一、如何获得高质量的雏鸡（论文文献综述）
彭璐媛[1]（2021）在《黄芩苷对鸡大肠杆菌病的预防作用及其机制研究》文中研究说明鸡大肠杆菌病是由禽致病性大肠杆菌（avian pathogenic Escherichia coli,APEC）引起的一种局部或全身性传染病,是威胁养禽业的头号细菌病,每年给禽类养殖带来巨大的经济损失。目前普遍认为鸡大肠杆菌病的发病机制为:APEC首先通过呼吸道感染,黏附和定植于气囊和肺上皮并诱发局部炎症反应,随后突破气血屏障进入血液循环,最终导致肝周炎、心包炎等全身症状。因此,抑制APEC感染诱导的肺部炎症、维持气血屏障的完整性是防治鸡大肠杆菌病的关键。传统中医理论认为“肺与大肠相表里”,早在《伤寒杂病论》中就曾提出过“肺病治肠、肠病治肺”的治疗手段,且随着现代医学“肠-肺轴”的提出,肺肠之间的相互作用关系逐渐受到重视,肠道菌群及其代谢产物被证明是连结肺脏和肠道的重要纽带。随着“减抗”、“替抗”时代的到来,中草药基于其来源广、低残留、不易产生耐药性等优点,成为防治畜禽疾病的首要开发药物。同时,越来越多的证据表明,中草药可通过与肠道菌群的相互作用发挥其药理学作用。黄芩是我国的传统中药,为唇形科植物黄芩的干燥根,其味苦、性寒,具有清热燥湿、清肺泻火、清热解毒等功效。黄芩苷是从黄芩中提取出的主要黄酮类化合物,具有抗菌、抗病毒、抗肿瘤、抗炎、抗氧化以及调节肠道菌群等药理学作用。因此,本研究首先以APEC感染的鸡肺II型上皮细胞和雏鸡为实验模型,探究黄芩苷对鸡大肠杆菌病的预防作用;其次通过应用抗生素清除雏鸡的肠道菌群,探索肠道菌群对鸡大肠杆菌病的影响;之后,通过对黄芩苷处理雏鸡的肠道菌群及其相关代谢产物进行检测,分析黄芩苷对雏鸡肠道菌群及其代谢产物的影响,探究黄芩苷对鸡大肠杆菌病的预防作用是否是通过调节肠道菌群及其代谢产物实现的,并筛选出肠道内与抗大肠杆菌病作用相关的细菌及代谢产物,揭示黄芩苷对鸡大肠杆菌病的预防作用及其机制,从而为鸡大肠杆菌病的防治和相关药物的开发提供研究思路和理论指导。首先,我们建立了APEC感染鸡肺Ⅱ型上皮细胞的体外实验模型,并通过最小抑菌浓度（MIC）的测定和MTT实验,筛选出对APEC生长无影响且对鸡肺Ⅱ型上皮细胞无毒性的黄芩苷浓度为12.5μg/mL、25μg/mL和50μg/mL;然后检测黄芩苷对APEC感染引起的鸡肺Ⅱ型上皮细胞乳酸脱氢酶（LDH）的释放、细菌黏附数量、炎性细胞因子表达的影响。结果表明,12.5μg/mL、25μg/mL和50μg/mL黄芩苷能够显着降低APEC感染诱导的细胞LDH释放,抑制APEC对上皮细胞的黏附以及促炎基因TNF-α,IL-1β的表达,并增加抑炎基因IL-4的表达。随后,在体内实验中,我们使用50 mg/kg、100 mg/kg和200 mg/kg的黄芩苷预处理雏鸡一周,然后通过气管内灌注APEC建立鸡大肠杆菌病动物模型,并通过检测雏鸡死亡率、肺脏病理组织学变化、肺脏中细菌载量以及炎性细胞因子和气血屏障相关紧密连接蛋白的表达评估黄芩苷对鸡大肠杆菌病的预防作用。结果显示,黄芩苷预处理能够显着降低APEC诱导的鸡大肠杆菌病的死亡率、抑制肺组织损伤和促炎基因TNF-α、IL-1β和IL-6的表达以及增加紧密连接蛋白ZO-1、Occludin和Claudin-3在肺脏中的表达。这些结果表明,黄芩苷能抑制APEC诱导的肺部炎症反应,维持气血屏障的完整性,具有预防鸡大肠杆菌病的作用。其次,为了探究肠道菌群在鸡大肠杆菌病中的作用,我们通过在雏鸡饮水中添加广谱抗生素两周以清除其肠道菌群,然后通过气管内灌注APEC建立鸡大肠杆菌病模型,并对各器官的脏器指数和病理组织学变化、肺脏菌载量以及促炎细胞因子和紧密连接蛋白的表达进行检测。结果显示,与空白对照组的雏鸡相比,肠道菌群清除的雏鸡感染APEC后,导致肺脏、心脏、肝脏和肠道的病理损伤更加严重,并且肺脏中APEC的载量和TNF-α、IL-1β和IL-6释放显着增加。对气血屏障通透性检测表明,肠道菌群清除导致APEC感染诱导的支气管肺泡灌洗液（bronchoalvellar lavage fluid,BALF）中蛋白浓度明显升高、肺组织中紧密连接蛋白Claudin-3、Occludin和ZO-1的表达显着降低。以上结果表明,肠道菌群清除导致APEC诱导的机体脏器损伤加重以及气血屏障通透性的破坏增加。随后,为了探究黄芩苷对APEC诱导的雏鸡大肠杆菌病的预防作用是否与肠道菌群有关,我们给肠道菌群清除雏鸡和正常雏鸡灌服黄芩苷后气管灌注APEC诱导雏鸡大肠杆菌病模型,随后对各组织脏器指数和病理学变化、肺脏中炎性细胞因子、菌载量以及BALF中的蛋白浓度和气血屏障紧密连接蛋白表达进行检测,结果显示,肠道菌群清除后,黄芩苷显着抑制APEC感染导致的雏鸡各脏器的病理性损伤和肺脏中促炎细胞因子的表达,减少菌载量和BALF中蛋白浓度以及维持肺组织中紧密连接蛋白表达的作用明显减弱。这些结果表明,肠道菌群对黄芩苷发挥抗APEC诱导的雏鸡大肠杆菌病的作用至关重要。为了进一步研究黄芩苷是否通过调节肠道菌群发挥其防御雏鸡大肠杆菌病的作用,我们对空白对照组、APEC组、黄芩苷单独处理组和黄芩苷预处理后感染APEC组的雏鸡肠道菌群进行了检测。结果表明,与空白对照组相比,感染APEC雏鸡的肠道菌群丰度和多样性显着提高,并且放线菌门（Actinobacteria）和Ruminococcaceae＿UCG-014,Ruminococcaceae＿unclassified,Clostridiales＿vadin BB60＿group＿unclassified和Ruminiclostridium＿5菌属的丰度,变形菌门（Proteobacteria）丰度显着增加,lachnospiraceae＿unclassified、Blautia、Escherichia-Shigella和Pygmaiobacter菌属的丰度显着降低,而黄芩苷预处理显着恢复了APEC感染导致的肠道菌群丰度和结构的改变。进一步通过LEf Se分析发现,黄芩苷处理主要增加了雏鸡肠道中g＿Blautia、f＿Lachnospiraceae和g＿Intestinimonas等短链脂肪酸（short chain fatty acid,SCFAs）产生菌的丰度。此外,为了排除黄芩苷对肺脏菌群的影响,我们进一步对空白对照组和黄芩苷单独处理组的雏鸡肺脏菌群进行了分析,结果发现,本实验应用相同剂量的黄芩苷并没有影响雏鸡肺脏菌群结构。这些结果表明,黄芩苷能够调节APEC引起的肠道菌群紊乱,并且能增加产SCFAs菌群的丰度。最后,为了检测黄芩苷是否通过促进肠道菌群代谢产物SCFAs产生发挥其预防鸡大肠杆菌病的作用,我们通过靶向代谢组学技术对空白对照组和黄芩苷单独处理组的雏鸡肠道和BALF中的SCFAs浓度进行了检测。结果显示,黄芩苷处理显着增加了肠道中乙酸、丙酸和丁酸的浓度,并且肺脏中乙酸和丁酸的浓度以及乙酸受体FFAR2的表达量显着升高,因此我们推测,黄芩苷可能通过促进肠道菌群代谢产物SCFAs,尤其是乙酸的产生,增加的乙酸迁移至肺脏激活其受体FFAR2发挥抗炎和维持气血屏障功能的作用。为了验证上述假设,我们通过雏鸡饮水中添加乙酸钠后气管内灌注APEC建立鸡大肠杆菌病模型,探究乙酸钠对鸡大肠杆菌病的预防作用。结果表明,饮水中添加乙酸钠能够显着抑制APEC感染导致的鸡肺组织的病理性损伤、炎性细胞因子TNF-α、IL-1β和IL-6的产生及其基因表达,并恢复肺脏中气血屏障相关紧密连接蛋白Claudin-3、Occludin和ZO-1及乙酸钠受体FFAR2的表达。这些结果表明,黄芩苷能够增加肠道中SCFAs,尤其是乙酸的产生,产生的乙酸能够抑制肺部炎症、维持气血屏障完整性,从而预防鸡大肠杆菌病。综上所述,本研究证明了黄芩苷对鸡大肠杆菌病具有预防作用,其具体机制可能是:黄芩苷通过恢复APEC感染诱导的肠道菌群紊乱,并增加肠道中产SCFAs细菌的丰度,从而促进肠道SCFAs,尤其是乙酸的产生,高浓度的SCFAs（特别是乙酸）从肠道迁移至肺脏,抑制APEC引起的肺脏炎性损伤以及维持气血屏障的完整性,发挥抗大肠杆菌病的作用。该实验结果不仅为临床生产中鸡大肠杆菌病的防治提供新的思路和实验依据,而且为天然化合物的作用研究提供了新的方向,也为“肺与大肠相表里”的中医基础理论解读提供理论依据。
孙长花[2]（2021）在《Hintw在鸡性别决定过程中的功能及分子机制解析》文中研究表明性别决定作为重要的生物学过程,一直是生物学、繁殖学、发育生物学和动物科学研究的热点问题。由于经济动物雌雄性在生产力和经济效益上的差异,因此,研究性别决定的机制,实现性别鉴定与控制也成为生产中的一个重要问题。鸡是重要的经济和模式动物,它既可以作为易于获取的模型动物用于科研工作,又是人类优质的动物蛋白来源。鸡的性别与其生产效益密切相关,在肉鸡生产中,公鸡的生产效益高于母鸡,而在蛋鸡生产中,母鸡的生产效益则远高于公鸡。因此,如果能够通过对性别的调控,在肉鸡生产中获得单一性别的公鸡,或在蛋鸡生产中产生单一性别的母鸡,则可以大量降低因雏鸡淘汰带来的养殖成本,这将为整个养殖行业带来巨大的经济效益,也避免了因雏鸡淘汰而带来的伦理问题。因此,实现鸡的性别控制是目前家禽养殖业亟需解决的关键问题。众所周知,在哺乳动物中,性别决定的关键基因已经被挖掘。小鼠中Sry基因能够特异性地决定雄性发育。虽然家禽中也有相关基因被发现,比如Dmrt1、Amh以及Foxl2等,但是后续的实验证明这些基因只能参与家禽的性别决定过程,而并非关键基因,这极大地限制了鸡性别控制技术的开发和应用。基于此,本研究在前人研究基础上,利用转录组测序技术,系统分析了鸡胚胎性别决定过程中关键时间点的基因表达和影响因素,发现并鉴定出鸡W染色体上Hintw基因是鸡性别决定过程中的关键基因,通过体内外实验证明其在性别决定中的生物学功能,并对其分子机制进行了探究。为鸡（鸟类）性别决定机制的研究提供参考依据,并为后续深入研究鸡性别决定调控网络提供了理论支撑。研究结果如下:（1）转录组分析鸡性别决定的关键因素 对鸡胚发育早期的雌雄胚胎干细胞（Embryonic stem cells,ESCs）和原始生殖细胞（Primordial germ cells,PGCs）进行了转录组测序,发现在早期囊胚中（ESCs）就已经出现性别基因表达差异,说明鸡的性别决定在胚胎发育早期（ESCs阶段）就已经开始。通过GO（Gene Ontology）分析,确定能量代谢和表观遗传修饰（DNA甲基化和组蛋白乙酰化）参与了鸡的性别决定过程。