊和未知发情周期母羊超排后获得的总胚胎/卵数（7.00±4.92枚和5.94±3.38枚）和可用胚胎数（4.22±3.42枚和3.19±2.56枚）（P<0.05）;超排处理母羊发情推迟24h获得的总胚胎/卵数和可用胚胎数（0.92±1.51枚和0.42±0.90枚）显着低于正常发情母羊（P<0.01）;超排后黄体正常母羊获得的胚胎/卵数和可用胚胎数分别为8.83±5.75枚和6.66±5.41枚,显着高于黄体退化母羊（5.88±5.09枚和3.59±4.30枚）（P<0.01）。研究表明,在胚胎移植中,通过使用加拿大FSH（Fotropin V）再结合选择经产母羊、自然发情母羊进行超排处理,冲胚时选择按时发情母羊及黄体正常母羊,可以收获到理想的总胚胎/卵数和可用胚胎数。6.采用医用几丁糖对波尔山羊供体手术后防止粘连处理,第四次重复超排手术后粘连率为37.5%,极显着低于生理盐水冲洗对照组（100%）和右旋糖酐70+肝素处理组的粘连率（100%）。7.绵羊受体同期发情处理研究表明,在繁殖季节,同一同期处理方案处理不同品种,同期发情率和受体利用率品种间差异不显着（P>0.05）。非繁殖季节同羊和内蒙古细毛羊作受体处理后,同期发情率和受体利用率较低,选用小尾寒羊作受体比较理想。在非繁殖季节使用孕酮栓或配合PMSG诱导母羊受体同期发情效果优于PGF2α组和PGF2α+PMSG组。8.通过不同处理方法在不同季节同期发情处理山羊受体,结果表明,栓+PGF2α方法不论在繁殖季节还是在非繁殖季节,为比较理想的同期发情处理方法。在栓+PG2α用于同期发情处理时,配合使用FSH或PMSG,可以增加受体的有效黄体数量,但是对于胚胎移植后母羊的妊娠率及胚胎成羔率无影响。配合使用FSH或PMSG后,均可以缩短处理母羊撤栓到发情之间的时间,对母羊发情持续时间无影响。表明在春季使用20IU-30IU的FSH配合孕酮栓+PGF2α法,有利于受体利用率的提高。PMSG使用剂量以300IU为宜。9.改进国产麻醉剂速眠新肌肉注射为静脉麻醉绵羊受体或山羊受体,用药量大幅度减少。麻醉羊进入麻醉期时间短,麻醉效果确实,手术后母羊苏醒快,苏醒后0.5h可以恢复采食和反刍,苏醒后的2h可以完全恢复正常。表明采用速眠新麻醉剂进行静脉麻醉,用药量少,安全有效。10.通过供体运输、胚胎运输和受体运输进行异地鲜胚移植,主要研究结果,波尔山羊供体母羊在4h以内运输到采卵地点,对供体母羊的胚胎回收数量、胚胎移植后成活率及受体母羊妊娠率均无影响。胚胎在36.5℃运输2 h,对胚胎移植后成活率及受体母羊妊娠率无影响。但是运输温度为20℃时,胚胎移植后成活率下降到41.7%,受体母羊妊娠率下降到42.0%。受体运输后进行鲜胚移植,受体母羊的妊娠率下降到42.0%,胚胎成活率只有32.1%,明显低于供体运输和胚胎运输进行鲜胚移植。表明供体运输为不同畜牧场异地鲜胚移植的最好方法,新鲜胚胎保存在36.5℃短途运输或较长距离运输也可以得到比较理想的胚胎移植妊娠率和胚胎成羔率。11.通过调查和研究,总结的山、绵羊MOET规模化、商业化生产运行模式适合我国国情。本研究建立的山、绵羊胚胎移植效益评估模型和实例效益评估验证表明,该模型可以用于胚胎移植项目立项、项目实施效果评估等研究中。本论文开展的系列研究,对于完善山、绵羊胚胎移植技术体系建设,促进良种山、绵羊品种的快速扩繁和推广,具有重要的理论和实践指导意义。
赵晓平[7]（2008）在《敖汉细毛羊遗传参数估计及核心群育种效果分析研究》文中提出敖汉细毛羊是根据国家和内蒙古育种计划,以当地蒙古羊为母本、前苏联美利奴羊为父本,经杂交改良、横交固定、自群繁育和导入大约25%的波尔华斯羊和澳洲美利奴羊的血液培育而成的毛肉兼用型品种,1982年正式命名,以毛细、毛长、产毛量高和屠宰率高而着名。为了加快细毛羊的发展,把细毛羊产业做大,2006年敖汉种羊场组建了敖汉细毛羊育种核心群。虽然敖汉细毛羊的选育水平得到了一定的提高,但是缺乏系统的育种理论体系作支撑。本研究在对敖汉细毛羊所处的生产、育种管理体系实际考察之后,确定了现行育种方案中敖汉细毛羊的生物学及育种技术参数、群体经济学以及遗传学参数、群体结构参数、投资参数等。在此基础上,从敖汉细毛羊育种的实际出发,利用系统分析法确定了敖汉细毛羊的育种目标性状,并采用差额法计算了各育种目标性状的边际效益;利用动物模型——最佳线性无偏预测法（BLUP）和多性状非求导约束最大似然法（MTDFREML）对敖汉细毛羊进行了遗传评估,对育种目标性状进行了遗传参数估计;最后以基因流动法为核心,采用ZPLAN软件,将常规育种技术、数量遗传、计算机模拟等理论和计算相结合,对现行的育种方案进行遗传和经济评估,主要得到了以下结论:（1）确定了敖汉细毛羊的3类性状（产毛性状、繁殖性状和生长发育性状）中的6个育种目标性状,分别为净毛量、羊毛细度、羊毛长度、断奶羔羊数、成年母羊剪毛后体重和育成羊剪毛后体重。采用差额法计算了这6个育种目标性状在现有的市场经济和生产条件下的边际效益,依次分别为:成年母羊净毛量32.081、育成羊净毛量30.477、成年母羊毛细度-5.633、育成羊毛细度-5.351、成年母羊毛长度3.010、育成羊毛长度2.860、成年母羊剪毛后体重0.774、育成羊剪毛后体重2.114、断奶羔羊数90.353。通过分析得到3类性状之间的相对经济重要性之比为71.398:17.705:10.898,约为7:2:1,说明敖汉细毛羊的毛用性状经济价值最高。（2）通过运行BLUP和MTDFREML软件对敖汉细毛羊进行了遗传参数估计,计算得出产毛量、毛细度、毛长度、断奶重、周岁重和剪毛后体重的遗传力分别是0.12、0.12、0.16、0.21、0.10、0.12,断奶重的母体加性遗传力为0.03。产毛量与毛长度、断奶重、周岁重和剪毛后体重,剪毛后体重与毛细度、断奶重和周岁重的遗传相关系数分别为0.50、0.20、0.22、0.32,0.05、0.40、0.37,均呈中等遗传正相关;毛细度与产毛量、毛长度、断奶重和周岁重,毛长度和剪毛后体重的遗传相关系数分别为-0.30、-0.40、-0.24、-0.06,-0.01。（3）在对育种目标性状边际效益计算和遗传参数估计的基础上,采用ZPLAN软件对现行育种方案的育种效果进行了评估,结果表明对遗传进展和育种产出的贡献比例公羊组明显要高于母羊组,说明在整个育种过程中种公羊选择非常重要,其选择准确度达到0.84以上,公羊的选择对整个群体的遗传进展、育种效益起着重要作用;在现行育种方案的条件下,每个选择性状的年度遗传进展分别为产毛量0.0629kg、净毛量0.1123kg、细度-0.0768μm、长度0.0401cm、断奶羔羊数0.0009只、周岁重0.3303kg、成母羊体重0.5855kg、断奶体重0.0853kg。平均世代间隔为4.176年。总育种产出为63.198元,其中净毛量48.2007元,细度5.4279元,长度1.6114元,断奶羔羊数0.1999元,周岁重4.8686元,成年母羊体重2.8898元。育种成本为49.766元,育种效益为13.433元,投入产出比为1:1.27。
