一、TGF-β1启动子基因多态性与中国人自身免疫性肝病的相关性研究(论文文献综述)
谭为民[1](2021)在《IL-17基因多态性与原发性胆汁性胆管炎易感相关性研究》文中认为目的:原发性胆汁性胆管炎(primary biliary cholangitis,PBC)原称原发性胆汁性肝硬化,典型组织病理学改变为肝内中小胆管慢性非化脓性破坏性炎症及广泛的胆管破坏,临床主要表现为慢性炎症性、进行性肝内胆汁淤积性自身免疫性疾病,最终进展为肝硬化和肝衰竭。该病发病机制尚不明确,可能与遗传、免疫和环境等因素相关。IL-17作为重要的炎症因子,在PBC发病炎症浸润过程发挥重要作用。课题组前期研究发现,IL-17能诱导肝内中小胆管上皮细胞EMT化进程,促进PBC肝纤维化进程,影响其他多项细胞因子表达。遗传因素是PBC发病的重要机制之一,单个核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是遗传因素中导致不同个体对PBC易感性存在差异的关键因素之一。不同地区开展PBC相关易感性的分析研究对当地PBC的诊断预防有重要指导性作用。因此本研究拟分析PBC中IL-17等多种细胞因子表达差异性,并进一步探讨IL-17 SNPs多态性与PBC易感相关性。方法:研究纳入2018年1月至2020年6月南昌大学第一附属医院门诊及住院就诊的PBC患者,及同时间段体检科健康对照组共116例,PBC患者56例,健康对照组60例。全血和血清标本冻存于-80℃低温冰箱待用。流式细胞技术检测两组血清中IL-1β、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-10、IL-12、IL-17、IFN-α、IFN-γ、TNF-α多项细胞因子分泌水平,酶联免疫法检测两组血清中TGF-β1表达水平。提取两组全血DNA,PCR扩增IL-17A rs10484879、rs2275913、rs3819025和IL-17F rs763780四个SNPs位点目的片段,Sanger测序确定SNPs基因突变和基因型,并通过PCR-限制性片段多态性技术(PCR-RFLP)验证两组SNPs位点测序结果。结果:1.PBC患者平均年龄56.25±14.59岁,男性患者14例,女性患者42例。与健康对照组比较,PBC患者血清中反应胆汁淤积指标GGT、ALP显着高于健康对照组(P<0.05),PBC组TBIL和DBIL较健康组升高程度高于IBIL升高程度(P<0.05)。PBC组TP降低,GLB升高,A/G比值下降。2.PBC患者血清IL-17、IL-1β、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-10、IL-12、TNF-α、Vs.1.28±1.94 pg/ml,P<0.001);IL-2(8.60±19.41 pg/ml Vs.0.65±0.59 pg/ml,P=0.003);IL-4(1.43±0.72 pg/ml Vs.0.84±0.34 pg/ml,P<0.001);IL-5(12.82±17.52pg/ml Vs.2.07±1.36 pg/ml,P<0.001);IL-6(108.76±186.17 pg/ml Vs.2.27±1.61pg/ml,P<0.001);IL-10(6.93±9.05 pg/ml Vs.0.82±0.44 pg/ml,P<0.001);IL-12(15.43±22.03 pg/ml Vs.1.29±1.94 pg/ml,P<0.001);TNF-α(26.17±47.47 pg/ml Vs.1.36±1.57 pg/ml,P<0.001);IFN-γ(37.17±35.35 pg/ml Vs.5.94±4.68 pg/ml,P<0.001);TGF-β1(2.21±1.65 pg/ml Vs.1.39±0.56 pg/ml,P<0.001),PBC组IFN-α高于健康对照组(5.84±9.94 pg/ml Vs.3.46±13.50 pg/ml,P=0.309),但表达无统计学差异。3.PBC患者多项细胞因子中,IL-17与IL-6表达成正相关(r=0.4818,P=0.0003);IL-6与IL-1β表达成正相关(r=0.6612,P<0.0001);TNF-α与IL-17表达成正相关(r=0.3714,P=0.0048);IL-12与IFN-γ表达成正相关(r=0.6087,P<0.0001)。4.PBC患者,IL-17 rs10484879(χ2=0.006,P=0.936),rs2275913(χ2=1.365,P=0.243),rs3819025(χ2=0.301,P=0.583),rs763780(χ2=3.369,P=0.124),基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。健康组,IL-17 rs10484879(χ2=0.004,P=0.948),rs2275913(χ2=0.007,P=0.932),rs3819025(χ2=0.029,P=0.864),rs763780(χ2=1.573,P=0.210),基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。5.(1)PBC组中,IL-17A rs2275913位点的GG,GA和AA基因型分别为15(26.79%),32(57.14%)和9(16.07%),对照组中IL-17A rs3819025基因的GG,GA和AA基因型分别为11(18.33%),29(48.34%)和20(33.33%)。PBC组和对照组IL-17A rs2275913基因的AA基因型分布差异具有统计学意义(P<0.05)。(2)PBC组中,IL-17A rs3819025基因的GG,GA和AA基因型分别为40(71.43%),2(3.57%)和14(25%),对照组中IL-17 rs3819025基因的GG,GA和AA基因型分别为58(96.67%),0(0%)和2(3.33%)。PBC组和健康对照组IL-17A rs3819025基因的GG,GA和AA基因型分布差异具有统计学意义(P<0.05)。(3)PBC组与健康对照组,IL-17A rs10484879和IL-17F rs763780两位点基因多态性和基因型分布无统计学差异(P>0.05)。6.IL-17A rs2275913位点隐性模型中,基因型AA携带者与携带GA和AA基因型者相比,基因型AA携带者患PBC风险性为其0.383倍,其OR值(95%CI)为0.383(0.157-0.935);共显性模型中,携带AA基因型者是GG基因型携带者PBC易感风险性的0.33倍,其OR值(95%CI)为0.330(0.109-0.998)。IL-17A rs3819025位点显性模型中,GA和AA基因型携带者较GG基因型携带者,PBC易感风险性高11.6倍,其OR值(95%CI)为11.600(2.527-53.259);共显性模型中,GA基因型携带者较GG基因携带者,PBC易感风险性高10.15倍,其OR值(95%CI)为10.150(2.186-47.127)。7.IL-17A rs3819025位点GA和AA基因型携带者较GG基因型携带者,反应胆汁淤积指标TBIL、DBIL、ALP、GGT均升高;GA和AA基因型携带者血清IL-17表达也高于GG基因型携带者,但各项差异均无统计学意义(P>0.05)。结论:IL-17A rs10484879和IL-17F rs763780位点多态性与PBC易感性无相关性;IL-17A rs2275913位点AA基因型携带者PBC易感性较低,可能是PBC的保护基因之一;IL-17A rs3819025 SNP位点突变增加PBC易感性,GA和AA基因型携带者PBC易感性显着升高,可能是PBC的易感基因之一。其相互作用有待进一步明确。
彭玉娟[2](2021)在《IL-2/STAT5及IL-6/STAT3在慢性乙型肝炎患者外周血中的表达及其对Th17/Treg平衡的影响》文中研究说明[目 的]主要分析慢性乙型肝炎(Chronic hepatitis B,CHB)患者外周血中辅助性T淋巴细胞17(T Helper 17 cells,Th17)、调节性T细胞(Regulatory T cells,Tregs)及相关细胞因子平衡的情况,并探讨白介素-6/信号转导及转录激活因子 3(Interleukin-6/Signal transduction and activators of transcription 3,IL-6/STAT3)和白介素-2/信号转导及转录激活因子5(Interleukin-2/Signal transduction and activators of transcription 5,IL-2/STAT5)在慢性乙型肝炎患者外周血中的表达及其对Th17/Treg平衡的影响。[方 法]选取2019年7月至2020年1月期间来昆明医科大学第一附属医院感染科门诊就诊和住院收治的95例慢性乙型肝炎患者为研究对象,以同期来我院的健康体检者15例作为健康对照组。使用流式细胞术(Flow cytometer,FCM)检测外周血Th17细胞以及Treg细胞频率;采用酶联免疫吸附(Enzyme linked immuno-adsordent assay,ELIS A)法检测血清白介素-10(Interleukin-10,IL-10)、白介素-17(Interleukin-17,IL-17)、IL-2、IL-6 和转化生长因子-β(Transforming Growth Factor-β,TGF-β)的浓度以及 HBeAg 水平;采用蛋白免疫印迹(Western blot)法检测STAT3、STAT5蛋白含量;采用实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR)分析仪测定患者血清HBV-DNA载量;采用全自动生化分析仪检测肝损伤指标:ALT、AST、TBIL水平。应用SPSS 24.0对所有数据进行统计分析。[结 果]1.慢性乙型肝炎患者与正常对照组相比,Th17、Treg、Thl7/Treg、IL-2、IL-6、IL-17 及 IL-10 水平明显升高(均为 P<0.05)。2.与HBeAg阴性患者相比,HBeAg 阳性患者的Th17、Th17/Treg及IL-6明显升高(均为P<0.05);Treg、IL-2、IL-10、IL-17及TGF-β水平无显着差异(均为P>0.05)。与未经治疗的患者相比,抗病毒治疗组患者的Th17、Treg、Th17/Treg、IL-2、IL-17 及 IL-10 明显降低(均为P<0.05);IL-6 和 TGF-β的变化无显着性差异(均为P>0.05);Th17/Treg失衡与HBV-DNA水平呈正相关(P<0.05)。3.慢性乙型肝炎患者与正常对照组相比,STAT3、STAT5蛋白的表达明显升高(均为P<0.001)。在慢性乙型肝炎患者中,STAT3蛋白表达与IL-6、IL-17、Th17及Th17/Treg存在显着正相关性(均为P<0.05),与IL-2、TGF-β存在显着负相关(均为P<0.05);STAT5蛋白表达与Treg细胞呈显着正相关,与IL-10呈显着负相关(均为P<0.05)。[结 论]1.慢性乙型肝炎患者存在显着的Th17/Treg失衡。2.Th17/Treg失衡与病毒复制水平呈正相关,抗病毒治疗及e抗原消失可改善Th17/Treg失衡的程度。3.慢性乙型肝炎患者明显升高的IL-6/STAT3及IL-2/STAT5蛋白表达,与Th17/Treg细胞的失衡呈正相关,提示IL-6/STAT3和IL-2/STAT5共同作用可能参与了慢性乙型肝炎患者Th17/Treg细胞失衡的形成。
董西华[3](2021)在《S100A6在原发性胆汁性胆管炎肝内胆管上皮细胞损伤中的作用机制》文中研究表明目的:原发性胆汁性胆管炎(Primary biliary cholangitis,PBC)是一种慢性胆汁淤积的自身免疫性疾病,主要累及肝内小叶间胆管。PBC在各年龄段均可发病,多集中在30-70岁,50岁为发病高峰,以女性居多,男女比例为1:9-10,是女性肝移植最常见的原因。PBC患者常有疲劳和顽固性的全身瘙痒等症状。30%的PBC患者可能发展到失代偿性肝病或死亡。随着自身抗体血清学检测的开展,以及我国人民对肝脏健康日益重视,中国可检出PBC患病人数也日渐增多,但我国现今还未进行全国范围的流行病学研究。而中国香港的调查发现,2015年PBC发病率达到百万分之82.3。PBC的主要病理学特点为外源性物质刺激易感人群的免疫系统,发生自身免疫反应,形成自身抗体复合物,从而特异性攻击肝内胆管上皮细胞,使肝内小胆管逐渐消失,肝内继而发生胆汁淤积,肝脏组织反复再生并逐渐纤维化,肝脏功能最终发生衰竭。基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)是现今被广泛应用的高通量功能基因组数据的国际公共资源库。利用生物信息学的方法分析GEO数据库中已有的芯片数据,可筛选PBC肝组织或胆管上皮细胞的差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),从而寻找PBC发病或治疗的新靶点,而通过实验手段可对预测的结果进行验证。胆管结扎(Bile duct ligation,BDL)是一种常见的胆道梗阻手术,广泛应用于胆汁淤积和肝损伤研究的啮齿类动物模型。以BDL小鼠模型模拟PBC疾病的发生,可动态观察肝脏及肝内胆管上皮细胞发生的损伤,同时验证筛选出的靶基因在肝内胆管上皮细胞中的表达是否存在差异。肝内胆管上皮细胞(Intrahepatic biliary epithelial cells,i BECs)是肝细胞的重要组成部分,其损伤机制是研究PBC发病机制的关键。胆汁盐作为“细胞毒素”在肝脏组织中累积,在肝细胞坏死和肝纤维化发展过程中起关键的作用。本研究利用甘氨鹅脱氧胆酸(Glycochenodeoxycholate,GCDC)处理人肝内胆管上皮细胞系从而模拟PBC患者肝内胆汁淤积的环境,通过体外实验研究靶基因在PBC肝内胆管上皮细胞的损伤机制中所起的作用。转录因子与疾病的发生、进展密切相关,在基因表达调控中也起到重要的作用。本研究通过生物信息学的方法对靶基因启动子的转录因子进行预测,并通过体外实验来验证转录因子对靶基因启动子的调控,进而探索PBC肝内胆管上皮细胞的损伤机制。长链非编码RNA(Long non-coding RNAs,lnc RNAs)可参与调控细胞内的多种过程。lnc RNAs可作为一种结构组分与基因调控转录因子形成核酸蛋白复合体,同时还可与特定转录因子相结合,改变其在细胞内的定位,从而影响靶基因的转录。患者血浆中lnc RNAs表达水平异常可准确预测疾病的发生或进展。综上所述,本研究以动物模型验证生物信息学预测的靶基因,同时以人肝内胆管上皮细胞为研究对象,探索转录因子对靶基因启动子的调控作用机制,从而对胆汁酸诱导的肝内胆管上皮细胞损伤在PBC发病机制所起的作用做一阐述,并对PBC患者血浆中靶基因作为诊断和分期生物标志物的价值进行评估,为PBC发病机制、疾病监测和靶向治疗提供依据。