确定了 pathway in cancer,Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450 和 Drug metabolism-other enzymes等三条信号通路在鸡性别决定过程中发挥重要作用。通过基因互作,初步确定鸡性别决定过程中的关键基因为Cyp19a1、Dmrt1、Sox9、Amh、Hintw和Wnt4。（2）能量代谢和表观遗传修饰在鸡早期性别决定过程中的功能研究 对雌雄ESCs和鸡胚成纤维细胞（Chicken Embryo Fibroblast,CEF）中葡萄糖摄取和乳酸堆积水平进行检测,发现雄性ESCs和CEF中糖酵解水平较高,而雌性ESCs和CEF中糖酵解水平较低。通过ELISA检测雌雄ESCs和CEF中组蛋白乙酰化酶（histone acetyltransferase,HAT）的水平,发现雄性细胞中的HAT水平显着高于雌性细胞（P<0.01）。利用5mC抗体对雌雄ESCs的基因组进行斑点杂交实验,发现雄性ESCs的DNA甲基化水平显着低于雌性（P<0.01）。通过鸡性腺体外培养过程中添加糖酵解激活剂（2i:SB431542+PD0325901）、组蛋白去乙酰化修饰酶抑制剂（valproic acid,VPA）和DNA甲基化抑制剂（Vitamin C,Vc）进行功能实验。HE染色结果显示:与正常发育的雌雄性腺相比,添加2i、VPA或Vc处理后,卵巢的皮质明显变薄,髓质变得更加致密,出现曲精细管的形态结果。qRT-PCR结果显示,与正常的卵巢或睾丸相比,添加2i、VPA或Vc处理后的卵巢和睾丸中Sox9和Amh都出现显着地上调（P<0.05）,而Foxl2和Wnt4则显着下调（P<0.05）。通过ELISA检测性激素,发现2i、VPA或Vc处理能够抑制卵巢和睾丸中的雌二醇水平并提高睾酮的水平（P<0.01）。因此,激活糖酵解能够促进雄性性别决定过程,而抑制DNA甲基化修饰水平和提高组蛋白乙酰化修饰水平也可以促进鸡雄性性别决定过程。（3）鸡性别决定的关键基因筛选 通过建立体外CEF重编程体系获取与ESCs相似的iPS,并以此为体系利用糖酵解激活剂（2i:SB431542+PD0325901）、DNA甲基化抑制剂（Vc）以及组蛋白去乙酰化修饰酶抑制剂（VPA）处理CEF优化iPS重编程过程。成功收集雌雄CEF以及不同诱导条件下获得的iPS样本,获得了高质量的总RNA。通过转录组测序（Illumina测序）技术检测了能量代谢、DNA甲基化和组蛋白乙酰化处理对性别相关基因的影响,并从基因水平上比较了两性性别决定过程中的差异基因表达变化,发现添加2i激活糖酵解水平后能够促进细胞雄性决定过程,添加Vc降低细胞内DNA甲基化水平和添加VPA提高组蛋白乙酰化水平,也能够促进细胞雄性决定过程。Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）和 GO 分析显示,在雌雄CEF重编程过程中2i和Vc/VPA调节雄性性别决定过程基因或信号通路是保守的。同时,通过对雌雄CEF重编程过程中的候选基因进行韦恩分析,发现2i和Vc/VPA调节鸡性别决定的关键候选基因45个。最后,结合鸡雌雄ESCs阶段出现的关键性别候选基因进行互作分析,发现Hintw是鸡胚的性别决定过程调控网络的核心。（4）Hintw在鸡性别决定中的功能研究 系统检测了Hintw在鸡雌雄细胞、早期胚胎和性腺发育过程以及雏鸡不同组织中的表达水平,发现Hintw在鸡的两性中存在截然不同的表达规律,在鸡雌性胚胎和性腺发育过程以及组织中均高表达,而在雄性胚胎和性腺发育过程以及组织中均低表达。成功构建Sh-Hintw慢病毒干扰载体和OE-Hintw慢病毒过表达载体,二者能显着干扰或提高Hintw的表达。通过体内功能验证试验发现,在雄性鸡胚中过表达Hintw后,会导致18.5d的睾丸出现不对称发育,HE染色结果显示:与正常发育的雌雄性腺相比,过表达Hintw的雄性性腺的皮质明显增厚,睾丸中的曲精细管出现崩塌,内部变得疏松,呈现出卵巢的形态结果。而干扰Hintw的雌性性腺皮质明显变薄,卵巢的髓质中出现曲精细管的形态结果。qRT-PCR结果显示,过表达Hintw后能够显着抑制鸡胚中雄性相关基因Dmrt1、Sox9和Amh的表达（P<0.05）,促进雌性相关基因Cyp19a1和Foxl2的表达（P<0.05）;干扰Hintw后则出现完全相反的结果。同时,雄性鸡胚中过表达Hintw后能够抑制睾酮水平,而提高雌二醇的水平,但是在雌性鸡胚中干扰Hintw后则抑制雌二醇的水平,提高睾酮的水平。这些结果表明Hintw参与了早期鸡胚的性别决定过程,这为进一步阐明鸡胚性别决定过程的分子调控网络奠定基础。（5）Hintw在鸡性别决定中的分子机制研究 通过Pull down和质谱检测成功获取了 HINTW的互作蛋白UBE2I。利用CoIP进一步验证发现,在雌性的细胞中HINTW能够与UBE2I结合,而HINTZ无法与UBE2I结合。检测了Ube2i在鸡胚中的表达规律,发现Ube2i在雌性组织中的表达水平显着高于雄性（P<0.01）,且在雌性的卵巢中表达量显着高于其他组织。通过慢病毒介导过表达/干扰Ube2i进行体内功能试验发现,过表达Ube2i后,雄性鸡胚睾丸皮质发育,髓质呈现疏松结构,曲精细管减少,呈现雌性性腺特征,同时,Foxl2、Hintw、Cyp19a1等雌性相关基因表达极显着上调（P<0.01）,而Sox9、Dmrt1、Wt1等雄性相关基因表达显着下调（P<0.05）,并且雄性鸡胚中雌二醇含量整体高于对照组,睾酮含量低于对照组,而干扰Ube2i的表达后,则出现相反的变化趋势。说明Ube2i能够有效地促进鸡胚向雌性方向分化。综合上述结果,本实验成功筛选并鉴定出Hintw可作为鸡雌性性别决定过程中的关键基因,其通过与雌性性别相关基因（Ube2i）发生互作参与鸡胚早期的性别决定过程,本实验结果为进一步解析鸡性别决定的分子机制奠定了理论基础。
宫玉杰[3]（2021）在《盲肠发酵液干预对肉鸡肠道微生物定植和肠道功能的影响及其调控机制研究》文中提出鸡的肠道是一个复杂而动态的微生物群落家园,寄居在肠道内的微生物与宿主具有共生关系,它们对宿主的肠道健康以及机体的生长代谢至关重要。鸡肠道微生物的建立主要从孵化后开始,且初始定植的微生物能够影响后续肠道微生物的发展,因此,孵化后的这段时期是调控肉鸡肠道微生物的机会窗口。本研究通过体外发酵系统制备肉鸡盲肠发酵液,随后采用发酵液对雏鸡进行早期干预以探究其对肉鸡肠道微生物定植及肠屏障功能的影响。主要研究内容和结果如下:1肉鸡盲肠微生物体外发酵体系的构建本试验旨在构建肉鸡盲肠微生物体外发酵系统,制备盲肠发酵液。试验挑选5只鸡作为供体,取其盲肠内容物作为体外发酵的接种源,对供体鸡盲肠内容物和其对应的发酵液进行16S rRNA高通量测序,探究发酵过程中微生物的演替规律。结果表明,2号和3号供体鸡盲肠微生物分类操作单元（OTU）的数量和香浓指数（Shannon）指数较高;随发酵天数增加发酵液中OTU的数量和Shannon指数逐渐降低,从发酵第7天开始波动逐渐减小。主坐标分析（PCoA）和非加权组平均法（UPGMA）聚类分析可以将5个供体鸡样本聚为一簇,并将供体鸡对应的不同天数的发酵液各自聚类。供体鸡盲肠和发酵液中的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,4号和5号供体组检测出较多的肠杆菌科细菌,3号供体组肠杆菌科的相对丰度较低。结果提示:体外连续发酵系统需运行7天才能达到稳定状态,3号供体鸡的发酵过程最稳定,发酵液中的微生物与原始盲肠内容物中的微生物具有较高的相似性。2发酵液干预对肉鸡肠道微生物定植及代谢功能的影响在本研究中,采用体外连续发酵系统制备的肉鸡盲肠发酵液对雏鸡进行接种,探究发酵液早期干预对肉鸡肠道微生物定植和肠道代谢性能的影响。将120只初出壳的艾拔益加肉鸡（AA肉鸡）随机分为两组,发酵液组的肉鸡在出壳后2 h内灌服0.5 mL发酵液,对照组用等量的PBS溶液做相同处理。在1、3、7、14和28日龄时屠宰取样进行相关指标的测定。检测结果主要分为以下三个方面:1)发酵液干预对肉鸡生长性能和肠道形态结构的影响14和28日龄时,发酵液组肉鸡的体重显着高于对照组（P<0.05）。小肠形态结构测定发现,发酵液干预显着提高了 14和28日龄肉鸡的空肠绒毛高度（P<0.05）,28日龄时肉鸡的十二指肠和回肠绒毛高度（P<0.05）;14日龄时发酵液组回肠的隐窝深度显着低于对照组（P<0.01）;除14日龄的回肠外,发酵液组肉鸡的十二指肠、空肠和回肠的绒隐比均显着高于对照组（P<0.05）。肠道紧密连接蛋白相关基因的测定结果表明,发酵液早期干预显着上调了 14和28日龄时肉鸡回肠中ZO1 mRNA的表达水平（P<0.05）,28日龄时肉鸡回肠中CLDN1 mRNA表达水平（P<0.05）。相反,发酵液早期干预显着降低了 14（P<0.05）和28（P<0.01）日龄时肉鸡回肠CLDN2 mRNA的表达。结果提示:盲肠发酵液早期干预能够提高肉鸡的生长性能,改善肠道形态结构,增加肠屏障功能。2)发酵液干预对肉鸡肠道微生物定植与发展的影响发酵液早期干预显着降低了 3和7日龄时肉鸡盲肠微生物的Chao1指数（P<0.01）,提高了 1日龄时肉鸡盲肠微生物的Shannon指数（P<0.01）。盲肠微生物的β多样性分析发现,在每个采样日龄两组样本均呈现清晰的分离现象,且1日龄的样本与其他几个日龄的样本相隔较远。在各个日龄,拟杆菌门均是干预鸡盲肠微生物群中最丰富的菌门,平均相对丰度为41.58～66.38%,明显高于对照组。相反,干预鸡盲肠中变形菌门和大肠杆菌志贺菌属的丰度要低于对照组。对微生物的代谢产物短链脂肪酸（SCFAs）测定发现,发酵液早期干预提高了 28日龄时肉鸡盲肠中乙酸的浓度（P<0.05）,1和14日龄时丁酸和异戊酸的浓度（P<0.05）,以及全部日龄点丙酸的浓度（P<0.05）。结果提示:盲肠发酵液早期干预能够改变肉鸡肠道微生物的定植规律,增加有益菌丰度的同时降低病原微生物的相对比例,并且能够提高盲肠中SCFAs的含量。3)发酵液干预对肉鸡肠道代谢功能的影响从主成分分析（PCA）和正交偏最小二乘法判别分析（OPLS-DA）的结果来看,发酵液早期干预显着改变了肉鸡盲肠微生物的代谢性能,两组在7和14日龄时分别筛选出19和48个已定性的差异代谢物,其中1,3-丙二胺是仅有的一个在干预鸡盲肠中连续上调的代谢物。差异代谢物的富集通路分析发现,7和14日龄时分别识别出18和9条代谢通路。