任建存[8]（2008）在《秦川肉牛群选群育开放核心群育种体系的建立及技术体系优化研究》文中进行了进一步梳理本文根据育种现状和生产实际,从秦川肉牛育种的实际需要出发,通过研究分析,提出建立秦川肉牛群选群育开放核心群育种体系;利用秦川牛群体育种学、生物学和经济学等参数,采用基因流动法和ZPLAN专用程序研究了秦川牛开放核心群的的优化育种规划;在对现行育种方案预期育种效果分析的基础上,研究了不同群体结构、公母牛使用年限、核心群开放程度和不同群体规模等因素对群体综合育种进展、育种效益及世代间隔的影响;并且提出了改进现行育种规划的最优化育种技术指标体系。在研究工作中,主要得到了以下结论:1.为加快秦川牛的选育改良进度,改进封闭式核心群育种方式的不足,固定性状,培育优秀个体,采用群选群育开放核心群育种体系。秦川肉牛开放核心群育种体系共分三个层次:核心群、育种群和改良群,是一个呈等级的金字塔型结构,顶部为核心群,中部是育种群,基部是改良群。核心群由最优秀的公、母牛个体组成,育种群和改良群则由来自繁殖群、商品群中经性能测定的个体组成。2.对于大群体来说,在正常选择强度下,当核心群数占总群体的10%时可获得最大的遗传进展,在核心群占总群体的5%～10%时,核心群中的母畜应有一半来自基础群（育种群和改良群）,开放核心群可获得较高的遗传进展率。3.从基础群选留母牛的最佳比例随着公牛选择强度的提高而增大,但随着母牛选择强度的提高而减小。在不限制公、母牛迁移方向的情况下,当上层群体50%的更新母牛和5%～20%的更新公牛来自下层群体,且下层群体50%的更新公牛来自上层群体时,所获得的遗传进展是最大的。4.ONBS中连续迁移的效应往往导致亚群和总体同基因频率、群体均值、群体方差更加接近,群体同质性增加。与CNBS相比,ONBS以其特有的迁移同质化效应,可以缓冲小群体复制育种中突出的源于配子抽样的群体遗传特性随机波动和抽样偏差,从而以渐进方式与总体保持遗传同质性。迁移和选择的联合遗传效应往往使得ONBS的遗传进展远大于封闭体系。5.在设定规划期为20年,牛群规模为2500头繁殖母牛的条件下,对现行育种方案进行了分析。现行育种方案在群体规模、育种群比例、种公牛利用情况和开放程度等方面尚未处于最佳状态。现行育种方案在母牛一个产犊周期可实现的综合育种进展为46.83元,育种产出量为214.75元,育种投入量为32.33元,育种效益为182.42元,平均世代间隔为5.26年,投入与产出比为1:6.64,与国内外研究相比改进余地很大。6.当公犊牛的留种比例为0.6,母犊牛的留种比例为0.8时育种方案能获得较好的育种效益和相对较高的遗传进展,同时也比较符合生产实际。7.通过分析得出不同选择组动物使用年限的最优化育种方案,核心群公牛和育种群公牛的最理想使用年限为1年,核心群母牛和育种群母牛的最理想利用年限为5至6年,测验公牛最理想使用年限为1至2年,测验母牛最理想使用年限为4至5年,改良群公牛最理想使用年限为1年,改良群母牛最理想使用年限为6年。8.对现行育种方案的育种效率和使用年限优化后的育种效率进行了对比分析,结果为:优化使用年限优化后获得的综合育种进展、育种产出和育种效益分别较现行方案提高了25%、37%和42%,世代间隔较现行方案缩短了15%。投入与产出比由1:6.64提高为1:8.23。9.在核心群比例固定的情况下,随着群体规模的扩大,核心群规模也越大,育种投入量（固定投入）将随着群体规模的扩大呈递减的趋势,而群体的综合育种进展、育种产出和育种效益都呈递增的趋势。10.本研究通过综合分析,优化全部影响因素后,在群体规模为2500头繁殖母牛时核心群、育种群和改良群比例分别处于7%～9%、11%～13%和80%,核心群母牛开放程度小于20%时,其综合育种进展和育种效益最高。研究认为,核心群验证公牛使用1年,其他公牛使用3～4年,母牛使用5年,改良群母牛的20%～40%由核心群公牛配种时可获得理想的育种效益。群体可以达到的最佳世代间隔为4.05年,综合育种进展可达到61.72元,育种产出可达到306.61元,育种效益可达到270.83元,分别比现行育种方案提高了23%、32%、43%和48%,优化后育种的投入产出比为1:8.56。
李金永,闵令江,张海美[9]（2007）在《MOET技术在山羊育种中的应用》文中研究表明主要介绍了MOET技术、山羊育种中超数排卵技术、山羊育种中的胚胎移植技术、MOET技术在山羊育种的应用和注意的问题。