研究对象:生物信息学分析包含来自GEO数据库的GSE79850和GSE29776芯片;小鼠模型:6-8周龄、雄性,SPF级C57BL/6J小鼠21只;选取在中国医科大学附属第一医院确诊的PBC患者145名,体检中心健康体检者110名,其中训练集包括80名PBC患者和60名健康对照者;验证集包括65名PBC患者和50名健康对照者;细胞系:人肝内胆管上皮细胞系、293T细胞系。研究方法:1、生物信息学分析(1)应用Gene Spring软件对GSE79850中PBC患者肝组织数据进行差异表达基因分析;对差异基因进行基因本体、通路富集和蛋白-蛋白相互作用网络分析,并在线进行文献挖掘;对PBC关键基因及其转录因子进行分析;(2)对GSE29776芯片中BDL组与sham组小鼠肝脏差异表达基因进行分析;(3)qRT-PCR法在PBC患者和健康对照者血浆中筛选并验证差异表达基因。2、靶基因在BDL小鼠模型中的验证(1)BDL小鼠模型的建立:实验(BDL)组行胆总管结扎术;假手术(sham)组开腹后游离胆总管随即缝合;分别在术后5天、10天和15天处死小鼠取肝脏组织,行HE和Masson染色,观察肝组织纤维化程度,选取最佳建模时间;(2)免疫荧光双标记法检测BDL小鼠肝组织中肝内胆管上皮细胞CK19和S100a6蛋白,验证生物信息学的预测。3、S100A6在GCDC处理后人肝内胆管上皮细胞中的生物学功能(1)GCDC处理人肝内胆管上皮细胞时间和浓度的筛选:分别用200μM、500μM和1000μM GCDC处理人肝内胆管上皮细胞,分别培养2小时、6小时和24小时后用流式细胞仪检测细胞凋亡百分率,选取统计学差异最大的浓度和培养时间作为后续实验的条件;(2)免疫组化法检测CK19蛋白鉴定人肝内胆管上皮细胞;(3)qRT-PCR和Western Blotting法检测S100A6过表达质粒和Smart silencer转染人肝内胆管上皮细胞的干扰效率;(4)流式凋亡检测S100A6对人肝内胆管上皮细胞凋亡能力的影响;(5)CCK8法检测S100A6对人肝内胆管上皮细胞增殖水平的影响。4、转录因子ESR1对S100A6启动子的调控作用(1)qRT-PCR法检测ESR1对Hi BECs中S100A6 mRNA表达的影响;(2)Western Blotting法检测转录因子ESR1对Hi BECs中S100A6和PDC-E2蛋白表达的影响;(3)双荧光素酶报告基因实验验证ESR1对S100A6启动子的调控作用;(4)S100A6干扰质粒转染过表达ESR1的Hi BECs细胞,流式凋亡检测细胞凋亡水平;CCK8法检测细胞增殖水平。5、血浆S100A6和相关lnc RNAs作为生物标志物在PBC诊断和分期中的价值(1)生物信息学方法预测与S100A6相关的lnc RNAs;(2)qRT-PCR法检测PBC患者及健康对照者血浆S100A6 mRNA和lnc RNAs的相对表达量;(3)ROC曲线评价S100A6和相关lnc RNAs在PBC诊断和分期中的价值。研究结果:1、生物信息学分析结果(1)PBC患者肝脏组织生物信息学分析(a)对GSE79850中PBC患者与对照组肝组织基因表达谱进行比较分析,共得到77个DEGs(P<0.05,且FC>2.0),其中包含47个上调DEGs和30个下调DEGs;(b)GO富集分析:所有DEGs均显着富集在生物过程(BPs)。表达上调的DEGs主要富集于免疫应答、细胞因子应答和细胞因子刺激应答;表达下调DEGs主要富集于免疫防御、炎症反应和细胞因子应答;(c)通路分析:表达上调DEGs主要富集在A型流感和单纯疱疹病毒感染通路;表达下调DEGs主要富集在肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和NF-k B信号通路;(d)选取STRING分析中PPI分数>0.4的数据,获得74个节点和356个蛋白质对;簇分析得到了两个MCODE评分>3的簇;(e)对PPI网络中得分大于10的基因进行文献挖掘,得到27个在细胞活化、先天免疫应答和免疫系统方面富集于先前报道的基因构建共引网络;(f)DEGs中发现在CTD中列出的3个与PBC相关的关键基因,包括CCL5、IL7R和TNFRSF1A;同时分析出5个转录因子并构成转录调控网络。(2)BDL小鼠模型肝内胆管上皮细胞差异基因筛选:在30名PBC患者和30名健康对照者血浆中用qRT-PCR法检测差异表达上调基因mRNA,发现S100A6变化最大(t=20.28,P<0.0001)。2、BDL小鼠模型的建立及差异基因的鉴定(1)BDL组小鼠肝脏组织病理学大体符合肝纤维化改变;(2)HE染色:BDL组与sham组、健康对照组小鼠肝组织相比,汇管区炎性细胞计数显着增多(P<0.05);(3)Masson染色:BDL组小鼠肝组织汇管区周边发生Ι型胶原纤维化、纤维间隔形成、纤维间隔伴小叶结构紊乱、肝硬化;sham组小鼠肝组织状况良好,无纤维化出现;(4)免疫荧光双标记结果显示,CK19和S100a6蛋白在BDL小鼠肝内胆管上皮细胞均有阳性表达,sham组小鼠肝内胆管上皮细胞中这两种蛋白仅有微弱表达;3、S100A6促进Hi BECs细胞凋亡、抑制细胞增殖(1)与NC组相比,S100A6在GCDC处理后Hi BECs中表达水平显着升高(P<0.05);(2)与NC组相比,转染S100A6 Smart silencer后,Western Blotting结果显示,Hi BECs细胞系中PDC-E2蛋白表达显着下降(P<0.05);转染S100A6过表达质粒后,Hi BECs细胞系中PDC-E2蛋白表达显着升高(P<0.05);(3)与NC组相比,转染S100A6 Smart silencer后,CCK8实验结果显示:Hi BECs细胞增殖能力显着升高(P<0.05);转染S100A6过表达质粒之后,细胞增殖能力显着降低(P<0.05);(4)与NC组相比,转染S100A6 Smart Silencer之后,流式凋亡结果显示,Hi BECs细胞凋亡水平显着降低(P<0.05);转染S100A6过表达质粒之后,Hi BECs细胞凋亡水平显着升高(P<0.05);4、转录因子ESR1通过激活S100A6启动子促进Hi BECs凋亡、抑制细胞增殖(1)与NC组相比,ESR1在GCDC处理后Hi BECs中的表达水平显着升高(P<0.05);(2)ESR1过表达质粒转染Hi BECs后,细胞中S100A6 mRNA相对表达量显着升高(P<0.05);ESR1 Smart silencer转染Hi BECs后,细胞中S100A6 mRNA相对表达量显着降低(P<0.05);(3)Western Blotting法检测Hi BECs中ESR1过表达或敲减后S100A6、PDC-E2和ESR1蛋白表达水平。过表达ESR1后,GCDC组与正常组相比,S100A6、PDC-E2和ESR1蛋白表达都上调(P<0.05);GCDC+ESR1-OE组S100A6、PDC-E2和ESR1蛋白表达量显着高于其他组(P<0.05);敲减ESR1后,GCDC组与正常组相比,S100A6、PDC-E2和ESR1蛋白表达都下调(P<0.05);GCDC+ESR1-KD组S100A6、PDC-E2和ESR1蛋白表达量显着低于其他组(P<0.05);(4)双荧光素酶报告基因实验结果表明,野生型p GL3 basic-S100A6的活性在ESR1过表达组中显着升高,而点突变法构建突变体p GL3 basic-S100A6-Luci在ESR1过表达组无明显改变;(5)S100A6干扰质粒转染过表达ESR1的Hi BECs,与control+si-control组相比,ESR1+si-control组Hi BECs细胞凋亡百分率较对照组和ESR1+S100A6-si组显着升高(P<0.05),细胞增殖水平显着降低(P<0.05);5、S100A6及相关lnc RNAs作为PBC诊断和分期标志物的评估(1)LncRNAs的筛选:通过生物信息学方法筛选出于S100A6相关的lnc RNAs LINC00312、LINC00472和LINC01257;(2)PBC患者血浆中Log10 ESR1和S100A6 mRNA相对表达量呈正相关(r=0.367,P=0.001);(3)PBC患者血浆中S100A6 mRNA、log10 LINC00472和LINC1257相对表达量与健康对照者相比,相对表达显着升高(P<0.0001);LINC00312的相对表达水平显着低于健康对照者(P<0.0001);(4)PBC晚期与健康对照者(P<0.0001)和PBC早期(P<0.0001)相比,S100A6 mRNA表达上调;PBC早期S100A6 mRNA水平高于HCs(P=0.03);与HCs相比,LINC01257在早期和晚期PBC相对表达均上调(P<0.0001)。PBC晚期LINC00312表达水平低于PBC早期和HCs(P=0.01,P<0.0001);同时,LINC00312在早期PBC表达水平低于HCs(P<0.0001);晚期PBC log10 LINC00472的表达水平高于早期PBC(P<0.0001)和HCs(P<0.0001);(5)PBC诊断S100A6、LINC00312、log10 LINC00472、LINC01257的曲线下面积(AUC)分别为0.759、0.7292、0.6942、0.7158;对于PBC分期的判断曲线下面积(AUC)分别为0.666、0.661、0.839和0.5549;(6)S100A6 mRNA相对表达水平与log10 LINC00472呈正相关(r=0.683,P<0.0001);血清C-IV水平与log10 LINC00472的相对表达水平呈正相关(r=0.482,P<0.0001);S100A6 mRNA的相对表达水平与血清C-IV水平呈正相关(r=0.732,P<0.0001);(7)采用配对t检验分析比较治疗一年前后这4个基因的表达水平变化,S100A6 mRNA、log10 LINC00472、LINC01257的相对表达量均显着降低(P值分别为0.0018、0.036和0.0006);与治疗前相比,LINC00312治疗后的相对表达量显着增加(P=0.0007);(8)根据log10 LINC00472 cutoff值(2.33)的相对表达水平进行分组,PBC患者在L1亚组中,S100A6 mRNA的相对表达量和血清C-IV水平较低(P<0.0001);同时,L1组中LINC01257的相对表达量高于L2亚组(P=0.005);(9)以独立的PBC队列数据构建ROC曲线验证生物标志物预测的PBC诊断和分期的价值。S100A6 mRNA、LINC00312、log10 LINC00472和LINC01257对PBC诊断的曲线下面积(AUC)分别为0.769、0.772、0.755和0.695;log10 LINC00472对PBC分期的曲线下面积为0.835。结论:1、CCL5、IL7R、TNFRSF1A基因和免疫应答通路以及分子模拟可能在PBC发病机制中发挥重要作用。这些基因和通路可能成为治疗PBC的新靶点;2、S100a6在胆汁淤积小鼠模型肝内胆管上皮细胞表达上调;3、S100A6基因能够促进胆汁淤积人肝内胆管上皮细胞凋亡,同时抑制其细胞增殖,在胆汁淤积胆管上皮细胞损伤中起到重要作用;4、转录因子ESR1通过激活S100A6启动子促进人肝内胆管上皮细胞凋亡,并抑制其细胞增殖;5、ESR1/S100A6信号通路在PBC胆汁淤积肝内胆管细胞损伤中起到重要作用;6、PBC患者血浆中S100A6 mRNA、LINC00312、LINC00472和LINC01257可作为PBC诊断的潜在生物标志物,LINC00472可作为PBC分期的潜在生物标志物。
李娟[4](2021)在《系统性硬化症患者中TGF-β1基因多态性及其mRNA水平与lncRNA的相关性研究》文中进行了进一步梳理目的:探讨在中国安徽地区汉族人群中,转化生长因子(Transforming Growth Factor-β1,TGF-β1)基因多态性包括rs1800469和rs1800470与系统性硬化症(Systemic Sclerosis,SSc)风险的关联性。材料与方法:采取以医院为基础的病例对照研究,收集SSc病例和健康个体各100名。TGF-β1单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)的基因分型运用改良的多重连接酶检测反应(improved Multiplex Ligase Detection Reaction,i MLDR)方法。判断SNPs的基因型和等位基因频率在SSc和对照组之间是否有差异,同时确定遗传模型(显性和隐形模型)在调整混杂因素前后在两组间分布情况;并进行了连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)分析,采用在线软件判断位点的单倍型。结果:纳入两个TGF-β1 SNPs位点(rs1800469和rs1800470)且在两组中的基因型频率经哈迪-温伯格遗传平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium,HWE)定律检验均是满足的。Logistic回归分析结果表明,在调整性别、年龄前后,rs1800469和rs1800470的基因型频率、等位基因频率在SSc病例和HC中差异未有统计学意义(均有P>0.05)。在混杂(年龄和性别)因素调整前后,rs1800469遗传模型结果如下:显性模型(GG+GA vs AA)(前:OR=1.247,95%CI=0.650-2.392;后:OR=1.271,95%CI=0.659-2.450)和隐性模型(GG vs GA+AA)(前:OR=1.000,95%CI=0.517-1.934;后:OR=1.005,95%CI=0.517-1.954)差异都没统计学意义;调整年龄和性别前后,rs1800470的显性模型(GG+GA vs AA)和隐性模型(GG vs GA+AA)也尚无统计学联系(均有P>0.05)。经卡方检验,rs1800469和rs1800470位点的基因型频率和等位基因频率与SSc患者临床表现包括皮肤硬紧、关节受累、器官受累、C3、血沉(Erythrocyte Sedimentation Rate,ESR)、抗SSA抗体、抗Scl-70抗体、ANA等均无关联(均有P>0.05)。两个位点进行LD,结果显示,rs1800469和rs1800470之间存在关联(D’=0.99,r2=0.98);单倍型“AG”和“GA”在SSc组和HC组间均没有统计学意义。结论:初步探索发现,在中国安徽地区汉族人群中TGF-β1基因位点rs1800469、rs1800470多态性与SSc患者遗传易感性无统计学关联,且与临床表现和实验室指标均无关联。目的:探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)和转化生长因子(Transforming Growth Factor-β1,TGF-β1)mRNA水平在系统性硬皮病(Systemic Sclerosis,SSc)外周血单个核细胞(PBMC)中的表达;分析MALAT1、H19分别与TGF-β1 mRNA之间的相关性。材料与方法:运用包括41名SSc病例和42名健康个体的病例对照研究,用抗凝管采取参与者5ml外周血。实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction,q RT-PCR)测定MALAT1,H19和TGF-β1mRNA在研究对象血样中的表达水平。通过Spearman秩相关分析lnc RNAs与TGF-β1 mRNA之间的相关性。结果:患者组与健康者组的年龄和性别未发现统计学差异。经Mann-Whitney U法判断发现,H19、MALAT1和TGF-β1mRNA在SSc患者PBMC中的表达分别是1.881(0.801,4.419)、1.290(0.427,4.619)和0.785(0.481,1.671),但仅发现H19的表达水平比健康对照升高,差异有统计学联系(P=0.008);MALAT1和TGF-β1mRNA表达水平在两组间都没有统计学差异(分别为P=0.334;P=0.536)。进一步分析与临床指标的关联,C反应性蛋白(C-reactive protein,CRP)升高组H19表达水平比非升高组低,发现有统计学关联(P=0.047)。另外,SSc患者H19、MALAT1表达水平与TGF-β1mRNA存在正相关(rs=0.750 P<0.001;rs=0.381 P=0.014)。结论:在SSc病例PBMC中,H19表达水平高于健康对照,并与CRP有关,提示其与SSc疾病早期的炎症可能有关;MALAT1可能不直接参与与SSc的发生风险;SSc患者PBMC细胞中H19,MALAT1表达水平与TGF-β1mRNA均存在正相关。H19可能是SSc的诊断标志物,但仍需要进一步研究探讨lnc RNAs是否通过影响TGF-β1参与SSc的发病机制。