结果提示:差异代谢物1,3-丙二胺可作为盲肠发酵液早期干预的潜在生物标记物,氨基酸代谢和不饱和脂肪酸合成代谢是盲肠发酵液早期干预主要影响的代谢通路。3发酵液干预对大肠杆菌感染肉鸡的保护作用研究1)肉鸡大肠杆菌病模型的构建试验将80只1日龄的AA肉鸡随机分为四组。4日龄时,对其中3组雏鸡口腔灌服0.3 mL大肠杆菌培养液,活菌数分别为1 × 106 CFU/mL,1 × 107 CFU/mL,1 × 108 CFU/mL,依次为低剂量组、中剂量组和高剂量组,剩余的一组为对照组,对照组每只鸡灌服等量的无菌生理盐水。攻毒7天后,从每组随机挑选6只鸡称重并屠宰采样,测定相关指标。研究结果表明,高剂量组肉鸡的体重和胸腺指数显着低于对照组（P<0.05）,脾脏指数显着高于对照组（P<0.05）;高剂量组肉鸡血清中内毒素的浓度显着增加（P<0.05）;与对照组相比,高剂量组肉鸡空肠隐窝深度显着加深、绒毛面积显着降低（P<0.05）;中、高剂量组绒毛高度和绒隐比显着降低（P<0.05）。结果提示:4日龄的雏鸡口腔灌服0.3 mL 1 × 108 CFU/mL的大肠杆菌培养液能够成功构建鸡大肠杆菌病理模型,受感染的肉鸡生长迟缓,肠道黏膜结构受损。2)发酵液干预对肉鸡大肠杆菌病的治疗效应试验购买初出壳的AA肉鸡180只,将其随机分为三组。对照组肉鸡在1～4日龄时每天每只鸡灌服0.3 mL无菌生理盐水;攻毒组肉鸡在1日龄时灌服0.3 mL 1 × 108CFU/mL的大肠杆菌培养液,2～4日龄时每天每只鸡灌服0.3 mL无菌生理盐水;治疗组肉鸡在1日龄时灌服0.3 mL 1 × 108 CFU/mL的大肠杆菌培养液,2～4日龄时每天每只鸡灌服0.3 mL发酵液。肉鸡7、10、14和21日龄时,从每组随机挑选8只鸡进行称重和取样,测定相应指标。研究结果表明,攻毒组和治疗组肉鸡的体重均显着低于对照组（P<0.05）;10、14和21日龄时攻毒组肉鸡的脾脏指数显着高于对照组,14日龄时治疗组肉鸡的脾脏指数也显着高于对照组（P<0.05）;10日龄时攻毒组肉鸡的胸腺指数显着低于对照组,10和14日龄时攻毒组肉鸡的法氏囊指数显着低于对照组（P<0.05）,而治疗组与对照组无显着差异。7和21日龄时攻毒组和治疗组肉鸡血清中二胺氧化酶的活性显着高于对照组（P<0.05）,14日龄时治疗组肉鸡血清中二胺氧化酶的活性显着高于对照组（P<0.05）,而攻毒组与对照组之间无显着差异（P>0.05）。21日龄时,攻毒组和治疗组肉鸡回肠中分泌型免疫球蛋白A（sIgA）的浓度显着低于对照组（P<0.05）。攻毒组和治疗组肉鸡十二指肠、空肠和回肠的绒隐比显着低于对照组（P<0.05）。结果提示:盲肠发酵液治疗不能有效缓解大肠杆菌感染对肉鸡生长性能、免疫器官发育以及肠屏障功能造成的损伤。3)发酵液干预对肉鸡大肠杆菌病的预防效应试验购买初出壳的AA肉鸡180只,将其随机分为三组。对照组肉鸡在1～4日龄时每天每只鸡灌服0.3 mL无菌生理盐水;攻毒组肉鸡在1～3日龄时每天每只鸡灌服0.3 mL无菌生理盐水,4日龄时灌服0.3 mL 1 × 108 CFU/mL的大肠杆菌培养液;预防组肉鸡在1～3日龄时每天每只鸡灌服0.3 mL发酵液,4日龄时灌服0.3 mL 1×108 CFU/mL的大肠杆菌培养液。在肉鸡7、10、14和21日龄时,从每组随机挑选8只鸡进行称重和取样,测定相应指标。研究结果表明,攻毒组肉鸡的体重和法氏囊指数显着低于对照组（P<0.05）,脾脏指数显着高于对照组（P<0.05）,且攻毒组肉鸡血清中D-乳酸和内毒素的含量以及二胺氧化酶的活性显着高于对照组（P<0.05）,预防组与对照组之间无显着差异。21日龄时,攻毒组肉鸡回肠中sIgA的含量显着低于对照组和预防组（P<0.05）。攻毒组肉鸡空肠和回肠的绒隐比显着低于对照组（P<0.05）,预防组与对照组无显着差异。攻毒组回肠CLDN3、ZO1和ZO2的mRNA表达水平显着低于对照组（P<0.05）,预防组与对照组之间无显着差异。攻毒组肉鸡盲肠微生物的Chao1和Shannon指数显着降低（P<0.05）,大肠杆菌志贺菌属在攻毒组肉鸡盲肠中显着富集,拟杆菌属、副拟杆菌属和巨球菌属显着富集于预防组肉鸡盲肠中。攻毒组肉鸡盲肠中功能基因的数量显着降低（P<0.05）,预防组的功能基因的代谢性能最强。结果提示:盲肠发酵液预防能有效阻止病原微生物在肉鸡肠道中定植,缓解大肠杆菌对机体造成的损害。综上所述,盲肠发酵液早期干预能够调控肉鸡肠道微生物的定植与发展,改变肠道微生物的代谢特征。发酵液对肉鸡大肠杆菌病的预防效应优于治疗效应,早期接种发酵液可以减少肠道中病原微生物的定植,缓解大肠杆菌感染对肉鸡生长性能、免疫器官发育以及肠屏障功能造成的损伤。无论在正常状况或大肠杆菌感染条件下,发酵液干预均可以显着提高肉鸡盲肠中丙酸的浓度。
石水琴[4]（2020）在《鸡罗伊氏乳杆菌S5抗肠炎沙门氏菌感染及其对肠道菌群微生态的调控作用研究》文中进行了进一步梳理肠道微生物群与宿主相互作用在肠道疾病的发展中起关键作用。乳酸菌是肠道菌群中主要益生菌群之一,具有优化肠道微生态菌群结构,调节肠道微生物生态系统的功能,是防御肠道病原体的主要防线。全面认识鸡肠道菌群的多样性与功能对开发肠道菌种资源和防治病原菌感染具有重要的指导作用。肠炎沙门氏菌（Salmonella enteritidis）感染是人类胃肠炎的常见病因,其感染会导致胃肠功能紊乱和微生态失调等问题,是全世界范围内重要的公共卫生问题。乳酸菌可以有效防治肠道细菌性感染,但其在肠道的作用机理尚未完全明确。因此,本研究以鸡为研究对象,解析鸡肠道菌群结构与功能,探究鸡肠道乳酸菌多样性与功能,旨在从健康鸡肠道中筛选具有良好特性且具有抗肠炎沙门氏菌的乳酸菌。从乳酸菌调控肉鸡肠道菌群和宿主基因表达抗病原菌感染的角度出发,验证所筛选到的优良乳酸菌抗S.enteritidis ATCC13076感染功能及其作用机理。为通过乳酸菌调控肠道感染微生态菌群结构的稳定,提高肉鸡抗病力减少抗生素使用提供新的思路和研究依据。主要研究内容如下:1.鸡肠道菌群多样性和功能分析及其乳酸菌筛选本章节采用宏基因组学测序来探究不同养殖环境中的自由散养（FRS）与规模化商业养殖（CRS）以及不同基因型鸡中白羽肉鸡（BC）与罗曼蛋鸡（LC）的鸡盲肠肠段菌群的结构与功能。结果发现Bacteroidetes,Firmicutes和Proteobacteria是FRS和CRS中盲肠细菌的主要菌群,在FRS中发现了Deferribacteres,而在CRS中几乎不存在。在FRS中Parabacteroides,Prevotellaceae＿Ga6A1,Unclassified Proteobacteria和unclassified Spirochaetaceae的物种丰度更高,而在CRS中Faecalibacterium,Ruminococcaceae和Helicobacter则更为丰富。物种的主要功能注释是复制,重组和修复,能量产生和转化,细胞壁/膜/包膜生物发生以及氨基酸运输和代谢相关功能。对不同品种鸡盲肠菌群宏基因组学数据分析,结果发现BC,LC盲肠细菌的主要菌群是Bacteroidetes,Firmicutes和Proteobacteria。BC中Faecalibacterium,Ruminococcus和Alistipes物种较丰富,而在LH中Bacteroides和Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group更为丰富。物种的主要功能注释是复制,重组和修复,能量产生和转化,细胞壁/膜/包膜生物发生以及氨基。结果表明,同一物种的鸡的基因型差异可以引起肠道菌群数量的变化,但不会改变肠道菌群的结构组成和主要功能差异。对鸡肠道乳酸菌数据信息分析发现,鸡肠道乳酸菌主要是隶属于Lactobacillus、Pediococcus、Sharpea和unclassified＿f＿＿Lactobacillaceae四个属。L.reuteri属于Lactobacillus,丰度占乳酸菌14.6%,其功能主要参与复制,重组和修复,氨基酸运输和代谢,碳水化合物运输和代谢,辅酶运输和代谢,能量产生和转化以及防御机制。结合微生物纯分离培养方法,成功从肉鸡肠道分离得到一株罗伊氏乳杆菌S5（L.reuteri S5）菌株,其在MRS培养基中生长20 h为其最佳接种时间,在24 h产乳酸量最高为1.42 mmol/L,具有较好耐受性,L.reuteri S5菌株无细胞发酵上清中T-AOC、GSH-PX和T-SOD活性高于菌体,对S.enteritidis ATCC13076具有较强的体外抑菌活性,该菌株优势碳源和氮源为葡萄糖和豆粕。2.L.reuteri S5全基因组序列分析及其体外抗S.enteritidis ATCC13076作用研究由于乳酸菌具有菌株特异性,为全面解析L.reuteri S5菌种信息和益生功能尤为重要。L.reuteri S5全基因组测序分析结果表明,L.reuteri S5全基因组中含有1个环形染色体,基因组长度为2,962,865 bp,基因的平均长度为905 bp,共有2,787个基因,59个t RNA基因,19个r RNA基因,其他nc RNA基因30个。具有完整的初级代谢途径,编码糖酵解途径主要功能酶类以及磷酸戊糖途径的酶类,其基因组上含有编码抗氧化、无机盐离子以及耐酸、耐胆盐相关的基因,证实了L.reuteri S5是一株益生特性优异的益生菌株。相关分子实验结果表明,L.reuteri S5通过抑制S.enteritidis ATCC13076的粘附和侵袭,毒力和细胞膜完整性基因的表达,抑制S.enteritidis ATCC1307生物被膜的形成和运动,破坏细菌结构,并抑制细胞内蛋白质的合成,进而抑制或杀死S.enteritidis ATCC13076的生长。这些结果为揭示L.reuteri S5益生特性以及抗S.enteritidis ATCC13076作用奠定基础研究。3.L.reuteri S5干预对鸡抗S.enteritidis ATCC13076感染肠道菌群的调控作用选取益生菌株L.reuteri S5,构建S.enteritidis ATCC13076感染肉鸡动物模型,分析L.reuteri S5干预对鸡感染S.enteritidis ATCC13076肠道菌群结构的调控作用。研究结果表明L.reuteri S5干预对鸡抗S.enteritidis ATCC13076感染肠道菌群的调控作用。L.reuteri S5菌株能稳定定植于鸡肠道各肠段,尤其是盲肠肠段内,L.reuteri S5菌株的定植会降低肠道环境p H值,抑制S.enteritidis ATCC13076在肠道内的定植。