黄锡霞[10]（2005）在《超细型细毛羊优化育种规划的研究》文中认为本文紧密结合新疆超细型细毛羊育种的需要,以基因流动法为核心,利用系统分析方法确定了超细型细毛羊的育种目标性状,并采用差额法计算了各目标性状的边际效益。采用基因流动法应用育种规划专用程序ZUPLAN分析研究了细毛羊现行育种方案的育种成效。在此基础上研究影响现行育种方案育种成效的不同因素,就育种群的比例、公母羊使用年限、后测与配母羊在育种群中比例、群体规模等因素进行优化研究,得出如下结论: 1.根据我国超细型细毛羊的育种、生产和市场条件,并适当考虑未来一段时间的发展趋势,计算制定了育种目标所必需的经济学和生物学、育种技术参数,并制定了包括3类6个生产性状的育种目标。通过边际效益分析得出,超细型细毛羊3类性状,毛用性状、繁殖性状、生长发育性状的权重比为66.43:25.12:8.41,近似于8:3:1,说明超细型细毛羊毛用性状具有更大的经济价值。 2.优化分析表明,现行育种方案在群体规模、育种核心群比例、留种公羊、种羊使用年限方面尚未处于最佳状态,仍有很大改进余地。现行方案世代间隔为4.48年,投入产出比为1:14.04,公羊后裔测定的后代数低,种公母羊的利用年限较长,还有较大的改进余地。 3.优化研究表明,育种群公、母羊育种年龄,使用年限对育种效益有较大影响。在育种群公羊使用1年,母羊使用2年,生产群母羊使用5年时,可获得理想的育种效率。从近交系数增量考虑,育种群公羊使用年限最多不应超过4年。 4.在育种群规模比例固定的情况下,群体规模每扩大5000只,育种效益平均增加7.21%,遗传进展平均增加6.60%。育种投入平均减少22.97%,但单一加大群体规模,随着留种公羊数的增加,将降低育种效益和综合遗传进展,在育种实践中应尽量扩大育种群规模和主动育种群比例。 5.优化各种影响因素后,现行育种方案在育种群比例为65%,后测与配母羊在育种群中比例为40%,后测公羊数为15只时,验证公羊数为6只时综合遗传进展和育种效益最高。达到最优状态时超细型细毛羊群体综合育种进展和育种效益可达到每母羊每年18.631元和375.569元,比现行育种方案的13.616元和148.208元分别提高了36.83%和153.41%。 6.本文还对有限规模群体中影响育种成效的近交问题进行了分析,本研究认为,在群体处在最佳状态时,近交系数不应超过0.3%,在留种公羊数为10只时,育种群公羊使用年限不应超过3年。对有限群体还可以建立开放式育种体系,必要时通过引进公羊或精液,解决近交问题。 7.本文还对非后测体系育种方案进行了分析,结果表明,后测体系育种方案优于非后测体系育种方案,育种实践中应采取后测体系育种方案。
二、绵羊MOET育种计划生物技术匹配的模拟计算（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、绵羊MOET育种计划生物技术匹配的模拟计算（论文提纲范文）
（1）山羊SNP芯片设计与内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析及基因组选择研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 绒山羊育种研究进展 |
| 1.1.1 绒山羊概述 |
| 1.1.2 绒山羊育种现状 |
| 1.2 SNP芯片的研究进展 |
| 1.2.1 SNP分型芯片的特点 |
| 1.2.2 SNP分型芯片的分类及原理 |
| 1.2.3 SNP分型芯片在畜牧领域的概况及应用 |
| 1.3 全基因组关联分析研究进展 |
| 1.4 羊基因组选择研究进展 |
| 1.4.1 基因组选择理论 |
| 1.4.2 基因组选择方法 |
| 1.4.3 基因组选择影响因素 |
| 1.4.4 羊基因组选择研究进展 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 1.6 技术路线图 |
| 2 研究一 内蒙古绒山羊重要经济性状遗传参数的评估 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 数据来源 |
| 2.1.2 非遗传因素分析-广义最小二乘法 |
| 2.1.3 多性状重复力混合模型估计遗传参数 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 基本统计分析 |
| 2.2.2 固定效应的确定 |
| 2.2.3 遗传参数估计 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 遗传力 |
| 2.3.2 遗传相关 |
| 2.4 小结 |
| 3 研究二 山羊70KSNP芯片的研发设计与测试 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 芯片设计数据来源 |
| 3.1.2 芯片测试数据来源 |
| 3.1.3 主要分析软件及工具 |
| 3.1.4 主要试剂及仪器 |
| 3.1.5 位点筛选 |
| 3.1.6 位点优化 |
| 3.1.7 DNA提取 |
| 3.1.8 基因分型 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 70K SNP芯片的设计 |
| 3.2.2 70K SNP芯片与Illumina 52K SNP芯片的比较 |
| 3.2.3 位点检出率 |
| 3.2.4 位点MAF统计 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 4 研究三内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 样品采集 |
| 4.1.2 表型数据处理 |
| 4.1.3 数据质控 |
| 4.1.4 全基因组关联分析 |
| 4.1.5 GO、KEGG富集分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 表型数据的基本统计 |
| 4.2.2 数据质控及群体遗传结构分析 |
| 4.2.3 绒长性状的全基因组关联分析 |
| 4.2.4 绒细性状的全基因组关联分析 |
| 4.2.5 产绒量性状的全基因组关联分析 |
| 4.2.6 功能富集分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 5 研究四内蒙古绒山羊重要经济性状基因组选择研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 构建参考群 |
| 5.1.2 基因型数据 |
| 5.1.3 GBLUP |
| 5.1.4 SSGBLUP |
| 5.1.5 基因组准确性评估 |
| 5.1.6 世代间隔 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 群体结构和遗传参数 |