王彩娥[5](2020)在《STAT4基因多态性通过调控CYP2E1参与肝癌发生发展》文中提出肝癌,主要指肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC),是目前世界上常见的恶性肿瘤之一,具有高发生率、高死亡率等特点,严重威胁着人类的生命和健康。HCC的发病除与慢性乙型肝炎病毒(HBV)感染、致癌物质和代谢性疾病等外在因素有关外,还与基因多态性这一内在因素有关,其中基因多态性可参与介导HCC的发生发展。信号转导与转录激活因子4(signal transducer and activator of transcription 4,STAT4),可被IL-12激活,调控T细胞和NK细胞释放炎症介质,在细胞因子诱导的细胞分化、增殖、侵袭和转移等过程发挥重要的生物学功能,参与炎症、免疫和肿瘤等多种病理生理过程。尽管有文献报道STAT4 rs7574865基因多态性与HCC的易感性存在一定的相关性,但仍缺乏STAT4基因多态性影响HCC发生发展机制及预后的研究。CYP2E1是细胞色素P450酶家族的重要成员,其不仅参与约6%临床药物的代谢和前致癌物的代谢,还与炎症反应有关,有研究报道,CYP2E1参与肝纤维化、肝癌和其他肿瘤的发生发展。本室前期研究已证实CYP2E1的先天活性增高与大鼠肝癌的发生率具有相关性。另有研究显示,STAT1、STAT3可调控CYP2E1的表达、转录和翻译后的修饰,但STAT4是否可以通过调节CYP2E1参与HCC的发生发展尚不清楚。蛋白质是生物体活动的基础,其结构和功能的改变可直接影响机体的生理变化。蛋白质组学是以全部蛋白质为对象,对蛋白质进行定量和定性分析,从而进一步揭示蛋白质的功能,因此,通过蛋白质组学技术寻找和发现参与调节肝癌发生过程的蛋白和通路。本研究以STAT4、CYP2E1为研究对象,拟阐明STAT4基因多态性通过调控CYP2E1参与引起HCC相关蛋白质组学改变及可能的分子机制。STAT4基因多态性对HCC易感性及预后影响的研究全基因组关联研究(Genome-wide association study,GWAS)和Meta分析结果发现,STAT4 rs7574865位点突变与HBV感染的HCC易感性有明显相关性;STAT4在肺癌、胃腺癌和结肠癌等肿瘤组织中高表达,提示肿瘤的发生与STAT4的表达密切相关。尽管有文献报道STAT4 rs7574865基因多态性与HCC的易感性存在一定的相关性,但STAT4基因多态性对HCC易感性机制及预后的研究仍较少。本研究收集了500例HBV-HCC住院患者(HCC组)与500例健康人(Con组)的血液标本,通过Sequenom Mass Array法对STAT4 rs7574865进行单核苷酸多态性检测分型,证实STAT4位点rs7574865基因多态性(T>G)与HBV-HCC的易感性密切相关,携带GG基因型会增加HBV-HCC的患病风险;我们又检测了血液标本中STAT4的量,发现在HCC组中STAT4含量高于Con组(P<0.05),携带GG基因型的STAT4含量明显高于携带GT、TT和GT+TT基因型(P<0.05),而对照组中,各基因型之间STAT4的表达水平无明显变化(P值均大于0.05),这提示了STAT4基因多态性仅影响HCC中STAT4的含量,不影响健康人群中STAT4的含量。影响HCC患者预后因素不仅与肿瘤自身的特点(如肿瘤数量、大小、周围是否浸润和转移)、临床指标和病理分级等有关,还与基因位点突变有关。至于STAT4基因多态性是否影响HCC的预后。我们又通过电话和门诊等方式随访了314名HBV-HCC患者的术后生存期,历时42-56个月,进一步研究了STAT4基因多态性与HBV-HCC患者术后生存期的关系,结果发现,携带GG基因型且STAT4含量高的HCC患者生存时间也明显缩短(Plog-rank<0.05),预后差。这也提示STAT4基因多态性影响外周血中STAT4的量进而影响HCC患者的预后。总之,STAT4基因多态性可能引起HCC患者外周血中STAT4量的改变从而影响HCC的发生发展,对其进行检测可能对肝癌的早期诊断和预后评价具有一定意义。STAT4通过调控CYP2E1参与HCC中发生发展的初步机制探讨本研究收集了人正常肝组织标本和肝癌肝纤维化组织标本各42例,再次在人肝组织进行证实,发现携带GG基因型的HCC组中STAT4含量高,死亡风险增加,预后差(P<0.05),提示人肝组织中STAT4 rs7574865 GG型可能影响HCC的预后,这和人血清的实验结果一致。本研究结果还发现,STAT4高组的CYP2E1酶动力学参数(Vmax和Clint)明显高于STAT4低组,提示STAT4与CYP2E1的活性呈正相关。通过一系列细胞实验证实,STAT4沉默可促进细胞的凋亡,使G1/0期和G2/M期细胞含量显着升高,而S期细胞含量显着降低,抑制了细胞的侵袭迁移;q PCR和Western blot显示STAT4沉默时STAT4和CYP2E1表达降低;双荧光素酶报告基因检测显示,STAT4可能调节CYP2E1启动子区域影响转录后翻译的功能。因此,STAT4可能通过调控CYP2E1的启动子区域参与肝癌的发生发展,这为寻找HCC新的治疗靶点提供了一定的理论依据,并为肝癌早预防、早诊断、早治疗提供了新思路。基于蛋白质组学探究STAT4调控CYP2E1参与肝癌发生发展蛋白质是生物体活动的基础,主要参与基因调节、细胞代谢和信号传导等过程。蛋白质组是指一个细胞或一个组织的基因组所表达的全部蛋白质。近年来,随着蛋白质组学的飞速发展,从整体、动态、全面角度分析蛋白质的组成成分和表达水平等,进而发现与疾病相关的蛋白质成为一种新的研究思路。因此,蛋白质组学方法有助于阐明STAT4基因多态性影响肝癌发生发展的信号通路及可能分子机制。本实验室前期用label-free法鉴定分析出1360个差异蛋白,选取了34例正常肝组织标本和42例HCC患者肝纤维化组织标本,采用Label-free定量进行鉴定。将STAT4蛋白表达中位数分为高低两组,鉴定筛选出差异蛋白273个,其中上调蛋白175个,下调蛋白98个。以差异显着程度为标准,P<0.01、0.01≤P<0.03和0.03≤P<0.05的差异蛋白数量分别为63、115和95个。筛选与STAT4表达有直接关联的差异蛋白。HCC组差异蛋白与STAT4表达亚组筛选的差异蛋白相交,交集蛋白共104个。按照功能归类,有18个差异蛋白纳入。STAT4高表达亚组中为上调蛋白,从中筛选出同时满足与CYP2E1活性相关且具有促癌作用的差异蛋白1个,即纤维介素(FGL2)蛋白。与STAT4相关的这273个差异蛋白,通过差异蛋白的功能注释富集分析等探索其所涉及到的细胞组分、分子特征以及生物学过程;此外,还通过KEGG通路富集探究肝癌肝纤维化组织蛋白质组的通路调节,发现其主要与免疫、CYP450药物代谢和炎症等相关的信号通路有关。为进一步分析CYP2E1和FGL2的关系,我们通过人肝组织和动物模型探究CYP2E1影响FGL2表达,以及对HCC患者预后的影响。蛋白质组学数据显示,以人正常肝组织作为对照,肝癌肝纤维化组织中FGL2表达增加(P<0.0001),且该结果也通过Western blot进行了验证(P<0.05)。提示FGL2升高可能与HCC的发生有关。在肝癌肝纤维化组织中,以STAT4蛋白表达量中位数为界点,分为高低两组,STAT4高表达组FGL2表达增加(P=0.0004),提示FGL2表达增加可能与HCC中STAT4高表达有关。Kaplan-Meier生存曲线显示,FGL2高表达组HCC患者的生存时间明显缩短,预后差(Plog-rank=0.009),提示FGL2可能影响肝癌患者的预后,促进肝癌的发展。ROC曲线下面积为0.760(P<0.0001),提示该蛋白可能具有一定HCC诊断的临床预测价值。在肝癌肝纤维化组中,分别以CYP2E1酶动力学参数Vmax和Clint中位数为界点分为高低两组,蛋白质组学数据显示,与Vmax和Clint低组相比,Vmax和Clint高组FGL2高表达(P<0.05);Western blot检测结果也显示,Vmax和Clint高时肝癌肝纤维化组FGL2表达增加(P<0.05),提示CYP2E1的活性与FGL2表达呈正相关。我们构建了H22细胞肝脏原位抑制瘤模型,BALB/c小鼠随机分为假手术组、H22细胞原位移植瘤(模型组)和CYP2E1特异性抑制剂SMI 12(干预组),去探讨使用CYP2E1抑制剂后FGL2的变化。结果发现FGL2在模型组高于假手术组,干预组低于模型组,Western blot结果也显示CYP2E1活性高FGL2表达增加;构建cyp2e1基因敲除鼠模型,结果发现cyp2e1-/-纯合型(KO)大鼠FGL2表达降低,提示CYP2E1可能上调FGL2的表达。因此,探究STAT4基因多态性通过调控CYP2E1引起HCC相关蛋白质组学改变及可能的分子机制,这为HCC早预防和有效治疗提供了新思路、作用靶点和基础理论支持。结论1.STAT4基因多态性可引起STAT4含量改变从而影响HCC发生发展。2.STAT4通过调节CYP2E1参与HCC发生发展。3.CYP2E1调节肝癌患者FGL2的表达,且FGL2高表达患者预后差,死亡风险增加。4.STAT4基因多态性影响HCC的发生发展,其作用机制可能与STAT4调控CYP2E1进而影响FGL2的表达有关。
章瑞南[6](2016)在《非酒精性脂肪性肝病的遗传与表观遗传学研究》文中研究说明目的:从候选基因单核苷酸多态性(SNP)、DNA甲基化和miRNAs来探讨中国汉族人群NAFLD的遗传与表观遗传学特点。方法:以经肝脏穿刺确诊的NAFLD(包含合并CHB的NAFLD)患者及健康对照人群为研究对象,利用目标区域捕获测序(AmpliSeq)及DNA甲基化芯片对外周血白细胞DNA分别进行候选基因(APOC3,PPARGC1A,PNPLA3)的SNPs和甲基化位点检测,利用实时定量PCR检测血清中差异miRNAs,并分析其与疾病的相关性。结果:(1)APOC3新SNP位点rs2070666(T>A)含A等位基因(TA+AA)和PPARGC1A(G>A)rs8192678含A等位基因(GA+AA)显着增加NAFLD的患病风险,并分别与NAFLD患者中重度脂肪变和NASH发生相关。4个连锁的PNPLA3多态性位点rs738409(C>G),rs738408(C>T),rs4813273(G>A)和rs2072906(A>G)及另一新位点rs1010023(T>C)均可增加CHB患者发生NAFLD的风险,而与HBV是否感染无关。4个连锁位点亦增加CHB合并NAFLD患者发生临界/确诊NASH和显着纤维化的风险;而携带rs1010023 TC+CC基因型的患者BMI、TG及FBG水平显着降低。携带PNPLA3 SNPs的CHB合并NAFLD患者HBV-DNA病毒载量降低显着。(2)首次对NAFLD外周血白细胞DNA进行甲基化位点的检测,芯片结果显示共发现863个差异甲基化位点,以低甲基化为主(78.8%)。通路分析显示位于脂肪因子信号通路的ACSL4和CPT1C为差异最为显着的基因;ACSL4和CPT1C甲基化位点cg15536552和cg21604803的低甲基化水平是NAFLD发生的危险因素;同时ACSL4(cg15536552)可增加年龄≤50岁的男性NAFLD患者发生临界/确诊NASH的风险。(3)7种特定的血清miRNAs检测后发现5种miRNAs(miR-122,miR-192,miR-16,miR-21,miR-146b)在NAFLD及合并显着纤维化患者中显着升高;而miR-122,miR-192,miR-16和miR-21在NASH患者中显着表达。miR-122和miR-192与NAFLD患者肝脏病理的严重程度(中重度脂肪变、NASH及显着纤维化)呈正相关。miR-122,miR-192和miR-16,miR-192分别对NASH和显着纤维化患者诊断价值中等。miR-122+miR-192+miR-16+miR-21+miR-146b组合评估可提高对NAFLD患者中显着纤维化的诊断价值。结论:(1)APOC3 rs2070666,PPARGC1A rs8192678,PNPLA3四个连锁的多态性位点(rs738409、rs738408、rs4813273、rs2072906)和rs1010023是中国汉族人群NAFLD发生的易感位点;PNPLA3易感位点对NAFLD的发生发展独立于HBV的感染,并对HBV病毒载量有一定的影响。rs1010023对CHB合并NAFLD患者的糖脂代谢具有一定的改善作用。(2)中国汉族NAFLD患者外周血白细胞DNA以低甲基化改变为主;ACSL4和CPT1C基因甲基化水平的改变可能是NAFLD/NASH发生发展的机制之一。(3)血清miRNAs表达异常与中国汉族人群NAFLD的发生相关,可作为NAFLD/NASH无创诊断的潜在的生物标记物,为无创诊断提供线索;不同miRNAs组合可提高NAFLD患者诊断显着纤维化的价值。