具有增强肠道屏障作用,减少S.enteritidis ATCC13076的细菌位移。L.reuteri S5定植于肠道内会增加鸡盲肠微生物菌群OUT数目,增加Lactobacillaceae的相对丰度水平,减少了Enterobacteriaceae科菌群的相对丰度水平。经组间距离分析,L.reuteri S5干预感染组（LS组）鸡盲肠道菌群组成与对照组（C组）距离较近。这些结果证明所筛选到的优良乳酸菌L.reuteri S5具有调控肠道菌群抗S.enteritidis ATCC13076感染的作用。4.L.reuteri S5干预对鸡抗S.enteritidis ATCC13076感染肠道转录组的影响采用动物体内实验结合转录组测序技术,分析L.reuteri S5干预对鸡感染S.enteritidis ATCC13076肠道基因表达的影响。结果表明,L.reuteri S5能促进鸡生长性能,促进鸡肠道免疫球蛋白SIg A的分泌表达,同时还可以促进炎症因子TNF-a,IFN-γ和IL-6的表达,减轻鸡肠道组织病理损伤。转录组测序数据分析结果表明,L.reuteri S5可促进调节鸡的许多生物学进程和细胞代谢,可参与调节细胞粘附分子（CAMs）、氨基酸合成与代谢、维生素代谢、脂肪酸代谢以及固醇激素的合成等,从而促进鸡的生长性能。L.reuteri S5调控肠道抗S.enteritidis ATCC13076感染的主要免疫相关信号通路是产生Ig A的肠道免疫网络、RIG-I样受体信号通路、NOD样信号通路以及胞质DNA传感途径。这些结果为探究L.reuteri S5抗肠炎沙门氏菌感染奠定了基础研究。综上,从健康鸡肠道成功筛选到一株益生特性优异的益生菌株L.reuteri S5,阐述了其抗S.enteritidis ATCC13076作用机制,且从乳酸菌调控肉鸡肠道菌群和宿主基因表达抗病原菌感染的角度,证明了其抗S.enteritidis ATCC13076肠道感染的调控作用,为进一步研究乳酸菌防治S.enteritidis ATCC13076感染奠定基础研究。
贾知锋[5]（2020）在《蒙药巴特尔-7对腹泻病犊牛肠道菌群结构及其功能的调控》文中指出肠道微生物（包括益生菌和致病菌）通过调节益生菌参与致病性大肠杆菌（Escherichia coli,E.coli）引起的腹泻病。蒙药巴特尔-7（Baatar seven powder,BSP）是被中华人民共和国卫生部药品标准（蒙药分册）所收录的蒙药复方,由于其清瘟解毒、镇痛、止痢和提高免疫力等特性,已被公认为是一种治疗腹泻的有效药物。因此,本研究深入探讨了 BSP早期干预形成的肠道微生物对感染致病性E.coli O1犊牛腹泻的影响及肠黏膜屏障功能的作用机制,为BSP的临床推广奠定基础。本研究的主要研究内容分为4个试验:试验1为了研究BSP如何调控腹泻犊牛胃肠道菌群结构及其功能,选择60头健康荷斯坦犊牛,分别为对照组（NC）、感染组（EC）、阳性对照组（CIP）、蒙药巴特尔-7高（BSP.H）、中（BSP.M）、低（BSP.L）剂量组。利用16S rRNA对以上6组不同时间点不同区域进行微生物测序。结果表明:（1）给药7d后,在盲肠、结肠和瘤胃内容物中,与NC组相比,EC组犊牛大肠杆菌和变形菌门的水平显着升高;与EC组相比,BSP.M和BSP.H组显着降低盲肠、结肠和瘤胃中变形菌门和大肠杆菌的水平,BSP.M和BSP.H组显着增加盲肠和结肠中柔嫩梭杆菌属和普雷沃氏菌属的丰富度。（2）与NC组相比,给药第3d、5d和7d以及停药第15 d、30 d、60 d和90 d,EC组犊牛直肠粪便中大肠杆菌、变形菌门和产气荚膜杆菌的丰度显着增加;而BSP.L和BSP.M组显着增加直肠粪便中柔嫩梭杆菌属和乳杆菌属的丰富度。试验2为了研究BSP早期干预形成的肠道微生物如何调控感染致病性E.coli O1犊牛肠黏膜屏障相关指标,分别采用H&E染色法评估组织形态,共聚焦自显影法检测紧密连接蛋白及淋巴细胞因子,ELISA法检测抗炎、免疫因子。结果表明,（1）与NC组相比,EC组犊牛小肠肠绒毛脱落和萎缩;与EC组相比,巴特尔-7尤其以BSP.M组显着提高犊牛回肠中紧密连接蛋白（Claudin-1、Occludin和ZO-1）的表达,显着降低CD8+和CD11c+蛋白的表达。（2）BSP.M组显着增加犊牛血清中 IL-2、IL-4,IFN-γ,SIgA、IgA 和 IgG,显着降低 IL-6,TNF-α,五羟色胺（5-HT）和乙酰胆碱（Ach）的表达。（3）BSP干预后显着增加的乳酸杆菌、柔嫩梭杆菌属和普雷沃氏菌属与CD8+和IL-6显着负相关;显着增加的柔嫩梭杆菌属与CD4+显着正相关。试验3利用牛-鼠粪菌移植手段作为干预健康无菌小鼠肠道微生物的有效定植和减少致病菌排放作为研究对象,分别采用16S rRNA和RT-PCR法检测小鼠结肠内容物中微生物和大肠杆菌,结果表明,BSP显着增加小鼠结肠中Akkermansia和拟杆菌门的丰度,显着降低大肠杆菌的含量,此外,显着增加肠道中水通道蛋白3（AQP-3）蛋白的表达,降低腹泻率。试验4:基于蒙药是多水平,多靶点作用药物:（1）通过正交筛选出最佳配伍的蒙药巴特尔-7有效成分复方（BSEC）发现,其中BSEC.M组对小鼠保护率最高（88.89%）,其效果与环丙沙星相当。（2）采用转录组和RT-PCR法检测BSEC对大肠杆菌体外抑菌途径的影响,结果发现,BSEC通过显着上调硫代谢途径和不同环境中的微生物代谢信号通路中基因,从而起到抑菌作用。（3）为了研究BSEC对腹泻模型小鼠肠道结构和机械屏障的影响,采用16S rRNA法和高效液相色谱仪分别检测小鼠结肠内容物微生物和色氨酸代谢通路相关生化指标,ELISA法检测抗炎、免疫因子。结果表明,给药7 d后,①与EC组相比,BSEC显着降低模型小鼠结肠内容物中变形菌门的丰度和大肠杆菌的水平,显着增加普雷沃氏菌和紫单胞菌的丰度。②与NC组相比,EC组小鼠小肠肠绒毛脱落和水肿。与EC组相比,BSEC.M组可提高十二指肠黏膜中Occludin的含量,增加空肠黏膜中Claudin-1和回肠黏膜中ZO-1的含量。（4）与EC组相比,BSEC.L、BSEC.M和BSEC.H组降低TNF-α、IL-1β和IL-6的表达,增加IL-2、IL-4和IFN-γ的表达,增加SIgA、CD4+、CD3+、CD19+的含量以及CD4+/CD8+T 比值。（5）为研究BSEC对腹泻模型小鼠生理生化指标的影响,采用血液生化仪检测生理生化指标,结果表明,与EC组相比,BSEC.M组显着降低谷草转氨酶（AST）和白蛋白（ALB）的含量。（6）与EC组相比,BSP.M显着增加CYPIA1、吲哚胺-2,3-二氧合酶（IDO1）、SLC6A4蛋白、芳香烃受体（AhR）的配体、犬尿氨酸（KP）的水平,显着降低TPH1蛋白、5-HT和五羟色氨酸（5-HTP）的水平。此外,BSEC早期干预显着增加紫单胞菌和普雷沃氏菌属与色氨酸和芳香烃受体及其配体正相关。结论:蒙药巴特尔-7及其有效成分复方早期干预形成的胃肠道菌群环境对致病性大肠杆菌的生长具有抑制作用,从而改善了腹泻动物的肠黏膜结构,增强了肠道内的消化吸收功能,维持了机体的生理生化机能,增强了色氨酸代谢和机体的抗炎免疫功能。
陈合强[6]（2020）在《现代肉种鸡营养对雏鸡质量的影响》文中提出现场经验和研究结果表明,雏鸡质量对肉鸡整体性能表现具有显着作用。获得高质量的雏鸡取决于孵化场因素、种蛋的储存条件及时间、种蛋的外部和内部质量、胚胎发育的生理状态、卵黄吸收情况以及一日龄雏鸡的营养储备、健康和免疫系统状态等。种母鸡的营养影响雏鸡质量,其需要正确的营养以满足自身的需求,达到最适宜的发育状态包括周龄、性成熟、体重和脂肪沉积,并生产高质量的种蛋（内部和外部的质量）,如良好的蛋壳质量、水分含量、蛋黄蛋清比、脂肪含量、矿物质和维生素状态等,以此生产高质量的雏鸡。本文阐述了种鸡营养对雏鸡质量影响的各个方面,并指出为确保雏鸡质量,必须为种鸡提供全价饲料,重视饮水卫生,对实际生产有一定的指导作用。
范现成[7]（2019）在《毒害艾美耳球虫感染雏鸡小肠lncRNAs、miRNAs和CircRNAs表达谱分析》文中研究表明毒害艾美耳球虫（Eimeria necatrix）是鸡球虫病中主要致病虫种之一,常寄生于鸡小肠和盲肠的上皮细胞内,导致受损肠道严重出血,病鸡常表现腹泻、血痢、生长缓慢等临床症状,有较高发病率和死亡率,对鸡的养殖造成严重威胁。目前,该病的防治主要依赖药物和疫苗,药物虽然具有较好的驱虫效果,但易产生药物残留和耐药性;疫苗在鸡球虫的预防控制中可有效避免化学药物带来的许多副作用,但其存在高成本、易散毒、免疫保护力不够等缺点。近些年来的研究表明,非编码RNA（non-coding RNA,ncRNA）可在宿主与寄生虫的相互作用中发挥重要的调节作用,特别是长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）、环状RNA（Circular RNA,CircRNA）和微小RNA（microRNA,miRNA）参与了许多疾病的发生和发展过程,并已作为多种疾病防治的潜在靶标和诊断、预后的生物标志。基于此,本研究以E.necatrix感染雏鸡为模型,利用高通量测序技术系统研究与E.necatrix感染相关的宿主小肠的全转录组表达谱。1.获得了E.necatrix感染雏鸡小肠的mRNA和lncRNA表达谱:将8000个E.necatrix卵囊经口感染10 d的雏鸡,在感染后108 h取雏鸡小肠中段进行RNA-seq分析,共获得1543个显着差异表达的mRNA（707个上调mRNA和836个下调mRNA）和95个显着差异表达的lncRNA（49个上调lncRNA和46个下调lncRNA）。共表达网络分析显示,这些lncRNA和mRNA之间存在37134条共表达关系,其中38个lncRNA顺式调节73个mRNA,而87个lncRNA反式调节1453个mRNA。GO功能和KEGG通路富集分析发现,差异表达的lncRNA的靶基因显着富集于E.necatrix感染相关的AMPK、PPAR和JAK-STAT等免疫通路。2.获得了E.necatrix感染雏鸡小肠的miRNA表达谱:在雏鸡小肠中段组织中鉴定出1266个miRNA,包括663个已知的miRNA和603个新的miRNA。进一步研究发现,E.necatrix感染引起了雏鸡小肠35个miRNA显着差异表达（16个上调和19个下调）;功能分析发现其中的21个miRNA的4568个靶mRNA显着富集于2047个GO条目（转录、转录后调控和粘附分子连接等）和54个KEGG通路（钙信号通路、MAPK信号通路和胰岛素信号通路等）。3.获得了E.necatrix感染雏鸡小肠的CircRNA表达谱:在雏鸡小肠中段组织中共鉴定出4153个CircRNA序列,E.necatrix感染引起了雏鸡小肠13个CircRNA显着差异表达（9个上调CircRNA和4个下调CircRNA）。功能分析发现,这些CircRNAs来源基因主要参与正调控NF-κB信号通路、磷脂酰肌醇信号通路等。CircRNA-miRNAmRNA互做网络分析发现,本研究中差异表达的CircRNAs可能通过吸附2个差异表达的miRNA,间接调控62个差异表达的靶mRNA,而这些靶mRNAs主要富集在MAPK、JAK-STAT等通路。综上所述,本研究运用RNA-seq技术对E.necatrix感染雏鸡的小肠中段组织进行测序分析发现,E.necatrix感染改变了小肠中的mRNAs、lncRNAs、miRNAs和CircRNAs表达谱,功能分析发现这些RNA分子可能参与了E.necatrix与雏鸡小肠的互作过程。这些研究结果为深入揭示E.necatrix与雏鸡的互作机制提供了基础数据。