| 5.2.2 基因组预测准确性比较 |
| 5.2.3 世代间隔 |
| 5.2.4 选择效果分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 6 结论 |
| 7 创新点 |
| 8 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（2）阿什旦牦牛早期生长性状的全基因组选择与关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 家畜育种发展历程概述 |
| 1.2 基因组选择的方法及应用概述 |
| 1.2.1 基因组选择的原理及模型 |
| 1.2.2 基因组选择在家畜育种中的应用现状 |
| 1.3 全基因组关联分析的方法及应用 |
| 1.3.1 全基因组关联分析的原理及统计模型 |
| 1.3.2 全基因组关联分析在家畜生长性状中的应用概述 |
| 1.4 阿什旦牦牛新品种简述 |
| 1.5 本研究目的与意义 |
| 第二章 阿什旦牦牛早期生长性状的基因组选择 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验群体的构建及表型数据收集 |
| 2.1.2 血样采集及基因型的获取 |
| 2.1.3 群体连锁不平衡分析 |
| 2.1.4 全基因组育种值估计 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 表型数据基本统计量及分析 |
| 2.2.2 基因型数据统计及分析 |
| 2.2.3 不同早期生长性状的估计遗传力 |
| 2.2.4 不同方法估计GEBV的准确性 |
| 2.3 小结 |
| 第三章 阿什旦牦牛早期生长发育性状的全基因组关联分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验群体的构建及表型数据收集 |
| 3.1.2 血样采集及基因型的获取 |
| 3.1.3 不同方法的全基因组关联分析 |
| 3.1.4 显着位点的筛选及基因注释 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 阿什旦牦牛早期增重关联分析结果 |
| 3.2.2 阿什旦牦牛早期体长增长关联分析结果 |
| 3.2.3 阿什旦牦牛早期体高增长关联分析结果 |
| 3.2.4 阿什旦牦牛早期胸围增长关联分析结果 |
| 3.3 小结 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 基因组选择 |
| 4.1.1 不同统计模型下GEBV的准确性 |
| 4.1.2 不同标记密度下GEBV的准确性 |
| 4.1.3 不同LD水平下GEBV的准确性 |
| 4.2 全基因组关联分析 |
| 4.2.1 阿什旦牦牛早期生长发育性状候选基因 |
| 4.2.1.1 与阿什旦牦牛两个生长发育性状同时关联的候选基因 |
| 4.2.1.2 与其他生长性状关联的候选基因 |
| 4.2.2 GWAS在分子育种中的应用 |
| 第五章 全文结论 |
| 5.1 全文结论 |
| 5.2 待解决的问题 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（3）GWAS鉴定杜洛克猪生长发育及乳头数相关性状的候选基因（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 猪体重及采食行为相关性状研究进展 |
| 1.1.1 猪的生长发育规律 |
| 1.1.2 测定日模型(Test day model,TDM) |
| 1.1.3 体重及增重性状研究进展 |
| 1.1.4 采食行为相关性状研究进展 |
| 1.2 乳头的生长发育及研究进展 |
| 1.2.1 乳头及乳腺的生长发育过程 |
| 1.2.2 猪乳头数的复杂性 |
| 1.2.3 猪乳头数的研究进展 |
| 1.3 全基因组关联分析(GWAS) |
| 1.4 研究目的和意义 |
| 第二章 杜洛克猪不同时期体重及采食行为相关性状的GWAS分析 |
| 2.1 试验材料和方法 |
| 2.1.1 试验相关数据采集及数据整理 |
| 2.1.2 表型数据统计及遗传参数分析方法 |
| 2.1.3 基因型数据 |
| 2.1.4 质控条件 |
| 2.1.5 单性状GWAS分析 |
| 2.1.6 一因多效GWAS分析 |
| 2.1.7 测定日模型GWAS分析 |
| 2.1.8 候选基因注释 |
| 2.2 试验结果 |
| 2.2.1 各表型的基本描述统计 |
| 2.2.2 单性状全基因组关联分析结果 |
| 2.2.3 一因多效和纵向性状全基因组关联分析结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 体重及采食行为相关性状遗传参数的估计 |
| 2.3.2 不同GWAS分析方法结果的比较及候选基因注释 |
| 2.3.3 不同生长阶段分析结果的比较 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 杜洛克猪乳头数及相关性状GWAS分析 |
| 3.1 试验材料和方法 |
| 3.1.1 试验相关数据采集及数据整理 |
| 3.1.2 基因型数据 |
| 3.1.3 质控条件 |
| 3.1.4 遗传力估计模型 |
| 3.1.5 全基因组关联分析模型 |
| 3.1.6 候选基因注释 |
| 3.2 试验结果 |
| 3.2.1 各性状的基本描述统计 |
| 3.2.2 全基因组关联研究与基因注释 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 结论 |
| 4.1 本研究的主要结论 |
| 4.2 本研究的创新点与特色 |