万裴琦[7](2014)在《TGF-β1基因多态性及表达水平与广西人群肝癌家族聚集性的相关研究》文中提出背景:肝癌是全世界最常见的恶性肿瘤之一,近几十年来发病率及死亡率均居高不降。全球每年原发性肝癌新发例数超过74万,居恶性肿瘤的第五位,死亡59.8万例,死亡人数仅次于胃、食道癌而居第三位,已经严重威胁到人类的健康及寿命[1]。全球约有一半的肝癌发生在中国,其分布具有明显的地区差异性。广西是全国肝癌高发区之一,多次的流行病学调查结果显示广西肝癌发病率及死亡率均明显高于全国平均水平,并且广西肝癌的发生呈现家族聚集倾向现象,很大一部分的肝癌病例有肝癌家族史,其一级亲属、二级亲属罹患肝癌的风险性增高。大多数肝癌起病隐匿、进展快、病程短,迄今为止,没有特效的治疗手段来阻止肿瘤的进展,故有必要从内在遗传因素及外在环境暴露因素着手对原发性肝癌及其家族聚集性的发病机理进行深入的研究。国内外专家经过多年来不懈的努力,对于原发性肝癌的病因研究取得了一定成果。通过对原发性肝癌的高发地区进行调查,专家普遍认为肝癌是由于以下多种因素共同引起的:肝炎病毒慢性感染、黄曲霉毒素及化学毒物(亚硝胺、重金属等)摄入、饮用水污染、放射线接触、酒精、嗜肝寄生虫、遗传因素等,但其中生物、环境、遗传因素间错综复杂的交互作用的具体机制尚未完全清楚。导致肝癌家族聚集的原因更复杂,为数不少的研究提示乙肝病毒感染是乙肝相关性肝癌的致病因子,我们既往的研究HBV感染是我区家族聚集性肝癌高发的主要致病因子,另环境因素包括饮用水污染、黄曲霉毒素及丙肝病毒感染外,尚有遗传因素。不管生物、环境、遗传因素的具体致癌机制如何,机体都会出现免疫功能的改变,多种免疫细胞的功能和(或)细胞因子表达或表达水平异常[2-5]。体内炎症抑制因子和炎症促进因子网络平衡被打破,机体体液免疫和细胞免疫功能异常,免疫应答功能异常形成恶性循环。譬如,原发性肝细胞癌患者体内IL-1、2、12、18、TNF-a、IFN-r等Th2类促炎因子与IL-4、5、8、10等Th1类炎症抑制因子网络平衡失调,CD4+、CD8+、NK细胞、细胞毒性T细胞、巨噬细胞等专职免疫细胞功能下降或异常,致使肿瘤逃避免疫监视及免疫清除,肿瘤得以发生、进展及转移,同时也说明肝癌是很典型的炎症相关性肿瘤[6-14]。已知多种细胞因子如IL-1、IL-10、IL-12、IL-18、TGF-β1、TNF-α、NQo1、XPD、COX2等细胞因子基因及其多态性与肝癌有关。其中转化生长因子β1(TGF-β1)及其多态性在原发性肝癌发生中起到了十分重要的作用。TGF-β1是一类调节细胞增殖、分化、细胞功能作用的激素样活性多肽,对淋巴细胞、上皮细胞增殖、分化具有抑制作用,对间充质细胞增殖分裂具有促进作用,同时调节细胞外基质蛋白质的合成,在组织修复、细胞恶性突变中具有重要的作用。正常水平的TGF-β1通过抑制T淋巴细胞、B淋巴细胞活化,抑制NK细胞、细胞毒性T细胞杀伤功能而发挥适度的免疫抑制功能[13,14]。病理情况下,TGF-β1水平明显升高,破坏机体免疫监督功能,使机体失去对外来病原或肿瘤细胞的正常免疫应答,导致疾病或肿瘤的发生、发展[15]。近年来,以上各种细胞因子与肝癌家族聚集的相关性也陆陆续续有报道,TGF-β1及其基因多态性在肝癌家族聚集的发生中起到的作用迄今为止尚未见有相关报道,TGF-β1蛋白质表达水平与肝癌家族聚集性的关系也尚不十分清楚。为更好地了解广西肝癌家族聚集发生的相关因素,我们从转化生长因子β1基因多态性及其蛋白表达的角度探讨肝癌家族聚集发生的原因。本研究分为两大部分。第一部分对广西11个肝癌高发区的35个肝癌高发家族的214名成员(其中壮族105人、瑶族49人、汉族60人)、37个无癌对照家族中214名成员(其中壮族105人、瑶族49人、汉族60人)进行转化生长因子6个位点基因多态性的分析,获得研究组与对照组6个位点基因型分布频率的遗传学数据,并重点探讨在吸烟、饮酒、饮用水及HBV-DNA阳性等外暴露因素共同作用下,TGF-β1基因多态性与原发性肝癌家族聚集性的关系。第二部分研究分两小部分:第一小部分是用免疫酶联吸附法检测全部428例样本的血清TGF-β1水平,比较肝癌高发家族与无癌对照家族血清TGF-β1水平差异、比较肝癌风险位点各基因型对应的血清TGF-β1水平差异,按血缘关系分层分析血清TGF-β1水平差异。第二小部分是用免疫蛋白印迹法检测82例(包括11名先证者及其配对、10名随机抽取的肝癌高发家族Ⅰ级亲属及其配对、10名随机抽取的肝癌高发家族Ⅱ级亲属及其配对、10名随机抽取的肝癌高发家族Ⅲ级亲属及其配对)研究对象全血TGF-β1蛋白表达情况,比较肝癌高发家族与无癌对照家族全血TGF-β1蛋白灰度值差异,按血缘关系分层分析全血TGF-β1蛋白灰度值差异。从细胞因子TGF-β1表达水平角度探讨其与原发性肝癌家族聚集性的关系。第一部分TGF-β1基因多态性等因素与中国广西人群肝癌家族聚集的相关性研究目的:探讨TGF-β1(转化生长因子β1)基因多态性及外暴露因素与广西壮、汉、瑶族肝癌家族聚集发生的关系。方法:在广西11个肝癌高发区收集到符合条件的肝癌高发家族35个,共214名成员,无癌对照家族37个,以相同年龄(±5岁)、乙肝表面抗原(HBsAg)、民族、居住地、性别为配对条件,选取无癌家族成员214名作为无癌对照家族组。研究对象的基本信息及肝癌相关风险因素采用流行病学调查表采集。采集所有研究对象的空腹外周静脉血抗凝标本5毫升,用于提取全血基因组DNA,采集非抗凝血5毫升(乙二胺四乙酸抗凝)分离出血清用于检测HBV、HCV病毒标志物、TGF-β1水平。以上所提取的DNA样品,经引物特异性PCR方法扩增TGF-β1rs1800469、rs2241715、rs2241716、rs11466345、rs8105161、rs747857共6个位点,采用Snapshop方法进行基因分型检测。应用Haploview软件进行哈-温(Hardy-Weinberg)遗传平衡检测,SHEsis软件进行连锁不平衡检验及单倍型频率分析统计。经SPSS17.0统计软件进行数据录入及统计分析,采用卡方检验和条件Logistic回归模型分析TGF-β1SNP位点与肝癌家族聚集性的关系,选取有统计学意义的位点及环境因素,采用叉生分析法进行基因-环境交互作用分析,应用SAS9.1编程假设验证。结果:(1)肝癌可能的风险因素分布:饮酒、饮用塘水、HBV-DNA阳性在肝癌高发家族与无癌对照家族中分布差异具有统计学意义(P<0.05)。(2)各基因型分布的哈-温平衡检验:经Haploview软件检验,6个位点基因型频率在无癌对照家族与肝癌高发家族中分布符合遗传平衡定律,观察值与理论值符合(P>0.05),选取样本具有群体代表性。(3)TGF-β1各位点基因型及等位基因在无癌对照家族与肝癌高发家族组的分布:1. TGF-β1rs1800469T/C位点基因型TT、CT、CC在肝癌高发家族组与无癌对照家族组中分布频率分别为47.2%、41.1%及11.7%,33.7%、45.3%及21.0%,两组间分布具有统计学差异(P=0.004);等位基因T、C在肝癌高发家族组与无癌对照家族组中分布频率分别为:67.8%和32.2%,56.3%和43.7%,等位基因在两组间分布具有统计学差异(P=0.001)。rs1800469TT基因型及T等位基因在肝癌高发家族分布明显高于无癌对照家族(P=0.004; P=0.001)。2.TGF-β1rs2241715G/T位点基因型TT、GT、GG在肝癌高发家族组与无癌对照家族组中分布频率分别为46.7%、41.6%、11.7%与33.2%、44.9%、21.9%,两组间分布具有统计学差异(P=0.003);等位基因T、G在肝癌高发家族组与无癌对照家族组中分布频率分别为:67.5%和32.5%,55.6%和44.4%,等位基因在两组间分布具有统计学差异(P=0.000)。rs2241715TT基因型及T等位基因在肝癌高发家族分布明显高于无癌对照家族(P=0.004; P=0.000)。3. TGF-β1rs8105161C/T位点基因型TT、CT、CC在肝癌高发家族组与无癌对照家族组中分布频率分别为29.4%、51.9%、18.7%与42.5%、45.8%、11.7%,两组间分布具有统计学差异(P=0.009);等位基因T、C在肝癌高发家族组与无癌对照家族组中分布频率分别为:55.4%和44.6%,65.4%和34.6%,等位基因在两组间分布具有统计学差异(P=0.003)。rs8105161TT基因型及T等位基因在无癌对照家族分布明显高于肝癌高发家族(P=0.005;P=0.003)。4.TGF-β1rs747857A/G位点基因型AA、AG、GG在肝癌高发家族组与无癌对照家族组中分布频率分别为82.7%、15.0%及2.3%,90.7%、9.3%及0%,两组间分布具有统计学差异(P=0.005);等位基因G、A在肝癌高发家族组与无癌对照家族组中分布频率分别为:90.2%和9.8%,95.3%和4.7%,等位基因在两组间分布具有统计学差异(P=0.004)。rs747857GG基因型及G等位基因在无癌对照家族分布明显高于肝癌高发家族(P=0.005;P=0.003)5.TGF-β1rs2241716C/T位点基因型及等位基因在肝癌高发家族组与无癌对照家族组中分布频率无统计学差异(P=0.105;P=0.160)。6.TGF-β1rs11466345T/C位点基因型在肝癌高发家族组与无癌对照家族组中分布频率无统计学差异(P=0.161);等位基因T、C在两组间分布具有统计学差异(P=0.049)。(4)TGF-β1多态性位点连锁不平衡分析:rs2241715、 rs2241716、rs1800469三个位点间存在强连锁不平衡。 TGF-β1rs1800469与TGF-β1rs2241715间D‘=1,r2=0.984,与TGF-β1rs2241716间D‘=1,r2=0.547。TGF-β1rs2241715与TGF-β1rs2241716也存在强LD,D‘=1,r2=0.538。(5)环境与遗传的多因素条件Logistic回归分析:将rs1800469、rs2241715、rs8105161、rs747857连同肝癌可能的相关危险因素吸烟、饮酒、饮用水、HBV-DNA带入Logistic回归模型分析(因所有研究对象均以大米为主食、抗HCV均阴性,故该两项因素未列入模型),最终进入模型的危险因素由高到低为:饮用塘水>饮酒>HBV-DNA阳性>rs1800469TT基因型>rs2241715TT基因型。(6)环境与遗传的多因素条件Logistic回归分析: rs1800469、rs2241715、rs8105161、rs747857、rs2241716、rs11466345连同肝癌可能的相关危险因素吸烟、饮酒、饮用水、HBV-DNA带入Logistic回归模型分析(因所有研究对象均以大米为主食、抗HCV均阴性,故该两项因素未列入模型),最终进入模型的危险因素由高到低为:饮用塘水>饮酒>HBV-DNA阳性>rs1800469TT基因型>rs2241715TT基因型。(7)风险基因型的分层分析:rs1800469TT基因型及T等位基、rs2241715TT基因型及T等位基因在各级血缘亲属中总体分布无统计学差异(P=0.416,P=0.185);(P=0.348,P=0.133),但二者分布频率随着与先证者血缘级别降低而降低。(8)基因-环境交互作用分析:基于相加模型的TGF-β1rs1800469TT与饮用塘水存在正交互作用(OR=6.44,S=1.50,AP=0.28,P<0.05),经相加模型的叉生分析假设检验U=0.394,P<0.05,具有统计学意义;TGF-β1rs1800469TT与饮酒交互作用也有统计学意义(OR=3.45,S=1.29,AP=0.16,P<0.05),假设检验U=0.432, P<0.05具有统计学意义;TGF-β1rs1800469TT与HBV-DNA相加交互作用同样也有统计学意义(OR=5.38,S=4.13,AP=0.62,P<0.05),假设检验U=1.105,P<0.05)。结论:(1)TGF-β1rs1800469T/C基因多态性可能是广西肝癌家族聚集发生的遗传因素。(2)TGF-β1rs2241715G/T基因多态性可能是广西肝癌家族聚集发生的遗传因素。(3)饮用塘水、饮酒、HBV-DNA阳性可能是广西肝癌家族聚集发生的主要环境因素。(4)广西肝癌家族聚集现象的发生是综合因素所致,多种遗传因素之间、多种环境因素之间或遗传与环境因素之间有相互协同作用。第二部分TGF-β1基因表达与中国广西人群肝癌家族聚集的相关性目的:探讨转化生长因子β1血清中表达水平、全血中蛋白表达情况与广西人群肝癌家族聚集的相关性。方法:在广西11个肝癌高发区收集到符合条件的肝癌高发家族35个,共214名成员,无癌对照家族37个,以相同年龄(±5岁)、乙肝表面抗原(HBsAg)、民族、居住地、性别为配对条件,选取无癌家族成员214名作为无癌对照家族组。本研究分两小部分:第一小部分是用免疫酶联吸附法检测全部428例样本的血清TGF-β1水平,比较肝癌高发家族组(FHCC)与无癌对照家族组(FNC)血清TGF-β1水平差异、比较肝癌家族聚集性风险位点各基因型间的血清TGF-β1表达水平差异、按血缘关系分层分析血清TGF-β1水平差异。第二小部分是用免疫蛋白印迹法(Western blot)检测82例(包括11名先证者及其配对、10名随机抽取的肝癌高发家族Ⅰ级亲属及其配对、10名随机抽取的肝癌高发家族Ⅱ级亲属及其配对、10名随机抽取的肝癌高发家族Ⅲ级亲属及其配对)研究对象全血TGF-β1蛋白表达情况(包括蛋白表达的量、蛋白结构),比较肝癌高发家族与无癌对照家族全血TGF-β1蛋白灰度值差异,按血缘关系分层分析全血TGF-β1蛋白灰度值差异。探讨其与肝癌家族聚集性是否相关。采用SPSS17.0软件进行数据分析,指标以均数±标准差(x±S)表示。两组间比较采用配对样本t检验,多组间比较采用多独立样本Kruskal-Wallis检验,以P<0.05为有统计学意义,检验水准α=0.05。结果:1血清TGF-β1水平结果(1)血清TGF-β1水平在肝癌高发家族组TGF-β1水平明显高于无癌对照家族组(28.495±17.495ng/mlVS20.24±7.56ng/ml,P=0.000)。(2)按基因型分析TGF-β1水平:Rs2241715TT基因型对应的血TGF-β1水平明显高于GT型(30.33±15.66ng/mlVS23.55±11.45ng/ml,P=0.000)及GG型(30.33±15.66ng/mlVS20±10ng/ml,P=0.000)。而GT与GG基因型对应的血TGF-β1水平无差异(23.55±11.45ng/mlVS20±10ng/ml,P=0.061)。Rs1800469TT基因型对应的血TGF-β1水平明显高于CT基因型(39.445±7.445ng/mlVS26.33±13.65ng/ml,P=0.000)及CC基因型(39.445±7.445ng/mlVS26.245±13.555ng/ml,P=0.000)。CT及CC基因型对应的血清TGF-β1水平无差异(26.33±13.65ng/mlVS26.245±13.555,P=0.347)。(3)风险位点基因型对应的血清TGF-β1在肝癌高发家族组无癌对照家族组的比较:肝癌高发家族组TT基因型对应的血清TGF-β1水平明显高于无癌对照家族组rs1800469TT基因型(43.395±3.495ng/mlVS35.95±3.95ng/ml,P=0.000)。肝癌高发组rs2241715TT基因型对应的血TGF-β1水平明显高于无癌对照家族组(18.815±4.145ng/mlVS38.995±6.995ng/ml,P=0.000)。2. Western blot检测结果(1)肝癌高发家族组与无癌对照家族组均表达TGF-β1蛋白且未发现异常条带,但表达程度有明显不同。(2)肝癌高发家族组血浆TGF-β1蛋白含量比无癌对照家族组多,差异有统计学意义(p<0.05)。(3)分层分析:血浆TGF-β1蛋白含量在肝癌高发家族先证者、Ⅰ级、Ⅱ级、Ⅲ级亲属中无差异(p>0.05)。先证者血浆TGF-β1蛋白灰度值很高,但随着与先证者血缘关系的变远,TGF-β1蛋白灰度值减少。结论:(1)血清高TGF-β1水平可能与肝癌家族聚集性相关。(2)全血高TGF-β1蛋白水平可能与肝癌家族聚集性相关。(3)血清高TGF-β1水平或全血TGF-β1蛋白高表达可能与机体免疫抑制状态有关,尚待进一步验证T细胞、B细胞功能。