蔡霞,刘珅,Inge van Roovert-Reijrink,Carla van der Pol[8]（2019）在《孵化条件对雏鸡质量的影响》文中研究说明孵化条件对雏鸡的质量有重要影响,包括蛋壳温度、孵化器设计、二氧化碳（CO2）浓度和出雏后环境,满足所有条件后,孵化场能提供优质雏鸡。
李雪莲,潘雪男,唐彩琰,Guilherme Seelent[9]（2018）在《如何通过孵化过程提高雏鸡质量》文中指出大型孵化场的管理人员不可能对雏鸡生产和质量的各个方面以及孵化机的维护都负起责任。同样,他们也不能仅仅依靠自己的经验和直觉观察来获得高质量的雏鸡,必须要有一个包括孵化流程、指标以及质量目标在内的管理系统来协助控制整个孵化过程和孵化团队。
严一铭[10]（2018）在《J亚群禽白血病抗性鸡的全基因组甲基化和转录组分析研究》文中研究说明J亚群禽白血病（Avian leucosis Subgroup J）是由J亚群禽白血病病毒（Avian leukosis virus Subgroup J,ALV-J）在临床上引起的,以造血细胞恶性增生为主的多种肿瘤性疾病。自上世纪90年代以来,严重危害我国养禽业,并造成巨大的经济损失。由于国际上尚无可有效防治J亚群禽白血病的药物和商品化疫苗,仅能通过淘汰阳性鸡、加强生物安全措施以达到控制的目的。目前从宿主抗性角度出发防治禽白血病成为国内外研究热点。本实验室前期发现并筛选出ALV-J抗性鸡,并保有F1代抗性鸡。在此实验基础上,将F1代抗性鸡公母个体进行交配,对F2代雏鸡再次攻毒,得到的ALV-J抗性鸡和易感鸡的肝脏组织样品进行Medip-Seq和RNA-Seq测序分析。1.Medip-Seq结果显示:经过比较,共检测出差异甲基化区8304个,其中易感鸡（阳性）相对于抗性鸡（阴性）上调的有4709个,下调的有3595个。对基因不同结构进行DMR富集分析,发现DMR在基因间区富集最多,有5943个,其次是内含子。启动子区域富集233个,占总数的3%。差异基因的KEGG passway分析表明这些差异基因显着富集在Steroid biosynthesis、Regulation of autophagy、beta-Alanine metabolism、ABC transporters等信号通路中。2.RNA-Seq结果显示:经过筛选,共有差异基因515个,其中易感鸡（阳性）相对于抗性鸡（阴性）上调的基因有189个,下调的基因有326个。差异基因的KEGG passway分析表明这些差异基因显着富集在Glycosphingolipid biosynthesis、Protein processing in endoplasmic reticulum、Protein export等信号通路中。3.针对Medip-Seq和RNA-Seq分析结果,随机筛选基因进行BSP和qRT-PCR验证。发现TGFB2启动子区甲基化水平与基因表达水平呈负相关,验证结果与Medip-Seq和RNA-Seq测序结果相吻合,证明Medip-Seq和RNA-Seq数据分析结果具有较高的准确性和可靠性。4.Medip-Seq数据与RNA-Seq数据联合分析发现,共有138个差异甲基化和表达基因,其中发现HSD17B7、SUPV3L1、TGFB2、TMEM104、FAM173A、CNP1这6个基因的启动子甲基化水平与基因表达水平呈负相关,因此推测这6个基因可能与ALV-J抗性相关。5.鸡源细胞DF-1和HD11在感染ALV-J后,TGFB2基因的表达呈上升趋势。当用si-RNA干扰TGFB2基因表达后,ALV-J在DF-1细胞中的增殖受到抑制。说明TGFB2基因的表达可影响ALV-J在DF-1的增殖。推测TGFB2基因启动子DNA甲基化通过抑制TGFB2表达,影响ALV-J在抗性鸡体内增殖,进而达到抗病的效果。预测TGFB2基因启动子区的DNA甲基化可作为筛选ALV-J抗性鸡的标志。
二、如何获得高质量的雏鸡（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、如何获得高质量的雏鸡（论文提纲范文）
（1）黄芩苷对鸡大肠杆菌病的预防作用及其机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 英文缩写表 |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 鸡大肠杆菌病的研究进展 |
| 1 鸡致病性大肠杆菌的概述 |
| 2 鸡大肠杆菌病的概述 |
| 3 小结 |
| 第二章 黄芩苷的研究进展 |
| 1 黄芩的概述 |
| 2 黄芩苷的概述 |
| 3 小结 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 黄芩苷对APEC感染的鸡大肠杆菌病的影响 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第二章 肠道菌群对APEC感染的鸡大肠杆菌病的影响 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第三章 黄芩苷对大肠杆菌病雏鸡肠道菌群的影响 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第四章 黄芩苷对雏鸡肠道短链脂肪酸产生的影响 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 导师简介 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 |
| 致谢 |
（2）Hintw在鸡性别决定过程中的功能及分子机制解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第1章 前言 |
| 1.1 性别决定的研究进展 |
| 1.1.1 哺乳动物的性别决定 |
| 1.1.2 两栖动物的性别决定 |
| 1.1.3 鸡(鸟类)的性别决定 |
| 1.1.4 不同物种间性别决定的差异 |
| 1.2 鸡性别决定机制假说 |
| 1.2.1 性染色体性别决定假说 |
| 1.2.2 体细胞自主决定假说 |
| 1.2.3 常染色体平衡假说 |
| 1.2.4 H-Y抗原决定假说 |
| 1.2.5 性腺激素参与的性别分化机制 |
| 1.3 鸡性别决定的影响因素 |
| 1.3.1 关键基因 |
| 1.3.2 激素 |
| 1.3.3 表观遗传修饰 |
| 1.3.4 细胞代谢 |
| 1.4 鸡性别控制技术 |
| 1.4.1 药物注射 |
| 1.4.2 干扰性别决定相关的基因和通路 |
| 1.5 性别决定的应用 |
| 1.6 本课题组的前期研究工作 |
| 1.7 本课题的研究意义 |
| 第2章 转录组分析鸡性别决定的关键因素 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.3 仪器与设备 |
| 2.1.4 ESCs的分离 |
| 2.1.5 PGCs的分离 |
| 2.1.6 性别鉴定 |
| 2.1.7 RNA-seq测序 |
| 2.1.8 RNA-seq数据分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 雌雄ESCs和PGCs的转录组测序 |
| 2.2.2 差异基因的GO分析 |
| 2.2.3 差异基因的KEGG pathway富集分析 |
| 2.2.4 鸡早期性别决定过程中关键基因的初步筛选 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 能量代谢和表观遗传修饰在鸡早期性别决定过程中的功能研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.3 仪器与设备 |
| 3.1.4 CEF的分离 |
| 3.1.5 性别鉴定 |
| 3.1.6 能量代谢水平检测 |
| 3.1.7 组蛋白乙酰化水平检测 |
| 3.1.8 DNA甲基化检测 |
| 3.1.9 qRT-PCR定量检性别相关基因的表达 |
| 3.1.10 鸡胚性腺采集及体外培养 |
| 3.1.11 性激素水平测定 |
| 3.1.12 石蜡切片及HE染色 |
| 3.1.13 数据处理 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 能量代谢参与调节鸡性别决定过程 |
| 3.2.2 组蛋白乙酰化参与调节鸡性别决定过程 |
| 3.2.3 DNA甲基化参与调节鸡性别决定过程 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 鸡性别决定的关键基因筛选 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验试剂 |
| 4.1.3 仪器与设备 |
| 4.1.4 CEF诱导重编程为iPS体系的建立 |
| 4.1.5 RNA-seq测序 |