| 4.3 下一步研究计划 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（4）绒山羊SNP芯片设计及重要经济性状全基因组关联分析研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 绒山羊育种概述 |
| 1.1.1 绒山羊概况 |
| 1.1.2 绒山羊育种现状 |
| 1.1.3 绒山羊绒毛品质性状研究进展 |
| 1.2 基因芯片的研究进展 |
| 1.2.1 分子遗传标记的发展概况 |
| 1.2.2 基因芯片发展概况 |
| 1.3 全基因组关联分析研究进展 |
| 1.3.1 GWAS研究概述 |
| 1.3.2 GWAS的统计分析方法 |
| 1.3.3 GWAS在畜禽中的应用 |
| 1.3.4 GWAS存在的问题及展望 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 1.5 技术路线图 |
| 2 研究一 山羊全基因组重测序 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 主要仪器 |
| 2.2.3 主要试剂 |
| 2.3 方法 |
| 2.3.1 血液DNA提取 |
| 2.3.2 文库的构建 |
| 2.3.3 基因组测序 |
| 2.3.4 测序数据过滤与质控 |
| 2.3.5 基因组遗传变异检测 |
| 2.3.6 遗传多样性分析 |
| 2.4 结果 |
| 2.4.1 DNA文库及质检 |
| 2.4.2 测序结果 |
| 2.4.3 遗传变异数据集 |
| 2.4.4 群体杂合度分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 小结 |
| 3 研究二 山羊66K SNP捕获芯片的开发与测试 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料 |
| 3.3 方法 |
| 3.3.1 原始SNP数据集的获取 |
| 3.3.2 原始数据初步分析 |
| 3.3.3 CG测序方法 |
| 3.3.4 统计与分析 |
| 3.3.5 SNP检测提取 |
| 3.3.6 样品测序报告的生成 |
| 3.4 结果 |
| 3.4.1 SNP筛选 |
| 3.4.2 叠瓦式探针设计 |
| 3.4.3 探针测试结果分析 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 叠瓦式探针设计的选择 |
| 3.5.2 捕获效果的检测 |
| 3.5.3 SNP数据集的优势 |
| 3.6 小结 |
| 4 研究三 基于绒山羊66K SNP芯片的捕获测序 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料 |
| 4.2.1 试验材料 |
| 4.2.2 主要仪器 |
| 4.2.3 主要试剂 |
| 4.3 方法 |
| 4.3.1 血液基因组DNA的提取 |
| 4.3.2 CG平台建库方法 |
| 4.3.3 测序质量评估 |
| 4.3.4 测序FASTQ文件初步过滤 |
| 4.3.5 序列比对与去重复 |
| 4.3.6 遗传变异检测 |
| 4.4 结果 |
| 4.4.1 测序平台比较与流程优化 |
| 4.4.2 测序平台对比 |
| 4.4.3 分析流程优化探索 |
| 4.4.4 目标捕获与测序结果 |
| 4.4.5 SNPs |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 小结 |
| 5 研究四 绒山羊重要经济性状的全基因组关联分析研究 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料 |
| 5.3 方法 |
| 5.3.1 羊绒纤维细度测量分析 |
| 5.3.2 群体结构分析 |
| 5.3.3 全基因组关联分析 |
| 5.3.4 候选基因定位 |
| 5.3.5 候选SNP位点的飞行质谱基因分型 |
| 5.4 结果 |
| 5.4.1 表型数据的校正与统计 |
| 5.4.2 群体结构分析 |
| 5.4.3 全基因组关联分析 |
| 5.4.4 DNA质检结果 |
| 5.4.5 Sequenom SNP分型结果 |
| 5.4.6 统计分析结果 |
| 5.5 讨论 |
| 5.5.1 绒山羊66KSNP芯片与山羊52K SNP芯片的应用范围比较 |
| 5.5.2 羊绒细度相关的Top 26SNP位点 |
| 5.5.3 候选SNP位点的飞行质谱基因分型 |
| 5.6 小结 |
| 6 结论 |
| 7 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（5）绒肉兼用山羊重要经济性状基因组选择的模拟研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 家畜育种技术的发展 |
| 1.2 基因组选择的概念与原理 |
| 1.3 基因分型技术 |
| 1.3.1 限制性片段长度多态性 |
| 1.3.2 质谱分型 |
| 1.3.3 芯片分型 |
| 1.3.4 测序技术 |
| 1.4 基因组育种值估计方法 |
| 1.4.1 GBLUP法 |
| 1.4.2 BayesA法 |
| 1.4.3 BayesB法 |
| 1.4.4 BayesianLASSO法 |
| 1.5 衡量基因组选择准确性的常用指标 |
| 1.6 影响基因组选择准确性的因素 |
| 1.6.1 参考群体的大小 |
| 1.6.2 性状的遗传力 |
| 1.6.3 标记与QTL之间的连锁不平衡程度 |
| 1.6.4 标记密度 |
| 1.6.5 QTL数目 |
| 1.7 基因组选择在育种计划中的应用 |
| 1.8 数据模拟理论与方法 |
| 1.9 研究目的及意义 |
| 2 研究一山羊体重及绒纤维直径的基因组选择最适标记密度的确定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 数据模拟 |