杨艳[8](2011)在《广西地区人群细胞因子基因多态性分析及其与肝细胞癌易感性的研究》文中研究表明肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC),是常见的高度恶性肿瘤之一,据估计全球每年新发病例数达60万,每年因肝癌死亡的人数达到58万。中国是肝癌的高发地区之一,全球55%的肝癌病例发生在中国。而广西是我国肝癌高发区,其中扶绥县的肝癌发病占该县全部恶性肿瘤发病的61.51%,其死亡率位于肿瘤死因谱首位。肝癌恶性程度高,潜伏期长,起病隐匿,进展快,病程短,死亡率高,病死率几乎达到100%,严重威胁人们的健康与生命。在当前医疗条件下,各种治疗措施极少能改变肝癌患者最终死亡的结果。因此,对肝癌病因学以及易感性的研究具有特别重要意义。肝癌的发生是遗传因素和环境因素共同作用的结果。目前已证实HBV、HCV病毒感染,吸烟,饮酒和黄曲霉毒素B1暴露等是肝癌的主要危险因素。其中慢性HBV感染是导致肝癌的重要原因,在我国90%以上肝癌患者伴有HBV感染。研究表明,机体对HBV的清除能力存在个体差异,也就是说宿主感染HBV后的病情进展及结局在很大程度上决定于其抗病毒免疫(或炎症)相关基因的多态性。随着对宿主抗HBV免疫应答及病毒致病机理了解的增加,目前人们更加关注与免疫应答有关的细胞因子基因的研究,因为它们的多态性可能对HBV感染的病程和结局产生重要影响。广西是我国原发性肝癌高发区,同时也是我国壮族人群最大的聚集地。肝癌的发病率存在种族的差异,需要从基因水平进一步地阐明。而在对一些致病基因的多态性分布进行研究时,首先了解其在正常人群中的分布特点是正确分析基因多态性与疾病之间关系的前提条件。由于研究地域、人群等的局限性,目前广西地区壮族和汉族人群的肝癌相关性细胞因子基因多态性的遗传学数据非常少。大量研究证据表明,TNF-α、白细胞介素-1B、白细胞介素-12B、转化生长因子β1等细胞因子与肝癌发生、发展密切相关。为了验证上述假设,我们开展了以医院为基础的分子流行病学研究。研究一共分为两部分。第一部分对广西200例壮族和232例汉族人群进行肝癌相关的4个细胞因子(TNF-α、白细胞介素-1B、白细胞介素-12B、转化生长因子β1)基因多态性的分析,以取得广西地区壮族和汉族人群相应的群体遗传学数据,为广西壮族和汉族肝细胞肝癌的基因遗传背景提供理论依据和分子生物学基础。第二部分研究是在广西地区开展的病例对照研究(772例原发性肝细胞肝癌患者和852例非肿瘤对照者),重点探讨细胞因子TNF-α、白细胞介素-1B、白细胞介素-12B、转化生长因子β1基因多态性与原发性肝细胞肝癌易感性的关系。广西地区壮、汉族人群细胞因子基因多态性分析目的:对广西壮族和汉族人群进行与肝细胞肝癌相关的4个细胞因子(TNF-α、白细胞介素-1B、白细胞介素-12B、转化生长因子β1)基因多态性的分析,以取得广西地区壮族和汉族人群相应的群体遗传学数据。方法:采用以医院为基础的流行病学调查方法。全部研究对象均来自于2007年6月~2010年6月在广西医科大学第一附属医院和广西中医学院第一附属医院、广西303医院、柳州市第一人民医院就诊住院的外伤患者,且相互间无血缘关系。随机选择父母、祖父母及外祖父母均在广西地区居住的壮族人200名,汉族人232名。排除肝脏、肾脏、内分泌和心脑血管疾病,无肿瘤病史和临床特征,无遗传疾病和传染性疾病。采用统一的调查表,由经过专门培训的调查员对研究对象进行调查。调查内容包括:一般人口学资料、生活方式、既往病史、家族史等相关指标,并由受试者本人提供外周血2ml,用于基因组DNA提取。应用TaqMan MGB实时荧光定量PCR技术对TNF-αrs1799964、TNF-αrs1800629、TNF-αrs1800630、IL-1B rs1143623、IL-1B rs1143627、IL-1B rs16944、IL-12B rs3212227、TGFβ1 rs1800469共8个SNP位点进行基因分型。样本均数的比较采用t检验,计数资料的比较采用χ2检验或确切概率法。所用统计软件为SPSS13.00 for windows。应用SHEsis软件进行Hardy-Weinberg遗传平衡吻合度检验、单倍型频率计算以及连锁不平衡检验。结果:(1)研究对象人口学特征:壮族组和汉族组在性别、年龄上匹配,无统计学差异(P > 0.05)。(2)基因型分布的Hardy-Weinberg平衡检测:应用SHEsis软件分别对壮族人群及汉族人群的8个功能性SNP位点基因分型结果进行了Hardy-Weinberg平衡检验。结果显示所有基因型的观察值较好地与理论值吻合(P>0.05),表明本次实验样本具有群体代表性。(3)细胞因子各基因多态位点基因型构成和等位基因频率比较:基因分型分析结果显示: TNF-αrs1799964、TNF-αrs1800629、TNF-αrs1800630、IL-1B rs1143623、IL-1B rs1143627、IL-1B rs16944、IL-12B rs3212227、TGFβ1 rs1800469位点的突变等位基因频率在壮族组中分别为20.20%、9.80%,20.50%、45.80%、49.00%、50.20%、47.20%,在汉族组中的分布分别为21.60%、9.10%、22.40%、45.90%、49.10%、48.30%、47.40%,经χ2检验,7个位点的等位基因频率在壮族组和汉族组间的分布差异均无统计学意义(P>0.05)。TNF-αrs1799964、TNF-αrs1800629、TNF-αrs1800630、IL-1B rs1143623、IL-1B rs1143627、IL-1B rs16944、IL-12B rs3212227等7个位点的各基因型在壮族组和汉族组间分布差异均无统计学意义(P>0.05)。TGFβ1 rs1800469位点C和T等位基因频率在壮族组中分别为67.20%和32.80%,在汉族组中分别为59.30%和40.70%,经χ2检验,两组比较差异有统计学意义(P<0.05)。TGFβ1 rs1800469位点三种基因型CC、CT、TT在壮族组的分布频率分别为44.00%、46.50%、9.50%,在汉族组的分布频率分别为36.21%、46.12%、17.67%,χ2检验结果显示,两组比较差异有统计学意义(P<0.05),壮族组携带rs1800469位点野生纯合子CC基因型者较多,汉族组携带rs1800469位点突变纯合子TT基因型者较多。(4)细胞因子TNF-α及IL-1B多态位点的连锁不平衡检验:应用SHEsis软件分别对壮、汉族组的TNF-α3个SNP位点和IL-1B 3个SNP位点进行连锁不平衡检验。结果显示,壮族组和汉族组TNF-α3个SNP位点间、IL-1B 3个SNP位点间均存在强连锁不平衡。(5)细胞因子TNF-α及IL-1B的单倍型分析:用SHEsis软件分别对壮、汉族组的细胞因子TNF-α及IL-1B基因进行单倍型分析。TNF-α基因rs1799964、rs1800630、rs1800629三个位点组成的C A G、T C A和T C G单倍型是壮、汉族组中最常见单倍型;IL-1B基因rs1143623、rs16944、rs1143627三个位点组成的C C T、G C T和G T C单倍型是壮、汉族组中最常见单倍型,但所有估计的单倍型频率分布在壮族组和汉族组间差异无统计学意义(P>0.05)。结论:(1)TGFβ1 rs1800469位点C和T等位基因在壮族和汉族组中的分布频率存在显着差异。TGFβ1 rs1800469位点三种基因型CC、CT、TT在壮族组和汉族的分布频率也存在显着差异(P<0.05),壮族组携带rs1800469位点野生纯合子CC基因型者较多,汉族组携带rs1800469位点突变纯合子TT基因型者较多。(2)TNF-αrs1799964、TNF-αrs1800630、TNF-αrs1800629三个多态位点之间存在连锁不平衡现象,C A G、T C A和T C G单倍型是壮、汉族组中最常见单倍型。IL-1B rs1143623、IL-1B rs16944、IL-1B rs1143627三个多态位点之间存在连锁不平衡现象,C C T、G C T和G T C单倍型是壮、汉族组中最常见单倍型,但所有估计的单倍型频率分布在壮族组和汉族组间差异无统计学意义。广西地区人群细胞因子基因多态性与肝细胞癌的关联性研究目的:探讨细胞因子TNF-α、白细胞介素-1B、白细胞介素-12B、转化生长因子β1基因多态性对广西人群原发性肝细胞肝癌易感性的影响。方法:采用以医院为基础的病例对照研究方法。所有研究对象均为从2007年6月到2010年6月,来自广西医科大学第一附属医院、附属肿瘤医院、广西中医学院第一附属医院和柳州市人民医院的并同意参与调查、经组织学病理确诊,未接受化疗和放射治疗的原发性肝细胞肝癌新发病例,共收集原发性肝细胞肝癌患者772例;对照组选自同期住院的脊柱骨科、创伤外科、美容整形外科及眼科的非肿瘤患者,按年龄、性别匹配,且与病例来自相同地区并且居住10年以上,共收集对照852例。采用调查问卷收集研究对象的基本情况、既往史、个人史、家族史、饮酒史和吸烟史等。采集研究对象外周血2 ml,采用TaqMan MGB探针等位基因分型技术对TNF-αrs1799964、TNF-αrs1800629、TNF-αrs1800630、IL-1B rs1143623、IL-1B rs1143627、IL-1B rs16944、IL-12B rs3212227、TGFβ1 rs1800469等8个SNP位点进行基因分型。基因分型结果由ABI 7500 Fast System的SDS1.3.1图像分析软件进行自动分型获取。所有数据的统计分析均采用SPSS13.0统计分析软件和SHEsis软件。计数资料的比较采用χ2检验或确切概率法。并以比值比(OR)及其95%可信区间(CI)表示相对危险度。所用统计软件为SPSS13.00 for windows。Hardy-Weinberg遗传平衡吻合度检验、单倍型频率计算以及连锁不平衡检验应用SHEsis软件。结果:(1)研究对象人口学特征:病例组与对照组在年龄、性别、民族上匹配,无统计学差异(P > 0.05)。(2)研究对象的临床资料及饮食行为习惯情况:结果显示,HCVAb分布在病例组和对照组中的差异无统计学意义(P>0.05),乙肝病史、食鱼生、肝癌家族史、吸烟史、饮酒史、HBsAg、HBsAb、HBeAg、HBeAb、HBcAb等的分布频率在病例组和对照组中的差异均有统计学意义(P<0.05)。(3)Hardy-Weinberg平衡吻合度检验:结果表明对照组中各基因型分布均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律,对照组研究对象具有群体代表性。(4)细胞因子各基因多态位点基因型构成和等位基因频率比较:基因分型分析结果显示: TNF-αrs1799964、TNF-αrs1800629、TNF-αrs1800630、IL-1B rs1143623、IL-1B rs1143627、IL-1B rs16944、IL-12B rs3212227、TGFβ1 rs1800469位点的突变等位基因频率在病例组中分别为21.50%、10.43%,20.60%、45.01%、49.09%、49.16%、45.79%、37.44%,在对照组中的分布分别为20.25%、10.45%、18.19%、45.83%、49.00%、49.47%、47.83%、36.38%,经χ2检验,8个位点的等位基因频率在病例组和对照组间的分布差异均无统计学意义(P>0.05)。TNF-αrs1799964、TNF-αrs1800629、IL-1B rs1143623、IL-1B rs1143627、IL-1B rs16944、IL-12B rs3212227、TGFβ1 rs1800469等7个位点的各基因型在病例组和对照组间分布差异均无统计学意义(P>0.05)。TNF-αrs1800630位点三种基因型CC、CA、AA在病例组的分布频率分别为65.67%、27.46%、6.87%,在对照组的分布频率分别为67.02%、29.58%、3.40%,两组比较差异有统计学意义(P<0.05),与携带rs1800630野生纯合子CC基因型者比较,携带AA突变纯合基因型个体罹患HCC的风险是CC基因型的2.058倍(1.289~3.287),差异有统计学意义(P<0.05),可认为TNF-αrs1800630位点多态性与HCC的发生有统计学关联, rs1800630 AA基因型个体患HCC危险性增高, rs1800630 AA突变纯合基因型是HCC的危险基因型。(5)分层分析:按是否有乙肝病史、是否吸烟、是否有HBsAg阳性进行分层,均未能发现与HCC风险增高的基因型;按是否饮酒进行分层,结果显示:仅仅在有饮酒史者中携带TNF-αrs1800630 A等位基因者其罹患HCC的风险是携带TNF-αrs1800630 C等位基因者的1.839倍(P=0.010)。(6)细胞因子TNF-α及IL-1B多态位点的连锁不平衡检验:应用SHEsis软件分别对对照组的TNF-α3个SNP位点和IL-1B 3个SNP位点进行连锁不平衡检验。结果显示,对照组TNF-α3个SNP位点间、IL-1B 3个SNP位点间均存在强连锁不平衡。(7)细胞因子TNF-α及IL-1B的单倍型分析:用SHEsis软件分别对病例组和对照组的细胞因子TNF-α及IL-1B基因进行单倍型分析。TNF-α基因rs1799964、rs1800630、rs1800629三个位点组成的4种常见的单倍型分别为C A G、C C G、T C A和T C G,但所有估计的单倍型频率分布在病例组和对照组间差异无统计学意义(P>0.05)。IL-1B基因rs1143623、rs16944、rs1143627三个位点组成的5种常见的单倍型分别C C T、C T T、G C C、G C T和G T C,其中单倍型C T T和G C C为抗风险性单倍型,其在病例组中的分布频率分别为3.00%、1.90%,在对照组中的分布频率分别为6.50%、5.50%,在病例组和对照组间的分布差异有统计学意义(P分别为3.73e-006和8.02e-008) ,携带C T T单倍型和G C C单倍型的个体罹患HCC的风险仅为携带C C T、G C T和G T C单倍型个体的0.446倍和0.332倍。而G T C为高风险性单倍型,其在病例组中的分布频率为46.70%,在对照组中的分布频率为43.10%,在病例组和对照组间的分布差异有统计学意义(P=0.034),携带G T C单倍型的个体罹患HCC的风险为携带其余单倍型个体的1.162倍。结论:(1)TNF-αrs1800630位点AA突变纯合基因型是广西HCC发生的危险基因型,携带AA突变纯合基因型个体罹患HCC的风险是CC基因型的2.058倍(1.289~3.287)。在有饮酒史者中携带TNF-αrs1800630 A等位基因者其罹患HCC的风险是携带TNF-αrs1800630 C等位基因者的1.839倍(P=0.010)。(2)有乙肝病史、食鱼生、肝癌家族史、吸烟史、饮酒史、HBsAg阳性、携带TNF-αrs1800630位点AA基因型是广西HCC的危险因素。(3)TNF-αrs1799964、TNF-αrs1800630、TNF-αrs1800629三个多态位点之间存在连锁不平衡现象,C A G、C C G、T C A和T C G单倍型是最常见单倍型。IL-1B rs1143623、IL-1B rs16944、IL-1B rs1143627三个多态位点之间存在连锁不平衡现象,C C T、C T T、G C C、G C T和G T C单倍型是最常见单倍型,其中单倍型C T T和G C C为抗风险性单倍型,携带C T T单倍型和G C C单倍型的个体罹患HCC的风险仅为携带C C T、G C T和G T C单倍型个体的0.446倍和0.332倍。而G T C为高风险性单倍型,携带G T C单倍型的个体罹患HCC的风险为携带其余单倍型个体的1.162倍。