| 4.1.6 RNA-seq数据分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 不同处理的iPS的收集 |
| 4.2.2 转录组测序 |
| 4.2.3 差异基因表达分析 |
| 4.2.4 差异基因的GO分析 |
| 4.2.5 差异基因的KEGG信号通路富集 |
| 4.2.6 性别决定基因的筛选 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 第5章 Hintw在鸡性别决定中的功能研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验试剂 |
| 5.1.3 仪器与设备 |
| 5.1.4 Hintw基因在鸡的两性中差异表达 |
| 5.1.5 Hintw基因shRNA慢病毒载体的构建 |
| 5.1.6 Hintw基因慢病毒过表达载体的构建 |
| 5.1.7 鸡胚钝端注射 |
| 5.1.8 Hintw慢病毒干扰载体和过表达载体对孵化率的影响 |
| 5.1.9 慢病毒在鸡胚中的整合情况检测 |
| 5.1.10 鸡胚性别鉴定 |
| 5.1.11 性腺形态学观察 |
| 5.1.12 石蜡切片和HE染色 |
| 5.1.13 qRT-PCR检测 |
| 5.1.14 性激素水平的测定 |
| 5.1.15 数据处理 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 Hintw基因在鸡的两性中差异表达 |
| 5.2.2 Hintw基因的干扰载体的构建 |
| 5.2.3 Hintw基因的慢病毒过表达载体的构建及活性验证 |
| 5.2.4 Hintw基因在性别决定中的功能验证 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 本章小结 |
| 第6章 Hintw在鸡性别决定中的分子机制研究 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 实验材料 |
| 6.1.2 实验试剂 |
| 6.1.3 仪器与设备 |
| 6.1.4 基于His Pull Down筛选HINTW互作蛋白 |
| 6.1.5 免疫共沉淀验证蛋白互作 |
| 6.1.6 Ube2i在鸡性别决定过程中的功能验证 |
| 6.1.7 数据处理 |
| 6.2 结果 |
| 6.2.1 基于Pull Down技术筛选HINTW互作蛋白 |
| 6.2.2 Ube2i在鸡性别决定过程中的功能验证 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 本章小结 |
| 结论和创新点 |
| 结论 |
| 创新点 |
| 论文有待改进之处及下一步计划 |
| 论文有待改进之处 |
| 下一步计划 |
| 参考文献 |
| 附录 原始数据表 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（3）盲肠发酵液干预对肉鸡肠道微生物定植和肠道功能的影响及其调控机制研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 肉鸡肠道微生物 |
| 1.1 肉鸡肠道微生物的种类及其分布特征 |
| 1.2 肉鸡肠道微生物的定植规律 |
| 1.3 肉鸡肠道微生物的生理功能 |
| 2 影响肉鸡肠道微生物的主要因素 |
| 2.1 遗传背景 |
| 2.2 性别 |
| 2.3 日龄 |
| 2.4 饲粮 |
| 2.5 环境 |
| 3 肠道微生物的调控形式及其应用现状 |
| 3.1 饮食干预 |
| 3.2 抗生素 |
| 3.3 益生菌和益生元 |
| 3.4 微生物移植 |
| 4 本研究的立题依据、目的、意义及主要内容 |
| 4.1 立题依据 |
| 4.2 研究目的和意义 |
| 4.3 研究内容 |
| 第二章 肉鸡盲肠微生物体外发酵体系的构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供体的选择 |
| 1.2 培养基 |
| 1.3 体外连续发酵 |
| 1.4 样本采集 |
| 1.5 盲肠内容物和发酵液中微生物检测 |
| 2 结果 |
| 2.1 Alpha多样性分析 |
| 2.2 Beta多样性分析 |
| 2.3 微生物区系组成结构 |
| 2.4 微生物LefSe分析 |
| 2.5 用于肉鸡干预试验的发酵液的组成结构 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三章 发酵液干预对肉鸡肠道微生物定植及代谢功能的影响 |
| 1 发酵液干预对肉鸡生长性能和肠道形态结构的影响 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.2 结果与分析 |
| 1.3 讨论 |
| 1.4 小结 |
| 2 发酵液干预对肉鸡肠道微生物定植与发展的影响 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 3 发酵液干预对肉鸡肠道代谢功能的影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 结论 |
| 第四章 发酵液对大肠杆菌感染肉鸡的保护作用研究 |
| 1 肉鸡大肠杆菌病模型的构建 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.2 结果与分析 |
| 1.3 讨论 |
| 1.4 小结 |
| 2 发酵液干预对肉鸡大肠杆菌病的治疗效应 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 3 发酵液干预对肉鸡大肠杆菌病的预防效应 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第五章 全文总结、创新点及研究展望 |
| 1 全文总结 |
| 2 创新点 |
| 3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（4）鸡罗伊氏乳杆菌S5抗肠炎沙门氏菌感染及其对肠道菌群微生态的调控作用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略语表 |
| 文献综述 |
| 1.1 鸡肠道菌群研究进展 |
| 1.1.1 肠道菌群的结构与组成 |
| 1.1.2 鸡肠道主要定植细菌类群 |
| 1.1.3 鸡肠道菌群功能 |
| 1.2 乳酸菌研究进展 |
| 1.2.1 益生菌简介 |
| 1.2.2 罗伊氏乳杆菌特性 |
| 1.2.3 罗伊氏乳杆菌的应用 |
| 1.3 肠道感染微生态研究进展 |
| 1.3.1 肠炎沙门氏菌简介 |
| 1.3.2 肠炎沙门氏菌致病机理 |
| 1.3.3 肠炎沙门氏菌感染与鸡肠道菌群形成 |
| 1.4 乳酸菌对肠道感染微生态菌群的调控研究 |
| 1.4.1 促进肠道微生态区系的形成和稳定 |
| 1.4.2 对肠道病原菌的定植抗性 |
| 1.4.3 产生抑制病原菌代谢产物 |
| 1.4.4 干扰病原微生物基因表达 |
| 1.4.5 调节肠道免疫功能 |
| 1.5 肠道菌群与宿主基因表达谱关联分析研究进展 |
| 1.5.1 调节宿主基因表达 |
| 1.5.2 宿主基因表达与微生物菌群相关性分析 |
| 1.6 研究意义 |
| 第一章 鸡肠道菌群多样性与功能研究及其乳酸菌筛选 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 材料与方法 |
| 1.2.1 实验材料 |
| 1.2.2 不同饲养方式下蛋鸡盲肠内容物16SrRNA扩增子测序 |
| 1.2.3 不同饲养方式下蛋鸡盲肠内容物宏基因组学测序 |
| 1.2.4 不同基因型鸡盲肠内容物16SrRNA扩增子测序 |
| 1.2.5 不同基因型鸡盲肠内容物宏基因组学测序 |
| 1.2.6 鸡肠道乳酸菌多样性与功能分析 |
| 1.2.7 鸡粪便乳酸菌的分离筛选 |
| 1.2.8 L.reuteri S5 生物学特性研究 |
| 1.3 结果与分析 |
| 1.3.1 不同饲养方式下蛋鸡盲肠菌群多样性与功能分析 |
| 1.3.2 不同基因型鸡盲肠菌群多样性与功能分析 |
| 1.3.3 鸡肠道乳酸菌多样性与功能分析及其筛选 |
| 1.3.4 鸡肠道乳酸菌分离与筛选 |
| 1.3.5 L.reuteri S5 生物学特性分析 |
| 1.4 讨论 |
| 1.4.1 不同饲养方式蛋鸡盲肠肠道菌群多样性与功能分析 |
| 1.4.2 不同基因型鸡盲肠肠道菌群多样性与功能分析 |
| 1.4.3 鸡肠道乳酸菌多样性与功能分析 |
| 1.4.4 L.reuteri S5 生物学特性分析 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 L.reuteri S5 全基因组序列分析及其抗S.enteritidis ATCC13076 作用研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 菌种来源 |
| 2.2.2 实验培养基、试剂以及仪器 |
| 2.2.3 L.reuteri S5 全基因组测序与功能分析 |
| 2.2.4 L.reuteri S5抗S.enteritidis ATCC13076 的作用研究 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 L.reuteri S5 基因组基本特征 |
| 2.3.2 L.reuteri S5特定功能分析 |
| 2.3.3 L.reuteri S5抗S.enteritidis ATCC13076 的作用机制 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 L.reuteri S5 全基因组序列分析 |
| 2.4.2 L.reuteri S5抗S.enteritidis ATCC13076 的作用机制 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 L.reuteri S5 干预对鸡抗S.enteritidis ATCC13076 感染肠道菌群的调控作用 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.1.1 菌种来源 |