| 2.1.2 全基因组选择的群体选择和育种值估计方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 不同标记密度下山羊绒纤维直径基因组选择准确性的比较 |
| 2.2.2 不同标记密度下体重基因组选择准确性的比较 |
| 2.3 小结 |
| 3 研究二不同参考群体规模下山羊体重及绒纤维直径的基因组选择准确性的比较 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 数据模拟 |
| 3.1.2 全基因组选择的群体选择和育种值估计方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 不同参考群体规模下绒纤维直径基因组选择准确性的比较 |
| 3.2.2 不同参考群体规模下体重基因组选择准确性的比较 |
| 3.3 小结 |
| 4 研究三不同QTL数目下山羊体重及绒纤维直径的基因组选择准确性的比较 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 数据模拟 |
| 4.1.2 全基因组选择的群体选择和育种值估计方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 不同QTL数目下绒纤维直径基因组选择准确性的比较 |
| 4.2.2 不同QTL数目下体重基因组选择准确性的比较 |
| 4.3 小结 |
| 5 讨论 |
| 5.1 标记密度对基因组选择准确性的影响 |
| 5.2 参考群体规模对基因组选择准确性的影响 |
| 5.3 QTL数目对基因组选择准确性的影响 |
| 5.4 其他因素对基因组选择准确性的影响 |
| 6 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（6）山羊和绵羊超数排卵及规模化胚胎移植技术研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 文献综述 |
| 第一章 山、绵羊超数排卵技术研究进展 |
| 1.1 体内胚胎生产的背景 |
| 1.2 体内胚胎生产的现状 |
| 1.3 影响超排效果的外在因素 |
| 1.4 促性腺激素的来源 |
| 1.5 促性腺激素给药方案 |
| 1.6 使用孕激素对超排变异的影响 |
| 1.7 影响胚胎生产的内在原因 |
| 1.8 卵巢因素对超排效果的影响 |
| 1.9 卵巢优势卵泡的影响 |
| 1.10 卵巢上存在黄体对超排效果的影响 |
| 1.11 超排的卵巢起始点思想 |
| 1.12 卵巢反应异常对超数排卵的影响 |
| 第二章 提高山、绵羊胚胎移植妊娠率的研究进展 |
| 2.1 胚胎因素 |
| 2.1.1 供体对胚胎质量和移植妊娠率的影响 |
| 2.2 受体因素 |
| 2.2.1 供、受体的同期化程度 |
| 2.2.2 受体的孕酮水平 |
| 2.2.3 移植部位 |
| 2.2.4 受体营养和年龄 |
| 2.2.5 其他方面 |
| 2.3 激素和细胞因子对于山、绵羊胚胎移植妊娠的影响 |
| 2.4 我国山、绵羊胚胎移植目前存在的主要问题 |
| 2.5 本研究的目的意义及主要研究内容 |
| 试验研究 |
| 第三章 波尔山羊超数排卵技术研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验羊和超排处理方法 |
| 3.1.2 数据处理方法 |
| 3.2 研究结果 |
| 3.2.1 试验一、国产促性腺激素FSH 超排波尔山羊研究结果 |
| 3.2.2 试验二、不同激素重复超排波尔山羊方案研究结果 |
| 3.2.3 试验三、波尔山羊青年母羊和成年母羊重复超排分析 |
| 3.2.4 试验四、波尔山羊重复超排时间间隔对超排效果的影响研究结果 |
| 3.2.5 试验五、波尔山羊重复超排FSH 用量调整后超排结果 |
| 3.2.6 试验六、波尔山羊青年母羊体质量与超排关系分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 关于国产促性腺激素FSH 超排波尔山羊研究 |
| 3.3.2 关于不同激素重复超排波尔山羊方案讨论 |
| 3.3.3 关于波尔山羊青年母羊和成年母羊重复超排分析讨论 |
| 3.3.4 关于波尔山羊重复超排间隔对超排效果的影响研究讨论 |
| 3.3.5 关于波尔山羊重复超排FSH 用量调整的问题 |
| 3.3.6 关于波尔山羊青年母羊体质量与超排关系分析讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 影响无角道塞特绵羊超数排卵因素分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验动物 |
| 4.1.2 供体母羊超数排卵、配种及胚胎收集 |
| 4.1.3 试验设计 |
| 4.1.4 统计分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 山羊重复手术收集胚胎防止粘连方法比较 |
| 5.1 试验材料和方法 |
| 5.1.1 试验羊 |
| 5.1.2 试验设计 |
| 5.1.3 供体羊超排处理和配种 |
| 5.1.4 母羊胚胎收集 |
| 5.1.5 胚胎鉴定 |
| 5.1.6 数据分析 |
| 5.2 结果分析 |
| 5.3 讨论与结论 |
| 第六章 绵羊胚胎移植受体同期发情处理技术研究 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 试验羊及饲养 |
| 6.1.2 试验药品及用量 |
| 6.1.3 试验设计 |
| 6.1.4 处理方法 |
| 6.1.5 母羊发情鉴定 |
| 6.1.6 受体利用 |
| 6.1.7 资料统计 |
| 6.2 结果 |
| 6.2.1 繁殖季节受体同期发情处理不同方法效果 |
| 6.2.2 非繁殖季节受体不同处理同期发情效果 |