张焜和[9](2009)在《多位点基因多态性分析与乙肝肝硬化风险的分子预测》文中进行了进一步梳理背景与目的:乙肝肝硬化一般不可逆转,应重在预防。慢性乙肝病毒(HBV)感染者只有少数发展为肝硬化,多数可长期处于无症状HBsAg携带状态,因此从中筛选出肝硬化高危个体并实施个体化预防措施,才是经济而有效的乙肝肝硬化预防策略。基于临床危险因素难以定量预测慢性HBV感染者肝硬化发生风险。单核苷酸多态性(SNP)占人类可遗传变异的90%以上,是目前诠释疾病遗传易感性最好的遗传标记,可用于疾病风险的定量预测。遗传背景差异可能是慢性HBV感染者肝硬化发生风险高低的重要原因。乙肝肝硬化属多基因病,必须筛选出一组相关SNP才能有效地判断个体的发病风险。本研究的目的就是对乙肝肝硬化发生过程中各个环节相关的多个基因多态性位点进行分析,探讨它们与肝硬化易感性的关系,同时建立数学模型对慢性HBV感染者的肝硬化发生风险进行个体化的分子定量预测。目前尚未见乙肝肝硬化易感性相关的多位点基因多态性的系统分析及相应的分子预测模型研究报道。方法:本研究采用成组病例对照研究设计方案,病例组为乙肝肝硬化患者,对照组为无症状HBsAg携带者。选择11个基因的17个多态性位点(IL-1A-889C/T、IL-1B+3953C/T和-511C/T、IL-10-592A/C、IFN-γ+874T/A和+2109A/G、TNF-α-308G/A和-238G/A、CD14-159C/T、CTLA-4-318C/T、MEH Tyr113His和-613C/T、GSTM1null/normal、MMP-9-1562C/T、ER1+29T/C、AGT-20A/C和-6A/G)进行分析。采取酚-氯仿法抽提患者血凝块基因组DNA。采用PCR-RFLP或PCR-SSP技术对各基因位点进行基因型分析。计算不同组别的基因型和等位基因频率。单因素和多因素非条件Logistic回归分析观察各基因型和等位基因与乙肝肝硬化发生的相关性及其强度(OR值)。采用多因素Logistic逐步回归分析筛选独立的相关基因型或等位基因,建立乙肝肝硬化发生风险的分子预测模型,并对模型的预测效率进行评价。结果:共有323例患者入选本研究,男226例,女97例,平均年龄51岁。乙肝肝硬化组168例,HBsAg携带组155例。两组间各年龄段例数构成比以及按性别分层统计的两组间各年龄段例数构成比的差异均无统计学意义(P=0.1430.241)。基因多态性与乙肝肝硬化易感性的研究结果如下:(1)基于总样本的单因素分析显示,IFN-γ+874T/A多态位点与乙肝肝硬化易感性相关,其中TT是保护基因型(OR=0.55,P=0.039),TA是易感基因型(OR=1.93,P=0.025),A是易感等位基因(OR=1.82,P=0.036);IL-10-592A/C多态位点与乙肝肝硬化易感性弱相关(P=0.0570.077),其他多态位点无关(P>0.1)。多因素分析显示ER1+29TC为易感基因型(OR=2.00,P=0.024),ER1+29T等位基因、AGT-20AA基因型和C等位基因与乙肝肝硬化弱相关(P=0.0590.072)。(2)基于男性样本的单因素分析显示,IL-10-592A/C位点与男性乙肝肝硬化相关,其中AC是易感基因型(OR=1.86, P=0.042),AA基因型和C等位基因与肝硬化弱相关(P=0.076);IFN-γ+874T/A位点TA基因型也与男性乙肝肝硬化弱相关(P=0.074);其他多态位点无关(P>0.1)。多因素分析显示IL-10-592A/C位点的AC基因型(OR=3.79,P=0.002)或A等位基因(OR=3.70,P=0.049)、C等位基因(OR=3.70,P=0.049)均为危险因素。(3)基于女性样本的单因素分析显示,ER1+29T/C多态位点与女性乙肝肝硬化易感性相关,其中TC为易感基因型(OR=3.28,P=0.006),T为易感等位基因(OR=3.10,P=0.013),CC为保护基因型(OR=0.32,P=0.013);IL-1B+3953C/T位点和MEH-613C/T位点与女性乙肝肝硬化易感性弱相关(P=0.076-0.089),其他多态位点无关(P>0.1)。多因素分析显示危险基因型和等位基因有ER1+29 TC基因型(OR=5.33,P=0.019)或T等位基因(OR=7.63,P=0.017)、CTLA-4-318CT基因型(OR=8.84,P=0.017)或T等位基因(OR=6.33,P=0.031)、IFN-γ+2109 AA基因型(OR=4.38,P=0.032),保护性基因型或等位基因有IL-1B+3593 CT基因型(OR=0.076,P=0.036)或T等位基因(OR=0061,P=0.026)、IFN-γ+2109 G等位基因(OR=0.174,P=0.012)。(4)基于男女混合样本、男性样本和女性样本的基因多态性检测数据,能分别建立起3个相应的乙肝肝硬化风险预测模型。3个模型对各自的建模病人的预测准确率分别为70.1%、69.3%和79.4%,对各自对应的全部病人的预测准确率分别为67.1%、67.5%和77.9%。以各模型对所对应的全部病人的预测概率值绘制ROC曲线,曲线下面积分别为0.692、0.670和0.813。结论:根据上述研究结果得出结论如下:(1)所检测的多个基因多态性位点中,只有少数与慢性HBV感染者肝硬化易感性有关,多数关联不强或不相关;(2)与乙肝肝硬化相关的基因多态性主要集中在免疫相关基因和雌激素受体α基因,尤其是细胞因子基因;(3)男性与女性患者乙肝肝硬化易感性相关基因多态性位点有所不同,男性主要涉及细胞因子基因,女性患者除细胞因子基因外,还涉及雌激素受体α和细胞免疫相关基因;(4)女性患者的乙肝肝硬化与遗传变异的相关性强于男性患者,更多的基因多态性位点与女性患者相关,提示男性乙肝肝硬化的预防应该更重视环境因素控制,而女性乙肝肝硬化的预防应该更重视遗传因素的影响。(5)基于不同的基因多态性数据(混合样本、男性样本和女性样本),均能建立起有意义的乙肝肝硬化风险预测模型,女性患者的预测模型的预测效率良好,优于男性和不分性别的预测模型。
王伟林[10](2006)在《基因多态性对中国肝移植受体预后的影响》文中提出【前言】普乐可复(FK506,Tacrolimus)是一种新型的钙调磷酸酶(Calcineurin)抑制剂,临床研究已证实其在预防实体器官移植后急性排斥反应的发生中有卓越的效果,但是有效治疗剂量范围较窄和药物体内动力学变化大是限制其最大限度发挥疗效的障碍。近来的研究都纷纷把研究重点放在了造成钙调蛋白抑制剂个体间效果差异上来。已有研究证明,P-糖蛋白(PGP1)的生物活性对药物的个体间差异有明显的影响。PGP1是MDR1基因的编码产物,其作为一种转运蛋白可以将其作用底物从细胞膜的胞浆面泵出至细胞外,这些底物包括多种内源性代谢产物以及各种药物,而普乐可复就是其底物之一。PGP1主要分布于肝脏、肾脏以及小肠中,小肠中的PGP1主要位于成熟肠粘膜的凸向肠腔的顶端,其通过将外源性物质主动从细胞内转运至肠腔来减少肠道对这些物质的吸收。有研究证明,造成钙调蛋白抑制剂药物动力学的个体间差异的主要原因在于PGP1的蛋白活性的个体间不同。而MDR1基因(ABCB1)第3435位点(第26外显子内)的核苷酸由C突变为T将明显降低PGP1蛋白的表达。由此推测这种单核苷酸多态性可能解释了造成普乐可复个体间药动学存在较大差异的部分原因,也可能影响了此类药物口服后的吸收。【目的】探讨肝移植供受体多药耐药基因1(multidrug resistance gene 1,MDR1)(ABCB1)3435位点多态性对受体服用普乐可复(FK506,Tacrolimus)剂量和血药浓度个体差异间的关系。【方法】选择2004年7月至2005年3月在我院接受原位肝移植术患者50例,监测口服普乐可复肝移植受体的体重、服药剂量、全血药谷浓度,在服药后1周、2周和1月设置统计检测时间点。取供体和受体外周血、病肝或脾脏标本,提取基因组DNA,PCR扩增MDR1基因,用限制性位点多态性分析(Restriction site Polymorphism,RSP)的方法检测供受体MDR1第3435位C/T基因型,同时用DNA直接测序法检测MDR1 3435位点基因型,验证PCR-限制性位点多态性分析结果。计算每日每公斤体重的FK506用量、血药浓度与每日每公斤体重的FK506用量的比值,以此对供受体MDR1基因型与受体用药间的关系进行分析。【结果】在50例受体中,MDR1基因第3435位点CC基因型、CT基因型和TT基因型各有8例(16%)、35例(70%)和7例(14%)。50例供体中有CC型15(30%)例,CT型29(58%)例,TT型6(12%)例。供受体MDR1基因型17例不符,而供受体基因型构成比无统计学差异(P>0.05)。在本研究所观察的100例人群中,MDR1第3435位点CC型、CT型和TT型各占23%、64%和13%。为维持受体术后的目标血药浓度水平,其服用FK506的剂量存在较大的个体间差异,肝移植受体在服用FK506 1周、2周和1月时,FK506口服用药剂量分别为0.014~0.175mg/kg/d、0.017~0.182mg/kg/d、0.022~0.179mg/kg/d。MDR1CC基因型受体在术后1周、2周和1月时,每日每公斤体重的FK506用量均明显高于CT和TT基因型受体,前者血药谷浓度与每日每公斤体重的FK506用量的比值均显着低于后两者。供体MDR1基因型对这些指标无明显影响。【结论】1.肝移植术后要维持一定的血药浓度,FK506口服需药剂量在个体之间存在极大差异。2.个体之间FK506口服需药量的这种差异与其MDR1的遗传多态性密切相关。3.受体MDR1基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)较供体对这种差异的影响更大。检测受体的MDR1基因多态性对预测个体的FK506给药剂量有参考意义。【前言】随着免疫抑制治疗及预防原发病复发治疗的方案不断发展,近十年来肝移植存活率及术后生存率得到明显提高。但是,术后移植物失功仍较常见,文献报道第一年出现移植肝失功的比例大约为13%,而五年内达到35%。而出现这种情况最主要的两种原因仍然是免疫相关的移植物急、慢性排斥反应及肝脏原发疾病(在中国主要为乙型肝炎和肝癌)的复发。免疫反应的发生、发展与人体内环境的改变密切相关,而免疫活性细胞及间质细胞分泌的细胞因子决定了内环境的进一步发展。细胞因子网络在患者移植后的免疫环境中起了很大的作用,所以它们与移植后排斥反应的发生及原发病的复发等并发症息息相关。细胞因子在调节免疫反应中起了很大的作用,而且其表达量的轻微改变是乎就可以导致不同的反应结果。细胞因子的产量主要由基因控制,而其基因型在遗传上存在多态性,所以其合成量及水平存在很大的个体差异。例如,有研究显示TNF-α在启动子位置-308位点稀有碱基(G>A)的出现可以影响其转录水平增加6至7倍。然而,IL-10-1082位G到A的突变会减少IL-10的产量。人体内的各种免疫反应或者排斥反应的发生肯定受到个人由于基因多态性造成的细胞因子产物量不同影响。目前有很多中心报道了关于细胞因子多态性与肝移植后急性排斥反应的关系,但是结果很不一致,而且此些研究主要集中高加索人种。国外有研究报道TNF-α、IL-10等细胞因子基因多态性与肝移植后丙肝复发相关,但未见与乙肝复发关系的研究报道。明确细胞因子基因多态性与肝移植后急性排斥反应和乙肝复发的关系,可制定免疫抑制剂及预防乙肝复发治疗的个体化用药方案。为此,本研究欲检测国外研究比较热,争议也比较多的三个细胞因子,TNF-α,IL-10,和TGF-β1的基因多态性,明确其与中国肝移植患者预后的关系。【目的】本研究的目的为明确细胞因子基因多态性与中国人肝移植后急性排斥反应及乙肝复发的关系,寻找可以预测肝移植预后的基因标记,为以后制定个性化的免疫抑制及预防乙肝复发方案提供指导。【方法】随访2004年1月至2005年12月在本中心接受肝移植合并乙肝相关性疾病的患者186例,其中男性165例,女性21例,平均年龄46±9岁(19-67岁)。术后免疫抑制剂采用以环孢霉素(CSA)或他克莫司(FK506)为主的三联方案;预防乙肝复发采用乙肝免疫球蛋白(HBIG)+拉米呋啶方案。术后对临床表现、实验室检查提示可能发生排斥反应的患者,常规B超引导下行肝穿刺活检,进行病理检查,根据病理结果诊断急性排斥反应。术后复查乙肝三系,血清中HBsAg再次阳性定义为乙肝复发。提取入选患者肝脏或者外周血中DNA,经PCR扩增后采用ABI公司的BigDye3.1试剂盒测序,用Polyphred分析基因组α-肿瘤坏死因子(TNF-α)(-308/-238),IL-10启动子(-1082/-819/-592),和β1-转化生长因子(TGF-β1)(-988/-800/-509/+869/+915)的基因多态性。为验证DNA直接测序结果的可靠性,实验随机提取60例样本对IL-10基因-819位点进行PCR-限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)法分析该位点多态性与直接测序进行对比。