| 3.2.1.2 实验培养基、试剂以及仪器 |
| 3.2.1.3 主要培养基 |
| 3.2.1.4 主要试剂 |
| 3.2.1.5 主要实验仪器 |
| 3.2.2 实验动物与方案的设计 |
| 3.2.3 FITC标记L.reuteri S5 菌体 |
| 3.2.4 L. reuteri S5生物被膜形成的检测 |
| 3.2.5 L.reuteri S5 在鸡肠道中的定植示踪 |
| 3.2.6 鸡肠道pH值测定 |
| 3.2.7 肠道通透性的测定 |
| 3.2.8 细菌移位 |
| 3.2.9 盲肠粪便中总乳酸菌和沙门氏菌的测定 |
| 3.2.10 鸡盲肠菌群16SrDNA高通量测序分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 FITC标记L.reuteri S5 菌体观察 |
| 3.3.2 L.reuteri S5 生物膜形成的检测 |
| 3.3.3 L.reuteri S5 在肠道内定植示踪 |
| 3.3.4 肠道pH值差异比较 |
| 3.3.5 肠道通透性差异比较 |
| 3.3.6 细菌位移分析 |
| 3.3.7 L.reuteri S5 干预对鸡肠道感染微生态菌群组成的影响 |
| 3.3.7.1 鸡盲肠总乳酸菌计数分析 |
| 3.3.7.2 鸡盲肠沙门氏菌计数分析 |
| 3.3.7.3 鸡盲肠内容物测序OTU统计 |
| 3.3.7.4 鸡肠道内容物稀释曲线分析 |
| 3.3.7.5 鸡盲肠菌群结构分析 |
| 3.3.7.6 LEfSe分析L. reuteri S5对鸡肠道菌群丰度的影响 |
| 3.3.7.7 L.reuteri S5 干预后鸡盲肠肠道菌群的相对丰度 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 L.reuteri S5 在鸡肠道内的定植示踪 |
| 3.4.2 L.reuteri S5 对鸡肠道屏障的影响 |
| 3.4.3 L.reuteri S5 对鸡肠道菌群的影响 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 L.reuteri S5 干预对鸡抗S.enteritidis ATCC13076 感染盲肠转录组影响 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验方案的设计与样品采集 |
| 4.2.3 生长性能测定 |
| 4.2.4 免疫器官指数的测定 |
| 4.2.5 肠道组织细胞因子的测定 |
| 4.2.6 组织病病理学观察 |
| 4.2.7 鸡盲肠RNA-seq转录组测序 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 生长性能 |
| 4.3.2 免疫器官指数 |
| 4.3.3 肠道SIgA的测定 |
| 4.3.4 炎症因子测定 |
| 4.3.5 组织病理学观察 |
| 4.3.6 鸡肠道组织转录组分析 |
| 4.3.6.1 样品测序质量评佑 |
| 4.3.6.2 差异表达基因筛选 |
| 4.3.6.3 差异表达基因GO注释分析 |
| 4.3.6.4 差异表达基因KGGE通路富集 |
| 4.3.6.5 免疫信号通路相关基因分析 |
| 4.3.7 鸡盲肠菌群与基因表达谱关联性分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 L.reuteni S5 干预对细胞因子表达的影响 |
| 4.4.2 L.reuteni S5 干预对鸡肠道转录组的影响 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 表附件 |
| 图附件 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（5）蒙药巴特尔-7对腹泻病犊牛肠道菌群结构及其功能的调控（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 肠道菌群 |
| 1.1.1 肠道菌群研究概况 |
| 1.1.2 肠道菌群与免疫 |
| 1.1.3 肠道菌群与疾病 |
| 1.2 胃肠菌群结构及其与宿主互作概述 |
| 1.2.1 胃肠微生物构建 |
| 1.2.2 胃肠道微生物菌群与宿主互作 |
| 1.3 粪菌移植概述 |
| 1.3.1 粪菌移植基本概念与原理 |
| 1.3.2 粪菌移植的应用 |
| 1.4 高通量测序技术概述 |
| 1.5 肠黏膜屏障功能与肠道健康有重要的关系 |
| 1.5.1 肠黏膜屏障和肠道炎症关系的概述 |
| 1.5.2 肠黏膜微生物屏障的概述 |
| 1.5.3 肠黏膜机械屏障的概述 |
| 1.5.4 肠黏膜免疫屏障的概述 |
| 1.6 犊牛的肠道菌群 |
| 1.6.1 犊牛肠道菌群的结构和组成 |
| 1.6.2 犊牛的腹泻与肠道菌群 |
| 1.7 色氨酸在肠道代谢通路中的应用 |
| 1.7.1 色氨酸代谢通路 |
| 1.7.2 微生物对Trp的直接代谢 |
| 1.7.3 犬尿氨酸代谢途径 |
| 1.7.4 血清素代谢途径 |
| 1.8 致病性大肠杆菌引起腹泻的研究进展 |
| 1.9 腹泻病的药物治疗研究概况 |
| 1.9.1 腹泻病的抗生素治疗研究进展 |
| 1.9.2 蒙药巴特尔-7的历史、功能、作用及研究进展 |
| 1.9.3 蒙医对腹泻病的认识 |
| 1.10 研究目的和意义 |
| 1.10.1 本研究的立题依据 |
| 1.10.2 技术路线 |
| 2 蒙药巴特尔-7复方对犊牛初期共生菌的有效定植的作用机制 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验仪器 |
| 2.1.3 试验方法 |
| 2.2 生物信息分析与统计 |
| 2.2.1 序列预处理与生物信息学分析 |
| 2.2.2 数据统计 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 BSP早期干预对犊牛直肠粪便菌群多样性和结构的影响 |
| 2.3.2 BSP对犊牛胃肠道菌群的影响 |
| 2.3.3 BSP对感染致病性大肠杆菌犊牛腹泻率、体重以及平均日增重的影响 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 BSP对腹泻犊牛胃肠道菌群丰富度和多样性的影响 |
| 2.4.2 BSP对腹泻犊牛胃肠道菌群结构及其功能的影响 |
| 2.5 小结 |
| 3 BSP干预形成的肠道微生物对腹泻犊牛肠黏膜紧密连接和免疫系统的作用机制 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验仪器 |
| 3.1.3 试验方法 |
| 3.2 数据统计与分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 BSP对腹泻犊牛小肠组织形态的研究 |
| 3.3.2 BSP对犊牛小肠紧密连接蛋白含量的影响 |
| 3.3.3 BSP对犊牛血清和小肠黏膜中淋巴细胞含量的影响 |
| 3.3.4 BSP对犊牛血清和肠道黏膜中免疫球蛋白的影响 |
| 3.3.5 BSP对犊牛肠黏膜神经递质含量的影响 |
| 3.3.6 BSP对犊牛血液生化指标的影响 |
| 3.3.7 细菌、紧密连接蛋白、体重增加和免疫力相关性研究 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 BSP对腹泻犊牛紧密连接蛋白含量的影响 |
| 3.4.2 BSP对腹泻犊牛抗炎、免疫机制的影响 |
| 3.4.3 BSP对腹泻犊牛营养状况的影响 |
| 3.4.4 微生物组与紧密连接蛋白和免疫力相关性的研究 |
| 3.5 小结 |
| 4 通过牛-鼠粪菌移植了解BSP阻断犊牛排放致病性大肠杆菌的研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验仪器 |
| 4.1.3 试验方法 |
| 4.2 生物信息分析与统计 |
| 4.2.1 序列预处理与生物信息学分析 |
| 4.2.2 数据统计 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 牛-鼠粪菌移植对小鼠结肠微生物多样性和结构的影响 |
| 4.3.2 对小鼠腹泻率的影响 |
| 4.3.3 对小鼠体重增加的影响 |
| 4.3.4 粪菌移植对小鼠肠道组织形态的影响 |
| 4.3.5 对小鼠AQP-3蛋白表达的影响 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 牛-鼠粪菌移植对小鼠肠道菌群多样性及其结构的影响 |
| 4.4.2 牛-鼠粪菌移植对小鼠肠道形态、腹泻率以及水通道蛋白的影响 |
| 4.5 小结 |
| 5 蒙药巴特尔-7有效成分复方对致病性大肠杆菌体内外作用机制的研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 主要仪器 |
| 5.1.3 试验方法 |
| 5.2 生物信息分析与统计 |
| 5.2.1 序列预处理与生物信息学分析 |
| 5.2.2 数据统计 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 蒙药巴特尔-7有效成分复方的筛选 |
| 5.3.2 BSEC对致病性E.coli O_1体外抑菌机制的研究 |
| 5.3.3 BSEC对腹泻模型小鼠肠道菌群多样性和结构的影响 |
| 5.3.4 BSEC对模型小鼠保护率的影响 |
| 5.3.5 BSEC对腹泻模型小鼠体重和小肠组织形态的影响 |
| 5.3.6 BSEC对腹泻模型小鼠紧密连接蛋白含量的影响 |
| 5.3.7 BSEC对腹泻模型小鼠抗炎和免疫的影响 |
| 5.3.8 BSEC对小鼠小肠黏膜中神经递质含量的影响 |
| 5.3.9 BSEC对模型小鼠营养状况的影响 |