| 6.2.3 季节对受体同期发情处理的影响 |
| 6.2.4 不同季节受体同期发情处理后发情分布 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 小结 |
| 第七章 山羊同期发情处理与胚胎移植技术研究 |
| 7.1 材料与方法 |
| 7.1.1 试验羊 |
| 7.1.2 试验设计和处理方法 |
| 7.1.3 处理受体发情观察 |
| 7.1.4 受体母羊胚胎移植及其妊娠检查 |
| 7.1.5 数据分析 |
| 7.2 结果分析 |
| 7.2.1 试验一、山羊胚胎移植受体不同同期发情处理方法研究结果 |
| 7.2.2 试验二、不同孕酮栓诱导山羊胚胎移植受体同期发情比较结果 |
| 7.2.3 试验三、FSH 用于山羊受体同期发情处理研究结果 |
| 7.2.4 试验四、PMSG 用于山羊同情发情处理研究结果 |
| 7.3 讨论 |
| 7.3.1 关于山羊胚胎移植受体不同同期发情处理方法研究 |
| 7.3.2 关于不同孕酮栓诱导山羊胚胎移植受体同期发情比较 |
| 7.3.3 关于FSH 用于山羊受体同期发情处理 |
| 7.3.4 关于PMSG 用于山羊同情发情处理 |
| 7.4 小结 |
| 第八章 速眠新麻醉剂在绵羊和山羊胚胎移植中的应用研究 |
| 8.1 材料与方法 |
| 8.1.1 材料 |
| 8.1.2 试验方法 |
| 8.2 结果 |
| 8.2.1 绵羊麻醉结果 |
| 8.2.2 山羊麻醉结果 |
| 8.3 讨论 |
| 8.3.1 关于绵羊麻醉 |
| 8.3.2 关于山羊麻醉 |
| 8.4 小结 |
| 第九章 波尔山羊供体和受体异地饲养鲜胚移植研究 |
| 9.1 材料和方法 |
| 9.1.1 供体和受体 |
| 9.1.2 供体超数排卵和发情配种 |
| 9.1.3 受体同期发情处理 |
| 9.1.4 供体采集胚胎和胚胎检查 |
| 9.1.5 试验设计 |
| 9.1.6 数据处理 |
| 9.2 试验结果 |
| 9.2.1 试验一、运输供体进行胚胎移植 |
| 9.2.2 试验二. 胚胎运输后移植 |
| 9.2.3 试验三. 受体运输移植胚胎 |
| 9.3 讨论和结论 |
| 9.4 小结 |
| 第十章 山、绵羊规模化胚胎移植的组织管理及效益评估 |
| 10.1 山、绵羊规模化胚胎移植组织管理模式研究 |
| 10.1.1 山、绵羊MOET 规模化、商业化生产运行模式 |
| 10.1.2 山羊和绵羊规模化MOET 实施推广受体组织形式 |
| 10.1.3 讨论和建议 |
| 10.2 山、绵羊胚胎移植的成本分析及效益评估 |
| 10.2.1 山、绵羊胚胎移植的成本分析 |
| 10.2.2 山、绵羊MOET 效益分析 |
| 10.2.3 结果分析和讨论 |
| 结论 |
| 创新之处和进一步研究的课题 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 缩略词 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（7）敖汉细毛羊遗传参数估计及核心群育种效果分析研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 我国细毛羊业概况 |
| 1.1.1 我国细毛羊的生产及分布状况 |
| 1.1.2 我国主要细毛羊品种资源简介 |
| 1.1.3 我国细毛羊育种概况 |
| 1.2 遗传评定和遗传参数估计 |
| 1.2.1 遗传评定方法 |
| 1.2.2 遗传参数估计方法 |
| 1.3 育种目标的研究 |
| 1.3.1 育种目标的确定方法 |
| 1.3.2 细毛羊育种目标的确定 |
| 1.4 育种方案的研究 |
| 1.4.1 核心群育种方案的研究 |
| 1.4.2 LAMS 育种方案的研究 |
| 1.5 本研究的目的、意义和主要研究内容 |
| 2 敖汉细毛羊育种目标的研究 |
| 2.1 育种目标性状和选择性状的确定 |
| 2.1.1 产毛性状 |
| 2.1.2 生长发育性状 |
| 2.1.3 繁殖性状 |
| 2.2 生产体系描述及基本参数的计算 |
| 2.2.1 育种、生产和市场体系 |
| 2.2.2 育种技术参数 |
| 2.2.3 营养学参数 |
| 2.2.4 生产与市场经济学参数 |
| 2.3 目标性状边际效益的计算 |
| 2.3.1 成年母羊净毛量（eCFW） |
| 2.3.2 育成羊净毛量（hCFW） |
| 2.3.3 成年母羊羊毛细度（eFD） |
| 2.3.4 育成羊羊毛细度（hFD） |
| 2.3.5 成年母羊羊毛长度（eSL） |
| 2.3.6 育成羊羊毛长度（hSL） |
| 2.3.7 成年母羊剪毛后体重（eLW） |
| 2.3.8 育成羊剪毛后体重（hLW） |
| 2.3.9 断奶羔羊数（nKW） |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 小结 |
| 3 敖汉细毛羊遗传参数估计研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 研究对象 |
| 3.1.2 数据整理 |
| 3.2 统计分析方法 |
| 3.2.1 影响敖汉细毛羊的非遗传因素分析的统计模型和方法 |
| 3.2.2 不同动物模型的比较研究 |
| 3.2.3 遗传评定和遗传参数估计 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 影响敖汉细毛羊各性状的非遗传因素分析 |
| 3.3.2 各性状在模型中固定效应的确定 |
| 3.3.3 不同动物模型的比较研究 |
| 3.3.4 遗传参数估计 |
| 3.3.5 各性状的表型趋势和遗传趋势 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 各非遗传因素对各性状的影响 |
| 3.4.2 关于各性状模型的确定 |
| 3.4.3 关于遗传参数的估计 |