x2(卡方)检验比较在急性排斥反应组和无急性排斥反应组及乙肝复发组和无复发组中的基因型分布,P<0.05表示差异有显着性。【结果】本组186例肝移植患者中,随访得到41例至少发生一次急性排斥反应,急性排斥反应发生率为22%。乙肝复发29例,乙肝总体复发率为15.6%。本研究人群中未检测到TNF-α-308AA/-238AA及IL-10-1082GG等细胞因子高分泌基因型。TNF-α-308GA/-238GA及IL-10-1082GA在急性排斥反应组的分布比例分别为14.6%、2.4%及12.2%,在无急性排斥反应组中的分布比例为10.3%、3.4%及11.7%,在两组中各基因型分布无显着性差异(P>0.05)。在乙肝复发组中TNF-α-308GA/-238GA及IL-10-1082GA基因型分布比例分别为20.7%、6.9%及20.7%,而在无复发组中的分布比例为9.6%、2.6%及10.2%,两者也无显着性差异(P>0.05)。IL-10-819/-592两单核苷酸位点呈完全连锁不平衡,其纯合突变(CC/CC)在人群中较少见(8%)。IL-10-819/-592不同基因型在急性排斥反应组与无急性排斥反应组分布比例分别为TT(AA)31.7%与44.8%,TC(AC)51.2%与49.7%,CC(CC)17.1%与5.5%,两组间TT(AA)与TC+CC(AC+CC)分布无显着性差别(P>0.05)。在乙肝复发组与无复发组,TT(AA)44.8%与41.4%,TC(AC)44.8%与51.0%,CC(CC)10.4%与7.6%,两组间分布比例也无显着性差别(P>0.05)。本研究人群中未发现TGF-β1-988/-800/+915位点单核苷酸多态性。TGF-β1-509TT/TC/CC在急性排斥反应组与无排斥组中的分布分别为24.4%与27.6%、61.0%与53.8%、14.6%与18.6%;TGF-β1+869CC/CT/TT在急性排斥反应组与无排斥组中的分布比率分别为24.4%与28.3%、53.7%与40.7%,21.9%与31.0%,两基因型在两组中分布无显着性差异(P>0.05)。TGF-β1-509TT/TC/CC在乙肝复发组与无复发组中的分布比率分别为27.6%与26.8%、44.8%与57.3%、27.6%与15.9%;TGF-β1+869CC/CT/TT在乙肝复发组与无复发组中的分布比率分别为31.0%与26.7%、31.0%与45.9%、38.0%与27.4%,两基因型在两组中分布也无显着性差异(P>0.05)。TGF-β1-509/+869两单核苷酸位点呈连锁不平衡。【结论】1.细胞因子TNF-α,IL-10,及TGF-β1的基因多态性与中国人肝移植后排斥反应无明显相关性。2.细胞因子TNF-α,IL-10,及TGF-β1的基因多态性与中国人肝移植后乙肝复发亦无明显相关性。3.在中国人中细胞因子TNF-α-308AA/-238AA及IL-10-1082GG等高分泌基因型极少见。4.TGF-β1-988/-800/+915的单核苷酸多态性在中国人中也极少见。【前言】乙肝免疫球蛋白(HBIG)对于乙肝相关肝移植受体术后乙肝复发有明显的抑制作用,但是临床研究发现,乙肝相关性肝病患者肝移植后使用相同的药物(拉米呋啶+HBIG)预防乙肝治疗后,仍有部分患者复发了乙肝,提示乙肝相关肝移植受体对于HBIG治疗的敏感性可能存在个体差异。HBIG作为IgG抗体的一种,其在体内通过与Fc受体结合后发挥抗乙肝病毒的疗效。研究显示人白细胞表面FcγRⅢ(CD16)与ADCC(antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity)过程有密切关系,而其中的FcRⅢ-A是NK细胞和单核细胞表面跨膜受体,其主要作用是结合IgG,其编码基因FCGR3A第559位点具有单核苷酸多态性(T/G),不同的等位基因分别编码氨基酸序列158位的苯丙氨酸(F)或缬氨酸(V),研究显示FcγRⅢa-158V比FcγRⅢa-158F可以结合更多的IgG1和IgG3。而HBIG是IgG的一种,因而推测HBIG必然会受到FcR基因多态性的影响,从而抑制乙肝复发的效果。【目的】本研究通过检测因乙肝相关性肝病行肝移植患者的FCGR3A基因多态性,研究其人群分布特点,并分析其对HBIG临床应用效果的影响,探索FCGR3A基因多态性T/G与肝移植患者预后的关系,为更好地指导临床用药及判断预后提供参考。【方法】随访浙江大学附属第一医院肝移植中心2004年1月至2005年11月间术前诊断为乙肝相关性肝病(暴发性肝炎,急慢性重症肝炎,乙肝肝硬化,乙肝后肝癌等)施行肝移植,术后使用HBIG预防乙肝复发治疗,且存活时间大于1年的患者共77例。提取入选患者的DNA,经PCR扩增后采用ABI公司的BigDye3.1试剂盒对77例患者的FCGR3A基因型进行测序,用Polyphred分析其559核苷酸位点(T/G)的单核苷酸多态性,x2(卡方)检验比较在乙肝复发组及无复发组中的基因型频率,Kaplan-Meier法检验比较基因型不同组间乙肝无复发累计生存率,进而分析FCGR3A基因第559位单核苷酸多态性与乙肝复发的关系。P<0.05认为差异统计学上有显着性意义。【结果】本组77例肝移植受体(其中男性70例,女性7例),平均年龄45.2±8.1岁,平均随访时间623±169天(360—996天),乙肝复发16例。术后乙肝1年和2年复发率分别为14.3%和18.2%,复发时间从4天到627天(中位复发时间231天)。基因测序发现FCGR3A基因型TT 35例(45.4%),TG 31例(40.3%),GG 11例(14.3%)。559G基因携带组(基因型为TG或GG)42例(54.5%),乙肝复发率为9.5%,1年和2年无复发累计生存率分别为95.2%和88.7%;559G基因未携带组(基因型为TT)35例(45.5%),乙肝复发率为28.6%,1年和2年无复发累计生存率分别为74.3%和69.3%。x2检验示559G基因携带组和未携带组之间乙肝复发率有显着性差异(P<0.05),Kaplan-Meier检验示两组肝移植术后无复发累计生存时间有显着性差异(P<0.05)。【结论】1.中国人FCGR3A基因559位点存在单核苷酸多态性,且此突变在人群中较常见。2.HBIG预防中国乙肝相关肝移植受体术后乙肝复发的效果受FCGR3A基因559位点单核苷酸多态性影响。3.检测FCGR3A基因多态性对HBIG个性化用药有参考意义。
二、TGF-β1启动子基因多态性与中国人自身免疫性肝病的相关性研究(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、TGF-β1启动子基因多态性与中国人自身免疫性肝病的相关性研究(论文提纲范文)
(1)IL-17基因多态性与原发性胆汁性胆管炎易感相关性研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
中英文缩略词表 |
第1章 引言 |
第2章 实验材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 PBC患者和健康对照组全血血清标本收集及保存 |
2.1.2 实验材料 |
2.1.3 实验仪器 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 流式细胞技术检测血清中细胞因子表达水平 |
2.2.2 酶联免疫吸附法 |
2.2.3 PBC组和健康对照组全血DNA的提取 |
2.2.4 提取 DNA 浓度及纯度测定 |
2.2.5 PCR扩增IL-17多态性位点目的基因 |
2.2.6 琼脂糖凝胶电泳 |
2.2.7 目的DNA产物回收与纯化 |
2.2.8 限制性核酸内切酶(RFLP)检测IL-17基因位点多态性 |
2.2.9 Sanger测序检测IL-17 基因位点多态性 |
2.3 统计学方法 |
第3章 实验结果 |
3.1 PBC组和健康对照组临床基本特征 |
3.2 流式细胞仪检测多项细胞因子表达 |
3.3 PBC组细胞因子表达Pearson相关性分析 |
3.4 PBC组和健康对照组IL-17相关SNPs位点判断 |
3.5 PBC组和健康对照组IL-17 SNPs位点突变和基因型分析 |
3.6 PBC组生化指标、细胞因子在IL-17不同基因型表达 |
第4章 讨论 |
第5章 结论 |
致谢 |
参考文献 |
攻读学位期间的研究成果 |
综述 IL-17/Th17在原发性胆汁性胆管炎中研究进展 |
References |
(2)IL-2/STAT5及IL-6/STAT3在慢性乙型肝炎患者外周血中的表达及其对Th17/Treg平衡的影响(论文提纲范文)
缩略词表 |
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
研究对象与方法 |
结果 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
综述 JAK-STAT信号通路在HBV感染及致病过程中的作用 |
参考文献 |
攻读学位期间获得的学术成果 |
致谢 |
(3)S100A6在原发性胆汁性胆管炎肝内胆管上皮细胞损伤中的作用机制(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
英文缩略语 |
第一部分:原发性胆汁性胆管炎生物信息学分析及胆管上皮细胞靶基因蛋白表达验证 |
1 前言 |
2 材料和方法 |
2.1 主要试剂和仪器 |
2.1.1 主要试剂 |
2.1.2 主要仪器 |
2.2 研究对象和分组 |
2.2.1 PBC患者及健康对照 |
2.2.2 BDL小鼠模型 |
2.3 方法 |
2.3.1 PBC患者肝脏组织生物信息学分析 |
2.3.2 BDL小鼠模型胆管上皮细胞差异基因的筛选 |
2.3.3 BDL小鼠模型的建立 |
2.3.4 小鼠肝组织HE和Masson染色 |
2.3.5 小鼠肝内胆管细胞免疫荧光双标记 |
2.3.6 统计学分析 |
3 结果 |
3.1 PBC患者肝脏组织生物信息学分析 |
3.1.1 PBC患者肝脏组织差异基因的鉴定 |
3.1.2 GO富集分析 |
3.1.3 通路分析 |
3.1.4 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 |
3.1.5 PBC关键基因和转录因子分析 |
3.2 胆汁淤积小鼠模型胆管上皮细胞差异基因筛选 |
3.3 BDL小鼠模型的建立及差异基因的鉴定 |
3.3.1 BDL组小鼠肝脏组织病理学大体改变 |
3.3.2 BDL小鼠肝脏HE染色 |
3.3.3 BDL小鼠肝脏Masson染色 |
3.3.4 BDL小鼠肝内胆管上皮细胞免疫荧光双标记 |
4 讨论 |
5 结论 |
第二部分:ESR1/S100A6信号促进人肝内胆管上皮细胞凋亡并抑制细胞增殖 |
1 前言 |
2 材料和方法 |
2.1 主要试剂和仪器 |
2.1.1 主要试剂 |
2.1.2 主要仪器 |
2.2 研究对象和分组 |
2.3 方法 |
2.3.1 生物信息学分析 |
2.3.2 逆转录扩增及荧光实时定量PCR |
2.3.3 人肝内胆管上皮细胞的复苏和培养 |
2.3.4 GCDC处理人肝内胆管上皮细胞时间和浓度筛选 |
2.3.5 人肝内胆管上皮细胞鉴定 |
2.3.6 细胞总RNA提取 |
2.3.7 质粒抽提 |
2.3.8 细胞转染 |
2.3.9 构建pGL3 basic-S100A6启动子质粒和突变体 |
2.3.10 双荧光素酶报告基因实验 |
2.3.11 细胞总蛋白提取及定量(BCA法) |
2.3.12 Western Blotting |
2.3.13 流式细胞仪凋亡检测 |
2.3.14 细胞增殖实验(CCK8) |
2.3.15 统计学方法 |
3 结果 |
3.1 GCDC处理人肝内胆管上皮细胞时间和浓度筛选 |
3.2 免疫组化法鉴定人胆管上皮细胞 |
3.3 S100A6对人胆管上皮细胞功能的影响 |
3.3.1 S100A6在人肝内胆管细胞中表达分析 |
3.3.2 S100A6在人肝内胆管上皮细胞系中干扰效率分析 |
3.3.3 S100A6对PBC凋亡小体中PDC-E2蛋白表达的影响 |
3.3.4 S100A6抑制人肝内胆管上皮细胞增殖 |
3.3.5 S100A6促进人肝内胆管上皮细胞凋亡水平 |
3.4 转录因子ESR1 与S100A6启动子相互作用的验证 |
3.4.1 转录因子ESR1在HiBECs中干扰效率分析 |
3.4.2 转录因子ESR1对HiBECs中S100A6和PDC-E2表达的影响 |
3.4.3 双荧光素酶报告基因验证转录因子ESR1对S100A6启动子激活作用 |
3.5 转录因子ESR1通过激活S100A6启动子促进HIBECS凋亡、抑制细胞增殖 |
4 讨论 |
5 结论 |
第三部分:血浆S100A6及其相关lncRNAs作为PBC诊断和分期生物标志物的分析 |
1 前言 |
2 材料和方法 |
2.1 主要试剂和仪器 |
2.1.1 主要试剂 |
2.1.2 主要仪器 |
2.2 研究对象 |
2.2.1 PBC患者及健康对照者 |
2.2.2 细胞系 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 生物信息学分析 |
2.3.2 血浆S100A6和lncRNAs作为PBC诊断和分期生物标志物的实验设计 |
2.3.3 逆转录扩增及荧光实时定量PCR |
2.3.4 细胞总RNA提取 |
2.3.5 统计学方法 |
3 结果 |
3.1 PBC患者与健康对照者一般情况比较分析 |
3.2 PBC患者与健康对照者血浆S100A6MRNA和LNCRNAS的差异表达 |
3.3 PBC不同分期血浆S100A6MRNA和LNCRNAS表达水平的比较分析 |
3.4 PBC患者血浆S100A6和LNCRNAS的诊断及分期价值 |
3.5 血浆S100A6和LNCRNAS与临床血清学指标相关性分析 |
3.6 治疗前后生物标志物表达水平比较 |
3.7 PBC患者LINC00472高低水平组差异比较 |
3.8 血浆S100A6和LNCRNAS诊断和分期价值的验证 |
3.9 PBC患者及健康对照者血浆中ESR1 MRNA相对表达水平 |
3.9.1 PBC患者与健康对照者ESR1 mRNA表达水平的差异 |
3.9.2 PBC患者血浆中ESR1 mRNA与S100A6mRNA表达水平相关性分析 |
3.10 S100A6和LNCRNAS在HIBECS中表达分析 |
4 讨论 |
5 结论 |
本研究创新性的自我评价 |
参考文献 |
综述 原发性胆汁性胆管炎胆管上皮细胞损伤机制的研究进展 |
参考文献 |
攻读学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
个人简历 |
(4)系统性硬化症患者中TGF-β1基因多态性及其mRNA水平与lncRNA的相关性研究(论文提纲范文)
中英文缩略词 |
中文摘要 1 |
英文摘要 1 |
中文摘要 2 |