| 5.3.10 BSEC对模型小鼠色氨酸代谢通路的影响 |
| 5.3.11 微生物组与细胞免疫、紧密连接蛋白和色氨酸相关性的研究 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 蒙药巴特尔-7有效成分复方的筛选 |
| 5.4.2 BSEC对致病性大肠杆菌抑菌作用机制的研究 |
| 5.4.3 BSEC对模型小鼠肠道菌群多样性及其结构的影响 |
| 5.4.4 BSEC对模型小鼠紧密连接蛋白含量的影响 |
| 5.4.5 BSEC对模型小鼠抗炎、免疫的影响 |
| 5.4.6 BSEC对模型小鼠血液中血常规的影响 |
| 5.4.7 BSEC对模型小鼠血液生化指标的影响 |
| 5.4.8 BSEC对模型小鼠色氨酸代谢通路的影响 |
| 5.5 小结 |
| 6 总体讨论 |
| 7 结论 |
| 8 创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（6）现代肉种鸡营养对雏鸡质量的影响（论文提纲范文）
| 1 种鸡营养对雏鸡质量的影响 |
| 1.1 蛋壳质量的重要性 |
| 1.1.1 影响蛋壳质量的因素 |
| 1.1.2 种鸡营养对提高蛋壳质量的作用 |
| 1.2 种鸡营养对受精率和胚胎成活率的影响 |
| 1.2.1 母源性饲料能量与脂肪酸影响种蛋和雏鸡的质量 |
| 1.2.2 矿物质 |
| 1.2.3 微量元素 |
| 1.2.4 维生素 |
| 1.3 种鸡营养影响雏鸡质量 |
| 2 供给全价日粮，确保雏鸡质量 |
| 2.1 供给全价饲料 |
| 2.2 常量矿物质 |
| 2.3 植酸酶 |
| 2.4 微量元素 |
| 2.5 维生素 |
| 3 种公鸡的营养 |
| 4 水质优良 |
| 4 小结 |
（7）毒害艾美耳球虫感染雏鸡小肠lncRNAs、miRNAs和CircRNAs表达谱分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 文献综述 |
| 第一章 转录组学在鸡球虫病研究中的应用概况 |
| 1.1 鸡艾美耳球虫病研究概况 |
| 1.1.1 鸡艾美耳球虫病概述 |
| 1.1.2 鸡球虫感染相关基因研究 |
| 1.1.3 宿主抗鸡球虫免疫应答研究概况 |
| 1.2 转录组学在鸡球虫病研究中的应用 |
| 1.2.1 转录组学研究进展 |
| 1.2.2 鸡球虫感染宿主的m RNA研究进展 |
| 1.2.3 鸡球虫感染宿主的非编码RNA研究概况 |
| 1.3 本研究的目的和意义 |
| 试验研究 |
| 第二章 E.necatrix感染雏鸡小肠的m RNAs与lnc RNAs的表达谱分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 鸡感染E. necatrix后排卵囊规律及小肠病变观察 |
| 2.2.2 RNA质量检测结果 |
| 2.2.3 测序数据分析结果 |
| 2.2.4 lnc RNAs预测结果 |
| 2.2.5 m RNAs和lnc RNAs的差异表达结果 |
| 2.2.6 差异m RNAs和lnc RNAs的q RT-PCR验证结果 |
| 2.2.7 差异m RNAs和lnc RNAs互作分析 |
| 2.2.8 差异m RNAs和lnc RNAs靶基因的GO和KEGG分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 E. necatrix感染雏鸡小肠的mi RNAs表达谱分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 测序数据结果 |
| 3.2.2 mi RNAs鉴定及差异表达mi RNAs筛选 |
| 3.2.3 差异表达mi RNAs的q RT-PCR验证结果 |
| 3.2.4 差异mi RNAs靶m RNAs预测结果 |
| 3.2.5 差异mi RNAs靶m RNAs的GO富集结果 |
| 3.2.6 差异mi RNAs靶m RNAs的KEGG富集结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 E.necatrix感染雏鸡的Circ RNAs表达谱分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 Circ RNAs鉴定结果 |
| 4.2.2 Circ RNAs的差异表达结果 |
| 4.2.3 差异Circ RNAs的q RT-PCR验证结果 |
| 4.2.4 差异Circ RNAs来源基因及其功能分析结果 |
| 4.2.5 Circ RNA-mi RNA-m RNA互作分析结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（8）孵化条件对雏鸡质量的影响（论文提纲范文）
| 1 蛋壳温度对雏鸡质量的影响 |
| 2 孵化器设计和蛋壳温度 |
| 3 CO2浓度对雏鸡质量的影响 |
| 4 出雏后环境对雏鸡质量的影响 |
| 5 总结 |
（9）如何通过孵化过程提高雏鸡质量（论文提纲范文）
| 1 种蛋接收时的温度及种蛋储存室的温度 |
| 2 预热时的蛋温 |
| 3 孵化过程中的胚胎温度 |
（10）J亚群禽白血病抗性鸡的全基因组甲基化和转录组分析研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 禽白血病研究背景 |
| 1.1.1 病原学 |
| 1.1.2 流行情况 |
| 1.1.3 致病性研究 |
| 1.1.4 宿主遗传抗性的研究 |
| 1.2 DNA甲基化研究 |
| 1.2.1 DNA甲基化的分子机制 |
| 1.2.2 DNA甲基化的检测方法 |
| 1.2.3 DNA甲基化改变与肿瘤发生 |
| 1.3 高通量测序在生命科学中的应用 |
| 1.4 本课题研究的目的和意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 实验动物 |
| 2.1.2 实验毒株 |
| 2.1.3 实验细胞 |
| 2.1.4 主要仪器 |
| 2.1.5 主要试剂 |
| 2.2 样品准备 |
| 2.3 MeDIP-Seq |
| 2.3.1 DNA提取 |
| 2.3.2 超声DNA打断 |
| 2.3.3 DNA文库化 |
| 2.3.4 抗体活化 |
| 2.3.5 甲基化DNAIP |
| 2.3.6 甲基化DNA纯化 |
| 2.3.7 数据分析 |
| 2.3.8 BSP验证 |
| 2.4 RNA-Seq |
| 2.4.1 总RNA提取 |
| 2.4.2 总RNA质控 |
| 2.4.3 RNA建库 |
| 2.4.4 文库质控 |
| 2.4.5 上机测序 |
| 2.4.6 数据分析 |
| 2.5 si-RNA(smallinterferenceRNA)干扰实验 |
| 2.5.1 RNA抽提 |
| 2.5.2 cDNA的合成 |
| 2.5.3 实时荧光定量PCR |
| 2.5.4 si-RNA干扰试验 |
| 3.实验结果与分析 |
| 3.1 抗性鸡与易感鸡Medip-Seq数据分析 |
| 3.1.1 基因组DNA提取结果检测 |
| 3.1.2 测序文库质检 |
| 3.1.3 测序reads统计 |
| 3.1.4 甲基化区域识别 |
| 3.1.5 甲基化区注释 |
| 3.1.6 差异甲基化区(DMRs)鉴定和注释 |
| 3.1.7 差异甲基化区相关基因GO分析 |
| 3.1.8 差异甲基化区相关基因KEGG通路分析 |
| 3.1.9 差异甲基化区域BSP验证 |
| 3.2 抗性鸡与易感鸡RNA-Seq数据分析 |
| 3.2.1 样品RNA提取结果检测 |
| 3.2.2 测序文库质检 |
| 3.2.3 测序reads统计 |
| 3.2.4 差异表达mRNA |
| 3.2.5 差异mRNA聚类 |
| 3.2.6 差异表达mRNAGO功能分析 |
| 3.2.7 差异表达mRNAKEGG通路分析 |
| 3.2.8 差异表达基因qRT-PCR验证 |
| 3.3 Medip-Seq数据与RNA-Seq数据联合分析 |
| 3.4 TGFB2启动子区甲基化与基因表达关系 |
| 3.5 ALV-J对TGFB2的影响 |
| 3.6 干扰TGFB2基因对病毒增殖的影响 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 宿主与抗病性 |
| 4.2 胆固醇与病毒感染 |
| 4.3 TGFB2基因与相关信号通路 |
| 5.全文总结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
四、如何获得高质量的雏鸡（论文参考文献）
- [1]黄芩苷对鸡大肠杆菌病的预防作用及其机制研究[D]. 彭璐媛. 吉林大学, 2021(01)
- [2]Hintw在鸡性别决定过程中的功能及分子机制解析[D]. 孙长花. 扬州大学, 2021
- [3]盲肠发酵液干预对肉鸡肠道微生物定植和肠道功能的影响及其调控机制研究[D]. 宫玉杰. 浙江大学, 2021(02)
- [4]鸡罗伊氏乳杆菌S5抗肠炎沙门氏菌感染及其对肠道菌群微生态的调控作用研究[D]. 石水琴. 安徽农业大学, 2020(04)
- [5]蒙药巴特尔-7对腹泻病犊牛肠道菌群结构及其功能的调控[D]. 贾知锋. 内蒙古农业大学, 2020(01)
- [6]现代肉种鸡营养对雏鸡质量的影响[J]. 陈合强. 家禽科学, 2020(03)
- [7]毒害艾美耳球虫感染雏鸡小肠lncRNAs、miRNAs和CircRNAs表达谱分析[D]. 范现成. 西北农林科技大学, 2019(08)
- [8]孵化条件对雏鸡质量的影响[J]. 蔡霞,刘珅,Inge van Roovert-Reijrink,Carla van der Pol. 国外畜牧学(猪与禽), 2019(01)
- [9]如何通过孵化过程提高雏鸡质量[J]. 李雪莲,潘雪男,唐彩琰,Guilherme Seelent. 国外畜牧学(猪与禽), 2018(09)
- [10]J亚群禽白血病抗性鸡的全基因组甲基化和转录组分析研究[D]. 严一铭. 华南农业大学, 2018(08)