| 3.5 小结 |
| 4 敖汉细毛羊现行育种方案育种效果分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 群体的经济参数和遗传参数 |
| 4.1.2 生物学和育种技术参数 |
| 4.1.3 群体结构参数 |
| 4.1.4 育种成本及投资参数 |
| 4.1.5 育种值估计的信息来源 |
| 4.1.6 分析过程中的基本算法 |
| 4.1.7 计算机程序 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 5. 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（8）秦川肉牛群选群育开放核心群育种体系的建立及技术体系优化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 秦川牛育种 |
| 1.1.1 养牛业是畜牧业的支柱产业之一 |
| 1.1.2 利用我国黄牛选育优质肉用新品种（系） |
| 1.1.3 秦川牛品种资源 |
| 1.1.4 秦川牛选育改良 |
| 1.2 家畜育种规划 |
| 1.2.1 动物育种规划方法的发展 |
| 1.2.2 动物育种规划的任务 |
| 1.2.3 育种规划方法研究内容 |
| 1.2.4 MOET 核心群育种规划的研究 |
| 1.3 开放核心群育种体系 |
| 1.3.1 开放核心群育种体系优缺点 |
| 1.3.2 开放核心群育种体系与闭锁核心群育种体系比较 |
| 1.3.3 实施开放核心群育种体系存在的问题 |
| 第二章 秦川牛群选群育开放核心群育种体系的建立 |
| 2.1 秦川牛的群选群育 |
| 2.1.1 群选群育规划 |
| 2.1.2 群选群育模式 |
| 2.2 秦川牛开放核心群育种体系 |
| 2.2.1 群体结构参数与基因流动 |
| 2.2.2 群体遗传学特征 |
| 2.2.3 估计选择和迁移反应 |
| 2.2.4 杂交参数的估计 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 群选群育开放式核心群育种体系 |
| 2.3.2 核心群规模 |
| 2.3.3 种畜的迁移率 |
| 2.3.4 开放核心群育种体系（ONBS）的群体遗传学特征 |
| 第三章 开放核心群育种体系最优化研究 |
| 3.1 影响育种效率的因素 |
| 3.2 现行育种方案的基本参数 |
| 3.2.1 群体的经济学参数及遗传参数 |
| 3.2.2 生物学和育种技术指数 |
| 3.2.3 育种成本与投资参数 |
| 3.2.4 育种值估计的信息来源 |
| 3.3 现行育种方案预期育种效果分析 |
| 3.4 现行育种方案的优化 |
| 3.4.1 犊牛留种比例 |
| 3.4.2 使用年限对育种效率的影响 |
| 3.4.3 主动育种群比例对育种效率的影响 |
| 3.4.4 核心群的开放程度 |
| 3.4.5 群体规模 |
| 3.4.6 育种方案的优化 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 育种参数的采用 |
| 3.5.2 使用年限 |
| 3.5.3 核心群比例 |
| 3.5.4 群体规模 |
| 3.5.5 现行育种方案的最优化 |
| 3.6 结论 |
| 3.7 育种前景 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（10）超细型细毛羊优化育种规划的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 国内外细毛羊生产的历史和现状 |
| 1.2 细毛羊育种技术 |
| 1.3 动物育种规划方法的发展 |
| 1.4 绵羊育种方案的研究进展 |
| 1.5 本研究的目的意义和主要研究内容 |
| 第二章 超细型细毛羊育种目标的确定 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 育种目标性状和选择性状的筛选 |
| 2.3 生产体系的描述及各种生物学和经济学参数的计算 |
| 2.4 性状边际效益的计算 |
| 2.5 结果与分析 |
| 2.6 讨论 |
| 2.7 小结 |
| 第三章 超细型细毛羊核心群优化育种规划的研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
四、绵羊MOET育种计划生物技术匹配的模拟计算（论文参考文献）
- [1]山羊SNP芯片设计与内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析及基因组选择研究[D]. 王凤红. 内蒙古农业大学, 2021
- [2]阿什旦牦牛早期生长性状的全基因组选择与关联分析[D]. 葛菲. 中国农业科学院, 2021
- [3]GWAS鉴定杜洛克猪生长发育及乳头数相关性状的候选基因[D]. 李洋. 中国农业科学院, 2021
- [4]绒山羊SNP芯片设计及重要经济性状全基因组关联分析研究[D]. 乔贤. 内蒙古农业大学, 2020
- [5]绒肉兼用山羊重要经济性状基因组选择的模拟研究[D]. 李宏伟. 内蒙古农业大学, 2018(12)
- [6]山羊和绵羊超数排卵及规模化胚胎移植技术研究[D]. 权富生. 西北农林科技大学, 2010(10)
- [7]敖汉细毛羊遗传参数估计及核心群育种效果分析研究[D]. 赵晓平. 内蒙古农业大学, 2008(06)
- [8]秦川肉牛群选群育开放核心群育种体系的建立及技术体系优化研究[D]. 任建存. 西北农林科技大学, 2008(01)
- [9]MOET技术在山羊育种中的应用[J]. 李金永,闵令江,张海美. 当代畜牧, 2007(02)
- [10]超细型细毛羊优化育种规划的研究[D]. 黄锡霞. 中国农业大学, 2005(05)
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