Abstract 2 |
研究一 TGF-β1 基因单核苷酸多态性与系统性硬化症的关联性研究 |
1.前言 |
2.材料与方法 |
2.1 研究设计 |
2.2 研究对象选择 |
2.3 流行病学资料和血样收集 |
2.4 SNP位点的选择及分型原理 |
2.5 实验方法和操作步骤 |
2.6 质量控制 |
2.7 统计分析 |
3.结果 |
3.1 研究对象基本特征 |
3.2 MAF 和 HWE 遗传平衡 |
3.3 TGF-β1 基因多态性与SSc遗传易感性 |
3.4 TGF-β1 基因多态性与SSc患者临床表现的关联分析 |
3.5 连锁不平衡及单倍型分析 |
3.6 TGF-β1 基因位点的检验效能 |
4.讨论 |
5.结论 |
6.参考文献 |
研究二 系统性硬化症患者中lncRNAs与 TGF-β1mRNA的相关性研究 |
1.前言 |
2.材料与方法 |
2.1 研究设计 |
2.2 研究对象 |
2.3 流行病学资料和血样收集 |
2.4 实验方法和操作步骤 |
2.5 质量控制 |
2.6 统计分析 |
3.结果 |
3.1 研究对象基本特征 |
3.2 扩增曲线和熔解曲线 |
3.3 两组PBMC中 lncRNAs和 TGF-β1mRNA表达水平的比较 |
3.4 lncRNAs和 TGF-β1mRNA表达水平与临床特征的关联分析 |
3.5 lncRNAs 表达与 TGF-β1 mRNA的相关性分析 |
4.讨论 |
5.结论 |
6.参考文献 |
附录 个人简历 |
致谢 |
综述 lncRNAs调控TGF-β在纤维化疾病中的研究进展 |
参考文献 |
(5)STAT4基因多态性通过调控CYP2E1参与肝癌发生发展(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
中英文缩略词表 |
引言 |
参考文献 |
第一部分 STAT4 基因多态性对HCC易感性及预后的影响 |
1 前言 |
2 材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.2 研究对象 |
2.3 标本采集 |
2.4 实验方法 |
2.5 统计学方法 |
3 结果 |
3.1 STAT4 基因多态性与HCC易感性研究 |
3.2 STAT4 基因多态性对HCC患者预后的影响 |
3.3 STAT4 基因多态性联合预后风险因素对HCC患者预后的影响 |
3.4 STAT4 基因多态性对亚组HCC患者预后的影响 |
4 讨论 |
参考文献 |
第二部分 STAT4 调控CYP2E1 参与肝癌发生发展的机制初步探讨 |
1 前言 |
2 材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.2 肝组织标本的收集 |
2.3 实验方法 |
2.4 统计学分析 |
3 结果 |
3.1 STAT4 含量与CYP2E1 之间的关系研究 |
3.2 STAT4 si RNA时 L02、Hep G2 细胞的转染率 |
3.3 STAT4、CYP2E1在L02和Hep G2 细胞的表达 |
3.4 荧光显微镜观察细胞的凋亡形态学变化 |
3.5 细胞的凋亡 |
3.6 细胞生长周期 |
3.7 Transwell实验检测迁移及侵袭 |
3.8 双荧光素酶报告基因检测STAT4 调节CYP2E1 启动子区域 |
4 讨论 |
参考文献 |
第三部分 基于蛋白质组学探究STAT4 调控CYP2E1 参与肝癌发生发展 |
1 前言 |
2 材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.2 实验方法 |
2.3 统计学分析 |
3 结果 |
3.1 STAT4与HCC蛋白质组学的研究 |
3.2 FGL2与CYP2E1 代谢活性的相关性 |
3.3 FGL2在H22细胞原位移植瘤肝组织的表达 |
3.4 cyp2e1 基因敲除鼠PCR鉴定 |
3.5 CYP2E1 调节FGL2 的表达 |
4 讨论 |
参考文献 |
综述 肝癌机制的研究进展 |
1 炎症 |
2 免疫 |
3 基因多态性 |
4 细胞信号与转录激活因子 |
5 细胞色素P450代谢酶 |
6 微环境 |
7 其他代谢 |
展望 |
参考文献 |
个人简历、博士期间发表论文 |
致谢 |
(6)非酒精性脂肪性肝病的遗传与表观遗传学研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
中英文缩略语 |
绪论 |
第一部分 非酒精性脂肪性肝病的遗传学研究 |
引言 |
第一章 载脂蛋白C3(APOC3)基因多态性与非酒精性脂肪性肝病的相关性 |
前言 |
1 对象、材料和方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
第二章 过氧化酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子1α基因多态性rs8192678 与非酒精性脂肪性肝病的相关性研究 |
前言 |
1 对象、材料和方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
第三章 PNPLA3 基因多态性位点与慢性乙型肝炎合并非酒精性脂肪性肝病的相关性研究 |
前言 |
1 对象、材料和方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
参考文献 |
第二部分 外周血白细胞DNA甲基化与非酒精性脂肪性肝病 |
前言 |
1 对象、材料和方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
参考文献 |
第三部分 血清miRNAs与非酒精性脂肪性肝病研究 |
前言 |
1 对象、材料和方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
参考文献 |
全文总结 |
附录一 综述 |
参考文献 |
致谢 |
攻读学位论文期间发表的学术论文 |
(7)TGF-β1基因多态性及表达水平与广西人群肝癌家族聚集性的相关研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
英文缩略语表 |
前言 |
参考文献 |
第一部分 |
第一章 研究对象与方法 |
第二章 结果 |
第三章 讨论 |
第四章 结论 |
参考文献 |
第二部分 |
第一章 材料与方法 |
第二章 结果 |
第三章 讨论 |
第四章 结论 |
参考文献 |
附录 |
综述:TGF-β1 基因多态性与肝癌、肝癌家族聚集性关系的研究进展 |
参考文献 |
致谢 |
在读期间课题项目及发表论文 |
(8)广西地区人群细胞因子基因多态性分析及其与肝细胞癌易感性的研究(论文提纲范文)
一、论文缩写词汇中英文对照 |
二、中文摘要 |
三、英文摘要 |
四、引言 |
五、第一部分 |
1、研究对象与方法 |
2、结果 |
3、讨论 |
4、参考文献 |
六、第二部分 |
1、研究对象与方法 |
2、结果 |
3、讨论 |
4、存在问题及展望 |
5、参考文献 |
七、综述 |
参考文献 |
八、附录 |
九、致谢 |
十、攻读学位期间发表及待发表的学术论文 |
(9)多位点基因多态性分析与乙肝肝硬化风险的分子预测(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第1章 引言 |
1.1 预防是控制乙肝肝硬化最根本的措施 |
1.2 筛选高危人群是预防乙肝肝硬化的基础 |
1.3 基于已知的危险因素难以定量预测乙肝肝硬化高危险个体 |
1.4 遗传易感性可能是乙肝肝硬化发生的重要因素 |
1.5 基于多位点基因多态性数据有望定量预测乙肝肝硬化发生风险 |
第2章 研究对象与方法 |
2.1 研究对象及诊断标准 |
2.2 标本收集与处理 |
2.3 临床资料收集 |
2.4 基因多态性分析 |
2.5 数据分析及统计学处理 |
2.6 讨论 |
第3章 临床资料 |
3.1 人口学资料 |
3.2 血清乙肝标志物检测结果 |
3.3 生化检测结果 |
3.4 血型分布 |
3.5 肝功能 Child-Pugh 分级结果 |
3.6 讨论 |
第4章 白细胞介素1 基因多态性与乙肝肝硬化的易感性 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 实验材料 |
4.1.2 实验方法 |
4.2 结果 |
4.2.1 IL-1A -889C/T 位点 |
4.2.2 IL-1B -511C/T 位点 |
4.2.3 IL-1B +3953C/T 位点 |
4.3 讨论 |
第5章 白细胞介素10 基因多态性与乙肝肝硬化的易感性 |
5.1 材料与方法 |
5.1.1 实验试剂与材料 |
5.1.2 实验方法 |
5.2 结果 |
5.3 讨论 |
第6章 干扰素基因多态性与乙肝肝硬化的易感性 |
6.1 材料与方法 |
6.1.1 实验试剂与材料 |
6.1.2 实验方法 |
6.2 结果 |
6.2.1 IFN-γ+874T/A 位点 |
6.2.2 IFN-γ+2109 A/G 位点 |
6.3 讨论 |
第7章 肿瘤坏死因子α基因多态性与乙肝肝硬化的易感性 |
7.1 材料与方法 |
7.1.1 实验试剂与材料 |
7.1.2 实验方法 |
7.2 结果 |
7.2.1 TNF-α-308G/A 位点 |
7.2.2 TNF-α-238G/A 位点 |
7.3 讨论 |
第8章 CD14 基因多态性与乙肝肝硬化的易感性 |
8.1 材料与方法 |
8.1.1 实验试剂与材料 |
8.1.2 实验方法 |
8.2 结果 |
8.3 讨论 |
第9章 CTLA-4 基因多态性与乙肝肝硬化易感性 |
9.1 材料与方法 |
9.1.1 实验试剂与材料 |
9.1.2 实验方法 |
9.2 结果 |
9.3 讨论 |
第10章 MEH 基因多态性与乙肝肝硬化易感性 |
10.1 材料与方法 |
10.1.1 实验试剂与材料 |
10.1.2 实验方法 |
10.2 结果 |
10.2.1 MEH Tyr113His 位点 |
10.2.2 MEH -613C/T 位点 |
10.3 讨论 |
第11章 GSTM1 基因多态性与乙肝肝硬化易感性 |
11.1 材料与方法 |
11.2 结果 |
11.3 讨论 |
第12章 金属蛋白酶-9 基因多态性与乙肝肝硬化易感性 |
12.1 材料与方法 |
12.1.1 实验试剂与材料 |
12.1.2 实验方法 |
12.2 结果 |
12.3 讨论 |
第 13 章 雌激素受体 α基因多态性与乙肝肝硬化易感性 |
13.1 材料与方法 |
13.1.1 实验试剂与材料 |
13.1.2 实验方法 |
13.2 结果 |
13.3 讨论 |
第14章 血管紧张素原基因多态性与乙肝肝硬化易感性 |
14.1 材料与方法 |
14.1.1 实验试剂与材料 |
14.1.2 实验方法 |
14.2 结果 |
14.2.1 AGT -20A/C 位点 |
14.2.2 AGT 基因-6A/G 位点 |
14.3 讨论 |
第 15 章 各基因位点的多因素 Logistic 回归分析 |
15.1 方法与结果 |
15.1.1 基于总样本数据的多因素Logistic 回归分析 |
15.1.2 基于男性患者数据的多因素Logistic 回归分析 |
15.1.3 基于女性患者数据的多因素Logistic 回归分析 |
15.2 讨论 |
15.2.1 多因素背景下乙肝肝硬化易感性相关基因 |
15.2.2 多因素背景下男性乙肝肝硬化易感性相关基因 |
15.2.3 多因素背景下女性乙肝肝硬化易感性相关基因 |
第16章 乙肝肝硬化分子预测模型的建立及其评价 |
16.1 方法与结果 |
16.2 讨论 |
第17章 结论 |
致谢 |
参考文献 |
综述: 基因多态性与乙肝肝硬化的发生风险 |
参考文献 |
攻读博士学位点期间的研究成果 |
(10)基因多态性对中国肝移植受体预后的影响(论文提纲范文)
序言 |
第一部分 |
一、中文摘要 |
二、英文摘要 |
三、正文MDR1第3435位点基因多态性对肝移植受体术后普乐可复治疗剂量影响 |
前言 |
材料与方法 |
结果 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
第二部分 |
一、中文摘要 |
二、英文摘要 |
三、正文 细胞因子基因多态性与中国肝移植受体急性排斥反应发生及乙肝复发的关系 |
前言 |
材料和方法 |
结果 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
第三部分 |
一、中文摘要 |
二、英文摘要 |
三、正文FcγRⅢA(CD16)基因多态性对中国乙肝相关肝移植受体乙肝免疫球蛋白(HBIG)疗效的影响 |
前言 |
材料和方法 |
结果 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
综述一 MDR1和CYP3A基因多态性在肝肾移植领域的应用 |
参考文献 |
综述二 细胞因子基因多态性与乙型肝炎及肝移植后排斥反应关系的研究进展 |
参考文献 |
综述三 CD16基因多态性与免疫相关性疾病研究进展 |
参考文献 |
结语 |
在读期间以第一着者发表的文章 |
在读期间着作及获奖情况 |
在读期间以项目负责人申请课题情况 |
致谢 |
四、TGF-β1启动子基因多态性与中国人自身免疫性肝病的相关性研究(论文参考文献)
- [1]IL-17基因多态性与原发性胆汁性胆管炎易感相关性研究[D]. 谭为民. 南昌大学, 2021(01)
- [2]IL-2/STAT5及IL-6/STAT3在慢性乙型肝炎患者外周血中的表达及其对Th17/Treg平衡的影响[D]. 彭玉娟. 昆明医科大学, 2021(01)
- [3]S100A6在原发性胆汁性胆管炎肝内胆管上皮细胞损伤中的作用机制[D]. 董西华. 中国医科大学, 2021(02)
- [4]系统性硬化症患者中TGF-β1基因多态性及其mRNA水平与lncRNA的相关性研究[D]. 李娟. 安徽医科大学, 2021(01)
- [5]STAT4基因多态性通过调控CYP2E1参与肝癌发生发展[D]. 王彩娥. 郑州大学, 2020(02)
- [6]非酒精性脂肪性肝病的遗传与表观遗传学研究[D]. 章瑞南. 上海交通大学, 2016(03)
- [7]TGF-β1基因多态性及表达水平与广西人群肝癌家族聚集性的相关研究[D]. 万裴琦. 广西医科大学, 2014(10)
- [8]广西地区人群细胞因子基因多态性分析及其与肝细胞癌易感性的研究[D]. 杨艳. 广西医科大学, 2011(08)
- [9]多位点基因多态性分析与乙肝肝硬化风险的分子预测[D]. 张焜和. 南昌大学, 2009(03)
- [10]基因多态性对中国肝移植受体预后的影响[D]. 王伟林. 浙江大学, 2006(02)